Structural Studies of Csd6 Protein from Helicobacter pylori and Rv2258c Protein from Mycobacterium tuberculosis

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 화학생물학과, 2016. 8. 서세원.Helicobacter pylori causes gastrointestinal diseases, including gastric cancer. Mycobacterium tuberculosis induces tuberculosis, claiming the lives of millions of people in the world every year. Increasing drug-resistance among bacterial pathogens is a serious global health issue. Therefore, discovery of new antimicrobial agents is needed urgently. Identifying the molecular and biological functions of proteins from pathogenic bacteria would provide the groundwork for the development of new antibacterial drug targets. In this study, I have determined the crystal structures of Csd6 from H. pylori and Rv2258c from M. tuberculosis. The H. pylori Csd6 protein plays a key role in determining the helical cell shape by trimming of peptidoglycan muropeptides. Csd6 is also involved in deglycosylation of the flagellar protein FlaA. The structure of Csd6 reveals that its middle catalytic domain resembles those of L,D-transpeptidases but its pocket-shaped active-site shows distinct variations from the known L,D-transpeptidases. Mass analyses confirm that Csd6 functions only as an L,D-carboxypeptidase but not as an L,D-transpeptidase. D-Ala-complexed structure of Csd6 reveals binding modes of both the substrate and product to the catalytic domain. On the basis of structure-function analysis, Csd6 and its homologs are proposed to constitute a new family of L,D-carboxypeptidase. The M. tuberculosis Rv2258c protein is predicted to be an S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase (MTase). MTases mediate a wide variety of cellular processes, such as cell signaling, metabolite synthesis, and gene regulation in nearly all living organisms. The structure of Rv2258c shows that its monomer consists of two domains linked by a long α-helix. The N-terminal domain is essential for dimerization and the C-terminal catalytic domain has the Class I MTase fold. The overall fold of Rv2258c, as well as its interactions with bound sinefungin (or S-adenosyl-L-homocysteine), are similar to small-molecule MTases. Rv2258c has a relatively large hydrophobic cavity for binding the methyl-accepting substrate, suggesting that bulky nonpolar molecules might be targeted for methylation by Rv2258c in