13 research outputs found

    Advances in genetic algorithm optimization of traffic signals

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    Recent advances in the optimization of fixed time traffic signals have demonstrated a move towards the use of genetic algorithm optimization with traffic network performance evaluated via stochastic microscopic simulation models. This dissertation examines methods for improved optimization. Several modified versions of the genetic algorithm and alternative genetic operators were evaluated on test networks. A traffic simulation model was developed for assessment purposes. Application of the CHC search algorithm with real crossover and mutation operators were found to offer improved optimization efficiency over the standard genetic algorithm with binary genetic operators. Computing resources are best utilized by using a single replication of the traffic simulation model with common random numbers for fitness evaluations. Combining the improvements, delay reductions between 13%-32% were obtained over the standard approaches. A coding scheme allowing for complete optimization of signal phasing is proposed and a statistical model for comparing genetic algorithm optimization efficiency on stochastic functions is also introduced. Alternative delay measurements, amendments to genetic operators and modifications to the CHC algorithm are also suggested

    Optimizaci贸n de cuantificadores vectoriales basada en algoritmos gen茅ticos y t茅cnicas heur铆sticas

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    El intrincado problema del dise帽o de cuantificadores vectoriales, esto es, la obtenci贸n de librerias de c贸digo con las que la codificaci贸n de se帽ales tenga las menores distorsiones posibles, se hace aun mas complejo cuando son considerados los efectos del ruido en el canal, plasmados en la Tasa de Error por Bit (Bit Error Rate 0 BER). Muchos de los algoritmos de dise帽o de cuantificadores vectoriales, entre los que destaca el GLA (Algoritmo de Lloyd Generalizado), no son capaces de sortear los numerosos minimos locales sub贸ptimos que presenta la funci6n de distorsi贸n media de la cuantificaci6n en el espacio de las librerias de c6digo. Por ello es preciso ejecutarlos repetidas veces, partiendo de puntos de inicio diferentes. En esta Tesis se han querido explorar las posibilidades que brindan los Algoritmos Gen茅ticos y otras tecnicas heuristicas en el dise帽o 贸ptimo de cuantificadores vectoriales sujetos a errores de canal. Los Algoritmos Geneticos (AG) son procedimientos de optimizaci6n global iterativos y estocasticos inspirados en algunos mecanismos que rigen la dinamica de la Naturaleza, en particular la selecci贸n natural, la codificaci贸n gen茅tica y la reproducci贸n heterosexual. Un AG contiene una poblaci贸n de individuos pertenecientes al espacio de posibles soluciones, que compiten entre si y evolucionan tratando de maximizar alguna funci贸n de prestaciones o minimizar alguna funci贸n de coste definida sobre ese espacio. Esta evoluci6n se basa en la selecci贸n de los mejores individuos y la eliminaci贸n de los peores, junto con diversos mecanismos para procrear nuevos individuos (hijos) a partir de los anteriormente seleccionados (padres). Se plantean tres metodos distintos: - El AGCV (Algoritmo Genetico para la Cuantificaci6n Vectorial): es un genetico en el que los individuos de la poblaci6n son tentativas librerias de vectores c贸digo. Para facilitar su evoluci贸n hacia puntos de minima distorsi贸n, se incorpora, como mecanismo de busqueda local, el algoritmo GLA. - EI ARL (Algoritmo Refinado de Lloyd): es un algoritmo heuristico en el que se ejecuta sucesivas veces el algoritmo GLA, preservando siempre los mejores vectores c6digo hallados hasta el momento. A medida que el algoritmo progresa, el numero de vectores nuevos (no preservados) se va haciendo menor, con el objeto de que la busqueda vaya siendo progresivamente mas local. - El AHCV (Algoritmo Hibrido para la