한국인 코호트에서 원발 개방각녹내장 연관 새로운 유전자 변이 발굴 연구

학위논문 (박사) -- 서울대학교 대학원 : 의과대학 의학과, 2020. 8. 박기호.Primary open-angle glaucoma (POAG) can develop even within normal ranges of intraocular pressure, and this type of glaucoma (so-called normal-tension glaucoma [NTG]) is highly prevalent in East Asia including Korea and Japan. We conducted exome chip analysis to identify low-frequency and rare variants associated with POAG from the primary cohort (309 POAG patients and 5,400 control, all Koreans). For replication, Korean (310 POAG patients and 5,612 controls) and Japanese (565 POAG patients and 1,104 controls) cohorts were further investigated by targeted genotyping. For known POAG-related gene variants in other ethnicities, representative POAG-related single nucleotide polymorphisms (SNPs) from six loci (CDKN2B-AS1, SIX1/SIX6, ATOH7, CDC7-TGFBR3, CAV1, TMCO1) were selected and genotyped from discovery (POAG = 309, heathy = 5,400) and replication cohorts from Korea (POAG = 310, healthy = 5,612 and POAG = 221, healthy = 6,244, respectively). SNP rs116121322 in LRRC27 showed nominally significant association with POAG in the discovery cohort (OR = 29.85, P = 2.2E–06). This SNP was validated in the Korean replication cohort but only in the NTG subgroups (OR = 9.86, P = 0.007). Japanese replication cohort did not show significant association with POAG (P = 0.44). However, the meta-analysis in the entire cohort revealed significant association of rs116121322 with POAG (ORcombined = 10.28, Pcombined = 1.4E–07). The LRRC27 protein expression was confirmed from human trabecular meshwork cells. For gene-based testing, METTL20 showed a significant association in POAG (Pcombined = 0.002) and in the subgroup of NTG (Pcombined = 0.02), whereas ZNF677 were significantly associated with only in the subgroup of high-tension glaucoma (Pcombined = 1.5E–06). In terms of previously known POAG-related variants, rs1900004 in ATOH7 (OR = 1.29, P = 0.0024); rs1063192 (OR = 0.69, P = 0.0006), rs2157719 (OR = 0.63, P = 0.0007), and rs7865618 (OR = 0.63, P = 0.0006) in CDKN2B-AS1, and rs10483727 in SIX1/SIX6 (OR = 0.68, P = 7.9E–05) were nominally associated with the risk of POAG. The replication cohorts revealed significant associations with rs2157719 (OR = 0.72, P = 0.0135), rs1063192 (OR = 0.63, P = 0.0007) and rs7865618 (OR = 0.52, P = 0.0004) in CDKN2B-AS1. A