경추 측면 X선 영상을 기반으로 한 갑상선 수술 환자에서 어려운 후두경 예측 딥러닝 모델

학위논문(석사) -- 서울대학교대학원 : 의과대학 의학과, 2022. 8. 정철우.예상하지 못한 어려운 후두경은 심각한 기도관련 합병증과 연관되어 있다. 본 연구는 후향적으로 수집된 갑상선 수술을 받은 총 14,135명 환자의 경추 측면 X선을 통해 어려운 후두경 (Cormack-Lehane 등급 3-4)를 예측하는 딥러닝 모델을 개발 및 검증하였다. 개발 모델의 성능은 기존의 6개의 딥러닝 모델과 비교하였다. 개발 모델에서 어려운 후두경 예측의 민감도는 95.6%, 특이도 91.2%를 나타냈다. Area Under ROC curve의 경우 개발 모델에서 0.972(0.955~0.988), 기존 모델의 경우 각각 VGG-Net: 0.842, ResNet: 0.841, Xception: 0.863, ResNext: 0.825, DenseNet: 0.889, SENet: 0.875를 나타냈다. 어려운 후두경과 관련된 해부학적 특징을 설명하기 위해 클래스 활성화 맵(Class Activation Map)을 사용하였다. 클래스 활성화 맵에서 설골, 인두 및 경추 주변이 강조되었다. 본 연구를 통해 개발된 딥러닝 모델은 경추 측면 X선 영상을 이용한 어려운 후두경 예측에 높은 성능을 보였다.An unanticipated difficult laryngoscopy is associated with serious airway-related complications. We here developed and validated a deep learning-based model that predicts a difficult laryngoscopy (Cormack–Lehane grade 3–4) from a cervical spine lateral X-ray using data from 14,135 patients undergoing thyroid surgery. The performance of our model was compared with six representative deep learning architectures. A class activation map was created to elucidate the anatomical features associated with difficult laryngoscopy. Our model showed 95.6% sensitivity and 91.2% specificity for predicting difficult laryngoscopy. The area under the receiver operating characteristic curve of our model was 0.972 (0.955‒0.988), which was higher than that of other models (VGG-Net: 0.842, ResNet: 0.841, Xception: 0.863, ResNext: 0.825, DenseNet: 0.889, and SENet: 0.875, all P < 0.001). The class activation map demonstrated clear differences around the hyoid bone, pharynx, and cervical spine. The model showed excellent performance for predicting difficult laryngoscopy using a cervical spine lateral X-ray image.1. Introduction 1 2. Materials and Methods 2 2.1 Inclusion and Exclusion Criteria 2 2.2 Anesthesia Management 2 2.3 Data Collection and Preprocessing 2 2.4 Model Building 3 2.5 Model Validation 4 2.6 Sensitivity Analysis 4 2.7 Statistical Analysis 4 3. Results 6 3.1 Dataset Construction 6 3.2 Performance of the Models 6 3.3 Sensitivity Analysis 6 4. Discussion 8 5. Conclusions 11 References 23 Abstract 26 Tables 12 [Table 1] 12 [Table 2] 13 [Table 3] 14 Figures 15 [Figure 1] 15 [Figure 2] 16 [Figure 3] 17 [Figure 4] 18 [Figure 5] 19 Supplementary Materials 20 [Supplementary Materials] 20석

