Rn-18, Hiv-1 Vif-Apobec3g İnhibitörünün Karakterizasyonu Ve Dft Yöntemiyle Moleküler Modellenmesi

RN-18, HIV-1 Vif-APOBEC3G eksen inhibitör çalışmalarında yapı-aktivite ilişkisini ve optimizasyonunu tarif etmekte kullanılır. RN-18 halkasının C, B halkası, A halkasının, köprü A-B ve köprü B-C hedefli modifikasyonlarının benzeri (4g ve 4i) ve geliştirilmiş 5, 8b ve 11 ile yeni inhibitörleri oluşturan çok önemli yapısal özelliklerini belirlemek için faaliyetleri gerçekleştirilmiştir. RN-18 analogları, iki etkili suda çözünür, aynı zamanda 17 ve 19’ların sonucunda ortaya çıkmıştir ve bu bileşik 19 ile farmakolojik çalışmaların sonuçlarını açıklamıştır. Bu çalışmada ise bulgular sonucunda hedef RN-18 protein ve analoglarının tanımlanması için daha etkili inhibitörler geliştirilmiştir. Sentez sırasında etkili olan yeni inhibitorleri geliştirmek için yapısal temel anlama üzerinde durulmuştur. Böylece A3G katalitik alanı yapısı önermek için RN-18 proteinden yola çıkılıp bir homoloji modelleme yaklaşımı yapılarak, HIV-1 viral enfeksiyon faktörlerine karşı küçük molekül inhibitörlerinin keşifleri geliştirilmiştir. Kuantum mekaniksel hesaplar gaz fazında yoğunluk fonksiyoneli teorisi DFT/B3LYP/631G* yöntemiyle yapılmıştır ve her molekülün optimum geometrik parametreleri termodinamik ve elektronik özellikleri hesaplanmıştır. Kemoterapilerde özellikle, HIV-1 ters transkriptaz proteaz ve HIV-1 proteini hedef inhibisyonunda, kazanılmış bağışıklık eksikliği sendromu (AIDS) hastaların hayatlarını uzatmak için yardımcı olmuştur. HIV-1 replikasyonunun yüksek oranda ortaya çıkması, Anti-HIV’in kemoterapi alanında ilaca direnç gösteren türleri ortaya çıkartmıştır. HIV-1 (MDR) ilacı HIV-1 MDR mutantlarına önemli ölçüde karşı direnç sağlamıştır. Sonuç olarak, sonuçlar VIF-APOBEC3G etkileşimi hedefleyen molekülleri optimize etmek ve yeni anti HIV ilaçların gelişiminde yol göstermek için kullanılabilir. Bu çalışma bilim açısından önemli bir yer edinecektir