M. tuberculosis.Chapter 1. The cell-shape determining Csd6 protein from Helicobacter pylori constitutes a new family of L,D-carboxypeptidase 1 1.1 Introduction 1 1.2 Material and methods 13 1.2.1 Cloning, expression, and purification 13 1.2.2 Crystallization and X-ray data collection 17 1.2.3 Structure determination and refinement 21 1.2.4 In silico docking 22 1.2.5 Peptidase assay by mass analysis 24 1.2.6 Analytical ultracentrifugation 26 1.2.7 Single-molecule fluorescence resonance energy transfer (FRET) 26 1.2.8 Surface plasmon resonance experiment 28 1.3 Results 30 1.3.1. Csd6 functions as an LD-CPase but not as an LD-TPase 30 1.3.2 The Csd6 monomer is organized into three-domain architecture 34 1.3.3 The NTD of Csd6 plays a dominant role in homo-dimerization 37 1.3.4 Active-site of Csd6 LD-CPase domain is tailored for the LD-CPase activity 47 1.3.5 D-Ala-complexed structure reveals binding modes of both the substrate and product 54 1.3.6 The C-terminal NTF2-like domain has a putative binding pocket for pseudaminic acid 61 1.4 Discussion 68 1.5 References 71 Chapter 2. Crystal structure of Rv2258c from Mycobacterium tuberculosis H37Rv, an S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase 87 2.1 Introduction 87 2.2 Material and methods 90 2.2.1 Cloning, expression, and purification 90 2.2.2 Crystallization and X-ray data collection 93 2.2.3 Structure determination and refinement 100 2.2.4 Analytical gel filtration 103 2.3 Results 104 2.3.1 Structure determination and comparisons among monomer models of Rv2258c 104 2.3.2 Overall monomer structure of Rv2258c 107 2.3.3 Rv2258c exists as a homodimer 110 2.3.4 Structural similarity search 114 2.3.5 MTase sequence motifs and SFG (or SAH) binding 119 2.3.6 Rv2258c is a unique SAM-dependent MTase in mycobacteria 123 2.3.7 Relatively large substrate-binding cavity of Rv2258c and functional implications 127 2.4 Conclusions 133 2.5 References 134 Abstract (in Korean) 142Docto

대항요건을 갖추기 전 지명채권양수인의 법적 지위

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 법학과, 2013. 2. 윤진수.지명채권의 양도는 양도인과 양수인 사이의 諾成契約에 의하므로 채권양도에 관여하지 않은 채무자와 제3자는 채권양도의 사실을 알지 못하기 때문에 예측하지 않은 손해를 입을 염려가 있다. 이러한 채무자 등을 보호하기 위하여 우리 민법 제450조 제1항은 指名債權의 讓渡는 讓受人이 債務者에게 通知하거나 債務者가 承諾하지 아니하면 債務者 其他 第三者에게 對抗하지 못 한다라고 규정함으로써 대항요건주의를 따르고 있다. 대항하지 못 한다라는 조문 규정의 의미에 대해 기존의 학설은 채무자에 대하여는 채권양도의 효력이 없다고 보는 상대적 무효설이 다수설이었고, 판례도 대체적으로 이 설을 따랐다. 