mega-analysis from the entire Korean population revealed significance with rs1063192 (OR = 0.77, P = 6.0E–05), rs2157719 (OR = 0.63, P = 0.0007) and rs7865618 (OR = 0.58, P = 1.9E–06) in CDKN2B-AS1 and with rs10483727 in SIX1/SIX6 (OR = 0.79, P = 9.4E–05), with the same direction of effect between the discovery association and the replication sample. Our findings may provide further genetic backgrounds into the pathogenesis of POAG, especially for the patients who have lower baseline intraocular pressures.원발 개방각녹내장은 정상 안압 범위에서도 발생할 수 있으며, 소위 정상안압녹내장으로 불리는 이러한 유형의 녹내장은 한국과 일본을 비롯한 동아시아국가에서 유병율이 매우 높다. 본 연구에서는 원발 개방각녹내장과 연관되어 있는 저빈도/희귀 유전 변이를 탐색하기 위해 일차 코호트 (원발 개방각녹내장 309명, 정상군 5400명, 모두 한국인)에서 엑솜칩 분석을 수행하였다. 검증을 위해 한국인 코호트 (원발 개방각녹내장 310명, 정상군 5612명)와 일본인 코호트 (원발 개방각녹내장 565명, 정상군 1104명)에서 유전자형을 추가 분석하였다. 타인종에서 원발 개방각녹내장과 연관된 것으로 보고된 대표적인 6개 유전자 (CDKN2B-AS1, SIX1/SIX6, ATOH7, CDC7-TGFBR3, CAV1, TMCO1) 단일염기다형성 (SNP)을 선정하여 일차코호트 (원발 개방각녹내장 309명, 정상군 5400명, 모두 한국인)와 검증코호트 (#1: 원발 개방각녹내장 310명, 정상군 5612명, #2: 원발 개방각녹내장 221명, 정상군 6244명, 모두 한국인)에서 유전자형을 분석하였다. 일차 코호트에서 LRRC27 유전자의 SNP rs116121322이 유의하게 원발 개방각녹내장과 연관되었다 (OR = 29.85, P = 2.2E–06). 이 SNP는 한국인 코호트에서는 추가 검증 되었으나 (OR = 9.86, P = 0.007) 일본인 코호트에서는 원발 개방각녹내장과 유의한 연관이 없었다 (P = 0.44). 그러나 전체 코호트에서 수행한 메타분석에서는 원발 개방각녹내장과 유의한 연관을 보였다 (ORcombined = 10.28, Pcombined = 1.4E–07). 또한 LRRC27 단백질이 인간섬유주세포에서 발현되는 것을 확인하였다. 유전자 수준의 분석에서, METTL20 유전자가 원발 개방각녹내장 (Pcombined = 0.002) 과 정상안압녹내장군 (Pcombined = 0.02)에서 유의한 연관을 보였고 ZNF677 유전자는 고안압녹내장군에서 유의한 연관을 보였다 (Pcombined = 1.5E–06). 타인종에서 원발 개방각녹내장과 연관된 것으로 보고된 유전자 변이 중에서 ATOH7 유전자의 rs1900004 (OR = 1.29, P = 0.0024), CDKN2B-AS1 유전자의 rs1063192 (OR = 0.69, P = 0.0006), rs2157719 (OR = 0.63, P = 0.0007), rs7865618 (OR = 0.63, P = 0.0006) 그리고 SIX1/SIX6 유전자의 rs10483727 (OR = 0.68, P = 7.9E–05)가 원발 개방각녹내장과 유의한 연관을 보였다. 검증코호트에서는 CDKN2B-AS1 유전자의 rs2157719 (OR = 0.72, P = 0.0135), rs1063192 (OR = 0.63, P = 0.0007), rs7865618 (OR = 0.52, P = 0.0004)가 유의한 연관을 보였다. 전체 한국인 코호트 통합 분석에서 CDKN2B-AS1 유전자의 rs1063192 (OR = 0.77, P = 6.0E–05), rs2157719 (OR = 0.63, P = 0.0007), rs7865618 (OR = 0.58, P = 1.9E–06), 그리고 SIX1/SIX6 유전자의 rs10483727 (OR = 0.79, P = 9.4E–05)가 유의하게 원발 개방각녹내장과 연관되었다. 본 연구를 통해 원발 개방각녹내장, 특히 기저안압이 정상범위인 환자들의 유전적 병인에 대한 이해를 높일 것으로 판단된다.Introduction 1 Materials and Methods 4 Results 13 Discussion 39 References 51 Abstract in Korean 60Docto

