MicroRNA and transcription factor co-regulatory networks and subtype classification of seminoma and non-seminoma in testicular germ cell tumors

Recent studies have revealed that feed-forward loops (FFLs) as regulatory motifs have synergistic roles in cellular systems and their disruption may cause diseases including cancer. FFLs may include two regulators such as transcription factors (TFs) and microRNAs (miRNAs). In this study, we extensively investigated TF and miRNA regulation pairs, their FFLs, and TF-miRNA mediated regulatory networks in two major types of testicular germ cell tumors (TGCT): seminoma (SE) and non-seminoma (NSE). Specifically, we identified differentially expressed mRNA genes and miRNAs in 103 tumors using the transcriptomic data from The Cancer Genome Atlas. Next, we determined significantly correlated TF-gene/miRNA and miRNA-gene/TF pairs with regulation direction. Subsequently, we determined 288 and 664 dysregulated TF-miRNA-gene FFLs in SE and NSE, respectively. By constructing dysregulated FFL networks, we found that many hub nodes (12 out of 30 for SE and 8 out of 32 for NSE) in the top ranked FFLs could predict subtype-classification (Random Forest classifier, average accuracy ≥90%). These hub molecules were validated by an independent dataset. Our network analysis pinpointed several SE-specific dysregulated miRNAs (miR-200c-3p, miR-25-3p, and miR-302a-3p) and genes (EPHA2, JUN, KLF4, PLXDC2, RND3, SPI1, and TIMP3) and NSE-specific dysregulated miRNAs (miR-367-3p, miR-519d-3p, and miR-96-5p) and genes (NR2F1 and NR2F2). This study is the first systematic investigation of TF and miRNA regulation and their co-regulation in two major TGCT subtypes

Búsqueda de nuevos genes implicados en la etiopatogenia de los síndromes lipodistróficos infrecuentes

Las lipodistrofias son un grupo de enfermedades caracterizadas por la pérdida de tejido adiposo, asociadas a resistencia a la insulina y síndrome metabólico. En la lipodistrofia parcial familiar tipo 1 o síndrome de Köbberling, esta pérdida de grasa afecta a unas regiones (sobre todo extremidades inferiores), mientras en otras existe un acúmulo excesivo. Aunque está descrito como un síndrome de origen genético, el gen o genes causales no han sido descubiertos. Además de establecer una caracterización fenotípica y clínica detallada de la enfermedad, en la presente tesis se han encontrado, a raíz de estudios familiares, una serie de variantes genéticas que podrían estar ocasionando la aparición del cuadro

Influencia del genotipo, sexo fetal y suplementación materna con hidroxitirosol sobre el desarrollo prenatal del cerdo ibérico

El cerdo ibérico, perteneciente al tronco porcino Sus scrofa meridionalis o cerdo mediterráneo, ha sido criado en sistemas extensivos durante siglos y como consecuencia, ha desarrollado un genotipo “ahorrador” que le permite adaptarse a las condiciones climáticas extremas y a los ciclos estacionales de abundancia y escasez de alimento característicos del suroeste de la Península Ibérica. Por otro lado, la rusticidad propia de la raza y la escasa selección genética determinan una menor eficiencia de sus parámetros productivos respecto a otras razas cosmopolitas seleccionadas. Sin embargo, en los últimos años, la demanda de productos cárnicos de calidad por parte de los consumidores ha llevado a la intensificación de los sistemas de producción del cerdo ibérico. Los sistemas intensivos aumentan la rentabilidad del proceso productivo, ya que permiten acortar los ciclos de producción y reducir los meses de vida para alcanzar el peso mínimo de sacrificio. Sin embargo, existen marcadas diferencias en la eficiencia de la producción del cerdo ibérico respecto a las razas mejoradas, siendo las más evidentes la menor precocidad y mayor duración del ciclo productivo en el cerdo ibérico..