Prevalence of iron deficiency anemia in school children in Manisa

emir eksikliği anemisi (DEA), çocukluk çağının en sık karşılaşılan sağlık sorunlarından biridir. Manisa il merkezinde ilköğretim çocuklarında demir eksikliği anemisi prevalansını saptamak ve tarama testi olarak hemoglobin, RDW ve ferritin’in değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya Manisa il merkezinde 2004-2005 öğretim yılında ilköğretim okullarının 1.-5. sınıflarına devam eden 7-11 yaş arasındaki öğrenciler alındı. Çalışmada 437’si erkek, 411’i kız olmak üzere toplam 848 öğrenci rasgele örneklem yöntemiyle seçildi. Tüm çocuklara sosyodemografik özellikleri ile ilgili anket uygulandı ve hemogram, ferritin, serum demir ve demir bağlama kapasiteleri çalışıldı. Toplam 848 çocuktan 12 sinde demir eksikliği anemisi saptandı ve prevalans %1.4 olarak hesaplandı. Anemi olmaksızın sadece demir eksikliği (DE) ise 199 (%24.7) çocukta tespit edildi. Sadece hematolojik parametrelerin (Hb, RDW) değerlendirilmesi ile demir eksikliği anemisi tanısı konulmasında sensitivite %91.7, spesifisite %98.0 olarak belirlenirken, pozitif prediktif değeri %40.7 ve negatif prediktif değeri %99.9 idi. Sadece RDW yüksekliği ile değerlendirilme yapıldığında ise bu oranlar daha düşük bulundu. Demir eksikliği anemisi saptamada tarama testi olarak sadece hemoglobin ve RDW’nin yeterli olmadığı, serum ferritin düzeyi ile birlikte değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varıldı. DIron deficiency anemia is one of the common health problems during childhood. This study was carried out to determine the prevalence of iron deficiency anemia in school children and to evaluate the results of hemoglobin, RDW and ferritin levels for diagnosis of iron deficiency anemia. Children between 7-11 years of age living in Manisa were selected for this study. Students going to 1st-5th classes of primary school during 2004-2005 were selected as study population. 848 children (437 boys and 411 girls) were selected randomly. Formal permission was taken from The Ministry of Education, school managers and all families. A questionnaire related with sociodemographic properties was applied, anthropometric measurements were done and school performance of children was evaluated by their teacher. Blood for hemogram, ferritin serum iron and iron binding capacity was obtained from all children by pediatric nurses with the supervision of a pediatrician. Serum samples were studied at Celal Bayar University. Iron deficiency anemia was diagnosed if hemoglobin (Hb) was lower than -2 SD according to sex and age (for this age group Hb<11 g/dl) and ferritin<20 ng/ml. With this criteria 12 of 848 children were selected and the prevalence of iron deficiency anemia for this age group was detected as 1,4 %. Ferritin < 20ng/ml was accepted as iron deficiency. According to this criterion 199 (24.7 %) children had iron deficiency. Diagnosis of iron deficiency anemia with complete blood count parameters had sensitivity and specificity of 91.7 % and 98.0 %, positive and negative predictive value of these parameters were found 40.7 % and 99.9 % respectively. When only RDW was taken these values were lower. If complete blood count parameters and high RDW values were used as screening tests for detection of iron deficiency anemia, the results did not reflect real numbers. As a conclusion, complete blood count parameters and serum ferritin levels must be evaluated together.

HIV-1 VİF-APOBEC3G AXIS INHIBITOR CHARACTERIZATION AND MOLECULAR MODELING WITH DFT METHOD

RN-18, HIV-1 Vif-APOBEC3G eksen inhibitör çalışmalarında yapı-aktivite ilişkisini ve optimizasyonunu tarif etmekte kullanılır. RN-18 halkasının C, B halkası, A halkasının, köprü A-B ve köprü B-C hedefli modifikasyonlarının benzeri (4g ve 4i) ve geliştirilmiş 5, 8b ve 11 ile yeni inhibitörleri oluşturan çok önemli yapısal özelliklerini belirlemek için faaliyetleri gerçekleştirilmiştir. RN-18 analogları, iki etkili suda çözünür, aynı zamanda 17 ve 19’ların sonucunda ortaya çıkmıştir ve bu bileşik 19 ile farmakolojik çalışmaların sonuçlarını açıklamıştır. Bu çalışmada ise bulgular sonucunda hedef RN-18 protein ve analoglarının tanımlanması için daha etkili inhibitörler geliştirilmiştir. Sentez sırasında etkili olan yeni inhibitorleri geliştirmek için yapısal temel anlama üzerinde durulmuştur. Böylece A3G katalitik alanı yapısı önermek için RN-18 proteinden yola çıkılıp bir homoloji modelleme yaklaşımı yapılarak, HIV-1 viral enfeksiyon faktörlerine karşı küçük molekül inhibitörlerinin keşifleri geliştirilmiştir. Kuantum mekaniksel hesaplar gaz fazında yoğunluk fonksiyoneli teorisi DFT/B3LYP/631G* yöntemiyle yapılmıştır ve her molekülün optimum geometrik parametreleri termodinamik ve elektronik özellikleri hesaplanmıştır. Kemoterapilerde özellikle, HIV-1 ters transkriptaz proteaz ve HIV-1 proteini hedef inhibisyonunda, kazanılmış bağışıklık eksikliği sendromu (AIDS) hastaların hayatlarını uzatmak için yardımcı olmuştur. HIV-1 replikasyonunun yüksek oranda ortaya çıkması, Anti-HIV’in kemoterapi alanında ilaca direnç gösteren türleri ortaya çıkartmıştır. HIV-1 (MDR) ilacı HIV-1 MDR mutantlarına önemli ölçüde karşı direnç sağlamıştır. Sonuç olarak, sonuçlar VIF-APOBEC3G etkileşimi hedefleyen molekülleri optimize etmek ve yeni anti HIV ilaçların gelişiminde yol göstermek için kullanılabilir. Bu çalışma bilim açısından önemli bir yer edinecektir.RN-18, HIV-1 Vif-APOBEC3G axis inhibitor studies of structure-activity relationships and used to describe the optimization. Targeted modifications of RN-18 ring C, ring B, ring A, bridge A-B, and bridge B-C were performed to identify the crucial structural features, which generated new inhibitors with similar (4g and 4i) and improved (5,8b, and 11) activities. Two potent water-soluble RN-18 analogues, 17 and 19, are also disclosed, and we describe the results of pharmacological studies with compound 19. In this study, the finding result the target protein of RN-18 and analogues have been developed more effective inhibitors for identification. Focused on understanding the structural basis for developing new inhibitors that are effective during synthesis. Thus, to suggest that the structure of the catalytic domain of A3G RNA-18 road exiting from making a protein homology modeling approach, the discovery of small molecule inhibitors have been developed against HIV-1 viral infectivity factor. Calculations were carried out using the Density Functional Theory DFT/B3LYP/6-31G* levels. For this purpose, possible rections was examined estimately using Gaussion 09 package software. Chemotherapies that target inhibition of HIV-1 proteins, in particular HIV-1 protease and reverse transcriptase have been of immense help in prolonging the lives of patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). However, the high rate of HIV-1 replication has led to the emergence of drug-resistant strains that remain a major challenge in the field of anti-HIV chemotherapy. HIV-1 (MDR) drug have been provided resistance against HIV-1 MDR mutants considerably. As a result, the results may be used to optimize molecules targeting Vif-APOBEC3G interaction and lead to the development of novel anti-HIV drugs. This studies will have an important place for in science