DAF 공정에서 입자계수기를 통한 플로트 수거장치의 운전진단

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 건설환경공학부, 2014. 8. 한무영.용존공기부상법(Dissolved Air Flotation, DAF)은 미세기포를 이용하여 수중의 입자를 부상시켜 제거하는 공정이다. 이는 일반적으로 급속혼화지, 플록형성지, 기포 발생장치, 부상분리조로 구성된다. 미세기포와 플록이 결합하여 형성된 플로트(float)는 수표면에 축적되며, 이는 수거장치에 의해 연속적으로 혹은 간헐적으로 제거된다. 플로트 수거장치는 반응조 전체에 걸쳐 운전되므로 적절치 못한 운전은 플로트의 침강을 야기하여 전체공정의 효율을 떨어트린다고 알려져 있다. 하지만 관련 연구 및 운전지침이 부족하여, 현장 실무자의 경험에 의존하여 운전되고 있다. 따라서 본 연구의 목적은, 수거장치의 종류(hydraulic, chain-­flight) 별 운전조건 변경에 따른 처리효율 변화를 측정하여 최적 운전조건을 제시하는데 있다. 이를 위해 첫째, 입자의 거동 분석이 가능한 입자계수기(on­-line particle counter)를 적용하여 공정의 효율을 평가하였다. 둘째, 수거장치의 적절한 운전주기를 결정하기 위해 플로트 층의 형성을 분석하였다. 이를 통해 수거장치의 종류별 최적 운전조건을 도출하였다. 연구결과, 다양한 운전조건에 따른 처리효율 변화를 입자계수기를 통해 정밀하게 측정할 수 있었다. 또한 샘플링의 위치별로 입자수를 측정함으로써, 공정 내 입자의 거동을 분석할 수 있었다. 이는 탁도값을 통해 전체공정의 효율을 진단하는 기존의 방법보다 입자계수기를 이용한 방법이 보다 정확함을 의미한다. 플로트 층이 최대로 형성될 수 있는 한계 두께(본 연구에서는 약 8 cm)가 존재하였다. 또한 플로트 층의 두께가 최대로 형성된 시점(본 연구에서는 약 16 분) 이후엔, 유출수의 입자수가 크게 증가하였다. 이는 최대 두께로 형성된 플로트 층에 새로이 부상된 플로트가 결합되지 못하고 하향유속에 의해 유출부로 배출되었기 때문이다. 따라서 플로트 층이 한계 두께로 형성되기 이전에 수거장치를 운전하여, 적절한 플로트 층을 유지하는 것이 필요하다. 수거장치의 종류에 상관없이, 플로트 층이 최대 두께로 형성되는데 소요되는 시간 보다 짧은 주기로 운전할 때 유출수의 입자수가 안정적으로 나타났다. 또한 운전주기가 길어질수록 공정의 처리효율이 높게 관찰되었다. 이는 충분한 시간동안 플로트가 농축되어 수거장치의 운전에 의한 충격에 견디는 것으로 판단된다. 본 연구 결과는 DAF 공정에서 플로트 수거장치의 운전을 최적화하기 위한 기초적인 자료로 사용할 수 있을 것이다. 또한 입자계수기를 이용한 처리효율 측정방법은 수거장치 뿐 만 아니라 다른 구성요소의 운전을 진단하고 최적화하는데 활용할 수 있을 것으로 기대된다.1. 서론 1 1.1 연구배경 1 1.2 연구목적 2 2. 문헌 고찰 및 이론적 연구 3 2.1 용존공기부상법(Dissolved Air Flotation) 3 2.1.1 용존공기부상법의 개요 3 2.1.2 용존공기부상법의 운전조건 4 2.2 용존공기부상법의 이론 6 2.2.1 용존공기부상의 이론의 발전 6 2.2.2 용존공기부상의 이론 9 2.3 DAF 분리조 내의 흐름 특성 16 2.4 플로트 수거장치 18 2.4.1 플로트 수거장치의 종류 및 특징 18 2.4.2 플로트 수거장치의 설계지침 21 3. 실험장치 및 방법 22 3.1 실험장치 22 3.1.1 플록형성지(flocculation basin) 22 3.1.2 반응조(reactor) 23 3.1.3 플로트 수거장치(float removal system) 25 3.2 실험방법 27 3.2.1 입자 개수 측정 27 3.2.2 탁도 측정 28 4. 입자계수기를 통한 DAF 공정의 진단 30 4.1 서론 30 4.2 실험방법 및 내용 30 4.3 실험결과 33 4.3.1 DAF 공정에서 반응조 내 입자 변화 33 4.3.2 DAF 공정에서 유출수 입자 변화 35 5. DAF 공정에서 반응조 내 플로트 층 형성 36 5.1 서론 36 5.2 실험방법 및 내용 36 5.3 실험결과 38 5.3.1 플로트 층 두께변화 38 5.3.2 플로트 층 형성에 따른 유출수 입자 변화 39 6. 다양한 플로트 수거장치의 운전 최적화 40 6.1 서론 40 6.2 실험방법 및 내용 40 6.2.1 Chain­flight 수거장치의 운전조건 40 6.2.2 Hydraulic 수거장치의 운전조건 42 6.3 실험결과 44 6.3.1 Chain­flight 운전에 따른 유출수 입자 변화 44 6.3.2 Hydraulic 운전에 따른 유출수 입자 변화 47 7. 결론 50 8. 참고문헌 52Maste

