RESKO: Repositioning drugs by using side effects and knowledge from ontologies

The objective of drug repositioning is to apply existing drugs to different diseases or medical conditions than the original target, and thus alleviate to a certain extent the time and cost expended in drug development. Our system RESKO, REpositioning drugs using Side Effects and Knowledge from Ontologies, identifies drugs with similar side-effects which are potential candidates for use elsewhere, the supposition is that similar side-effects may be caused by drugs targeting similar proteins and pathways. RESKO, integrates drug chemical data, protein interaction and ontological knowledge. The novel aspects of our system include a high level of biological knowledge through the use of pathway and biological ontology integration. This provides a explanation facility lacking in most of the existing methods and improves the repositioning process. We evaluate the shared side effects from the eight conventional Alzheimer drugs, from which sixty-seven candidate drugs based on a side-effect commonality were identified. The top 25 drugs on the list were further investigated in depth for their suitability to be repositioned, the literature revealed that many of the candidate drugs appear to have been trialed for Alzheimer's disease. Thus verifying the accuracy of our system, we also compare our technique with several competing systems found in the literature

Tendências na indústria farmacêutica : R&D : estratégia de reposicionamento de moléculas

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Superior de Ciências da Saúde Egas MonizPara a descoberta e desenvolvimento de moléculas, encontram-se cada vez mais obstáculos: elevado custo e dispêndio de tempo; processo regulamentar dificultado e as moléculas não são aprovadas devido a baixas condições de efetividade. Recorre-se, por isso, a abordagens alternativas de modo a que a descoberta e o desenvolvimento de moléculas não estagne. Desde as pequenas moléculas às biológicas, todo o processo é muito rigoroso e cada passo é crucial devido ao processo regulamentar envolvido. No modelo convencional, despende-se entre 10-17 anos para se desenvolver uma moléculas e a probabilidade de ter sucesso após a fase I é menos de 20% e mesmo para moléculas que conseguem alcançar a fase III a sua probabilidade de ter sucesso é menos de 60%. De forma a manter a sua componente inovadora, a IF, cria ligações com universidades, empresas sem fins lucrativos, empresas de dimensão variada e recorrem a estratégias como o reposicionamento de moléculas. Estas parcerias, constituem uma forma de a IF expandir os seus conhecimentos, recursos humanos e tecnológicos, permitindo assim o intercâmbio de informação entre estas, de modo a inovar o R&D. Apesar do reposicionamento não ser uma medida nova, esta tem vindo a suscitar um grande interesse, tendo em conta as vantagens como o facto de os ensaios de segurança e toxicológicos já terem sido realizados, iniciando-se assim o processo em fase II. Com esta metodologia, há uma maximização da terapêutica e todo o potencial da molécula é aproveitado; surgem assim, novas indicações terapêuticas para moléculas já descobertas. O expirar das patentes, a competição com os genéricos, a concorrência empresarial, a produtividade e a inovação, são alguns dos parâmetros que conduzem o reposicionamento de moléculas. Concretamente, nos casos do sildenafil e da talidomida, o reposicionamento de moléculas constitui uma boa via para explorar fármacos já conhecidos, tratando-se assim de um método eficiente, permitindo a solução de diferentes problemas com que a IF se possa deparar