Bacterial vaginosis'li and lactobacilli isolated from healthy women, genital and rectal swab samples (duderlein bacilli) and genotypic identification of studying the properties of.

TEZ10170Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2013.Kaynakça (s. 41-47) var.x, 48 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm.Bakteriyel vajinosis (BV) tüm dünyada puberte dönemindeki kadınlarda en sık görülen alt genital sistem yakınmasıdır. Vajendeki ekosistemin bozulması sonucu koruyucu laktobasillerin azalması ve anaerob bakteri sayısının aşırı derecede artması sonucu ortaya çıkar. Yaş, hormonal yapı, sık cinsel ilişki, artmış partner sayısı, vajinal duş ve pH artışı gibi sebepler sonucu ortaya çıkar. Etyolojisi tam olarak bilinmemektedir. Ancak BV’in karekteristik özelli ği laktobasillerin azalmasıdır. Bu sebeple BV tedavisinde antibiyotiklere alternatif veya katkı olarak laktobasillerin oral veya vajen içi yolla kullanımı önerilmektedir. Dayanak olarak da kadınlarda vajende florayı oluşturan laktobasillerin komşuluk ilişkisi ile kolondan gelen laktobasiller oldukları ileri sürülmektedir. Bu çalışmada sağlıklı asemptomatik 40 kadından alınan vajinal ve rektal sürüntü örnekleri laktobasil insidansı ve türlerinin dağılımını tespit için sellektif kültür yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Ayrıca laktobasillerin tanı ve tiplendirilmesinde fenotipik yöntemlerin yanı sıra ilk defa RAPD-PCR yöntemi denenmiştir. Çalışmaya dahil edilen kadınların vajen sürüntü örneklerinin pH ölçümü, KOH testi, gram yayma preparatlarının Ison&Hay kriterlerine göre değerlendirilmesi sonucu 5 (%15)’inin asemptomatik BV bulgularına sahip oldukları görülmüştür. Kadınların vajen ve rektum sürüntü örneklerinden 132 farklı bakteri kolonisi laktobasil şüpheli bulunmuş, kristal yöntemi ile bunlardan 111’inin 11 farkl ı türe ait laktobasil olduğu, RAPD-PCR ile yapılan tiplendirmede ise sadece 101’inin 9 farkl ı tür laktobasil olduğu tespit edilmiştir. RAPD-PCR sonucları baz alındığında 28 (%70) kadında vajen, 31 (%77.5) kadında da rektal sürüntü örneklerinde en az bir laktobasil türünün kolonize olduğu, vajen de en sık kolonize olan türün 9 izolat ile L. gasseri olduğu, bu türün rektumdan 2. sıklıkta izole edilen tür olup kadınların 6’ sında hem vajen hem de rektum örneklerinde kolonize olduğu görülmüştür. Ayrıca vajen florasında laktobasil bulunan 28 kadının 21 (%75)’inde izole edilen laktobasil türlerinden en az birisinin rektumda kolonize olduğu görülmüştür. Sonuç olarak bölgemiz kadınlarında vajen ve rektumunda kolonize olan laktobasil türleri arasında yüksek oranda benzerlik olduğu görülmüş, olup vajene kolonize olan laktobasillerin rektum kökenli oldukları tezi desteklenmiştir.Bacterial vajinosis (BV) is the most common in women during puberty all over the world with complains of lower genital tract. They arise from the increase of anaerobic bacteria, Ecosystem degradation and decrease the protective lactobacilli in the vagina. They arise from causes such as pH increases Age, hormonal structure, frequent sexual intercourse, increased number of partners and vaginal douching. Its etiology is unknown. However, the reduction in lactobacilli is BV's characteristic feature. For this reason, in the treatment of BV, oral or vaginal lactobacilli additives are suggested in the way of alternative to antibiotic. Likewise, it is proposed that the Lactobacilli that forms flora inside the vagina are coming from rectum with neighborly relations. In this study, 40 healthy asymptomatic women, vaginal and rectal swab samples were taken to determine the distribution of species of lactobacilli and the incidence was evaluated using selective culture methods. Also to characterize lactobacilli, RAPD-PCR method has been tested for the first time as well as phenotypic diagnosis methods. PH measurement of vaginal swabs, KOH test, Gram smear preparations of women based on the evaluation criteria of Ison & Hay that included in the study were seen to have the findings of asymptomatic BV. Vaginal and rectal swab samples from women in 132 different bacterial colonies were suspected of lactobacilli. By crystal method, It is found that, 11 of that 111 species were belonged to different Lactobacilli species and according to results of characterization by RAPD-PCR method there were colonization with at least one species of Lactobacilli species in vagina of 28 (%70) women and in rectum of 31 (%77.5) women. In addition, the mostly colonized species were L. gasseri with 9 isolates and also this species were the second mostly isolated species from rectum. This species were also colonized in both vagina and rectum of 6 of women..Furthermore, 21 (75%) patients with rectal lactobacilli colonization of 28 were including at least one type of similar lactobacilli. As a result for the women in our region, Lactobacillus species colonizing the vagina and rectum are shown to be similar to a high rate and supported the thesis that lactobacilli colonize the rectum are vagina originated.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2012YL6