그러나 최근 대법원 판례는 대항요건을 갖추지 못한 채권의 양수인이라고 하더라도 채무자를 상대로 재판상의 청구를 하였다면 이는 소멸시효 중단사유인 재판상의 청구에 해당한다고 보아야 한다고 판시하는 등 더 이상 대법원 판례가 상대적 무효설의 입장을 취하고 있다고 잔정하기 어렵게 되었고, 대항하지 못 한다는 의미가 어떻게 해석되는지에 따라 채무자 및 채권양도인, 양수인의 권리구제의 범위가 달라질 수 있으므로 이 의미를 새롭게 재조명해보아야 할 필요성이 대두되었다. 우리 민법은 물권변동에 관하여서만 성립요건주의를 취하고 있고 채권양도에 관하여는 단지 양도통지 등을 대항요건으로만 규정하고 있을 뿐이다. 채권양도에서는 채권양도인과 양수인 당사자의 합의만으로 그 양도의 효력을 인정하되, 채권양도 과정에서 관여할 수 없었던 채무자 및 제3자를 보호하기 위하여 대항요건을 규정하여 놓았을 뿐이므로 대항요건은 물권의 재산권변동에 있어서 공시 기능을 가지고 있는 것이 아니다. 때문에 채무자에 대한 관계에서도 대항요건을 갖추지 못한 채권양수인은 채권양도의 효력에 의하여 채권자로서의 지위를 가지게 되며, 단지 채무자 측에서 대항요건의 불비를 이유로 하여 채권양수인의 청구를 거절할 수 있는 권리가 있는 것이라고 보는 것이 타당하고 이것이 바로 민법 제450조 제1항에서 규정하고 있는 대항하지 못 한다라는 의미라고 할 것이다. 따라서 대항요건을 갖추지 못한 채권양수인이라고 하더라도 채무자가 대항요건의 불비를 이유로 하여 채권양수인의 청구를 거절하는 권리 등을 행사하지 않는 한 채권양수인은 채권양도의 시점부터 채무자에게 채권자로서의 지위를 가지게 되고, 그에 따라 시효중단 행위, 담보권의 실행 등을 할 수 있다고 보아야 하는 것이며, 판례 역시 지금의 혼재된 입장에서 채권양수인의 적극적인 채권자의 지위를 인정하는 방향으로 나아가야 하는 것이 타당할 것이다.제1장 서론 Ⅰ. 논의의 필요성 1. 채권양도에 관한 우리 민법의 규정 2. 채무자 등에 대한 보호방안 3. 판례의 변화와 논의의 필요성 대두 Ⅱ. 논의의 전개와 구성 제2장 외국의 입법례 Ⅰ. 프랑스법에서의 논의 1. 계약상대효의 원칙 2. 폭넓은 예외의 인정 가. 일정한 요건 하의 이행청구 나. 보존행위 Ⅱ. 일본법에서의 논의 1. 일본의 학설 가. 상대적 무효설 나. 부인권설 2. 일본의 판례 가. 대심원 나. 최고재판소[最高裁第3小法定 昭和56年(1981년) 10月13日, 昭56(オ)483号 判決] 3. 소결 제3장 우리나라에서의 논의 Ⅰ. 학설의 논의 1. 효력불발생설 2. 상대적 무효설 3. 효력발생설 Ⅱ. 판례의 입장 1. 대법원 1992. 8. 18. 선고 90다9452 판결 2. 대법원 2000. 12. 12. 선고 2000다1006 판결 가. 효력불발생설과 상대적 무효설, 효력발생설 모두로 해석 가능하다고 보는 견해 나. 효력발생설을 취하였다고 보는 견해 3. 대법원 2005. 11. 10. 선고 2005다41818 판결 4. 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두20109 판결 5. 그 밖의 저당권부 채권양도에 관한 판례 Ⅲ. 검토 1. 효력불발생설에 대한 비판 2. 상대적 무효설에 대한 비판 3. 소결 제4장 저당권부 채권양도와 채권양수인의 법적 지위 Ⅰ. 서 1. 저당권의 부종성 2. 저당권 실행가능성 가. 담보권 실행을 위한 경매신청을 비송사건이라고 보는 견해 나. 절차법적인 성격과 실체법적인 성격 모두 지닌다고 보는 견해 다. 소결 Ⅱ. 판례의 태도 1. 대법원 1964. 4. 28.자 63마216 결정 2. 대법원 2005. 6. 23. 선고 2004다29279 판결 가. 사실관계 나. 원고의 이중경매 신청 주장 다. 원심의 판단 라. 대법원의 판단 3. 대법원 2005. 6. 23. 선고 2004다29279 판결에 대한 검토 Ⅲ. 관련 민사집행법 규정의 검토 1. 관련 규정 개관 2. 민사집행법 제264조 3. 경매개시결정 이후 이해관계인의 대응방법 가. 경매개시결정에 대한 이의 나. 매각허가에 대한 이의 및 매각허가결정에 대한 항고 Ⅳ. 결 제5장 채권양수인의 재판상 청구와 시효중단 Ⅰ. 서 1. 소멸시효제도 개관 가. 시효의 의의 나. 시효제도의 존재이유 2. 소멸시효 중단의 의의 및 근거 가. 시효중단의 의의 나. 시효중단의 근거 3. 재판상 청구와 시효중단의 근거 가. 시효중단 사유로서의 재판상 청구 나. 시효중단의 근거 다. 시효중단효과의 소멸 - 민법 제170조 제1항의 청구기각 문제 Ⅱ. 판례의 입장 1. 대법원 2005. 11. 10. 선고 2005다41818 판결 2. 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두20109 판결 3. 위 양 판례의 문제점 Ⅲ. 판례에 대한 검토 1. 대항요건을 갖추기 전의 채권양수인의 재판상 청구가 시효중단 사유에 해당하는지 여부 2. 채권양도인이 대항요건을 갖추기 전에 재판상 청구하는 경우 시효중단 사유에 해당하는지 여부 가. 채권양도인이 양도 전 재판상 청구를 한 경우 나. 채권양도인이 양도 후 재판상 청구를 한 경우 Ⅳ. 결 제6장 장래이행의 소와 채권양수인의 법적지위 Ⅰ. 서 1. 채권양도 통지권자의 문제 2. 채권양수인의 권리보호 필요성 Ⅱ. 판례의 태도 1. 대법원 1992. 8. 18. 선고 90다9452 판결 가. 사실관계 나. 판시내용 Ⅲ. 판례의 태도에 대한 비판 1. 서 2. 장래이행의 소 가. 의의 나. 청구의 대상 다. 권리보호의 이익 3. 최근 판례와의 모순점 4. 조건부 권리 조항의 준용 문제 가. 조건부 권리의 의의 나. 소결 Ⅳ. 결 제7장 결어 90Maste

