A homologous production system for Trichoderma reesei secreted proteins in a cellulase-free background

Recent demands for the production of biofuels from lignocellulose led to an increased interest in engineered cellulases from Trichoderma reesei or other fungal sources. While the methods to generate such mutant cellulases on DNA level are straightforward, there is often a bottleneck in their production since a correct posttranslational processing of these enzymes is needed to obtain highly active enzymes. Their production and subsequent enzymatic analysis in the homologous host T. reesei is, however, often disturbed by the concomitant production of other endogenous cellulases. As a useful alternative, we tested the production of cellulases in T. reesei in a genetic background where cellulase formation has been impaired by deletion of the major cellulase transcriptional activator gene xyr1. Three cellulase genes (cel7a, cel7b, and cel12a) were expressed under the promoter regions of the two highly expressed genes tef1 (encoding translation elongation factor 1-alpha) or cdna1 (encoding the hypothetical protein Trire2:110879). When cultivated on d-glucose as carbon source, the Δxyr1 strain secreted all three cellulases into the medium. Related to the introduced gene copy number, the cdna1 promoter appeared to be superior to the tef1 promoter. No signs of proteolysis were detected, and the individual cellulases could be assayed over a background essentially free of other cellulases. Hence this system can be used as a vehicle for rapid and high-throughput testing of cellulase muteins in a homologous background

The C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 displays two conserved regions involved in decapping factor recruitment

Eukaryotic mRNA decay is a highly regulated process allowing cells to rapidly modulate protein production in response to internal and environmental cues. Mature translatable eukaryotic mRNAs are protected from fast and uncontrolled degradation in the cytoplasm by two cis-acting stability determinants: a methylguanosine (m(7)G) cap and a poly(A) tail at their 5' and 3' extremities, respectively. The hydrolysis of the m(7)G cap structure, known as decapping, is performed by the complex composed of the Dcp2 catalytic subunit and its partner Dcp1. The Dcp1-Dcp2 decapping complex has a low intrinsic activity and requires accessory factors to be fully active. Among these factors, Pat1 is considered to be a central scaffolding protein involved in Dcp2 activation but also in inhibition of translation initiation. Here, we present the structural and functional study of the C-terminal domain from S. cerevisiae Pat1 protein. We have identified two conserved and functionally important regions located at both extremities of the domain. The first region is involved in binding to Lsm1-7 complex. The second patch is specific for fungal proteins and is responsible for Pat1 interaction with Edc3. These observations support the plasticity of the protein interaction network involved in mRNA decay and show that evolution has extended the C-terminal alpha-helical domain from fungal Pat1 proteins to generate a new binding platform for protein partners

L'exploitation ostréicole, vers une intégration

L' objet de cette ét ude sera de dégager les stratégies de reproduction des exploitations ostréicoles à travers ces contraintes, et par la même nous étenderons notre champ d'étude aux stratégies de reproduction du groupe professionnel dans son ensemble. Pour ce faire, l'étude des exploitations ostréicoles fut menée à plusieurs niveaux . Après avoir déterminé le lieu de l'enquête, nous nous sommes attachés à reconstruire l'histoire constitutive du groupe professionnel, la reconstruction de cette histoire ayant pour but d'appréhender la structuration de ce groupe. Puis, nous avons sélectionné quatre exploitations ostréicoles au sein du groupe professionnel, que nous avons étudié afin de dégager les stratégies de reproduction des exploitations aujourd'hui. Enfin , dans la troisième partie de cette étude, nous avons essayé de cerner les évolutions qui se dessinent actuellement au sein même des exploitations comme du groupe professionnel et qui remettent en cause la structuration même de ce groupe. La méthodologie retenue pour mener à bien cette étude varie suivant les thèmes abordés. La reconstruction de l'historique du groupe professionnel fut basée essentiellement sur des documents d'archives et d'après des entretiens avec les premiers ostréiculteurs de la baie. L'étude de l'exploitation ostréicole ainsi que les changements stratégiques observés à l'heure actuelle chez les ostréiculteurs fut menée par l'intermédiaire des histoires de vie des quatre exploitants rencontrés. Toutefois, d'autres sources de documentation sont venues compléter ces récits de vie : des entretiens auprès des responsables des administrations gravitant autour de l'ostréiculture, des entretiens avec divers professionnels, des textes législatifs ainsi que divers documents ecrits provenant d'organismes liés à l'ostréiculture. L'enquête sur le terrain fut menée pour l'essentiel, du mois de janvier au mois de mars 1986  dans la baie de Bourgneuf qui est située à une cinquantaine de kilomètres de Nantes et occupe environ 60 000 hectares. Elle est délimitée au sud par l' île de Noirmoutier et au nord par la pointe St Gildas. La baie de Bourgneuf est actuellement un des plus importants bassins conchylicoles du littoral français. Les cultures marines occupent 1 300 hectares dont 85 % sur l ' estran appartenant au domaine publc maritime..

Systematic bioinformatics and experimental validation of yeast complexes reduces the rate of attrition during structural investigations.

