Classification of Small Noncoding RNAs

Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).This masters's thesis contains description of designed and implemented tool for classification of plant microRNA without genome. Properties of mature and star sequences in microRNA duplexes are used. Implemented method is based on clustering of RNA sequences (with CD-HIT) to mainly reduce their count. Selected representants from each clusters are classified using support vector machine. Performance of classification is more than 96% (based on cross-validation method using the training data).

Modifikation der Genexpression respiratorischen Epithels mittels Oligonukleotiden zur Entwicklung innovativer Behandlungsstrategien von entzündlichen Erkrankungen der Atemwege

Das Atemwegsepithel ist als Teil der angeborenen Immunität in der Lage, mikrobielle Bestandteile zu erkennen und mit einer Entzündungsreaktion zu antworten. Ziel der vorliegenden Studie war es, die Interaktion von kleinen Nukleinsäuren und Atemwegsepithel zu untersuchen. Die vorliegende Studie ergab, dass durch die Applikation von Antisense Oligonukleotiden und small interfering RNA (siRNA) gegen die p65 Untereinheit von NF- kappa B die Genexpression im Atemwegsepithel verändert und entzündliche Reaktionen auf diese Weise modifiziert werden können. Die Aufnahme der Nukleinsäuren in Atemwegsepithel ist dabei abhängig vom verwendeten Transfektionsreagenz und dem Differenzierungsgrad der Zellen. Ein Vergleich der beiden Ansätze ergab, dass die Applikation von siRNA bezüglich der Inhibition von Entzündung im Atemwegsepithel einen stärkeren Effekt hervorruft. Nukleinsäuren können im Atemwegsepithel jedoch auch entzündliche Reaktionen auslösen. Die Untersuchung der zugrunde liegenden Mechanismen ergab, dass das System der Toll-like Rezeptoren (TLR), insbesondere TLR3 und TLR9 für diese Reaktionen verantwortlich sind. Hiermit wird klar, dass Atemwegsepithel nicht nur eine passive Barriere gegen eindringende Mikroorganismen darstellt, sondern aktiv an der Auslösung einer Immunantwort beteiligt ist. Kürzlich neu gewonnene Einblicke in die Pathophysiologie entzündlicher Erkrankungen haben für die Entwicklung neuer therapeutischer Ansätze die Basis geliefert. Die vorliegende Studie zeigt, dass die Applikation kleiner Nukleinsäuren eine neue therapeutische Modalität für entzündliche Lungenerkrankungen wie Asthma, Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) und Zystische Fibrose darstellt. Die Ergebnisse weisen jedoch ebenfalls auf Limitationen dieser Therapieform hin. Die schlechte Zugänglichkeit des Atemwegsepithels stellt dabei das größte Hindernis dar. Die Tatsache, dass kleine Nukleinsäuren im Atemwegsepithel Entzündungsreaktionen verursachen können, verdeutlicht, dass eine sorfältige Auswahl der Sequenz Voraussetzung für den therapeutischen Erfolg ist

Diversity of O Antigens within the Genus Cronobacter: from Disorder to Order

Cronobacter species are Gram-negative opportunistic pathogens that can cause serious infections in neonates. The lipopolysaccharides (LPSs) that form part of the outer membrane of such bacteria are possibly related to the virulence of particular bacterial strains. However, currently there is no clear overview of O-antigen diversity within the various Cronobacter strains and links with virulence. In this study, we tested a total of 82 strains, covering each of the Cronobacter species. The nucleotide variability of the O-antigen gene cluster was determined by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. As a result, the 82 strains were distributed into 11 previously published serotypes and 6 new serotypes, each defined by its characteristic restriction profile. These new serotypes were confirmed using genomic analysis of strains available in public databases: GenBank and PubMLST Cronobacter. Laboratory strains were then tested using the current serotype-specific PCR probes. The results show that the current PCR probes did not always correspond to genomic O-antigen gene cluster variation. In addition, we analyzed the LPS phenotype of the reference strains of all distinguishable serotypes. The identified serotypes were compared with data from the literature and the MLST database (www.pubmlst.org/cronobacter/). Based on the findings, we systematically classified a total of 24 serotypes for the Cronobacter genus. Moreover, we evaluated the clinical history of these strains and show that Cronobacter sakazakii O2, O1, and O4, C. turicensis O1, and C. malonaticus O2 serotypes are particularly predominant in clinical cases