Cuantificaci贸n Vectorial): es otro gen茅tico en el que se parte de una libreria de c贸digos ya conocido, y lo que se optimiza es la asignaci贸n de los c贸digos binarios disponibles, a los vectores c贸digo de la libreria. Los dos primeros son sometidos a extensas pruebas de simulaci贸n y contrastados con tres algoritmos de reputado nombre, corrobonindose su adecuaci贸n al disefio de cuantificadores vectoriales. EI tercero se plantea como una tecnica posible, aun sin explorar ni probar exhaustivamente, que abre el camino a una nueva manera de utilizar los AG en este problema. Al margen de estos metodos, una segunda cuesti贸n abordada en esta Tesis es la reformulaci贸n de los principios de la Cuantificaci贸n Vectorial cuando las condiciones del canal no se suponen fijas o bien conocidas, sino que son descritas mediante la funci贸n densidad de probabilidad del BER. A este respecto se determina analiticamente la nueva funci贸n de distorsi贸n y las reglas de optimalidad para el dise帽o de cuantificadores 贸ptimos. Esto constituye un nuevo punto de partida para el dise帽o de cuantificadores vectoriales con planteamientos mas realistas que los normalmente considerados.The involved problem of Vector Quantization (VQ) design, i. e. the search for codebooks which yield as minimum distortions as possible, turns even more complicated when channel noise effects, characterised by the Bit Error Rate (BER), are considered. Many VQ design techniques, included the most famous GLA (Generalized Lloyd Algorithm), are unable to avoid the sub-optimum local minima present in the quantification distortion function. Thus repeated executions, with different starting points are needed. In this Thesis the possibilities offered by Genetic Algorithms and other heuristic techniques for noisy channel VQ design are explored. Genetic Algorithms (GA) are stochastic and iterative global optimisation procedures, inspired on various mechanisms which rule Nature dynamics, such as natural selection, genetic coding and heterosexual reproduction. A GA contains a population of individuals belonging to the solution space, which compete each other and evolve towards maximisation of some performance function or minimisation of some cost function defined throughout this space. This evolution is carried out by means of selecting the fittest individuals in the population while removing the worst ones, as well as by several mechanisms for creating new individuals (offsprings) from selected ones (parents). Three new methods are proposed: - AGCV (Vector Quantization Genetic Algorithm): a GA in which individuals are tentative codebooks of the VQ scheme. To ease the evolution towards minimum distortion points, the GLA is included as a local search mechanism. - ARL (Lloyd Refinement Algorithm): an heuristic algorithm in which GLA is run several times, preserving the best codevectors encountered so far. As the algorithm progresses, the number of codevectors removed and replaced by new ones is decreases, making the search progressively local. - AHCV (Vector Quantization Hybrid Algorithm): another GA which starts from an initial fixed code book and tries to optimise the assignment of the available binary codes to the vectors in the code book. The two first ones are submitted to extensive simulation tests and compared to three well-reputed methods in the field, confirming their adequacy to the problem under study. The third one is given as a possible technique, without having been exhaustively explored or tested so far; it only leads the way to a new manner of using GA for VQ design. Apart from this, a second question faced in this Thesis is the reformulation of the VQ principles when channel conditions are not supposed fixed or well known, but are described by the probability density function of the BER. To this respect, a new distortion function and optimality laws are analytically determined. This constitutes a new starting point for VQ design with more realistic basis than normally considered

