Creating a Relational Distributed Object Store

In and of itself, data storage has apparent business utility. But when we can convert data to information, the utility of stored data increases dramatically. It is the layering of relation atop the data mass that is the engine for such conversion. Frank relation amongst discrete objects sporadically ingested is rare, making the process of synthesizing such relation all the more challenging, but the challenge must be met if we are ever to see an equivalent business value for unstructured data as we already have with structured data. This paper describes a novel construct, referred to as a relational distributed object store (RDOS), that seeks to solve the twin problems of how to persistently and reliably store petabytes of unstructured data while simultaneously creating and persisting relations amongst billions of objects.Comment: 12 pages, 5 figure

Leveraging human-computer interaction and crowdsourcing for scholarly knowledge graph creation

The number of scholarly publications continues to grow each year, as well as the number of journals and active researchers. Therefore, methods and tools to organize scholarly knowledge are becoming increasingly important. Without such tools, it becomes increasingly difficult to conduct research in an efficient and effective manner. One of the fundamental issues scholarly communication is facing relates to the format in which the knowledge is shared. Scholarly communication relies primarily on narrative document-based formats that are specifically designed for human consumption. Machines cannot easily access and interpret such knowledge, leaving machines unable to provide powerful tools to organize scholarly knowledge effectively. In this thesis, we propose to leverage knowledge graphs to represent, curate, and use scholarly knowledge. The systematic knowledge representation leads to machine-actionable knowledge, which enables machines to process scholarly knowledge with minimal human intervention. To generate and curate the knowledge graph, we propose a machine learning assisted crowdsourcing approach, in particular Natural Language Processing (NLP). Currently, NLP techniques are not able to satisfactorily extract high-quality scholarly knowledge in an autonomous manner. With our proposed approach, we intertwine human and machine intelligence, thus exploiting the strengths of both approaches. First, we discuss structured scholarly knowledge, where we present the Open Research Knowledge Graph (ORKG). Specifically, we focus on the design and development of the ORKG user interface (i.e., the frontend). One of the key challenges is to provide an interface that is powerful enough to create rich knowledge descriptions yet intuitive enough for researchers without a technical background to create such descriptions. The ORKG serves as the technical foundation for the rest of the work. Second, we focus on comparable scholarly knowledge, where we introduce the concept of ORKG comparisons. ORKG comparisons provide machine-actionable overviews of related literature in a tabular form. Also, we present a methodology to leverage existing literature reviews to populate ORKG comparisons via a human-in-the-loop approach. Additionally, we show how ORKG comparisons can be used to form ORKG SmartReviews. The SmartReviews provide dynamic literature reviews in the form of living documents. They are an attempt address the main weaknesses of the current literature review practice and outline how the future of review publishing can look like. Third, we focus designing suitable tasks to generate scholarly knowledge in a crowdsourced setting. We present an intelligent user interface that enables researchers to annotate key sentences in scholarly publications with a set of discourse classes. During this process, researchers are assisted by suggestions coming from NLP tools. In addition, we present an approach to validate NLP-generated statements using microtasks in a crowdsourced setting. With this approach, we lower the barrier to entering data in the ORKG and transform content consumers into content creators. With the work presented, we strive to transform scholarly communication to improve machine-actionability of scholarly knowledge. The approaches and tools are deployed in a production environment. As a result, the majority of the presented approaches and tools are currently in active use by various research communities and already have an impact on scholarly communication.Die Zahl der wissenschaftlichen Veröffentlichungen nimmt jedes Jahr weiter zu, ebenso wie die Zahl der Zeitschriften und der aktiven Forscher. Daher werden Methoden und Werkzeuge zur Organisation von wissenschaftlichem Wissen immer wichtiger. Ohne solche Werkzeuge wird es immer schwieriger, Forschung effizient und effektiv zu betreiben. Eines der grundlegenden Probleme, mit denen die wissenschaftliche Kommunikation konfrontiert ist, betrifft das Format, in dem das Wissen publiziert wird. Die wissenschaftliche Kommunikation beruht in erster Linie auf