基于数据挖掘分析PEG3基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:阐述印迹基因PEG3在肾细胞癌中的表达及意义。方法:利用Oncomine数据库及GEPIA分析PEG3在肾透明细胞癌组织中的表达情况;利用KM-Plotter做PEG3与肾透明细胞癌患者生存期的相关性分析,经Meth HC分析PEG3启动子区甲基化水平,String-DB数据库分析PEG3相互作用蛋白;通过The Human Protein Atlas分析PEG3蛋白在肾透明细胞癌中的蛋白表达情况。结果 :在mRNA水平上,PEG3在肾透明细胞癌中较正常肾组织显著低表达,表达水平与肾癌预后呈负相关(Log-rank P=0.001 1),PEG3蛋白在肾透明细胞癌中也较正常肾脏组织低表达,且其启动子甲基化水平则显著增高。与PEG3相关蛋白有NLRP7、MEST、SIAH1、PEG10、CDC25 B等,可能参与细胞有丝分裂周期调节及遗传印迹等细胞功能。结论 :通过肿瘤基因数据库信息挖掘发现,PEG3在肾透明细胞癌组织中呈低表达,且与患者生存期有关,将为后续的肿瘤研究提供重要的理论依据。国家自然科学基金(编号:81570748,81370948

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。国家自然科学基金项目(81370948;81570748

pBR322-Red Mediated Gene Knockin,Sites and Expression in E.coli Chromosome

应用pBR322-Red介导的重组工程系统,kan/sacB选择反选择系统,双链线性DNA重组技术和重叠引物介导的DNA重组技术,将长度为1 653 bp的luc报告基因分别敲入到E.coliW 3110染色体lacZ,lacY和lacA基因的位置,建立了一系列具有新遗传表型的菌株:CWL2、CWL4和CWL6。荧光素酶分析表明,外源报告基因luc能在这3个结构基因处有效的组成型表达。为了进一步确定外源基因的表达情况,用霍乱毒素B亚单位基因ctxb替换了lacZ基因,构建了新菌株CWD1。证明了以单拷贝形式存在在大肠杆菌染色体CWD1上的ctxb基因能有效的表达CTB蛋白并能将其分泌至细胞外培养液中。结果初步确定了大肠杆菌染色体上的lac操纵子结构基因位点适合外源基因的敲入和表达。Genes lacZ,lacY and lacA in the lac opron of E.coli chromosome were respectively substituted with gene luc by using plasmid pBR322-Red,selection-counterselection system kan/sacB and various strategies of Red homologous recombination including Red mediated linearized double-stranded DNA homologous recombination and Red mediated recombineering with overlapping single stranded DNA oligonucleotides.Then,a series of new strains,CWL2,CWL4 and CWL6,were constructed and we found that they can express protein Luc efficiently.To further study the expression of exogenous genes at the site of lacZ,we have constructed a strain named CWD1 by knockin the cholera toxin B subunit(ctxb) gene at the lacZ site,then we found that CWD1 can express protein CTB efficiently and CTB was secreted out of the cell.So we assured that the sites of structure genes in the lac operon of Escherichia coli chromosome were suitable for expressing foreign genes.军队“十五”医药卫生科学基金资助(编号:01MA089)~

基于内毒素血症探讨皂术茵陈方对非酒精性脂肪性肝炎大鼠的影响

目的 基于内毒素血症探讨皂术茵陈方防治非酒精性脂肪性肝炎(NASH)大鼠的影响及其作用机制。方法 采用随机数字表法将40只大鼠分为5组,即正常组、模型组、皂术茵陈方组、盐酸吡格列酮组及培菲康组,每组8只。除正常组外,其余32只大鼠采用高脂饮食16周建立大鼠NASH模型,在造模第9周开始,皂术茵陈方组给予皂术茵陈方水提液60 mg/(kg·d)灌胃,盐酸吡格列酮组给予盐酸吡格列酮10 mg/(kg·d)灌胃,培菲康组给予培菲康210 mg/(kg·d)灌胃,正常组及模型组均给予双蒸水10 mL/(kg·d)灌胃,共治疗8周。第16周末经腹主动脉取血,生化法检测肝组织甘油三酯(TG)水平,苏木精—伊红(HE)染色观察肝组织病理学变化。终点显色法检测血浆内毒素(LPS)含量。ELISA法检测肝组织肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素(IL)-1β、IL-6等炎症因子的表达水平。结果 与正常组比较,模型组大鼠肝组织显示出典型的NASH组织学特征,出现重度脂肪变性,不同程度的炎细胞浸润和坏死灶。大鼠肝湿重、肝指数、肝脏TG含量、血浆LPS水平、肝组织TNF-α、IL-1β、IL-6等炎症因..