Early passenger leukocyte migration and acute immune reactions in the rat recipient spleen during liver engraftment: With particular emphasis on donor major histocompatibility complex class II⁺ cells

After a short course of tacrolimus, Lewis rat liver allografts induce donor-specific nonreactivity in Brown Norway recipients that is immunosuppression-independent after 28 days. To clarify the role of donor major histocompatibility complex (MHC) class II+ cells, we investigated the migration to the recipient splenic T- and B-cell compartments of different subsets of Lewis MHC class II+ passenger leukocytes. The rise and decline of immune activation were monitored in the hepatic allograft and in the host spleen by analyses of BrdU+ (proliferating) leukocytes, TUNEL+ (apoptotic) cells, apoptosis-associated molecules, TH1/TH2 cytokine profiles, and histoimmunocytochemical examination of graft and splenic tissues. Serial flow cytometry studies during the 28-day period of drug-assisted "hepatic tolerogenesis" showed that migratory MHC class II+ cells accounted for less than half of the donor cells in the host spleen. The class II+ cells consisted mostly of B cells that homed to splenic B-cell follicles with only a sparse representation of dendritic cells that were exclusively found in the splenic periarteriolar lymphoid sheath. In parallel studies, transplantation of the less tolerogenic heart produced a diminutive version of the same events, but with far fewer donor cells in the host spleen, evidence of sustained immune activation, and the development of chronic rejection by 100 days. The data are consistent with the paradigm that migration of donor leukocytes is the prime determinant of variable tolerance induction induced by transplantation of the liver and other organs, but without regard for donor MHC class II+ expression

Capital social et contrainte latérale

Pour exercer du pouvoir, il est souvent nécessaire de mobiliser des ressources sociales, des « relations», et de savoir les utiliser. Cet article examine cette mobilisation en termes de conversion du capital social en contraintes sociales latérales. Il s'agit notamment de décrire la manière dont des pairs utilisent leurs relations pour exercer des pressions les uns sur les autres, par personnes interposées. On propose à cet effet une méthode d'articulation de données de réseaux bi- et tri- dimensionnelles recueillies dans une organisation collégiale. On montre que les acteurs mobilisent leur propre capital social de manière différenciée et sélective, qui varie selon le type de capital, le « propriétaire » des ressources sociales et les relations entre protagonistes. L'exercice des contraintes latérales apparaît ainsi comme le résultat de calculs économiques inextricablement liés à une culture stratégique et à des définitions d'identités et de relations.In order to exert power and maintain collective action, it is often necessary to mobilize one's social resources, "one's relations", and to know how to use them. This article examines this mobilization in terms of social capital conversion into lateral social constraints. The analysis is based on sociometric and three-way network data. More precisely, it shows how partners in a collegial organization, a corporate law firm, use leverage (i.e. their connections within the firm) to put pressure on each other. It is shown that actors mobilize their own social capital selectively, depending on the type of tie, the characteristics of the "owner" of the social resources and the relations between those involved. The development of lateral constraints thus appears to be the result of economic calculations, inextricably linked to partners' strategic culture and definitions of identities

La survie des partis politiques et le militantisme transhumant et errant au Cameroun