    Optimizaci贸n multi-objetivo : Aplicaciones a problemas del mundo real

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    Cuando hablamos de optimizaci贸n en el 谩mbito de las ciencias de la computaci贸n hacemos referencia al mismo concepto coloquial asociado a esa palabra, la concreci贸n de un objetivo utilizando la menor cantidad de recursos disponibles, o en una visi贸n similar, la obtenci贸n del mejor objetivo posible utilizando todos los recursos con lo que se cuenta. Los m茅todos para encontrar la mejor soluci贸n (贸ptima) var铆an de acuerdo a la complejidad del problema enfrentado. Para problemas triviales, el cerebro humano posee la capacidad de resolverlos (encontrar la mejor soluci贸n) directamente, pero a medida que aumenta la complejidad del problema, se hace necesario contar con herramientas adicionales. En esta direcci贸n, existe una amplia variedad de t茅cnicas para resolver problemas complejos. Dentro de estas t茅cnicas, podemos mencionar las t茅cnicas exactas. Este tipo de algoritmos son capaces de encontrar las soluciones 贸ptimas a un problema dado en una cantidad finita de tiempo. Como contrapartida, requiere que el problema a resolver cumpla con condiciones bastante restrictivas. Existen adem谩s un conjunto muy amplio de t茅cnica aproximadas, conocidas como metaheur铆sticas. Estas t茅cnicas se caracterizan por integrar de diversas maneras procedimientos de mejora local y estrategias de alto nivel para crear un proceso capaz de escapar de 贸ptimos locales y realizar una b煤squeda robusta en el espacio de b煤squeda del problema. En su evoluci贸n, estos m茅todos han incorporado diferentes estrategias para evitar la convergencia a 贸ptimos locales, especialmente en espacios de b煤squeda complejos. Este tipo de procedimientos tienen como principal caracter铆stica que son aplicables a cualquier tipo de problemas, sin requerir ninguna condici贸n particular a cumplir por los mismos. Estas t茅cnicas no garantizan en ning煤n caso la obtenci贸n de los valores 贸ptimos de los problemas en cuesti贸n, pero se ha demostrado que son capaces de alcanzar muy buenos valores de soluciones en per铆odos de tiempo cortos. Adem谩s, es posible aplicarlas a problemas de diferentes tipos sin mayores modificaciones, mostrando su robustez y su amplio espectro de uso. La mayor铆a de estas t茅cnicas est谩n inspiradas en procesos biol贸gicos y/o f铆sicos, y tratan de simular el comportamiento propio de estos procesos que favorecen la b煤squeda y detecci贸n de soluciones mejores en forma iterativa. La m谩s difundida de estas t茅cnicas son los algoritmos gen茅ticos, basados en el mecanismo de evoluci贸n natural de las especies. Existen diferentes tipos de problemas, y multitud de taxonom铆as para clasificar los mismos. En el alcance de este trabajo nos interesa diferenciar los problemas en cuanto a la cantidad de objetivos a optimizar. Con esta consideraci贸n en mente, surge una primera clasificaci贸n evidente, los problemas mono-objetivo, donde existe solo una funci贸n objetivo a optimizar, y los problemas multi-objetivo donde existe m谩s de una funci贸n objetivo. En el presente trabajo se estudia la utilizaci贸n de metaheur铆sticas evolutivas para la resoluci贸n de problemas complejos, con uno y con m谩s de un objetivo. Se efect煤a un an谩lisis del estado de situaci贸n en la materia, y se proponen nuevas variantes de algoritmos existentes, validando que las mismas mejoran resultados reportados en la literatura. En una primera instancia, se propone una mejora a la versi贸n can贸nica y mono-objetivo del algoritmo PSO, luego de un estudio detallado del patr贸n de movimientos de las part铆culas en el espacio de soluciones. Estas mejoras se proponen en las versiones de PSO para espacios continuos y para espacios binarios. Asimismo, se analiza la implementaci贸n de una versi贸n paralela de esta t茅cnica evolutiva. Como segunda contribuci贸n, se plantea una nueva versi贸n de un algoritmo PSO multiobjetivo (MOPSO Multi Objective Particle Swarm Optimization) incorporando la posibilidad de variar din谩micamente el tama帽o de la poblaci贸n, lo que constituye una contribuci贸n innovadora en problemas con mas de una funci贸n objetivo. Por 煤ltimo, se utilizan las t茅cnicas representativas del estado del arte en optimizaci贸n multi-objetivo aplicando estos m茅todos a la problem谩tica de una empresa de emergencias m茅dicas y atenci贸n de consultas domiciliarias. Se logr贸 poner en marcha un proceso de asignaci贸n de m贸viles a prestaciones m茅dicas basado en metaheur铆sticas, logrando optimizar el proceso de asignaci贸n de m贸viles m茅dicos a prestaciones m茅dicas en la principal compa帽铆a de esta industria a nivel nacional.Tesis doctoral de la Facultad de Inform谩tica (UNLP). Grado alcanzado: Doctor en Ciencias Inform谩ticas. Director de tesis: Laura Lanzarini. Co-director de tesis: Guillermo Leguizam贸n. La tesis, presentada en el a帽o 2013, obtuvo el Premio "Dr. Ra煤l Gallard" en el 2014.Facultad de Inform谩tic