Short-term/long-term Acinetobacter baumannii outbreak in burn unit

Çalışmanın hedefi hastanemiz yanık ünitesinde görülen Acinetobacter baumannii salgınının kaynağının, mekanizmasının ve kontrol stratejisinin başarısının irdelenmesidir. Aynı birimdeki bir önceki salgında bir klinik örnekten izole edilen ve “indeks suş” olarak adlandırılan 3 yıllık suşa ek olarak yanık ünitesinde çevresel örneklerden izole edilen karbapenemlere dirençli 11 A.baumannii suşu çalışmaya alınmıştır. İzolatlar fenotipik olarak tanı konduktan sonra OXA tipi beta-laktamaz genlerinin tanımlanması için tip-spesifik-multipleks-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişkiler PFGE yöntemi ile araştırılmıştır. İndeks suş da dahil bütün izolatlar karbapenem dirençli bulunmuştur. blaOXA-51-like geni bütün izolatlarda tespit edilirken 3 suşta blaOXA-51-like genine ek olarak blaOXA-24-like geni de tespit edilmiştir. PFGE çalışması sonunda izolatlar 2 yakın ilişkili alt-grub içerisinde yer almıştır ve indeks suşun da en kalabalık grubla % 100 ilişkili olduğu görülmüştür. Bu çalışma özellikle karbapenem dirençli A.baumannii suşlarının kolonizasyonu ile sonuçlanan başarısız bir dezenfeksiyon işlemi örneğini göstermiştir. Karbapenem direnci açısından ülkemizdeki antibiyotik kullanım politikalarının tekrardan gözden geçirilmesi gerektiği, dezenfeksiyon açısından ise yeni yöntemlerin geliştirilmesinin yararlı olacağı düşünülmüştür.The aim of the study was to examine the source, mechanism and success of control strategy of an Acinetobacter bau - mannii outbreak seen at burn unit of our hospital. Furthermore mechanism of transmisson of resistance genes among A.bau - mannii strains were examined in addition to phenotypical/genotypical investigation of resistance. Eleven carbapenem resistant A.baumannii strains which were isolated from the environmental samples of the burn unit in addition to the 3 years old stra - in named as “index strain” isolated from a clinical sample from a previous outbreak of the same unit were included in the study. After phenotypical identification of isolates a type-specific-multiplex-PCR method was used to determine the genes of OXA type beta-lactamases (blaOXA). Clonal relations between strains were investigated by PFGE method. All of the isolates including the index strain were found to be carbapenem resistant. While all of the isolates had the blaOXA-51-like gene, 3 of strains there were blaOXA-24-like gene in addition to blaOXA-51-like gene. At the end of PFGE, isolates were placed in 2 closely-related sub-groups and the index strain was seen to be 100 % related with the most membered cluster. This study demonstrates an unsuccesfull model of disinfection process resulting with colonization of carbapenem resistant A.baumannii strains in a burn unit. We tought that reconsideration of antibiotic usage policies in terms of carbapenem resistance and development of new methods in terms of disinfection could be useful

Türkiye’nin adana bölgesinde gıda ve klinik kaynaklı enterokokların genotipik ilişkilerinin ve vankomisin direnç özelliklerinin karşılaştırılması

