Biofuel sebagai substitusi potensial dari BBM belum dimanfaatkan secara maksimal. Untuk itu, diperlukan desain ulang dari strategi pengembangan biofuel yang komprehensif mencakup sektor energi yang merupakan output dari produk dan sektor pertanian yang merupakan sumber inputnya. Secara keseluruhan, terdapat tiga pendekatan yang berbeda untuk memodelkan biofuel, yaitu pendekatan dari sisi ekonomi dengan model Computable General Equilibrium (CGE), lalu pendekatan dari sisi pertanian dengan model Partial Equilibrium (PE), dan pendekatan dari sisi energi dengan model Long-range Energy Alternatives Planning (LEAP). Tujuan utama makalah ini adalah untuk memperoleh gambaran permasalahan atas situasi yang terjadi dalam perencanaan kebijakan biofuel mempertimbangkan penggunaan ketiga pendekatan diatas. Dengan menggunakan Soft System Methodology (SSM), pada makalah ini telah dibangun suatu model konseptual yang menggambarkan hubungan aktivitas antar komponen yang berkait. Melalui penerapan langkah-langkah SSM telah disusun rencana tindakan yang akan dilakukan, yaitu perencanaan terintegrasi dengan LEAP yang telah dimodifikasi untuk mengakomodir sektor pertanian dan sektor energi