肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA预测分析

【目的】筛选肾透明细胞癌(ccRCC)中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA,寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物。【方法】通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集,对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因,并利用mirDIP数据库和STARBASE数据库对核心基因上游的miRNA和lncRNA进行预测。【结果】共筛选出427个差异表达基因,这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性、受体活性和细胞黏附分子活性等功能相关,KEGG信号通路富集结果则表明其主要与PPAR、Rap1以及细胞因子受体相互作用等信号通路相关。从这些差异表达基因中筛选出11个核心基因,并预测到134个相应miRNA,接着对5个与ccRCC总体生存率相关的miRNA在STARBASE中共预测到6个相应lncRNA。最后将lncRNA、miRNA、核心基因以及相应信号通路在CYTOSCAPE中构建出一个互作网络。【结论】利用生物信息学技术将TCGA数据库与GEO数据库结合起来,筛选出ccRCC中差异表达基因,并对其中的核心基因进行miRNA与lncRNA预测分析,为后续找到可用于ccRCC临床诊断的靶标与治疗的靶点提供了有力帮助。国家自然科学基金(81570748);;福州总医院杰出青年培养专项(2017Q05

肾透明细胞癌Caki-1细胞系差异表达基因的生物信息学分析

目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因(DEGs),寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、STRING以及Cytoscape进行综合分析并筛选出核心基因。最后使用Fun Rich等软件对筛选出的核心基因进行GO和KEGG富集分析。结果共筛选出562个DEGs,其中上调基因345个,下调基因217个。进一步使用MCODE筛选出36个关键基因,GO功能分析发现这些基因与细胞粘附分子活性、趋化因子活性、细胞通讯和信号转导等密切相关;KEGG通路富集结果则表明差异基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路以及NF-κB信号通路等多种与肿瘤相关的通路上。结论运用生物信息学方法筛选出肾透明细胞癌Caki-1细胞系中DEGs,其中数个核心基因广泛参与多种肿瘤的病理进程,但尚未在肾透明细胞癌有相关研究报道,提示其可能是治疗肾透明细胞癌的潜在靶点。国家自然科学基金(81570748);;福州总医院杰出青年培养专项(2017Q05

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。国家自然科学基金项目(81370948;81570748

基于数据挖掘分析PEG3基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:阐述印迹基因PEG3在肾细胞癌中的表达及意义。方法:利用Oncomine数据库及GEPIA分析PEG3在肾透明细胞癌组织中的表达情况;利用KM-Plotter做PEG3与肾透明细胞癌患者生存期的相关性分析,经Meth HC分析PEG3启动子区甲基化水平,String-DB数据库分析PEG3相互作用蛋白;通过The Human Protein Atlas分析PEG3蛋白在肾透明细胞癌中的蛋白表达情况。结果 :在mRNA水平上,PEG3在肾透明细胞癌中较正常肾组织显著低表达,表达水平与肾癌预后呈负相关(Log-rank P=0.001 1),PEG3蛋白在肾透明细胞癌中也较正常肾脏组织低表达,且其启动子甲基化水平则显著增高。与PEG3相关蛋白有NLRP7、MEST、SIAH1、PEG10、CDC25 B等,可能参与细胞有丝分裂周期调节及遗传印迹等细胞功能。结论 :通过肿瘤基因数据库信息挖掘发现,PEG3在肾透明细胞癌组织中呈低表达,且与患者生存期有关,将为后续的肿瘤研究提供重要的理论依据。国家自然科学基金(编号:81570748,81370948

Promotion of proliferation of luminal B breast cancer cells by mesenchymal stem cells and its underlying molecular mechanisms