    Optimizaci贸n multi-objetivo : Aplicaciones a problemas del mundo real

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    Cuando hablamos de optimizaci贸n en el 谩mbito de las ciencias de la computaci贸n hacemos referencia al mismo concepto coloquial asociado a esa palabra, la concreci贸n de un objetivo utilizando la menor cantidad de recursos disponibles, o en una visi贸n similar, la obtenci贸n del mejor objetivo posible utilizando todos los recursos con lo que se cuenta. Los m茅todos para encontrar la mejor soluci贸n (贸ptima) var铆an de acuerdo a la complejidad del problema enfrentado. Para problemas triviales, el cerebro humano posee la capacidad de resolverlos (encontrar la mejor soluci贸n) directamente, pero a medida que aumenta la complejidad del problema, se hace necesario contar con herramientas adicionales. En esta direcci贸n, existe una amplia variedad de t茅cnicas para resolver problemas complejos. Dentro de estas t茅cnicas, podemos mencionar las t茅cnicas exactas. Este tipo de algoritmos son capaces de encontrar las soluciones 贸ptimas a un problema dado en una cantidad finita de tiempo. Como contrapartida, requiere que el problema a resolver cumpla con condiciones bastante restrictivas. Existen adem谩s un conjunto muy amplio de t茅cnica aproximadas, conocidas como metaheur铆sticas. Estas t茅cnicas se caracterizan por integrar de diversas maneras procedimientos de mejora local y estrategias de alto nivel para crear un proceso capaz de escapar de 贸ptimos locales y realizar una b煤squeda robusta en el espacio de b煤squeda del problema. En su evoluci贸n, estos m茅todos han incorporado diferentes estrategias para evitar la convergencia a 贸ptimos locales, especialmente en espacios de b煤squeda complejos. Este tipo de procedimientos tienen como principal caracter铆stica que son aplicables a cualquier tipo de problemas, sin requerir ninguna condici贸n particular a cumplir por los mismos. Estas t茅cnicas no garantizan en ning煤n caso la obtenci贸n de los valores 贸ptimos de los problemas en cuesti贸n, pero se ha demostrado que son capaces de alcanzar muy buenos valores de soluciones en per铆odos de tiempo cortos. Adem谩s, es posible aplicarlas a problemas de diferentes tipos sin mayores modificaciones, mostrando su robustez y su amplio espectro de uso. La mayor铆a de estas t茅cnicas est谩n inspiradas en procesos biol贸gicos y/o f铆sicos, y tratan de simular el comportamiento propio de estos procesos que favorecen la b煤squeda y detecci贸n de soluciones mejores en forma iterativa. La m谩s difundida de estas t茅cnicas son los algoritmos gen茅ticos, basados en el mecanismo de evoluci贸n natural de las especies. Existen diferentes tipos de problemas, y multitud de taxonom铆as para clasificar los mismos. En el alcance de este trabajo nos interesa diferenciar los problemas en cuanto a la cantidad de objetivos a optimizar. Con esta consideraci贸n en mente, surge una primera clasificaci贸n evidente, los problemas mono-objetivo, donde existe solo una funci贸n objetivo a optimizar, y los problemas multi-objetivo donde existe m谩s de una funci贸n objetivo. En el presente trabajo se estudia la utilizaci贸n de metaheur铆sticas evolutivas para la resoluci贸n de problemas complejos, con uno y con m谩s de un objetivo. Se efect煤a un an谩lisis del estado de situaci贸n en la materia, y se proponen nuevas variantes de algoritmos existentes, validando que las mismas mejoran resultados reportados en la literatura. En una primera instancia, se propone una mejora a la versi贸n can贸nica y mono-objetivo del algoritmo PSO, luego de un estudio detallado del patr贸n de movimientos de las part铆culas en el espacio de soluciones. Estas mejoras se proponen en las versiones de PSO para espacios continuos y para espacios binarios. Asimismo, se analiza la implementaci贸n de una versi贸n paralela de esta t茅cnica evolutiva. Como segunda contribuci贸n, se plantea una nueva versi贸n de un algoritmo PSO multiobjetivo (MOPSO Multi Objective Particle Swarm Optimization) incorporando la posibilidad de variar din谩micamente el tama帽o de la poblaci贸n, lo que constituye una contribuci贸n innovadora en problemas con mas de una funci贸n objetivo. Por 煤ltimo, se utilizan las t茅cnicas representativas del estado del arte en optimizaci贸n multi-objetivo aplicando estos m茅todos a la problem谩tica de una empresa de emergencias m茅dicas y atenci贸n de consultas domiciliarias. Se logr贸 poner en marcha un proceso de asignaci贸n de m贸viles a prestaciones m茅dicas basado en metaheur铆sticas, logrando optimizar el proceso de asignaci贸n de m贸viles m茅dicos a prestaciones m茅dicas en la principal compa帽铆a de esta industria a nivel nacional.Tesis doctoral de la Facultad de Inform谩tica (UNLP). Grado alcanzado: Doctor en Ciencias Inform谩ticas. Director de tesis: Laura Lanzarini. Co-director de tesis: Guillermo Leguizam贸n. La tesis, presentada en el a帽o 2013, obtuvo el Premio "Dr. Ra煤l Gallard" en el 2014.Facultad de Inform谩tic