narrativen, dokumentenbasierten Formaten, die speziell für Experten konzipiert sind. Maschinen können auf dieses Wissen nicht ohne weiteres zugreifen und es interpretieren, so dass Maschinen nicht in der Lage sind, leistungsfähige Werkzeuge zur effektiven Organisation von wissenschaftlichem Wissen bereitzustellen. In dieser Arbeit schlagen wir vor, Wissensgraphen zu nutzen, um wissenschaftliches Wissen darzustellen, zu kuratieren und zu nutzen. Die systematische Wissensrepräsentation führt zu maschinenverarbeitbarem Wissen. Dieses ermöglicht es Maschinen wissenschaftliches Wissen mit minimalem menschlichen Eingriff zu verarbeiten. Um den Wissensgraphen zu generieren und zu kuratieren, schlagen wir einen Crowdsourcing-Ansatz vor, der durch maschinelles Lernen unterstützt wird, insbesondere durch natürliche Sprachverarbeitung (NLP). Derzeit sind NLP-Techniken nicht in der Lage, qualitativ hochwertiges wissenschaftliches Wissen auf autonome Weise zu extrahieren. Mit unserem vorgeschlagenen Ansatz verknüpfen wir menschliche und maschinelle Intelligenz und nutzen so die Stärken beider Ansätze. Zunächst erörtern wir strukturiertes wissenschaftliches Wissen, wobei wir den Open Research Knowledge Graph (ORKG) vorstellen.Insbesondere konzentrieren wir uns auf das Design und die Entwicklung der ORKG-Benutzeroberfläche (das Frontend). Eine der größten Herausforderungen besteht darin, eine Schnittstelle bereitzustellen, die leistungsfähig genug ist, um umfangreiche Wissensbeschreibungen zu erstellen und gleichzeitig intuitiv genug ist für Forscher ohne technischen Hintergrund, um solche Beschreibungen zu erstellen. Der ORKG dient als technische Grundlage für die Arbeit. Zweitens konzentrieren wir uns auf vergleichbares wissenschaftliches Wissen, wofür wir das Konzept der ORKG-Vergleiche einführen. ORKG-Vergleiche bieten maschinell verwertbare Übersichten über verwandtes wissenschaftliches Wissen in tabellarischer Form. Außerdem stellen wir eine Methode vor, mit der vorhandene Literaturübersichten genutzt werden können, um ORKG-Vergleiche mit Hilfe eines Human-in-the-Loop-Ansatzes zu erstellen. Darüber hinaus zeigen wir, wie ORKG-Vergleiche verwendet werden können, um ORKG SmartReviews zu erstellen. Die SmartReviews bieten dynamische Literaturübersichten in Form von lebenden Dokumenten. Sie stellen einen Versuch dar, die Hauptschwächen der gegenwärtigen Praxis des Literaturreviews zu beheben und zu skizzieren, wie die Zukunft der Veröffentlichung von Reviews aussehen kann. Drittens konzentrieren wir uns auf die Gestaltung geeigneter Aufgaben zur Generierung von wissenschaftlichem Wissen in einer Crowdsourced-Umgebung. Wir stellen eine intelligente Benutzeroberfläche vor, die es Forschern ermöglicht, Schlüsselsätze in wissenschaftlichen Publikationen mittles Diskursklassen zu annotieren. In diesem Prozess werden Forschende mit Vorschlägen von NLP-Tools unterstützt. Darüber hinaus stellen wir einen Ansatz zur Validierung von NLP-generierten Aussagen mit Hilfe von Mikroaufgaben in einer Crowdsourced-Umgebung vor. Mit diesem Ansatz senken wir die Hürde für die Eingabe von Daten in den ORKG und setzen Inhaltskonsumenten als Inhaltsersteller ein. Mit der Arbeit streben wir eine Transformation der wissenschaftlichen Kommunikation an, um die maschinelle Verwertbarkeit von wissenschaftlichem Wissen zu verbessern. Die Ansätze und Werkzeuge werden in einer Produktionsumgebung eingesetzt. Daher werden die meisten der vorgestellten Ansätze und Werkzeuge derzeit von verschiedenen Forschungsgemeinschaften aktiv genutzt und haben bereits einen Einfluss auf die wissenschaftliche Kommunikation.EC/ERC/819536/E

Subontology Extraction Using Hyponym and Hypernym Closure on is-a Directed Acyclic Graphs

International audienceOntologies are successfully used as semantic guides when navigating through the huge and ever increasing quantity of digital documents. Nevertheless, the size of numerous domain ontologies tends to grow beyond the human capacity to grasp information. This growth is problematic for a lot of key applications that require user interactions such as document annotation or ontology modification/evolution. The problem could be partially overcome by providing users with a sub-ontology focused on their current concepts of interest. A sub-ontology restricted to this sole set of concepts is of limited interest since their relationships can generally not be explicit without adding some of their hyponyms and hypernyms. This paper proposes efficient algorithms to identify these additional key concepts based on the closure of two common graph operators: the least common-ancestor and greatest common descendant. The resulting method produces ontology excerpts focused on a set of concepts of interest and is fast enough to be used in interactive environments. As an example, we use the resulting program, called OntoFocus (http://www.ontotoolkit.mines-ales.fr/), to restrict, in few seconds, the large Gene Ontology (~30,000 concepts) to a sub-ontology focused on concepts annotating a gene related to breast cancer