目的分析人脐带间充质干细胞(hUC-MSCs)对Luminal B型乳腺癌细胞生长增殖的影响,并初步探讨其可能的分子机理。方法绿色荧光蛋白(GFP)和荧光素酶共表达慢病毒感染人Luminal B型乳腺癌细胞BT474,并经嘌呤霉素筛选两周后,于荧光显微镜下观察GFP的表达情况,IVIS Kinetic成像系统拍照以观察和记录慢病毒感染后BT474细胞荧光素酶的表达情况;荧光显微镜下直接观察,结合MTS实验分析hUC-MSCs共培养或其浓缩上清处理对GFP和荧光素酶共表达BT474细胞生长增殖的影响;Western blot法检测hUC-MSCs浓缩上清处理对BT474细胞Akt和MAPK信号通路激活情况以及下游细胞周期调控蛋白Cyclin D1表达的影响;常规RT-PCR法检测hUC-MSCs中NRG-1、NRG-2、IGF-Ⅰ、IGF-Ⅱ和EGF等配体的表达。荧光素酶表达强度与细胞数量的相关性经由Excel软件行统计学分析,MTS实验数据则经由SPSS13.0统计软件行统计学分析。结果荧光显微镜和IVIS Kinetic成像系统的观察结果分别证实,GFP和荧光素酶经慢病毒载体系统的介导可在BT474细胞中成功地共表达,且荧光素酶的表达强度与细胞数量呈直线相关。MSCs共培养或其浓缩上清处理均可显著促进Luminal B型乳腺癌细胞BT474的生长增殖,其细胞存活比例分别为各自对照组的148.06%(P<0.005)和147.99%(P<0.001);MSCs浓缩上清处理同时激活BT474细胞内Akt和MAPK信号通路,并上调细胞周期调控蛋白Cyclin D1表达。此外,RT-PCR结果显示,hUC-MSCs中NRG-1和EGF的mRNAs水平呈高表达,而NRG-2、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ等配体的mRNAs表达也可见。结论 MSCs可通过表达并分泌NRG-1等配体,从而激活Luminal B型乳腺癌细胞BT474的下游Akt和MAPK信号转导通路以上调细胞周期调控蛋白Cyclin D1的表达,进而促进其生长增殖。Objective To investigate the effect of human umbilical cord mesenchymal stem cells(hUC-MSCs) on proliferation of luminal B breast cancer cells and its underlying molecular mechanisms. Methods Human luminal B breast cancer cells BT474 were infected with GFP and luciferase co-expressing lentiviruses and then subjected for selection with Puromycin for 2 weeks. The expression of GFP and luciferase was detected by fluorescent microscopy and IVIS Kinetic image system, respectively. The effect of coculture or treatment with conditioned medium of hUCMSCs on proliferation of BT474 was analyzed with MTS assay. Western blot was carried out to detect the effect of treatment with conditioned medium of hUC-MSCs on the activation of both Akt and MAPK signalings in BT474, as well as the expression of downstream cell cycle regulator Cyclin D1. Regular RT-PCR was applied to analyze the mRNAs expression of ligands such as NRG-1, NRG-2, IGF-Ⅰ, IGF-Ⅱ, and EGF in hUC-MSCs. The correlation between relative luciferase activity and cell number was analyzed with Excel software, while MTS assay data was statistically analyzed with SPSS 13.0 software. Results The co-expression of GFP and luciferase in BT474 via lentiviral expression system was visualized by fluorescent microscopy and IVIS Kinetic image system. The linear correlation between relative luciferase activity and cell number was determined by curve fitting analysis. Coculture or treatment with conditioned medium of hUC-MSC significantly promoted the proliferation of BT474, with survival rates being 148.06 %(P < 0.005)and 147.99 %(P < 0.001)of control, respectively. In addition, treatment with conditioned medium of hUC-MSC was shown to induce activation of both Akt and MAPK signalings, which further upregulated the expression of Cyclin D1. Moreover, high mRNAs expression levels of both NRG-1 and EGF, as well as moderate mRNAs expression levels NRG-2, IGF-Ⅰ, and IGF-Ⅱ were showed by RT-PCR. Conclusion Our results here demonstrated that MSCs may promote the proliferation of luminal B breast cancer cells through paracrine of ligands such as NRG-1, which in turn results in the activation of both Akt and MAPK signalings and upregulation of the expression of Cyclin D1.国家自然科学基金面上项目(81272922);; 福建省自然科学基金面上项目(2016J01577);; 福州总医院院内课题国际合作研究专项(2015G01