Au cours des trois (03) décennies qui ont suivi le retour du Cameroun à la démocratie plurielle en 1990, l’arène politique enregistre une multitude d’acteurs et d’organisations avec diverses opinions. De nos jours, plus de trois cent (300), formations politiques ont vu le jour avec différentes idéologies proposées aux citoyens. La loi n° 90/053/ du 19 décembre 1990 portant sur la liberté d’association, soutenue par celle n° 90/056 du 19 Décembre 1990 portant sur la création des partis politiques a favorisé le multipartisme et le développement idéologique au Cameroun. Ainsi, il s’est développé des comportements de nomadismes ou de transhumances politiques chez beaucoup d’acteurs de la scène politique camerounaise. Cet article qui se veut une réflexion sur l’expérience démocratique des camerounais dans le contexte du multipartisme politique, rend compte de la façon selon laquelle des citoyens militent dans plusieurs formations politiques d’une manière cyclique le plus souvent ou continue. C’est en ces deux types de comportements que consistent respectivement le militantisme transhumant et celui errant. Ils remettent en question la survie sur l’arène politique de certaines forces politiques, les plus faibles, c’est-à-dire celles les moins adaptées au jeu électoral au profit de celles les plus puissantes, donc celles qui participent aux compétitions politiques et de surcroît, obtiennent le plus de suffrages. Ces dernières s’adaptent en récupérant les militants et sympathisants des organisations politiques adverses. Dans une approche analytique fondée sur la stratégie des acteurs du jeu politique impliqués dans le militantisme transhumant et errant, ce à partir des données du terrain et celles secondaires issues des résultats des élections jusque-là organisées, il rapporte le mécanisme par lequel certains partis politiques sont actifs, alors que d’autres ne le sont pas, ils sont plutôt absents des compétions, dirait-on, ils auraient cessé d’exister en tant que entités.   During the three (03) decades which followed Cameroon's return to plural democracy in 1990, the political arena recorded a multitude of actors and organizations with various opinions. Nowadays, more than three hundred (300) political formations have emerged with different ideologies proposed to citizens. Law n° 90/053 of December 19, 1990 relating to freedom of association, supported by law n° 90/056 of December 19, 1990 relating to the creation of political parties, has promoted multipartyism and ideological development in Cameroon. Thus, it has developed behaviors of nomadism or political transhumance among many actors of the Cameroonian political scene. This article, which is a reflection on the democratic experience of Cameroonians in the context of the political multiparty system, reports on the way in which citizens militate in several formations in a cyclical manner most often or continuously. It is in these two types of behavior that transhumant and wandering activism consist respectively. They call into question the survival in the political arena of certain political forces, the weakest, that is to say those less suited to the electoral game in favor of the most powerful, therefore those who participate in political competitions and moreover, obtain the most votes. The latter adapt by recovering the militants and sympathizers of the opposing political organizations. in an analytical approach based on the strategy of the actors of the political game involved in transhumant and wandering activism, this from field data and secondary data from the results of the elections held until then, he reports the mechanism by which certain political parties are active, while others are not, they are rather absent from competitions, one would say, they would have ceased to exist as entities