Bu çalışmada, Adana Bölgesinde gıdalardan izole edilen 51 Enterococcus spp. ile klinik orjinli 50 Enterococcus faecium türlerinin vankomisin direnç paternleri ve genetik ilişkileri çalışılmış, ayrıca vankomisin direncinin yayılmasında gıda kaynaklı olası bir geçişin olup olmadığı araştırılmıştır. Tanımlama ve antimikrobiyel direnç testleri sırasıyla Vitek-II ve disk diffüzyon metodları ile araştırılmıştır. Klinik izolatların minimum inhibitor konsantrasyonları E-test ile doğrulanmış; tüm izolatlarda vanA ve vanB direnç genleri PCR metodu ile araştırılmıştır. Bir izolat dışında, tüm gıda izolatlarının vankomisine dirençli olmadığı ve hiçbir suşun vanA ve vanB geni taşımadığı saptanmıştır. Klinik izolatların tümünün vankomisine dirençli olduğu, %84’ünün vanA, %2’sinin vanB genlerini taşıdığı; %14’ünün vanA ve vanB direnç genlerini taşımadığı belirlenmiştir. Pulsed Field Gel Electrophoresis metodu ile yapılan genetik ilişkilendirmede; 6 kolonizasyon kümesi ve 5 gıda kümesi kendi içlerinde yakın ilişkili bulunmuştur. Gıda ve klinik enfeksiyon izolatları arasında genetik ilişki saptanmamışken, 2 adet kolonizasyon ve gıda kümeleri arasında yakın ilişki bulunmuştur. Sonuç olarak, Adana bölgesinde gıda kaynaklı vankomisine duyarlı E. faecium türlerinin insanlarda kolonize olabildikleri, vanA ve vanB direnç genleri kazanarak vankomisin direncinin yayılmasında rezervuar olabilecekleri düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gıda endüstrisinde gıda kaynaklı enterokokların enfeksiyon etkeni izolatlar ile genetik olarak ilişkileri açısından dikkatle izlenmesi gerektiği sonucunu ortaya çıkarmıştır.In this research, genetic diversity and vancomycin resistance patterns were studied and also evaluated as a possible transfusion of vancomycin resistance that may be found from foods to clinical settings between 51 Enterococcus spp. isolated from food and 50 human clinical originated Enterococcus faecium strains in Adana Region. Identification and antimicrobial susceptibility tests were performed by Vitek- II system and disc diffusion method respectively. Minimum inhibitory concentrations of clinical isolates were confirmed by E-test and the presence of vanA and vanB genes were investigated by PCR method. Apart from one isolate, none of the food enterococci were resistant to vancomycin, and none of them carried vanA and vanB resistance genes. All clinical isolates were resistant to vancomycin, and 84% of these isolates carried vanA; 2%, vanB; and 14% neither vanA nor vanB genes. Genetic diversity within each group; 6 clusters of colonization isolates and 5 clusters of food isolates were found to be closely related by Pulsed Field Gel Electrophoresis method. Although no genetic relation was found among foods and human clinical infection isolates; 2 clusters of foods and human intestinal isolates were found to be closely related. Finally, vancomycin sensitive E. faecium strains from food colonized in humans acquired vanA and vanB resistance genes and are thought to be a reservoir for vancomycin resistance. These results revealed that food enterococci should be carefully monitored in food industry in terms of their genetic relation to infection species

Türkiye’nin güneyinde gıda ve insan örneklerinden toplanan Enterokok izolatlarının vankomisin direnci ve virülans faktörleri arasındaki ilişki