내 글쓰기의 세 가지 원칙

대학에 올라와서야 완결된 형태의 글이라는 것을 처음으로 써보게 된 나는, 해가 거듭될수록 그 정도를 더해가는 어떤 역설 때문에 힘들어했다. 더 많이 배우고 느낄수록, 글쓰기가 점점 더 어려워진다. 글을 쓰거나 읽은 경험이 쌓임에 따라 자기 글에 대한 기대치가 높아지기 때문이라고도 생각했다. 하지만 새롭게 알게 된 것을 글로 표현하려 했을 때에도 내가 이전과 똑같은 말만을 반복하고 있을 뿐이라는 것을 깨달았을 때는 꽤나 당혹스러웠다. 그러니까 기대치고 뭐고 글쓰기 자체가 제자리걸음을 하고 있었던 것이다

인체타액의 보관이 DNA 분리와 안정도에 미치는 영향

Thesis(doctoral)--서울대학교 대학원 :치의학과 구강내과·진단학전공 ,2005.Docto

(The) effects of cortisone acetate on the rat placenta

의학과/박사[한글] [영문] Glucocorticoids, such as cortisone have been known to be teratogenic in mice and also induce reabsorption and abortion of the fetus in pregnant rabbits, rats, mice, and guinea pigs(Domm and Leroy, 1951; Leroy and Domm, 1951; DeCosta and Abelman, 1952; Robson and Sharaf, 1952; Lee and Ring, 1956; Ingallis and Curley, 1957). But, it is not known whether cortisone produces fetal malformation by direct action on the embryo or through some action on the pregnant female (Kalter, 1965). However the fact that fertility as well as uterine, placental, and fetal development is in several ways dependent upon maternal adrenocorticoid hormone production is now well documented (Amoroso, 1955). To date, only a few investigators have recorded cortisone-induced morphological changes in the placentas of experimental animals. The present study is an attempt to investigate the probable site of influence in the placenta by cortisone, that could be related to fetal death, reabsorption, using the light and electron microscopic examinations in albino rats. Materials and Methods Female albino rats weighing around 200 gms. were used for the experiment and mated. The pregnant females were divided into two groups as follows. Group Ⅰ: Normal control (35 pregnant rats) Group Ⅱ: Cortisone treated (35 pregnant rats) Each group was subdivided into seven groups. In the experimental group, daily dose of 5 mg of cortisone acetate per animal was given intramuscularly. The placentas were obtained on the 10th, 12th, 14th, 16th, 18th, 19th, and 20th day of the pregnancy in both experimental and control groups. For histologic examination the routine hematoxylin-eosin staining method was performed, and PAS staining method for mucopolysaccharide and glycogen, methyl-green pyronin staining method for RNA, and reticulum staining method for reticulum fiber was also applied. For the electron microscopic examination the tissue was fixed in 1% osmium tetraoxide in phosphate buffer of pH 7.4 for 2 hours, and embedded in Epon 812 after dehydration. Sections were made with a glass knife of 400 to 500 A in thickness and stained with uranyl acetate and lead hydroxide. Observations were made with Hitachi HU 11-E model electron microscope. The following results were made in observation of the placental changes of the pregnant rats treated with cortisone acetate by the light and electron microscopy. 1) The wet placental weights of cortisone-treated groups were decreased in comparison with that of the control group. 2) In cortisone-treated groups even though the morphologic changes of vitelline membrane and junctional zone of the placenta were not much different from those of the control group, the placental labyrinth showed early congestion and atrophy, with early degenerative changes of trophoblasts. 3) The positive periodic acid Schiff stained material in the trophoblasts of the rat placenta treated with cortisone was relatively decreased at the late gestational period. Meanwhile the methyl-green pyronin reaction of trophoblasts in those group showed decreased reaction of trophoblasts in early phase of placental formation. 4) The dilatation of rough endoplasmic reticulum and detachment of ribosomes in trophoblasts of early placental formation were found by electron microscopy. On the basis of the above findings the cortisone induces marked congestion of placental labyrinth, atrophy and degeneration of trophoblasts, decreased positive meterial of PAS, and interference of protein synthesis in the rat placenta. It is speculated that those changes might be related with the death, abortion and reabsorption of the fetus.restrictio