Study on Economical Conduct of Game Designers in MMORPG : Standing on the Real Money Trade

MMORPG is practiced by various exchange among users based on created world by makers. Users make friendship as copied by real world based on own characters, and doing economical work in the game world. The remarkable thing of economy of MMORPG is that it has close relationship with current economy. MMORPG economy occur real money trade connected with real economy. About this, the study divides institutional discussion and economical discussion. The institutional discussion is focused on investigating law quality of item and transaction among the users in real world. The economical discussion is based on similarities of real economy, the motivation of real money trade of users, and aspect of occurrence event. But the discussion of role of game designer who interact with users is lack. Thus, this study has purposed on maintain the economical order of MMORPG for the game designer and occurrence of real money trade. MMORPG is already made by game designer and the virtual space that is by participation of users. The game designer tries to make order and not to damage the purpose of users. This kind of order is called spontaneous order. The spontaneous order by game designer can be practiced in game as system. The game designer-storytelling shows various junctions to users, and connected to users, which is same as hypertext form. Users could receive the compensation as limited connection of junction of game designer, or no-pattern structure junction like variable compensation. This kind of game designer-storytelling structure of compensation difference, the users go on the repeat game play and supply over game item and money. Also, one of the repeat game play which try to rise level and skill also the fact of supplication of game item and money. These kinds of over-supplication increase the game currency and lower the game money's value which makes the mudflation. The over item makes a role of make real money trade for over-game