    Optimizaci贸n multi-objetivo : Aplicaciones a problemas del mundo real

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    Cuando hablamos de optimizaci贸n en el 谩mbito de las ciencias de la computaci贸n hacemos referencia al mismo concepto coloquial asociado a esa palabra, la concreci贸n de un objetivo utilizando la menor cantidad de recursos disponibles, o en una visi贸n similar, la obtenci贸n del mejor objetivo posible utilizando todos los recursos con lo que se cuenta. Los m茅todos para encontrar la mejor soluci贸n (贸ptima) var铆an de acuerdo a la complejidad del problema enfrentado. Para problemas triviales, el cerebro humano posee la capacidad de resolverlos (encontrar la mejor soluci贸n) directamente, pero a medida que aumenta la complejidad del problema, se hace necesario contar con herramientas adicionales. En esta direcci贸n, existe una amplia variedad de t茅cnicas para resolver problemas complejos. Dentro de estas t茅cnicas, podemos mencionar las t茅cnicas exactas. Este tipo de algoritmos son capaces de encontrar las soluciones 贸ptimas a un problema dado en una cantidad finita de tiempo. Como contrapartida, requiere que el problema a resolver cumpla con condiciones bastante restrictivas. Existen adem谩s un conjunto muy amplio de t茅cnica aproximadas, conocidas como metaheur铆sticas. Estas t茅cnicas se caracterizan por integrar de diversas maneras procedimientos de mejora local y estrategias de alto nivel para crear un proceso capaz de escapar de 贸ptimos locales y realizar una b煤squeda robusta en el espacio de b煤squeda del problema. En su evoluci贸n, estos m茅todos han incorporado diferentes estrategias para evitar la convergencia a 贸ptimos locales, especialmente en espacios de b煤squeda complejos. Este tipo de procedimientos tienen como principal caracter铆stica que son aplicables a cualquier tipo de problemas, sin requerir ninguna condici贸n particular a cumplir por los mismos. Estas t茅cnicas no garantizan en ning煤n caso la obtenci贸n de los valores 贸ptimos de los problemas en cuesti贸n, pero se ha demostrado que son capaces de alcanzar muy buenos valores de soluciones en per铆odos de tiempo cortos. Adem谩s, es posible aplicarlas a problemas de diferentes tipos sin mayores modificaciones, mostrando su robustez y su amplio espectro de uso. La mayor铆a de estas t茅cnicas est谩n inspiradas en procesos biol贸gicos y/o f铆sicos, y tratan de simular el comportamiento propio de estos procesos que favorecen la b煤squeda y detecci贸n de soluciones mejores en forma iterativa. La m谩s difundida de estas t茅cnicas son los algoritmos gen茅ticos, basados en el mecanismo de evoluci贸n natural de las especies. Existen diferentes tipos de problemas, y multitud de taxonom铆as para clasificar los mismos. En el alcance de este trabajo nos interesa diferenciar los problemas en cuanto a la cantidad de objetivos a optimizar. Con esta consideraci贸n en mente, surge una primera clasificaci贸n evidente, los problemas mono-objetivo, donde existe solo una funci贸n objetivo a optimizar, y los problemas multi-objetivo donde existe m谩s de una funci贸n objetivo. En el presente trabajo se estudia la utilizaci贸n de metaheur铆sticas evolutivas para la resoluci贸n de problemas complejos, con uno y con m谩s de un objetivo. Se efect煤a un an谩lisis del estado de situaci贸n en la materia, y se proponen nuevas variantes de algoritmos existentes, validando que las mismas mejoran resultados reportados en la literatura. En una primera instancia, se propone una mejora a la versi贸n can贸nica y mono-objetivo del algoritmo PSO, luego de un estudio detallado del patr贸n de movimientos de las part铆culas en el espacio de soluciones. Estas mejoras se proponen en las versiones de PSO para espacios continuos y para espacios binarios. Asimismo, se analiza la implementaci贸n de una versi贸n paralela de esta t茅cnica evolutiva. Como segunda contribuci贸n, se plantea una nueva versi贸n de un algoritmo PSO multiobjetivo (MOPSO Multi Objective Particle Swarm Optimization) incorporando la posibilidad de variar din谩micamente el tama帽o de la poblaci贸n, lo que constituye una contribuci贸n innovadora en problemas con mas de una funci贸n objetivo. Por 煤ltimo, se utilizan las t茅cnicas representativas del estado del arte en optimizaci贸n multi-objetivo aplicando estos m茅todos a la problem谩tica de una empresa de emergencias m茅dicas y atenci贸n de consultas domiciliarias. Se logr贸 poner en marcha un proceso de asignaci贸n de m贸viles a prestaciones m茅dicas basado en metaheur铆sticas, logrando optimizar el proceso de asignaci贸n de m贸viles m茅dicos a prestaciones m茅dicas en la principal compa帽铆a de esta industria a nivel nacional.Tesis doctoral de la Facultad de Inform谩tica (UNLP). Grado alcanzado: Doctor en Ciencias Inform谩ticas. Director de tesis: Laura Lanzarini. Co-director de tesis: Guillermo Leguizam贸n. La tesis, presentada en el a帽o 2013, obtuvo el Premio "Dr. Ra煤l Gallard" en el 2014.Facultad de Inform谩tic

    Fungal Biocontrol in Coffee: A Case Study in Agroecology.