For high-throughput structural studies of protein complexes of composition inferred from proteomics data, it is crucial that candidate complexes are selected accurately. Herein, we exemplify a procedure that combines a bioinformatics tool for complex selection with in vivo validation, to deliver structural results in a medium-throughout manner. We have selected a set of 20 yeast complexes, which were predicted to be feasible by either an automated bioinformatics algorithm, by manual inspection of primary data, or by literature searches. These complexes were validated with two straightforward and efficient biochemical assays, and heterologous expression technologies of complex components were then used to produce the complexes to assess their feasibility experimentally. Approximately one-half of the selected complexes were useful for structural studies, and we detail one particular success story. Our results underscore the importance of accurate target selection and validation in avoiding transient, unstable, or simply nonexistent complexes from the outset

Quand les cours d'eau débordent : les inondations dans le bassin de la Vilaine du XVIIIe siècle à nos jours

La Bretagne a subi ces vingt dernières années plusieurs événements hydroclimatiques exceptionnels qui ont touché de nombreux secteurs urbanisés notamment dans les communes périphériques de Rennes et les centres urbains de l'axe de la Vilaine. Cette succession d'événements a déclenché une réflexion sur le risque inondation à l'échelle régionale et tout particulièrement à l'échelle du bassin de la Vilaine. Les crises produites par les événements hydrologiques interrogent le territoire. Quelles sont les personnes touchées par ces événements, quelles sont les sources de vulnérabilité ou de résilience? Lors de ces crises l'ensemble de la collectivité questionne l'événement subi au travers de sa connaissance du territoire et des enjeux supposés. Les explications apportées sont liées aux usages de l'eau et aux politiques d'aménagement. Elles renvoient à une identification des responsabilités attribuées à certaines catégories d'acteurs. Face au risque et pendant la crise, la collectivité et les individus agissent pour diminuer les conséquences de l'inondation. Ces actions sont dépendantes de la connaissance du risque et de sa mémorisation. Cette gestion du risque se décline en terme de prévention, de prévision et de protection et s'échelonne dans le temps. Cet ouvrage présente l'ensemble de ces questionnements autour des crises produites par des inondations sur le bassin de la Vilaine sur une échelle temporelle de trois siècles. Cette analyse des dysfonctionnements, des incapacités ou, au contraire, des modes d'adaptation des sociétés face à des événements naturels dommageables est effectuée dans un cadre pluridisciplinaire. Les champs disciplinaires complémentaires : sociologie, histoire, géographie, économie et psychosociologie permettent d'appréhender la pluralité des facteurs agissant sur la vulnérabilité de la société ou sa résilience. L'échelle temporelle d'étude permet de faire ressortir les constances et les spécificités propres à chaque période

Approche pluridisciplinaire des perceptions des inondations sur le bassin de la Vilaine

Brittany (North-western of France) was seriously affected by several hydrological crises over the last twenty years. These crises indicated the vulnerability of some urban spaces and induced the consideration about the risk on the basin. This research program involved researchers of varied disciplines. The perception and representation of the risk are clearly identified. The present paper describes the methodology and the resulting crossed approach.Le bassin de la Vilaine a subi plusieurs inondations qualifiées d'historiques depuis 1995. Cette succession d'événements a déclenché une réflexion sur le risque d'inondation à l'échelle du bassin. Dans ce cadre, un programme de recherche a mobilisé des chercheurs de disciplines variées autour du thème de la perception et des représentations du risque d'inondation. Cette présentation met l'accent sur les méthodologies mises en ½uvre, et les modalités de cette approche croisée propre à toute recherche pluridisciplinaire

Approche pluridisciplinaire des perceptions des inondations sur le bassin de la Vilaine.

Brittany (North-western of France) was seriously affected by several hydrological crises over the last twenty years. These crises indicated the vulnerability of some urban spaces and induced the consideration about the risk on the basin. This research program involved researchers of varied disciplines. The perception and representation of the risk are clearly identified. The present paper describes the methodology and the resulting crossed approach.Le bassin de la Vilaine a subi plusieurs inondations qualifiées d'historiques depuis 1995. Cette succession d'événements a déclenché une réflexion sur le risque d'inondation à l'échelle du bassin. Dans ce cadre, un programme de recherche a mobilisé des chercheurs de disciplines variées autour du thème de la perception et des représentations du risque d'inondation. Cette présentation met l'accent sur les méthodologies mises en ½uvre, et les modalités de cette approche croisée propre à toute recherche pluridisciplinaire

Strategies for the structural analysis of multi-protein complexes: lessons from the 3D-Repertoire project

Structural studies of multi-protein complexes, whether by X-ray diffraction, scattering, NMR spectroscopy or electron microscopy, require stringent quality control of the component samples. The inability to produce 'keystone' subunits in a soluble and correctly folded form is a serious impediment to the reconstitution of the complexes. Co-expression of the components offers a valuable alternative to the expression of single proteins as a route to obtain sufficient amounts of the sample of interest. Even in cases where milligram-scale quantities of purified complex of interest become available, there is still no guarantee that good quality crystals can be obtained. At this step, protein engineering of one or more components of the complex is frequently required to improve solubility, yield or the ability to crystallize the sample. Subsequent characterization of these constructs may be performed by solution techniques such as Small Angle X-ray Scattering and Nuclear Magnetic Resonance to identify 'well behaved' complexes. Herein, we recount our experiences gained at protein production and complex assembly during the European 3D Repertoire project (3DR). The goal of this consortium was to obtain structural information on multi-protein complexes from yeast by combining crystallography, electron microscopy, NMR and in silico modeling methods. We present here representative set case studies of complexes that were produced and analyzed within the 3DR project. Our experience provides useful insight into strategies that are more generally applicable for structural analysis of protein complexes