A Study on synovial fluid analysis of chronic TMD and effects of pumping technique 만성 악관절장애환자의 활액분석 및 악관절 도약술의 효과에 관한 연구

Thesis (master`s)--:서울대학교 대학원 :치의학과 구강내과.진단학전공,1998.Maste

Study on Aristotles explanation of akrasia

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 철학과(서양철학전공), 2011.2. 강상진.Maste

연속식 투수성반응벽체의 활용을 위한 제올라이트와 제강슬래그를 이용한 복합오염물질 제거능평가

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 건설환경공학부, 2012. 2. 박준범.Artificial island is constructed with dredged materials and landfill waste. However these materials could be considered as the main sources for contamination as they might contain ammonium, cadmuim and phosphate. Also previous researchers show that costal sediments in South Korea were contaminated by ammonium, phosphate and cadmium (Song, 2003). Littoral area of sea could be happened by sudden accident but almost all contamination are caused by artificial behavior. Double sheeted permeable reactive barrier system containing zeolite and steel making slag is possible to be applied to filter multiple contaminants at the same time. Sequential batch test was firstly performed to select reaction order between zeolite and slag (Test ZS), slag and zeolite (Test SZ) and mixed two materials. In case of phosphate and cadmium removal rate (%), there was no difference between two modules. However in case of ammonium removal rate (%), test ZS showed better removal rate than that of Mixed and test SZ. Column test 1 was performed to reconfirm removal efficiency depending on reaction order under flow through condition. Among three test methods in sequential batch test, two test mothods, test ZS and test SZ, which showed highest and lowest removal efficiency of ammonium, were tested. Because lower removal efficiency of ammonium than that of other contaminant in sequential batch test was obtained, only ammonium breakthrough curve was obtain in column test 1. The result was analyzed by two-site nonequilibrium model and it showed high reliability (R2). Test ZS showed high removal efficiency than that of test SZ and it was similar to sequential batch test. Column test 2 was performed to evaluate removal efficiency of multiple contaminants by column test ZS which consists of different depth of zeolite and steel making slag under flow-through condition. In this test four test methods, 10:0, 8:2, 5:5, 7:3, were tested and through obtained breakthrough curve, retardation factor (Rf) partitioning coefficient (β), and mass transfer coefficient (ω) were analyzed. In the case of ammonium, breakthrough curve was delayed more with increasing zeolite depth and retardation factor (Rf) of 10:0, 8:2, 5:5, 3:7 were 185.9, 111.2, 109.1, 67.3. In the case of phophate, breakthrough curve was delayed more with decreasing zeolite depth and retardation factor (Rf) of 10:0, 8:2, 5:5, 3:7 were 0, 38.25, 120, 122.4. In the case of cadmuim, breakthrough curve was delayed more with decreasing zeolite depth and retardation factor (Rf) of 10:0, 8:2, 5:5, 3:7 were 48.95, 101.3, 156.1, 207.1. After column test 2, linear relationship between Rf, ω and β and it is possible to predict other column test method parameter without other tests.Maste

The effect of pre-strain on the high and low cycle fatigue properties of cold worked Fe-18Mn-0.2Si-0.03Al TWIP steel

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