Antisense-Inhibition der bakteriellen RNase P

Ziel der vorliegenden Arbeit war die in vitro- und in vivo-Inhibition bakterieller RNase P mit Antisense-Oligonukleotiden (AS-ON). RNase P ist ein essentielles Ribonukleoproteinenzym, das in allen drei Reichen des Lebens für die Reifung der ptRNAs zuständig ist. Für die Inhibitionsversuche wurde je eine RNase P RNA des Strukturtyps A und B ausgewählt (Typ A: Escherichia coli RNase P RNA; Typ B: Mycoplasma hyopneumoniae RNase P RNA). Bei beiden Strukturtypen bindet die ptRNA an die sogenannte CCA-Bindungsstelle in der P15-Schleife der RNA-Untereinheit als Voraussetzung für eine effiziente Abspaltung der 5´-Flanke der ptRNA. Die CCA-Bindungsstelle ist für die ptRNA-Reifung also von zentraler Bedeutung und sie ist gut zugänglich, da sie an der Oberfläche des Holoenzyms liegt. Die Sequenzen in der Nähe der CCA-Bindungsstelle sind bei verschiedenen Bakterienstämmen nicht hoch konserviert, was die Möglichkeit bietet, AS-ON spezifisch für einen Bakterienstamm oder eine Subgruppe von Bakterien zu konzipieren. Außerdem ist in eukaryontischen P RNAs keine CCA-Bindungsstelle bekannt. Dies alles macht die CCA-Bindungsstelle zu einem interessanten target für Antisense-Strategien zur Bekämpfung pathogener Bakterien. Ausgangspunkt waren haarnadelförmige RNA-AS-ON die teilweise komplementär zur CCA-Bindungsregion der E. coli RNase P RNA und in Anlehnung an ein in E. coli natürlich vorkommendes Antisense-Prinzip entworfen worden waren. Der Versuch, die Strategie der haarnadelförmigen AS-ON auf die Typ B-RNase P RNA von Mycoplasma hyopneumoniae zu übertragen, schlug fehl. Untersuchungen zum Wirkmechanismus der AS-ON auf die E. coli-RNase P RNA zeigten, dass ein einzelsträngiges RNA-AS-ON (RNA-15mer), das nur aus dem zur CCA-Bindungsstelle komplementären Teil des haarnadelförmigen Inhibitors bestand, ein deutlich höheres Inhibitionspotential aufwies. Im weiteren Verlauf wurde das RNA-15mer als Ausgangspunkt für Optimierungen der E. coli-spezifischen Inhibitoren gewählt. Veränderungen in der Länge der Oligonukleotide führten zu dem effektivsten Inhibitor (RNA-14mer, Ki-Wert = 2,2 nM). Da die AS-ON langfristig in vivo eingesetzt werden sollten, wurde im zweiten Teil der Arbeit das Inhibitionspotential Nuklease-stabilisierter Analoga des RNA-14mers untersucht. Für das LNA-14mer (Locked Nucleic Acid) und das RNA 14mer wurde ein vergleichbarer Ki-Wert gefunden, gefolgt von der PNA-Variante (Peptide Nucleic Acid) und DNA-Variante. Um die Spezifität der 14mere zu adressieren, wurden sie an anderen bakteriellen RNase P RNAs getestet, die sich in ihrer Sequenz im Bereich der P15-Region geringfügig von der E. coli-RNase P RNA unterscheiden. Dabei stellte sich heraus, dass die PNA-Variante spezifischer als das RNA-14mer und beide deutlich spezifischer als das LNA-14mer waren. Eine Untersuchung des Assoziationsverhaltens der vier sequenzgleichen 14mere ergab die höchste Assoziationsrate für das PNA-Analogon, gefolgt von der LNA-, RNA- und DNA-Variante. In Bleispaltungsversuchen konnte der Nachweis geführt werden, dass die Inhibition tatsächlich über einen Antisense-Mechanismus abläuft und So wurde für alle vier 14mere die Invasion in die E. coli-P RNA gezeigt, bei der die Helix P15 aufgebrochen wird und es zur Bildung einer Hybridhelix über die gesamte Länge des 14mer-Inhibitors kommt. Aufgrund seiner hohen Assoziationsrate, guten Affinität und Spezifität wurde das PNA-Oligomer für die in vivo-Versuche ausgewählt. PNA-Oligomere können auf Grund der gleichen Kopplungschemie unproblematisch mit invasiven Peptiden verknüpft werden, die die Durchlässigkeit der bakteriellen Zellhüllen für AS-ON verbessern. Im dritten Teil der Arbeit wurde die PNA-Variante an zwei verschiedenen E. coli-Stämmen auf ihr in vivo-Inhibitionspotential untersucht. Das PNA-14mer wurde mit zwei verschiedenen linker-Varianten (dem neuen Glycin und dem Standard AEEA-linker), an das invasive Peptid KFFKFFKFFK gekoppelt. Tests in dem in vitro Standardassay legten nahe, dass weder einer der linker noch das Peptid einen signifikant störenden Einfluss auf die Inhibitionswirkung haben. In in vivo-Experimenten mit dem E. coli-Wildtyp K12 in 10% LB-Medium konnte bei einer Konzentration von 10 µM des PNA-Peptid-Konjugats mit dem Glycin-linker keine Koloniebildung mehr nachgewiesen werden, während das AEEA-linker-Konjugat das Wachstum nur partiell hemmte. Die Inhibitoren zeigten eine qualitativ sehr ähnliche, jedoch stärker ausgeprägte Hemmwirkung auf den LPS-defizienten Stamm AS19. Die unterschiedliche Wirksamkeit veranschaulichte die Bedeutung der äußeren Zellmembran als Hindernis für die zelluläre Aufnahme der PNA-Peptid-Konjugate. Die Ergebnisse zeigen, dass über die Kopplung solcher Peptide die Aufnahme von AS-ON erheblich verbessert werden kann. Die Aufnahme in die Zelle scheint sehr effizient zu erfolgen, da bereits nach 10 min Inkubationszeit in Anwesenheit einer 10 µmolaren Konzentration des PNA-G-Peptids fast keine Koloniebildung mehr beobachtet wurde

Médiathèque de Roubaix- Rapport d\u27activité 2009

Rapport d\u27activité de la médiathèque de Roubaix pour l\u27année 2009. Ce document présente et commente les chiffres de l\u27année concernant le public, les collections et les services, puis fait un retour sur les événements culturels organisés durant l\u27année, ainsi que sur les actions menées par la médiathèque autour du développement de la lecture avant de finir sur les projets en cours ou futurs