Využití tenchnologie GRID při zpracování medicínské informace

Práce se soustředí na vybrané oblasti biomedicínského výzkumu, které mohou profitovat ze současných výpočetních infrastruktur vybudovaných ve vědecké komunitě v evropském a světovém prostoru. Teorie výpočtu, paralelismu a distribuovaného počítání je stručně uvedena s ohledem na počítání v gridech a cloudech. Práce se zabývá oblastí výměny medicínských snímků a představuje propojení Gridového PACS systému s existujícími distribuovanými systémy pro sdílení DICOM snímků. Práce se dál zaměřuje na studium vědy týkající se lidského hlasu. Práce představuje vzdálený způsob přístupu k aplikaci pro analýzu hlasu v reálném čase pomocí úpravy protokolů pro vzdálenou plochu a pro přenos zvukových nahrávek. Tento dílčí výsledek ukazuje možnost využití stávajících aplikací na dálku specialisty na hlas. Oblast lidské fyziologie a patofyziologie byla studována pomocí přístupu tzv. systémové biologie. Práce přispívá v oblasti metodologie modelování lidské fyziologie pro tvorbu komplexních modelů založených na akauzálním a objektově orientovaném modelovacím přístupu. Metody pro studium parametrů byly představeny pomocí technologie počítání v gridech a v cloudech. Práce ukazuje, že proces identifikaci parametrů středně komplexních modelů kardiovasculárního systému a komplexního modelu lidské fyziologie lze významně zrychlit...This thesis focuses on selected areas of biomedical research in order to benefit from current computational infrastructures established in scientific community in european and global area. The theory of computation, parallelism and distributed computing, with focus on grid computing and cloud computing, is briefly introduced. Exchange of medical images was studied and a seamless integration of grid-based PACS system was established with the current distributed system in order to share DICOM medical images. Voice science was studied and access to real-time voice analysis application via remote desktop technology was introduced using customized protocol to transfer sound recording. This brings a possibility to access current legacy application remotely by voice specialists. The systems biology approach within domain of human physiology and pathophysiology was studied. Modeling methodology of human physiology was improved in order to build complex models based on acausal and object-oriented modeling techniques. Methods for conducting a parameter study (especially parameter estimation and parameter sweep) were introduced using grid computing and cloud computing technology. The identification of parameters gain substantial speedup by utilizing cloud computing deployment when performed on medium complex models of...nezařazení_neaktivníFirst Faculty of Medicine1. lékařská fakult

DICOOGLE: No-SQL para suporte de ambientes Big Data

Mestrado em Engenharia de Computadores e TelemáticaThe last few years have been characterized by a proliferation of different types of medical imaging modalities in healthcare institutions. As a result, the services are migrating to infrastructures in the Cloud. Thus, in addition to a scenario where tremendous amounts of data are produced, we walked to a reality where processes are increasingly distributed. Consequently, this reality has created new technological challenges regarding storage, management and handling of this data, in order to guarantee high availability and performance of the information systems, dealing with the images. An Open Source Picture Archive and Communication System (PACS) has been developed by the bioinformatics research group at the University of Aveiro labeled Dicoogle. This system replaced the traditional relational database engine for an agile mechanism, which indexes and retrieves data. Thus it is possible to extract, index and store all the image’s metadata, including any private information, without re-engineering or reconfiguration process. Among other use cases, this system has already indexed more than 22 million images in 3 hospitals from the region of Aveiro. Currently, Dicoogle provides a solution based on the Apache Lucene library. However, it has performance issues in environments where we need to handle and search over large amounts of data, more particularly in data analytics scenarios. In the context of this work, different technologies capable of supporting a database of an image repository were studied. In sequence, four solutions were fully implemented based on relational databases, NoSQL and two distinct text engines. A test platform was also developed to evaluate the performance and scalability of these solutions, which allowed a comparative analysis of them. In the end, it is proposed a hybrid architecture of medical image database, which was implemented and validated. This proposal has demonstrated significant gains in terms of query, index time and in scenarios where it is required a wide data analyze.Os últimos anos têm sido caracterizados por uma proliferação de diversos tipos de modalidades de imagem médica nas instituições de saúde. Por outro lado, assistimos a uma migração de serviços para infraestruturas na Cloud. Assim, para além de um cenário onde são produzidos tremendos volumes de dados, caminhamos para uma realidade em que os processos são cada vez mais distribuídos. Tal realidade tem colocado novos desafios tecnológicos ao nível do arquivo, transmissão e visualização, muito particularmente nos aspetos de desempenho e escalabilidade dos sistemas de informação que lidam com a imagem. O grupo de bioinformática da universidade de Aveiro tem vindo a desenvolver um inovador sistema distribuído de arquivo de imagem médica, o Dicoogle Open Source PACS. Este sistema substituiu o tradicional motor de base de dados relacional por um mecanismo ágil de indexação e recuperação de dados. Desta forma é possível extrair, indexar e armazenar todos os metadados das imagens, incluindo eventuais elementos privados, sem necessidade de processos de reengenharia ou reconfiguração. Entre outros casos de uso, este sistema já indexou mais de 22 milhões de imagens em 3 hospitais da região de Aveiro. Atualmente, o Dicoogle dispõe de uma solução baseada na biblioteca Apache Lucene. No entanto, esta tem demonstrado alguns problemas de desempenho em ambientes em que temos necessidade de manusear e pesquisar sobre uma grande quantidade de dados, muito particularmente em cenários de análise de dados. No âmbito desta dissertação foram estudadas diferentes tecnologias capazes de suportar uma base dados de um repositório de imagem. Em sequência, foram implementadas quatro soluções baseadas em bases de dados relacionais, NoSQL e motor de indexação. Foi também desenvolvida uma plataforma de testes de desempenho e escalabilidade que permitiu efetuar uma análise comparativa das soluções implementadas. No final, é proposta uma arquitetura híbrida de base de dados de imagem médica que foi implementada e validada. Tal proposta demonstrou ter ganhos significativos ao nível dos tempos de pesquisa de conteúdos e em cenários de análise alargada de dados