item, and mudflation is the fact of occurrence of demand. Because of real money trade, the game item and money over-supplication are maintained, and worse the mudflation. To prevent collapse of economical value, the game designer has to establish the rules of conduct through the various economical conducts. Game designer should control the compensation system for preventing over producing of game money and item, and has to introduce various systems which can promote the consumption of game item and money. These kinds of systems evolve the rules of conduct through the feedback of user and game designer. Also, as change the institution of game economy, it can reduce the over producing of game money and item. This study, as looked over the rules of conduct in MMORPG, tries to offer the way of change the game economy system without the damage of purpose of users.;MMORPG(Massively Multiplayer Online Role Playing Game(이하, MMORPG )는 개발자가 창조한 세계를 기반으로 사용자간의 다양한 교류 활동을 통해 진행된다. 사용자는 자신의 분신인 캐릭터를 통해 현실을 모방하여 친교를 맺고, 경제활동을 하며 MMORPG 세계에서 살아간다. MMORPG의 경제의 특징 중 하나는 현실 경제와 밀접한 연관을 맺고 있다는 점이다. MMORPG 경제는 현실 경제와 연계하여 게임 아이템 현금거래(RMT) 현상을 발생시킨다. 이에 대한 연구는 제도적 논의와 경제적 논의로 나뉜다. 제도적 논의는 게임 아이템의 법적 속성과 현실 공간에서 이루어지는 사용자간의 거래의 속성을 규명하는 것에 집중되었다. 경제적 논의는 현실 경제와 유사성을 바탕으로, MMORPG의 경제 규모와 사용자의 게임 아이템 현금거래(RMT) 동기 등의, 현상의 발생 측면의 논의가 주를 이루었다. 그러나 사용자와 상호작용하는 또 다른 주체인MMORPG의 개발자의 역할에 대한 논의가 부족한 실정이다. 따라서 본 논문에서는 게임 아이템 현금거래(RMT) 발생 요인과 그로 인해 개발자가 MMORPG의 경제 질서를 유지하고자 하는 개발자 행위에 대해 고찰하는 목적으로 쓰여졌다. MMORPG는 개발자가 이미 생성한 가상의 공간이 사용자의 참여에 의해 활성화 되는 세계이다. 개발자가 인위적 규제를 통해 사용자의 목적성을 훼손하지 않으면서 질서를 생성하고자 한다. 이러한 질서를 자생적 질서라 한다. MMORPG의 개발자에 의한 자생적 질서는 시스템으로써 MMORPG에 구현된다. 개발자 스토리텔링은 사용자에게 다양한 분기점을 제시하고, 이것을 사용자가 이동하여 연결한다는 점에서 하이퍼텍스트 구조 형태를 띈다. 사용자는 개발자의 정형적 구조의 분기점을 이동하고 연결하여 확정 보상을 받거나, 무정형 구조의 분기점을 이동하고 연결하여 가변 보상을 받는다. 이러한 개발자 스토리텔링 구조에 따른 보상 시스템의 차이로 인해 사용자는 반복적인 게임 탐험을 진행하여 게임 아이템과 게임 화폐를 과잉 생성하여 공급하게 된다. 또한 MMORPG의 성장 시스템 중 스킬과 레벨 상승을 위한 반복적인 숙련의 강제 역시 게임 아이템과 게임 화폐를 과잉 생성하는 요인이다. 이러한 과잉 생성은 폐쇄적이고 완전 경쟁 체제에 가까운 MMORPG의 통화량을 증가시키고, 게임 화폐의 가치를 하락시켜MMORPG의 머드플레이션 현상을 발생시키는 요인이 된다. 과잉 생성된 게임 아이템은 현실 경제에서 현금거래가 이루어지도록 공급되는 역할을 하며, 인플레이션 현상은 수요를 발생시키는 원인이 된다. 게임 아이템 현금거래(RMT)로 인해 게임 아이템과 게임 화폐의 과잉 생성이 지속됨으로써 인플레이션 현상이 심화되고, MMORPG 경제 균형이 무너지는 것을 개선하기 위해 개발자는 다양한 경제 행위를 통해 행위 규칙을 성립한다. 개발자는 게임아이템과 화폐의 과잉생성을 방지하기 위해 보상시스템을 조절하고, 게임 아이템과 화페의 소비를 촉진시킬 수 있는 다양한 시스템을 도입한다 이러한 시스템들은 사용자와 개발자의 피드백 과정을 통해 행위 규칙을 진화시키는 요인이 된다. 