Removal of cefalosporin group antibiotics from waste water by DFT method

Bu çalışmada ß-Laktam antibiyotiklerinin sınıfında yer alan, penisilinden sonra ikinci büyük grubu olan Sefalosporinlerden; sefasetril, seftibüten, seftarolin fosamil, sefkinom, sefsulodin, sefodizim ve sefovesin antibiyotiklerinin OH radikali ile yaptıkları olası reaksiyon yolları reaksiyonlarını belirlenmiştir. Optimize geometrileri Gauss View 5 ile çizip hesaplamalar Gaussian09 paket programında yapılmıştır. Farmasötik bileşiklerin moleküler mekanik MM Yöntemi ile konformasyon analizi yapılarak en dayanıklı konfermeri belirlenmiştir. Kuantum mekaniksel hesaplar gaz fazında yoğunluk fonksiyonel teorisi DFT/B3LYP/6-31G* yöntemiyle yapılmıştır ve her molekülün optimum geometrik parametreleri termodinamik ve elektronik özellikleri hesaplanmıştır. OH radikalinin elektrofilik karakteri nedeni ile molekülün elektronca zengin bölgelerine saldıracağı için reaksiyon merkezlerini belirlemek amacıyla anitibiyotiklerin Mulliken yük dağılımı da hesaplanmıştır. Çözücü suyun etkisi, çözme modeli olarak COSMO kullanılmıştır. Bu sonuçlar deneysel çalışmalara yol gösterecek olup parçalanma mekanizmasını belirlemektedir.In this study, Cephalosporins, which are in the class of ß-Lactam antibiotics, are the second largest group after penicillin; The possible reaction pathways of the antibiotics cefacetril, ceftibuten, ceftaroline fosamil, cefkinom, cefsulodin, cefodizim and cefovesin with the hydroxyl radical were determined. Optimized geometries draw with Gaussian calculations were made in Gaussian09 View 5 software package. The most stable conformation of pharmaceutical compounds was determined by conformation analysis with molecular mechanical MM Method. Quantum mechanical calculations were made in the gas phase using the density functional theory DFT/B3LYP/6-31G* method and the optimum geometric parameters, thermodynamic and electronic properties of each molecule were calculated. Due to the electrophilic character of the OH radical, it will attack the electron-rich regions of the molecule, and the Mulliken charge distribution of the antibiotics was also calculated in order to determine the reaction centers. The impact of water solvent was investigated by using COSMO as the solvation model.These results will guide experimental studies and determine the fragmentation mechanism