Cohérentisme historique et pratiques classificatoires : la phylogénétique contemporaine comme cas d'étude

L’objectif de cette thèse est de fournir un cadre théorique pour l’analyse philosophique des pratiques classificatoires en sciences. La classification, définie comme étant un geste épistémique dont l’objectif est de fournir une description du monde par découpage et discrimination, et par mise en relation des catégories ainsi formées, est un point de rencontre naturel entre philosophie et sciences. La tradition des espèces naturelles, considérée en philosophie des sciences comme la principale approche disponible pour l’analyse des pratiques classificatoires, est toutefois lacunaire. Dans le cadre de cette thèse, je démontre les faiblesses de cette approche et le besoin de mobiliser d’autres ressources épistémologiques pour penser la classification. À cet effet, je m’inspire de travaux en philosophie de la mesure s’inscrivant dans un courant de pensée que j’appelle le cohérentisme historique. Ces approches mettent l’accent sur les pratiques inférentielles et sur la charge théorique des observations en plus d’insister sur le dynamisme scientifique et la multitude de facteurs qui l’influencent (principe de respect, impératif de progrès, développements théoriques, nouveaux outils [mathématiques ou matériels], nouvelles données, histoire du champ disciplinaire, structure sociale de la recherche, etc.). Une fois ce cadre d’analyse épistémologique présenté en détail, je le mobilise pour étudier un ensemble de pratiques classificatoires en sciences, soit les pratiques phylogénétiques contemporaines. La phylogénétique est la discipline biologique qui vise à retracer les liens généalogiques qui unissent les êtres vivants. Les gènes et organismes sont ainsi regroupés au sein d’unités taxonomiques qui sont par la suite mises en relation. Ce champ disciplinaire a longtemps été associé de façon intime et exclusive au modèle arborescent, lui-même associé à la théorie de l’évolution par voie de sélection naturelle : les liens phylogénétiques entre organismes sont généralement représentés sous la forme d’un arbre, soit l’Arbre du vivant. Or, les dernières décennies ont vu émerger, au sein de la discipline, un compétiteur : le modèle réticulé. En analysant les différences et similarités qui lient ces deux types de modèles (modèles arborescents et modèles réseaux), je démontre que la transition d’un modèle à l’autre n’influence que superficiellement la pratique puisque la majorité de ses déterminants demeure inchangée. En bref, cette thèse présente un cadre d’analyse philosophique pour appréhender les pratiques classificatoires en sciences. J’importe des principes et des outils issus de travaux de la philosophie de la mesure afin de développer une philosophie de la classification qui comble les lacunes de la tradition des espèces naturelles. En s’ancrant dans ce que j’appelle le cohérentisme historique, cette thèse contribue non seulement à la bonne compréhension des pratiques classificatoires d’un point de vue épistémologique, mais aussi à la bonne compréhension des pratiques phylogénétiques contemporaines et de l’importante transition qui éloigne cette discipline de son modèle classique, soit l’Arbre du vivant.The main objective of this dissertation is to offer a philosophical framework for the analysis of scientific classificatory practices. Classification, here defined as an epistemic action that describes the world by breaking down phenomena into categories and by establishing relevant relationships between these categories, is a natural bridge between philosophy and science. The tradition of natural kinds, which is currently the main approach in philosophy of science for analysing classificatory practices, has important shortcomings when it comes to epistemologically analyzing scientific classification. In this dissertation, I highlight these weaknesses and the consequent need to develop a novel framework for tackling classificatory practices. To achieve this, I draw on an existing trend in philosophy of measurement, which I coined historical coherentism. This approach is centered on the analysis of inferential practices and stresses the importance of the theoretical charge of observations. It also focuses on the dynamic nature of scientific fields and on the variety of factors that determine scientific progress (principle of respect, imperative of progress, theoretical developments, mathematical and material innovations, new data, the history of a field of research, the social structure of the scientific community, etc.). After the detailed presentation and exploration of this epistemological framework, I use it to tackle a set of scientific classificatory practices, namely contemporary phylogenetic practices. Phylogenetics is the biological discipline that aims to reconstruct the genealogical relationships uniting living beings. Genes and organisms are grouped into operative taxonomic units, and these units are then connected within a system. Since its inception, phylogenetics has been intimately tied to tree-based models, with these tree-based models themselves tied to the theory of evolution by means of natural selection: the phylogenetic system connecting all living organisms takes the form of a tree, the Tree of Life. In the last few decades, however, an alternative type of models has gained more attention and support within the field: network-based models. Using historical coherentism, I analyze the differences and similarities between the two competing types of models (tree-based models and network-based models) and show that the transition from one to the other only superficially changes phylogenetic practices. Indeed, many factors that constrain these practices remain unchanged whether researchers use tree-based or network-based models. In short, this thesis presents a philosophical framework for the analysis of classificatory practices in sciences. I use various principles and tools imported from the philosophy of measurement to develop a philosophy of classification that covers the weaknesses of the tradition of natural kinds. By anchoring my work in historical coherentism, I contribute not only to our understanding of classificatory practices, from an epistemological perspective, but also to a better understanding of contemporary phylogenetic practices and of the significant transition that leads this discipline away from its classical model, the Tree of Life

Narrative as History: Yao P’ing-Chung’s Raid in 1126 C.E.

本論文之問題關注焦點為歷史書寫中的敘事性（Narrativity），並以南宋前期解釋姚平仲劫寨的敘事文本作為研究對象。藉由歷史敘事的視角，閱讀、分析這些收錄在《三朝北盟會編》之中以及《東都事略》等有關姚平仲劫寨的敘事文本，並透過這些歷史敘事文本，帶進晚近歷史哲學領域中有關歷史敘事無法驗證的真實宣稱所造成的爭議。本文以融貫敘事（coherent narrative）的敘事操作概念，連接貫穿兩個看似不同層面的問題：其一，從這些圍繞著同一起事件但言人人殊的姚平仲劫寨歷史敘事為出發點，本文討論宋代當代史書寫實踐中所隱含的憂慮，說明南宋歷史書寫中等待有朝一日達成融貫敘事的「成書」期盼，以及官方史學編纂的相關難處；其二，在歷史敘事的爭議方面，本文取徑於融貫論立場（Coherentism），借重Michael Oakeshott的歷史經驗論，說明歷史之真實並不在無法驗證的歷史實際，而在給定歷史敘事之間的融貫性上，嘗試回應、鬆綁一九五０至七０年代之間歷史敘事真實性所深陷的兩難糾纏。This thesis homes in on narrativity in historiography, especially that of Sung dynasty. Through narratology glasses, the essay reads and analyzes a total of five historical texts before 1194 C.E. explaining the event of Yao P’ing-Chung’s 姚平仲 raid during Jingkang Incident 靖康之難, each of them told somewhat different story about Yao’s butched raid; Meanwhile, it attempts to present, with these narratives, an old dilemma in the field of philosophy of history, a dilemma concerning the unfalsifiability of truth-claim that historical narratives assumingly entail. Deploying the idea of “coherent narrative,” the essay not only illustrates Sung historical apprehension, historical writing tradition, and official historiography in which Yao’s narratives resided or joined, but also ventures upon tackling the dilemma by adapting Michael Oakeshott’s historical Coherentism as a prospective strategic solution