Bu çalışmanın amaçları, Türkiye’nin güneyinde gıda kaynaklı 51 adet Enterococcus spp. ile insan kaynaklı 50 adet Enterococcus faecium izolatlarının potansiyel virülans faktörlerinin, vankomisin direnç özelliklerinin prevalansının belirlenmesi ve vankomisin direnci ile virülans faktörler arasında muhtemel ilişkinin değerlendirilmesidir. İzolatlarının identifikasyonu Vitek-II sistemiyle, antimikrobiyel direnç testleri Vitek-II sistemi ve disk difüzyon metodlarıyla çalışıldı. vanA ve vanB ile sitolizin (cylA), agregasyon faktörü (asa1), jelatinaz (gelE), entrokok yüzey proteini (esp), hiyolüronidaz (hyl), genlerinden oluşan enterokokal virülans genler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metoduyla, hemolizin üretimi fenotipik yöntemle çalışıldı. Bir izolat dışında, gıda izolatlarının hiçbiri vankomisine dirençli değildi ve hiçbiri vanA ve vanB geni taşımamaktaydı. Klinik izolatların tümü vankomisine dirençliydi ve bu izolatların %84’ü vanA, %2’si vanB genlerini taşımakta; %14’ü vanA ve vanB genlerini taşımamaktaydı. cylA geni dışındaki test edilen diğer virülans genler ve vankomisin direnci, klinik izolatlarda daha yüksekti ve çoklu virülans genler ile vankomisin direnci arasında pozitif bir korelasyon gözlendi. Tüm izolatlar arasında esp gen pozitifliği ile vankomisin direnci, E. faecium türlerinde ise esp, hyl gen pozitiflikleri ile vankomisin direnci arasında pozitif bir korelasyon olduğu görüldü. Ayrıca, iki gıda ve bir intestinal enterokok suşunda ‘’sessiz cylA geni’’ bulundu. Bulgularımıza göre, virülans faktörler vankomisin direncine paralel olarak artabilir ve gıda kaynaklı enterokoklar gelE, asa1, hyl virülans genlerinin yayılmasında potansiyel kaynak olabilir. Sonuç olarak, gıda kaynaklı enterokoklarda esp ve hyl gen varlığı dikkatle izlenmelidir.The aims of this research were to study the prevalence of potential virulence factors, vancomycin resistance and also to evaluate a possible correlation that can exist between vancomycin resistance and potential virulence factors between 51 Enterococcus spp. isolated from food and 50 Enterococcus faecium strains from human in southern Turkey. Identification of the isolates was determined by Vitek-II system. Antimicrobial susceptibility tests were performed by Vitek-II system and disc diffusion method. The presence of vanA and vanB as well as enterococcal virulence genes of cytolysin (cylA), the aggregation substance (asa1), gelatinase (gelE), enterococal surface protein (esp), hyaluronidase (hyl) were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Haemolysin production was also studied phenotypic method. Apart from one isolate, none of the food originated enterococci were resistant to vancomycin, and none carried vanA and vanB resistance genes. All clinical isolates were resistant to vancomycin and 84% of them carried vanA; 2%, vanB; and 14%, neither vanA nor vanB genes. Except for the cylA gene, all other virulence genes and vancomycin resistance were higher in human strains, and a positive correlation was observed between multivirulence genes and hemolytic activity. For all strains, a positive correlation existed between the esp gene positivity and vancomycin resistance, while for only E. faecium, esp, hyl gene positivity and vancomycin resistance a positive correlation could be seen. Furthermore, “silent cylA” genes were found in two food and one intestinal strains. Based on our findings, we can suggest that virulence increases in parallel to vancomycin resistance, and food may be a potential source for dissemination of gelE, asa1 and hyl virulence genes. Finally, esp and hyl genes presence should carefully be monitored in food originated enterococci

Deneysel İmplant İlişkili Spinal Enfeksiyon Modelinde Manuka Honeyin Antibakteriyel Etkisinin Değerlendirilmesi