Thinking about Improving the Employ Ability of Students Major in Administrative Management from Colleges and Universities in Ethnic Minority Areas --Base on the Surveys on Administrative--management--major Students from Guangxi University for Nationalities

本文通过对广西民族大学行政管理专业就业问题问卷调查的统计分析，分析其就业竞争力不强的原因，提出教改措施，以推动民族地区高校行政管理专业更加适应时代发展需要，加快民族地区社会经济的发展。 This paper analyzes statistically the questionnaire surveys about the employment problem of the administrative management students from Guangxi University for Nationalities, finds out the reasons why they have low employment rate,and proposes some reform measures in order to urge the administrative management major of colleges and universities form ethnic minority areas to meet the needs of the times and to speed up socio--economic development in ethnic minority areas.广西区教育厅新世纪教改工程“十一五”第二批立项项目“民族地区高校行政管理专业课程与教学改革问题研究”(桂教高教(2006)194

三峡水库蓄水后期香溪河库湾浮游甲壳动物群落结构

为了解三峡水库蓄水后期香溪河库湾浮游甲壳动物群落结构及其时空变化,于2015年1月至2017年12月对香溪河库湾浮游甲壳动物进行了逐月采样分析。共鉴定出浮游甲壳动物23种,其中枝角类10种,桡足类13种。出现频率较高的物种均为长江流域常见种,生物量和密度峰值分别出现在5月和6月,在1月和2月则未能采集到标本,生物量和密度在年际间差异显著,但群落组成差异不显著,群落季节变化规律表现为春季-夏季以蚤状溞(Daphnia pulex)和僧帽溞(Daphnia cucullata)大型枝角类占优势,秋季以简弧象鼻溞(Bosmina coregoni)小型种占优势。库中生物多样性指数高于库首和库尾,库首和库尾生物多样性指数差异不明显,生物多样性在季节上同样具有一定差异。CCA分析表明水温、叶绿素浓度和水深是解释浮游甲壳动物群落变化重要因素。我们的研究结果表明尽管香溪河库湾营养盐、水温、浮游甲壳动物生物量和密度均未达到稳定状态,但群落组成在年际间无显著性差异,浮游甲壳动物物种丰富度也高于蓄水初期,生物多样性指数存在一定的时空差异,适当程度的干扰有利于维持浮游甲壳动物较高的生物多样性

三峡水库蓄水后期香溪河库湾浮游甲壳动物群落结构

为了解三峡水库蓄水后期香溪河库湾浮游甲壳动物群落结构及其时空变化,于2015年1月至2017年12月对香溪河库湾浮游甲壳动物进行了逐月采样分析。共鉴定出浮游甲壳动物23种,其中枝角类10种,桡足类13种。出现频率较高的物种均为长江流域常见种,生物量和密度峰值分别出现在5月和6月,在1月和2月则未能采集到标本,生物量和密度在年际间差异显著,但群落组成差异不显著,群落季节变化规律表现为春季-夏季以蚤状溞(Daphnia pulex)和僧帽溞(Daphnia cucullata)大型枝角类占优势,秋季以简弧象鼻溞(Bosmina coregoni)小型种占优势。库中生物多样性指数高于库首和库尾,库首和库尾生物多样性指数差异不明显,生物多样性在季节上同样具有一定差异。CCA分析表明水温、叶绿素浓度和水深是解释浮游甲壳动物群落变化重要因素。我们的研究结果表明尽管香溪河库湾营养盐、水温、浮游甲壳动物生物量和密度均未达到稳定状态,但群落组成在年际间无显著性差异,浮游甲壳动物物种丰富度也高于蓄水初期,生物多样性指数存在一定的时空差异,适当程度的干扰有利于维持浮游甲壳动物较高的生物多样性