2 research outputs found
Development of a GPGPU accelerated tool to simulate advection-reaction-diffusion phenomena in 2D
Computational models are powerful tools to the study of environmental systems, playing a fundamental
role in several fields of research (hydrological sciences, biomathematics, atmospheric
sciences, geosciences, among others). Most of these models require high computational capacity,
especially when one considers high spatial resolution and the application to large areas.
In this context, the exponential increase in computational power brought by General Purpose
Graphics Processing Units (GPGPU) has drawn the attention of scientists and engineers to
the development of low cost and high performance parallel implementations of environmental
models. In this research, we apply GPGPU computing for the development of a model that describes
the physical processes of advection, reaction and diffusion. This presentation is held in
the form of three self-contained articles. In the first one, we present a GPGPU implementation
for the solution of the 2D groundwater flow equation in unconfined aquifers for heterogenous
and anisotropic media. We implement a finite difference solution scheme based on the Crank-
Nicolson method and show that the GPGPU accelerated solution implemented using CUDA
C/C++ (Compute Unified Device Architecture) greatly outperforms the corresponding serial
solution implemented in C/C++. The results show that accelerated GPGPU implementation is
capable of delivering up to 56 times acceleration in the solution process using an ordinary office
computer. In the second article, we study the application of a diffusive-logistic growth (DLG)
model to the problem of forest growth and regeneration. The study focuses on vegetation belonging
to preservation areas, such as riparian buffer zones. The study was developed in two
stages: (i) a methodology based on Artificial Neural Network Ensembles (ANNE) was applied
to evaluate the width of riparian buffer required to filter 90% of the residual nitrogen; (ii) the
DLG model was calibrated and validated to generate a prognostic of forest regeneration in riparian
protection bands considering the minimum widths indicated by the ANNE. The solution
was implemented in GPGPU and it was applied to simulate the forest regeneration process for
forty years on the riparian protection bands along the Ligeiro river, in Brazil. The results from
calibration and validation showed that the DLG model provides fairly accurate results for the
modelling of forest regeneration. In the third manuscript, we present a GPGPU implementation
of the solution of the advection-reaction-diffusion equation in 2D. The implementation is
designed to be general and flexible to allow the modeling of a wide range of processes, including
those with heterogeneity and anisotropy. We show that simulations performed in GPGPU
allow the use of mesh grids containing more than 20 million points, corresponding to an area of
18,000 km? in a standard Landsat image resolution.Os modelos computacionais s?o ferramentas poderosas para o estudo de sistemas ambientais,
desempenhando um papel fundamental em v?rios campos de pesquisa (ci?ncias hidrol?gicas,
biomatem?tica, ci?ncias atmosf?ricas, geoci?ncias, entre outros). A maioria desses modelos
requer alta capacidade computacional, especialmente quando se considera uma alta resolu??o
espacial e a aplica??o em grandes ?reas. Neste contexto, o aumento exponencial do poder computacional
trazido pelas Unidades de Processamento de Gr?ficos de Prop?sito Geral (GPGPU)
chamou a aten??o de cientistas e engenheiros para o desenvolvimento de implementa??es paralelas
de baixo custo e alto desempenho para modelos ambientais. Neste trabalho, aplicamos
computa??o em GPGPU para o desenvolvimento de um modelo que descreve os processos f?sicos
de advec??o, rea??o e difus?o. Esta disserta??o ? apresentada sob a forma de tr?s artigos. No
primeiro, apresentamos uma implementa??o em GPGPU para a solu??o da equa??o de fluxo de
?guas subterr?neas 2D em aqu?feros n?o confinados para meios heterog?neos e anisotr?picos.
Foi implementado um esquema de solu??o de diferen?as finitas com base no m?todo Crank-
Nicolson e mostramos que a solu??o acelerada GPGPU implementada usando CUDA C / C ++
supera a solu??o serial correspondente implementada em C / C ++. Os resultados mostram que
a implementa??o acelerada por GPGPU ? capaz de fornecer acelera??o de at? 56 vezes no processo
da solu??o usando um computador de escrit?rio comum. No segundo artigo estudamos a
aplica??o de um modelo de crescimento log?stico difusivo (DLG) ao problema de crescimento e
regenera??o florestal. O estudo foi desenvolvido em duas etapas: (i) Aplicou-se uma metodologia
baseada em Comites de Rede Neural Artificial (ANNE) para avaliar a largura da faixa de
prote??o rip?ria necess?ria para filtrar 90% do nitrog?nio residual; (ii) O modelo DLG foi calibrado
e validado para gerar um progn?stico de regenera??o florestal em faixas de prote??o
rip?rias considerando as larguras m?nimas indicadas pela ANNE. A solu??o foi implementada
em GPGPU e aplicada para simular o processo de regenera??o florestal para um per?odo de
quarenta anos na faixa de prote??o rip?ria ao longo do rio Ligeiro, no Brasil. Os resultados
da calibra??o e valida??o mostraram que o modelo DLG fornece resultados bastante precisos
para a modelagem de regenera??o florestal. No terceiro artigo, apresenta-se uma implementa??o
em GPGPU para solu??o da equa??o advec??o-rea??o-difus?o em 2D. A implementa??o
? projetada para ser geral e flex?vel para permitir a modelagem de uma ampla gama de processos,
incluindo caracter?sticas como heterogeneidade e anisotropia do meio. Neste trabalho
mostra-se que as simula??es realizadas em GPGPU permitem o uso de malhas contendo mais
de 20 milh?es de pontos (vari?veis), correspondendo a uma ?rea de 18.000 km? em resolu??o
de 30m padr?o das imagens Landsat