秸秆分层多级转化液体燃料新工艺的研究进展

目前,秸秆主要作为性质单一组分的纤维素原料而采用生物转化法或快速热解法加以利用。生物转化法主要利用纤维素,而利用木质素和半纤维素较困难;快速热解生物质又使部分组分低值利用,而且得到的生物油品质低。为解决单一的生物或热转化方式存在的问题,提出秸秆分层多级转化液体燃料的新构思,即以秸秆“组分分离、分级定向转化”为核心,将生物转化和热转化有机结合多级转化生产燃料酒精与生物油。研究结果表明,秸秆经过汽爆处理后,采用高浓度发酵 分离乙醇耦合系统,可降低纤维素酶用量,提高了纤维素酶解效率,而且简化操作过程,使蒸馏前乙醇浓度达到6 0 %以上。发酵乙醇剩余物再经热解后,不但热解温度较原秸秆明显降低,而且所得生物油品质有了明显改观

纤维素酶气相双动态固态发酵

为了充分利用纤维素酶固态发酵的优势，提出了纤维素酶气相双动态固态发酵的方式，研究结果表明：在优化条件下（最佳压力脉冲范围、脉冲频率及气体内循环速率），发酵温度得到较好地控制，9．0cm高的填料层中最大温度梯度为0．12℃/cm，以汽爆秸秆为底物，发酵水活度得到较好的保持；动态培养发酵周期（60h)比静态发酵周期（84h)缩短了1／3，酶活（20．36IU／g)比静态酶活（10．82IU／g)提高了1倍，压力脉动固态培养的料层上中下微生物生长状况均匀一致，且疏松，而静态固态发酵的料层中部几乎没有菌体生长，利用气相双动态固态发酵可为纤维素酶大规模生产奠定基础

固态发酵技术在资源环境中的应用

发酵工程是生物技术的瓶颈，固态发酵作为发酵工程一个重要的部分，在资源环境应用研究方面取得了重要进展，主要表现在生物燃料，生物农药，生物转化，生物解毒及生物修复等领域，解决了能源危机，治理环境污染等问题，综述了近几年固态发酵技术在资源环境领域应用中一些重要的发展

固态发酵工程研究进展

最近十年中 ,由于能源危机与环境问题的日益严重 ,曾被人们冷落的固态发酵再次引起人们的兴趣 ,固态发酵工程在基质特性、染菌控制、水活度的控制、pH的调控、传质与传热等领域的研究取得了较大的进展。论文着重综述最近固态发酵工程在上述领域取得的一些重大的发展 ,探讨了固态发酵过程控制参数特征及其控制策

纤维素酶气相双动态固态发酵

为了充分利用纤维素酶固态发酵的优势 ,提出了纤维素酶气相双动态固态发酵的方式 .研究结果表明 :在优化条件下 (最佳压力脉冲范围、脉冲频率及气体内循环速率 ) ,发酵温度得到较好地控制 ,9 0cm高的填料层中最大温度梯度为 0 1 2℃ /cm ;以汽爆秸秆为底物 ,发酵水活度得到较好的保持 ;动态培养发酵周期 (60h)比静态发酵周期 (84h)缩短了 1 /3 ,酶活 (2 0 3 6IU/g)比静态酶活 (1 0 82IU/g)提高了 1倍 ,压力脉动固态培养的料层上中下微生物生长状况均匀一致 ,且疏松 ,而静态固态发酵的料层中部几乎没有菌体生长 .利用气相双动态固态发酵可为纤维素酶大规模生产奠定基

固态发酵工程研究进展

最近十年中，由于能源危机与环境问题的日益严重，曾被人们冷落的固态发酵再次引起人们的兴趣，固态发酵工程在基质特性，染菌控制，水活度的控制,pH的调控，传质与传热等领域的研究取得了较大的进展，论文着重综述最近固态发酵工程在上述领域取得的一些重大的发展，探讨了固态发酵过程控制参数特征及其控制策略