XFlow: An algorithm for extracting ion chromatograms

Abstract: Mass spectrometry is a fundamental tool for modern proteomics. The increasing availability of mass spectrometry data paired with the increasing sensitivity and fidelity of the instruments necessitates new and more potent analytical methods. To that end, we have created and present XFlow, a feature detection algorithm for extracting ion chromatograms from MS1 LC-MS data. XFlow is a parameter-free procedurally agnostic feature detection algorithm that utilizes the latent properties of ion chromatograms to resolve them from the surrounding noise present in MS1 data. XFlow is designed to function on either profile or centroided data across different resolutions and instruments. This broad applicability lends XFlow strong utility as a one-size-fits-all method for MS1 analysis or target acquisition for MS2. XFlow is written in Java and packaged with JS-MS, an open-source mass spectrometry analysis toolkit

Métodos alternativos para evaluar expresión diferencial sin réplicas de los tratamientos de materiales rubus glaucus benth tolerantes al ataque de colletotrichum gloesporiodes con el fin de identificar genes de importancia asociados a tolerancia

El cultivo de mora de la zona andina, conocido científicamente como Rubus glaucus se cultiva masivamente en Colombia donde se pueden encontrar diferentes variedades, los cuales pertenecen a la familia Rosacea que incluye otros miembros de gran importancia económica a nivel mundial como la fresa, la pera, la cereza, el durazno, la frambuesa y la rosa, entre otras.Muchas familias de la zona andina dependen del cultivo de mora (Rubus glaucus, BENTH), sin embargo, la productividad de este cultivo no es la ideal debido a las enfermedades que lo afectan, entre las que se encuentra la antracnosis causada por Colletotrichum gloeosporioides como una de las de mayor relevancia (López-Vásquez et al., 2013). En la región cafetera de Colombia se ha identificado que en el 52,9% de los casos esta enfermedad afecta la productividad de los cultivos de mora, catalogándola como una de las más importantes (Botero et al., 2002). Este trabajo se enfoca en identificar los genes en Rubus glaucus, BENTH tolerantes al ataque de Colletotrichum gloeosporioides, a partir de un análisis de expresión diferencial. Se usaron 3 grupos, un material tolerante inoculado con el patógeno, un material susceptible inoculado con el patógeno y un material susceptible sin inocular. El análisis de expresión diferencial viene después de realizar la secuenciación por RNA-seq y el ensamblaje del transcriptoma de Rubus glaucus, BENTH, los cuales fueron desarrollados por el grupo de investigación en Biodiversidad y Biotecnológica de la Universidad Tecnológica de Pereira. Por los altos costos que representan los análisis de secuenciación RNA-seq, sólo se contó con una réplica de este experimento. El presente proyecto parte con un estudio del estado del arte de los experimentos RNA-seq para identificar métodos que permitan hacer análisis de expresión diferencial cuando sólo se cuenta con una réplica, después de ser identificados

Métodos alternativos para evaluar expresión diferencial sin réplicas de los tratamientos de materiales rubus glaucus benth tolerantes al ataque de colletotrichum gloesporiodes con el fin de identificar genes de importancia asociados a tolerancia

El cultivo de mora de la zona andina, conocido científicamente como Rubus glaucus se cultiva masivamente en Colombia donde se pueden encontrar diferentes variedades, los cuales pertenecen a la familia Rosacea que incluye otros miembros de gran importancia económica a nivel mundial como la fresa, la pera, la cereza, el durazno, la frambuesa y la rosa, entre otras.Muchas familias de la zona andina dependen del cultivo de mora (Rubus glaucus, BENTH), sin embargo, la productividad de este cultivo no es la ideal debido a las enfermedades que lo afectan, entre las que se encuentra la antracnosis causada por Colletotrichum gloeosporioides como una de las de mayor relevancia (López-Vásquez et al., 2013). En la región cafetera de Colombia se ha identificado que en el 52,9% de los casos esta enfermedad afecta la productividad de los cultivos de mora, catalogándola como una de las más importantes (Botero et al., 2002). Este trabajo se enfoca en identificar los genes en Rubus glaucus, BENTH tolerantes al ataque de Colletotrichum gloeosporioides, a partir de un análisis de expresión diferencial. Se usaron 3 grupos, un material tolerante inoculado con el patógeno, un material susceptible inoculado con el patógeno y un material susceptible sin inocular. El análisis de expresión diferencial viene después de realizar la secuenciación por RNA-seq y el ensamblaje del transcriptoma de Rubus glaucus, BENTH, los cuales fueron desarrollados por el grupo de investigación en Biodiversidad y Biotecnológica de la Universidad Tecnológica de Pereira. Por los altos costos que representan los análisis de secuenciación RNA-seq, sólo se contó con una réplica de este experimento. El presente proyecto parte con un estudio del estado del arte de los experimentos RNA-seq para identificar métodos que permitan hacer análisis de expresión diferencial cuando sólo se cuenta con una réplica, después de ser identificados