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    In light of mounting concerns over the profound environmental, health, and social costs of conventional agriculture, there is a compelling need to develop alternatives for growing food and fiber. Development of a truly sustainable agriculture will require a forward-looking agenda that embraces the tools of modern science. However, what is needed is not the reductionist science of the Green Revolution, but rather a science that recognizes and embraces the inherent complexity of natural systems, i.e., an agricultural science that benefits from and contributes to the science of ecology. This dissertation details a case study in which this paradigm, agroecology, was applied to the study of a fungal biocontrol agent in a coffee agroecosystem. The fungus Lecanicillium lecanii attacks two potential coffee pests: the green coffee scale (Coccus viridis) and coffee rust (Hemileia vastatrix). Despite the potential importance of this biological control agent, there is still much that is unknown about its basic ecology. The first half of this dissertation represents a step toward addressing this deficiency. Through a combination of field and laboratory studies, it was shown that L. lecanii can persist in the soil; that it can be translocated from the soil via rain splash; and that the ant Azteca instabilis can subsequently spread the fungus between individuals of C. viridis. The potential for L. lecanii to play a key role in generating the spatial structure of the system was demonstrated using a probabilistic cellular automata model. Finally, a previously unreported one-year lag in the suppression of H. vastatrix by L. lecanii was demonstrated using field surveys. The final chapters demonstrate the potential for agroecological research to inspire more general ecology theory, and for ecology theory to inspire models with implications for the management of agroecosystems. These chapters detail an evolutionary model that demonstrates how a low-connectivity host spatial structure could evolve as an anti-pathogen phenotype; the implications of the self-organization of habitat patches on population persistence; and how recent research on the detection of impending regime shifts might enable the detection of an imminent loss of L. lecanii from the coffee system.PHDEcology and Evolutionary BiologyUniversity of Michigan, Horace H. Rackham School of Graduate Studieshttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/94026/1/dougjack_1.pd

    Fungal Biocontrol in Coffee: A Case Study in Agroecology.

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    In light of mounting concerns over the profound environmental, health, and social costs of conventional agriculture, there is a compelling need to develop alternatives for growing food and fiber. Development of a truly sustainable agriculture will require a forward-looking agenda that embraces the tools of modern science. However, what is needed is not the reductionist science of the Green Revolution, but rather a science that recognizes and embraces the inherent complexity of natural systems, i.e., an agricultural science that benefits from and contributes to the science of ecology. This dissertation details a case study in which this paradigm, agroecology, was applied to the study of a fungal biocontrol agent in a coffee agroecosystem. The fungus Lecanicillium lecanii attacks two potential coffee pests: the green coffee scale (Coccus viridis) and coffee rust (Hemileia vastatrix). Despite the potential importance of this biological control agent, there is still much that is unknown about its basic ecology. The first half of this dissertation represents a step toward addressing this deficiency. Through a combination of field and laboratory studies, it was shown that L. lecanii can persist in the soil; that it can be translocated from the soil via rain splash; and that the ant Azteca instabilis can subsequently spread the fungus between individuals of C. viridis. The potential for L. lecanii to play a key role in generating the spatial structure of the system was demonstrated using a probabilistic cellular automata model. Finally, a previously unreported one-year lag in the suppression of H. vastatrix by L. lecanii was demonstrated using field surveys. The final chapters demonstrate the potential for agroecological research to inspire more general ecology theory, and for ecology theory to inspire models with implications for the management of agroecosystems. These chapters detail an evolutionary model that demonstrates how a low-connectivity host spatial structure could evolve as an anti-pathogen phenotype; the implications of the self-organization of habitat patches on population persistence; and how recent research on the detection of impending regime shifts might enable the detection of an imminent loss of L. lecanii from the coffee system.PHDEcology and Evolutionary BiologyUniversity of Michigan, Horace H. Rackham School of Graduate Studieshttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/94026/1/dougjack_1.pd
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