Utilização da plataforma Galaxy na análise de dados de RNAseq.

Este trabalho teve como objetivo avaliar a plataforma Galaxy na análise de dados de RNA-seq, uma metodologia de sequenciamento de transcritos (moléculas de RNAm) que utiliza as novas tecnologias de sequenciamento (NTS)

Using Instance Statistics to Determine the Lookahead Parameter Value in the ATC Dispatch Rule: Making a good heuristic better

The Apparent Tardiness Cost (ATC) heuristic is one of the best performing dispatch rules for the weighted tardiness scheduling problem. This heuristic uses a lookahead parameter whose value must be specified. In this paper we develop a function that maps some instance statistics into an appropriate value for the lookahead parameter. This function is compared with some fixed values that have been previously used. The computational results show that the ATC heuristic performs better when the lookahead parameter value is determined by the proposed function.scheduling, weighted tardiness, dispatch rule, instance statistics

Desenvolvimento e validação de chip de DNA para genotipagem em escala de acessos do programa de conservação de germoplasma e de melhoramento genético de arroz.

Neste trabalho, dados de sequenciamento, montagem e alinhamento de genomas de oito variedades de arroz foram empregados na descoberta e seleção de milhares de sítios SNP. As informações em torno das sequências que flanqueiam os SNPs selecionados foram utilizadas para desenvolver um chip de DNA para uso em genotipagem em escala. Este chip foi avaliado e validado para a genotipagem de amostras do germoplasma de arroz

Decifrando o genoma em grande escala.

A determinação das funções gêni~~stem de~andado um grande avanço das ciências genômicas, cujas tecnologias concentram-se, principalmente, na geração e no estudo de uma grande quantidade de dados. O ponto de apoio para o entendimento da função gênica e da estrutura do genoína tem sido o sequenciamento de genomas completos e do genoma expresso em grande escala. Mapas físicos e genéticos têm sido integrados com informações genôrnicas e de expressão, resultando em bancos de dados públicos altamente informativos para diferentes espécies animais evegetais. Tais informações auxiliam em vários aspectos a análise·de expressão gênica, a determinação dos efeitos de processamento de éxons.e do número de cópias gênicas e cromossômicas, culminando na determinação das funções biológicas e do mecanismo de ação de vários genes. São descritos o surgimento de novas tecnologias e a evolução de algumas inovações já existentes, voltadas para a identificação de funções gênicas

Alternativas de planejamento para a exploração florestal.

No manejo sustentado em florestas tropicais, há necessidade da garantia de um fluxo constante de recursos para a sua viabilidade. No entanto, isso nem sempre é possível, pelo fato de a exploração ser realizada sem planejamento. Este trabalho tem como finalidade apresentar um método que auxilie no planejamento e na distribuição de recursos disponíveis, através da formulação de cenários para otimização do número de equipes para cada atividade da exploração dependente do tempo limite para conclusão dos trabalhos. Com base no tempo que uma equipe leva para executar determinada atividade e no seu sequenciamento, foram utilizadas técnicas da pesquisa operacional, para determinação do caminho crítico da cadeia de exploração de madeira nativa. Esses métodos, ao mesmo tempo em que organizam o sequenciamento das atividades e determinam quais delas devem receber maior atenção no planejamento, otimizam o número de equipes, para que toda a cadeia seja executada dentro de um tempo limite, o que se faz necessário na região, para que o ciclo de corte se limite à época de seca. O método proposto mostra-se como uma alternativa para o planejamento florestal das atividades de baixo impacto ao garantir o número ótimo de equipes e a realização de todo empreendimento no tempo estipulado

Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração.

Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno

Sequenciamento do transcriptoma de Pimenta-do-reino (Piper nigrum) utilizando Plataforma de Sequenciadores de Nova Geração (NGS) - SOLiD System 3 Plus.

A pimenta-do-reino Piper nigrum é um dos principais produtos agrícolas do Pará gerando sustentabilidade para uma porcentagem considerável dos agricultores do estado. A Embrapa (PA) desenvolve trabalhos com a espécie como uma coleção de germoplasma. Com o objetivo de conhecer os potenciais recursos genéticos da espécie, foi sequenciado o transcriptoma de P. nigrum. Uma plataforma de sequenciamento de nova geração foi usada para gerar as sequencias dos genes e o trabalho foi analisado com recursos de bioinformática. Foram anotados automaticamente uma lista de transcritos da espécie