Combined therapy with chk1 inhibitor and Rucaparib in ovarian cancer

학위논문(박사) -- 서울대학교대학원 : 의과대학 의학과, 2021.8. 조혜연.PARP 억제제는 BRCA 유전자 변이가 있는 상피성 난소암에서 효능이 입증되어 임상적으로 널리 적용되고 있다. 그러나 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암에서는 PARP 억제제의 임상적인 효능이 BRCA 유전자 변이가 있는 상피성 난소암과 비교하여 낮은 것으로 보고되고 있다. TP53은 손상된 DNA의 복구과정에 중요한 역할을 하는데, 특히 세포주기 확인점 중에서도 G1/S 확인점의 조절과정에 중요한 역할을 한다. 대부분의 상피성 난소암은 TP53 변이를 갖는데, TP53 변이를 가진 상피성 난소암은 G1/S 확인점의 조절과정에 의한 DNA의 복구가 불가능하므로, G2/M 확인점의 조절과정에 관여하는 ATR/Chk1 등을 통하여 DNA 복구를 하게 된다. 따라서 이론적으로 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암에서 PARP 억제제와 Chk1 억제제를 병합하였을 때 각각을 단독으로 투여하였을 때 보다 더 높은 항암효과를 기대할 수 있다. 이에 본 연구에서는 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암 세포주에서 PARP 억제제인 rucaparib과 Chk1 억제제인 prexasertib (LY2606368)을 단독 혹은 병합하여 항암효과를 비교하였다. 본 연구의 목적은 다음과 같다. 첫째, Chk1 억제제가 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암 세포의 성장을 억제하는지 확인하고자 하였다. 둘째, Chk1 억제제가 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암 세포에서 G2/M 확인점의 조절과정에 미치는 영향을 확인하고자 하였다. 셋째, Chk1 억제제와 PARP 억제제의 병합투여가 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암 세포의 성장을 억제하는 데 있어서 상승효과가 있는지 확인하고자 하였다. 주요 결과는 다음과 같다. 첫째, rucaparib과 비교하여 prexasertib이 유의하게 더 강한 세포독성을 보였다. 둘째, rucaparib과 prexasertib 각각의 단독투여와 비교하여 병합투여가 유의하게 세포독성을 증가시키는 것으로 나타났다. 셋째, rucaparib과 prexasertib을 병합 투여했을 때 rucaparib의 효과가 미치지 않는 G2/M 세포주기 정지 세포에서도 prexasertib에 의하여 Chk1이 억제됨으로써 세포독성이 유도되었다. 넷째, BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암에서 Rad51의 과발현은 rucaparib의 효과를 감소시키는 기전 중의 하나인데, prexasertib이 Rad51 발현을 차단함으로써 rucaparib의 세포독성을 증가시켰다. rucaparib과 prexasertib 각각의 단독투여와 비교하여 병합투여가 유의하게 세포독성을 증가시키는 기전은 다음과 같다. 첫째, rucaparib을 단독으로 투여했을 때에는 영향을 받지 않는 G2/M 확인점이 Chk1 억제제에 의하여 작동하지 않게 되면 난소암 세포의 유사분열 파국이 유도된다. 둘째, Chk1은 Rad51을 발현시키고 Rad51과 BRCA2의 결합을 증가시켜서 상동 재조합을 유도하는데, Chk1을 억제하면 Rad51의 발현과 BRCA2와의 결합이 감소하여 상동 재조합이 억제된다. 결론적으로, Chk1 억제제와 PARP 억제제의 병합투여를 BRCA 유전자 변이가 없는 상피성 난소암에서 새로운 효과적 치료 전략으로 제시할 수 있을 것이다. 또한, 다른 암종에서도 PARP 억제제의 저항성 기전을 Rad 51의 과발현으로 설명하고 있는데, Chk1 억제제에 의하여 Rad51의 발현을 감소시킴으로써 PARP 억제제의 저항성을 극복할 수 있을 것이다.This study aimed to evaluate anticancer effects of combination treatment with poly ADP ribose polymerase (PARP) and checkpoint kinase 1 (Chk1) inhibitors in BRCA-wild type ovarian cancer. PARP inhibitors can function as DNA-damaging agents in BRCA wild-type cancer, even if clinical activity is limited. Most epithelial ovarian cancers are characterized by a TP53 mutation causing dysfunction at the G1/S checkpoint, which makes tumor cells highly dependent on Chk1-mediated G/M phase cell-cycle arrest for DNA repair. We investigated the anticancer effects of combination treatment with prexasertib (LY2606368), a selective ATP competitive small molecule inhibitor of Chk1 and Chk2, and rucaparib, a PARP inhibitor, in BRCA wild-type ovarian cancer cell lines (OVCAR3 and SKOV3). We found that combined treatment significantly decreased cell viability in all cell lines and induced greater DNA damage and apoptosis than in the control and/or using monotherapies. Moreover, we found that prexasertib significantly inhibited homologous recombination–mediated DNA repair and thus showed a marked anticancer effect in combination treatment with rucaparib. The anticancer mechanism of prexasertib and rucaparib was considered to be caused by an impaired G2/M checkpoint due to prexasertib treatment, which forced mitotic catastrophe in the presence of rucaparib. Our results suggest a novel effective therapeutic strategy for BRCA wild-type epithelial ovarian cancer using a combination of Chk1 and PARP inhibitors.Chapter 1. Introduction 1 Chapter 2. Body 3 Chapter 3. Conclusion 27 Bibliography 28 Abstract in Korean 31박

An Analysis on Johannes Brahms&amp;apos;s Viola Sonata No. 2 in E♭ Major, Op. 120