Amaç: Spinal cerrahi prosedürlerde implant ilişkili enfeksiyonlar, tüm önlemlere rağmen hala önemli problemlerden biridir. İmplant ilişkili enfeksiyonları önlemeye yönelik bir çok ilaç ve yöntem uygulanmıştır. Manuka honey, ilaç formu FDA tarafından onaylanmış bal türüdür. Manuka honeyin, implant ilişkili enfeksiyonlarda en sık izole edilen bakteri olan metisilin rezistan stafilokokus aureusa karşı bakterisit ve bakteriostatik etkileri vardır. Bu çalışmadaki amacımız, implant ilişkili spinal enfeksiyon modelinde, ucuz ve doğal bir ürün olan balın sıçanlarda enfeksiyon gelişimini önleyici etkisinin olup olmadığını değerlendirmektir. Yöntem: Sıçanlar sekizerli 3 gruba ayrıldı. 1. grup (kontrol grubu); sadece spinal implant uygulanan grup, 2. grup (enfeksiyon grubu): spinal implantla beraber bakteri ekilen grup. 3. grup (tedavi grubu): spinal implant ve enfeksiyona ilave manuka honey uygulanan grup. Grup 1'deki sıçanların hiç birinde doku, implant ve kan kültürlerinde bakteriyel üreme olmadı. Grup 2 ve 3'teki sıçanların tamamında ekimi yapılan standart MRSA suşu üredi. Gruplar birbirleri arasında enfeksiyon yoğunluğu açısından karşılaştırıldı. Grup 2'deki vertebral kolon ve implantlar üzerinde üreyen bakteri sayısının grup 3'e kıyasla daha şiddetli olduğu, üreyen bakteri koloni sayısının kantitatif olarak daha fazla olduğu tespit edildi. Bu fark, implant üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, vertebral kolonda anlamlı bulunmadı. Sonuç: Manuka honey bu modelde, MRSA enfeksiyonunu tam olarak önleyememiş ancak, enfeksiyonun şiddetini belirgin olarak azaltmıştır. Manuka honeyin implant ilişkili enfeksiyonlarda farklı bir model oluşturularak, düzenli aralıklarla kullanılabilmesi durumunda, daha objektif ve umut verici sonuçlar ortaya konabilir. Ayrıca Manuka honeyin, farklı modeller oluşturularak, farklı bakterilerde ve diğer stp aureus suşlarında da denenmesinin uygun olacağı kanaatindeyiz.Aim: Implant-related infections in spinal surgical procedures are still an important problem despite all the precautions. Various methods and medicinal products have been applied in order to prevent implant-related infections. “Manuka honey” is a type of honey which has been approved by FDA as a medicinal product. “Manuka honey” has bactericidal and bacteriostatic effects on “methicillin resistant Staphylococcus aureus” which is the most frequently isolated bacteria. The purpose of this study is to evaluate whether as an inexpensive and natural product, honey would prevent infection growth on rats in the implant related infection model. Method: Rats were divided into 3 groups, each of which containing 8 rats:namely, the control, infection and treatment groups. In the 1st group, there was no bacterial proliferation. Planted standard MRSA strain has been detected on rats belonging to the groups 2 and 3. On the vertebral column and implants, bacterial growth was greater in the 2nd group than the 3rd group. Also more bacterial colony growth has been detected in 2nd group as compared to 3rd group. While this difference was deemed significant in implant, the same did not apply to vertebral column. Result: Manuka honey could not completely eradicate the MRSA infection; however, it did decrease the intensity of the infection. If manuka honey, through constituting a different model, could be used in infections regularly, more objective and promising results would be revealed. Moreover, we consider that experimenting “manuka honey” on different bacteria including other Staph. aureus strains would be appropriate through constituting different models

Comparative analysis of selected cagPAI genes and different vacA genotypes in Iranian and Turkish H. pylori-positive patients suffering from gastric adenocarcinoma and active chronic gastritis

Background/aim: Helicobacter pylori is a pathogen that colonizes a majority of the world’s population. Genetic diversity within the virulence genes of bacteria such as cagPAI and vacA may have a modified effect on the pathogenic potential of the bacteria. This study aimed to investigate which genes can be suggested as potentially related virulence factors for H. pylori-associated active chronic gastritis and stomach adenocarcinoma in the northwest of Iran and south of Turkey. Materials and methods: Formalin-fixed, paraffin-embedded stomach biopsy tissue samples were obtained from Iranian and Turkish patients from selected geographical regions. The prevalence of selected cagPAI genes and vacA genotypes were studied in H. pyloripositive samples by using polymerase chain reaction and specific primers. Results: Out of 320 patients, H. pylori was detected in 28.43% of patients. We found that the vacAs1, vacAm2, and cagA genes with mean prevalences of 82.41%, 71.42%, and 69.23%, respectively, were dominant in Iranian and Turkish patients. Conclusion: In the south of Turkey and northwest of Iran the studied genes were homogeneous and there were no significant differences in bacterial genetics. The results of this study indicate that cagA and vacAs1 are dominant genes in people with gastric disorders in our selected geographical regions.Background/aim: Helicobacter pylori is a pathogen that colonizes a majority of the world’s population. Genetic diversity within the virulence genes of bacteria such as cagPAI and vacA may have a modified effect on the pathogenic potential of the bacteria. This study aimed to investigate which genes can be suggested as potentially related virulence factors for H. pylori-associated active chronic gastritis and stomach adenocarcinoma in the northwest of Iran and south of Turkey. Materials and methods: Formalin-fixed, paraffin-embedded stomach biopsy tissue samples were obtained from Iranian and Turkish patients from selected geographical regions. The prevalence of selected cagPAI genes and vacA genotypes were studied in H. pyloripositive samples by using polymerase chain reaction and specific primers. Results: Out of 320 patients, H. pylori was detected in 28.43% of patients. We found that the vacAs1, vacAm2, and cagA genes with mean prevalences of 82.41%, 71.42%, and 69.23%, respectively, were dominant in Iranian and Turkish patients. Conclusion: In the south of Turkey and northwest of Iran the studied genes were homogeneous and there were no significant differences in bacterial genetics. The results of this study indicate that cagA and vacAs1 are dominant genes in people with gastric disorders in our selected geographical regions