또한 폐쇄적인 MMORPG 경제 체제를 개방형 구조로 변화시킴으로써, MMORPG 게임 아이템과 화폐의 과잉생성을 줄이고, 사용자간에 이루어지는 현실에서의 교환이 게임 개발사와 사용자간에 발생하도록 유도한다. 본 논문은 이러한 MMORPG의 개발자 생성 행위규칙들을 살펴봄으로써 사용자의 목적성을 훼손하지 않으면서 MMORPG의 내부 경제시스템을 변화시키는 방법론을 모색하는 단초를 제공하고자 한다.I. 서론 = 1 A. 문제제기 및 연구사 검토 = 1 B. 연구범위 및 연구방향 = 10 II. 개발자 생성 질서 = 16 A. 개발자 스토리텔링 구조 = 16 1. 개발자 스토리텔링의 개념 = 16 2. 무정형 구조의 개발자 스토리텔링 = 19 3. 정형 구조의 개발자 스토리텔링 = 30 B. 행위규칙에 기반한 자생적 질서 = 37 1. 자생적 질서의 정의 = 38 2. 개발자 행위 규칙의 형성과 진화 = 44 III. 개발자 생성 질서에 따른 현금거래 발생 요인 = 50 A. 개발자 스토리텔링 구조에 따른 발생 = 50 1. 무정형구조 개발자 스토리텔링의 가변 보상 = 50 2. 정형구조 개발자 스토리텔링의 확정 보상 = 58 B. 경제시스템에 따른 발생 = 61 1. 숙련 시스템에 따른 반복 수행 = 61 2. 경쟁 구조에 따른 화폐 축적 = 65 IV. 현금거래 발생에 따른 개발자 경제행위 = 72 A. 개발자 스토리텔링에 기반한 행위 변화 = 72 1. 재보상을 통한 가변 보상 조절 = 72 2. 퀘스트 증대를 통한 확정 보상 확대 = 86 B. 경제 시스템에 기반한 행위 변화 = 89 1. 경제 균형을 위한 시스템 개선 = 89 2. 개방 경제 도입에 따른 공급 구조 변화 = 96 V. 결론 = 102 참고문헌 = 106 Abstract = 11

Crystallization and preliminary x-ray crystallographic analyses of the HP0518 protein from helicobacter pylori

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 생물물리 및 화학생물학과, 2011.8. 서세원.Maste

Emotional labor of care workers and organizational effectiveness

보건관리학전공/석사본 연구는 요양보호사의 감정노동수준에 영향을 미치는 요인에 대해 알아보고, 감정노동과 조직효과성과의 관계를 파악하고자 수행되었다. 자료 수집은 전국 10개 지역 소재 20개 장기요양기관에 근무하는 요양보호사 400명을 대상으로 2013년 9월 25일부터 10월 24일까지 30일간 방문 및 우편조사를 통해 자기기입식 설문조사를 통해 이루어졌다. 총 400부 중 365부가 회수되어 응답이 불성실한 37부를 제외하고 총 328부를 분석하였다. 자료 분석은 SPSS 18.0 프로그램을 사용하여 기술 통계분석, T-test, 분산분석(ANOVA), 상관관계분석 및 다중회귀분석을 사용하였다. 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 1) 요양보호사의 감정노동 수준에는 대상자요인과 상사요인이 유의미한 영향을 미치는 것으로 나타났다. 2) 요양보호사의 연령이 낮을수록 감정노동 수준이 높았다 3) 직무스트레스에 유의한 영향을 미치는 요인은 긍정적 심성, 부정적 심성, 시설유형, 근무시간, 급여였으며, 감정노동과 감성지능, 자기효능감은 유의한 영향을 미치지 않았다. 4) 직무소진에 유의한 영향을 미치는 요인은 부정적 심성, 시설유형, 근무시간이었으며, 감정노동과 감성지능, 자기효능감은 유의한 영향을 미치지 않았다. 5) 직무만족에 유의한 영향을 미치는 요인은 감정노동, 긍정적 심성, 부정적 심성, 감성지능, 성별, 교육수준, 돌봄 대상자수이며, 자기효능감은 유의한 영향을 미치지 않았다. 6) 이직의도에 유의한 영향을 미치는 요인은 긍정적 심성, 부정적 심성, 교육수준, 근무연수, 시설유형, 돌봄 대상자수이며, 감정노동, 감성지능, 자기효능감은 유의한 영향을 미치지 않았다. 7) 직무성과에 유의한 영향을 미치는 요인은 자기효능감, 감성지능, 시설유형, 돌봄 대상자수이며, 감정노동, 성격은 유의한 영향을 미치지 않았다. 본 연구의 결과에서 요양보호사의 감정노동은 직무만족에만 영향을 미치며, 감성지능은 직무만족과 직무성과에 영향을 미치는 것을 알 수 있다. 또한, 요양보호사의 성격이 직무스트레스, 직무소진, 직무만족, 이직의도에 유의한 영향을 주었다. 이처럼 요양보호사의 심리적, 정서적 요인이 조직효과성에 많은 영향을 주고 있는 것을 알 수 있었다. 따라서 감정노동의 수준을 줄이고 조직효과성을 높이기 위해서는 요양보호사를 위한 고충상담제도 마련, 심리상담소 설립, 교육프로그램의 확대, 근로환경개선 등 공식적, 비공식적 노력이 필요할 것이다.ope