본 논문은 고전형식에 신선한 예술미와 새로운 기교를 융합하여 독자적인 음악세계를 표현해 온 19세기 중기의 대표적인 작곡가 Johannes Brahms(1833-1897)의 Viola Sonata Op. 120, No. 2 작품을 연구분석하고 음악적 특징을 연구해 보고자 한다. Brahms는 고전적인 기법을 유지하면서 그만의 서정적이고 낭만적인 풍부한 감성을 효과적으로 융합시켜 자신의 음악세계를 구축하였다. 대체로 Brahms의 작품은 보편적으로 웅장하고 깊이가 있으며, 이는 그가 작곡 방식에 있어서 신중을 기했다는 것을 알 수 있다. 그는 4개의 교향곡과 관현악곡 등 많은 작품을 남겼고 실내악 분야에서도 24곡의 작품이 있다. 그 중에서 Violin Sonata 3곡, Cello Sonata 2곡,Clarinet Sonata를 그 자신이 Viola로 편곡한 Sonata 2곡은 많이 연주되고 있다. 특히 2곡의 Viola Sonata는 Brahms 말년의 몇 작품과 더불어 고전주의에 더 큰 비중을 둔 그의 가장 원숙한 작품들이다. 본 논문에서 다룰 Viola Sonata Op. 120, No. 2는 3개 악장으로 구성되어 있는데, 1악장은 고전적인 양식에 의한 전형적인 Sonata 형식으로 되어있고, 2악장은 Trio를 포함하는 Scherzo 악장으로 복합 3부 형식이고, 3악장은 주제와 5개의 변주곡을 포함하는 변주곡 형식으로 구성되어 있다. 연구분석의 방법은 문헌과 참고자료를 통하여 Brahms의 생애와 음악적 특징을 살펴본 후 본 논문에서 다룰 이 곡의 전 악장을 중심으로 동기의 전개방식, 형식, 화성진행, 리듬형태와 전개 등을 연구 분석하고자 한다.;In this thesis, Viola Sonata No. 2 in E♭ Major, Op. 120, the last chamber music composed by Brahms, is analyzed. Brahms is one of the greatest composers of the romantic period in the 19th century. He created his own music world by blending his rich and romantic sense with the classical form. Especially, the chamber music was the most fit genre for him among various forms of music such as symphony, ensemble, and concerto. This piece is composed of three movements. The first movement takes a traditional sonata form, the second movement is a scherzo form including trio and involves compound ternary form, and the third movement takes the form of a theme and five variations. As for the harmony, Brahms used chromatic harmonies in this piece such as the secondary dominant 7th chord, the secondary diminished 7th chord, the augumented 7th chord, etc. Also, the piece adopted romantic composition techniques such as the syncopation, the hemiola rhythm, and triplet rhythm. Including all the analysis mentioned above, the detailed review and analysis of Brahms&amp;apos;life, his chamber music and Violasonata.no.2 are presented in the thesis.Ⅰ. 서론 = 1 Ⅱ. 본론 = 2 A. J. Brahms의 생애와 음악 = 2 1. 19세기 시대적 배경 = 2 2. J. Brahms의 생애 = 4 3. J. Brahms의 음악적 특징 = 7 4. J. Brahms의 실내악의 특징 = 9 B. J. Brahms의 Viola Sonata No.2 E^(b) Major, Op.120의 분석 = 13 1. 작품 배경 = 13 2. 제 1악장 = 14 3. 제 2악장 = 25 4. 제 3악장 = 34 Ⅲ. 결론 = 44 참고문헌 = 45 Abstract = 4

Persistent large cash holdings and operating performance

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :경영학과,2011.2. 조재호.Maste

Rates and pathways of anaerobic microbial respiration measured at unvegetated and vegetated intertidal mudflat: relative significance of sulfate reduction

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Rates of Anaerobic Carbon Mineralization and Sulfate Reduction in Association with Bioturbation in the Intertidal Mudflat of Ganghwa, Korea

본 연구에서는 강화도 남단 갯벌에서 혐기성 유기물 분해능과 황산염 환원력을 정량화하고 유기물 분해에 있어 황산염 환원의 상대적 중요성에 미치는 저서 동물의 잠재적 영향에 대해 토의하고자 하였다. 혐기성 유기물 분해능 은 26~85 mmol C m-2 d-1의 범위로 조사되었고, 이를 강화도 남단의 갯벌 면적(약 90 km2)으로 환산하면 하루 동 안 약 46 ton의 유기물이 분해되는 것이라 할 수 있다. 황산염 환원력은 22.6~533.4 nmol cm-3 d-1의 범위로 조사 되었으며, 전체 혐기성 유기물 분해의 31~129%를 차지하는 것으로 나타났다. 이는 연구지역에서의 혐기성 유기물 분해가 황산염 환원에 의해 주도되고 있음을 의미한다. 한편, 10월에 혐기성 유기물 분해에서 황산염 환원이 차지 하는 비중이 상대적으로 낮게 나타난 반면, 공극수 내 Fe(II)의 농도가 증가한 것으로 나타났다. 이러한 결과들은 대 형 저서 동물 활동에 의해 Fe(II)의 재산화가 촉진됨으로써 공극수 내 Fe(III)의 공급이 원활해졌고, 그로 인해 유기 물 분해과정에서 철 환원 작용이 황산염 환원 작용을 약화시켰음을 의미한다. This study was carried out to quantify the rates of anaerobic mineralization and sulfate reduction, and to discuss the potential effects of benthic fauna on sulfate reduction in total anaerobic carbon respiration in Ganghwa intertidal flat in Korea. Anaerobic carbon mineralization rates ranged from 26 to 85 mmol C m-2 d-1, which accounted for approximately 46 tons of daily organic matter mineralization in the intertidal flat of southern part of the Ganghwa Island (approximately 90km2). Sulfate reduction ranged from 22.6 to 533.4 nmol cm-3 d-1, and were responsible for 31~129% of total anaerobic carbon oxidation, which indicated that sulfate reduction was a dominant pathway for anaerobic carbon oxidation in the study area. On the other hand, the partitioning of sulfate reduction in anaerobic carbon mineralization in October decreased, whereas concentrations of Fe(II) in the pore water increased. The results implied that the re-oxidation of Fe(II) in the sediments is stimulated by macrobenthic activity, leading to an increased supply of reactive Fe(II), and thereby increasing Fe(III) reduction to depress sulfate reduction during carbon oxidation.33Nkciothe

Effect of vegetation on the anaerobic microbial mineralization, sulfate reduction and microbial community structure in the intertidal mudflat in Ganghwa Island

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Community structure and diversity of culturable Fe(III)- and sulfate reducing bacteria in subtidal Arctic sediment

북극 조하대 퇴적물에서 배양 가능한 철 환원 세균과 황산염 환원 세균의 군집구조 및 다양성 연구2

Bacterial Community Structure and Diversity Using 16S rDNA Analysis in the Intertidal Sediment of Ganghwa Island

강화도 장화리 갯벌 퇴적물 내의 두 층(0-1 cm, 6-7 cm 깊이)에 서식하는 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위해 16S rDNA의 서열에 기초한 말단제한절편 다형성(terminal-restriction fragment length polymorphism ; T-RFLP) 분석과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한 효소 HhaⅠ을 이용한 T-RFLP 분석 결과 표층(0-1 cm)에서는 다양한 크기(60(±2) bp～667(±2) bp)의 말단제한절편(T-RF)들이 고른 분포로 나타났으며, 저층(6-7 cm)에서는 60(±2) bp와 93(±2) bp의 T-RF가 우세하게 나타나 표층에 비해 미생물 군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 총 172개의 클론의 16S rDNA 부분 염기서열 분석 결과 98% 유사도 수준에서 98%의 클론이 GeneBank에 등록된 염기서열 중 배양된 어떤 미생물과도 일치하지 않는 것으로 조사되었으며, 이 중 148개의 클론(86%)이 서로 다른 계통형(phylotype)으로 분류되어 다양한 미생물이 서식하고 있음을 알 수 있었다. 대부분의 클론들은 α-, γ-, δ-Proteobacteria, Acidobacteria/Holophaga 그리고 green nonsulfur bacteria 그룹 내에 속하였고, 이 중 Proteobacteria 그룹이 표층에서는 전체의 69%, 저층에서는 46%의 높은 비율을 차지하였다. 또한 황원소의 산화와 환원에 관련된 γ-Proteobacteria와 δ-Proteobacteria 그룹이 각각 21.5%와 15.7%로 우세하게 나타나 갯벌의 미생물 군집 구조가 혐기성 환경에서의 황환원에 의해 생성된 황의 거동과 밀접한 연관이 있음을 시사하였다. T-RFLP analysis and clone sequencing analysis based on bacterial 16S rDNA were conducted to assess bacterial community structure and diversity in two layers (0-1 cm, 6-7 cm depth) of the sediment from Janghwari intertidal flat in Ganghwa Island. The results of T-RFLP (terminal-restriction fragment length polymorphism) analysis using restriction enzyme HhaI showed that the T-RFs of various size (60(±2) bp~667(±2) bp) appeared evenly at the surface sediments but two T-RFs with 60 (±2) bp and 93 (±2) bp predominated at 6-7 cm depth. Analysis of partial sequences for 172 clones revealed that 98% of the clones were not matched with the sequences of cultured bacteria strains in the GenBank (≥similarity 98%), and approximately 86% of them were classified as different phylotypes. Most clones belonged to α-, γ-, and δ-Proteobacteria, Acidobacteria/Holophaga and green nonsulfur bacteria group. Proteobacteria group occupied the highest proportion in both layers (69% at 0-1 cm depth and 46% at 6-7 cm depth). γ-Proteobacteria and δ-Proteobacteria that are associated with oxidation and reduction of sulfur compounds were appeared to be dominant, and comprised 21.5% and 15.7% of total clones, respectively. Overall results indicated that extremely diverse bacterial groups were inhabiting in the sediment of Ganghwa intertidal flat, and bacterial communities associated with the behaviour of sulfur seemed to play a significant role in the biogeochemical environment in this anoxic sediment.22Nkc