Mikrobiyal kalsiyum karbonat oluşum mekanizmaları ve uygulama alanları

Dünya nüfusunun artmasına bağlı olarak, kentleşme oranının yükselmesiyle ihtiyaç duyulan konut ve iş alanı sayısı artmıştır. Bu nedenle, dayanaksız inşaat alanlarının, mühendislik uygulamaları ile güçlendirilmesi gerekliliği ortaya çıkmıştır. Günümüzde, çoğu güçlendirme teknikleri arasında biyolojik onarım etkili bir yöntemdir. Bu bağlamda, son yıllarda, inşaat ve çevre alanında biyokimyasal kalsiyum karbonat (CaCO3) oluşumu ile ilgili çalışmalar hız kazanmıştır. Mikrobiyal CaCO3 oluşumu, alkolofilik mikroorganizmalar tarafından çeşitli biyokimyasal mekanizmalar ile gerçekleştirilen bir süreçtir. Bu süreç ile ilgili, inşaat mühendisliği alanında çatlak onarılması, alt yapısı yetersiz bölgelerin iyileştirilmesi, inşaat yapılarındaki sıvıya bağlı basıncın azaltılması, tarihi eserlerin onarılması gibi uygulamalara ilişkin çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca, çevre mühendisliği alanında özellikle endüstriyel atıkların doğaya ve insana verdikleri zararı ortadan kaldırmak için ağır metallerin çöktürülerek uzaklaştırılması işleminde mikrobiyal CaCO3 oluşum metodu kullanılmaktadır. Bu derlemede, mikrobiyal CaCO3 oluşum mekanizmaları hakkında bilgi verilecek ve bu mekanizmalar ile son yıllarda inşaat ve çevre mühendisliği alanında sıklıkla adı geçen ağır metallerin çöktürülerek uzaklaştırılması, biyoçimentolama ve biyoonarım üzerine yapılan araştırmalar ele alınacak ve bu alanda etkili prokaryotik organizmalardan bahsedilecekti

Effects of UV-B Radiation on the Performance, Antioxidant Response and Protective Compounds of Hazelnut Pollen

Increasing ultraviolet (UV) radiation is expected to become a problem in hazelnut cultivation. The aim of this study is to examine the effects of UV-B on hazelnut pollen. To this end, the pollens were exposed to UV-B for 1, 2, and 3 h at distances of 10, 20, 30, and 40 cm. Groups treated for 2 h at 20 cm and 3 h at 10 and 20 cm were identified as the most affected based on the results of viability, germination, and tube elongation. Further studies on these groups showed that UV-B does not change the DPPH radical scavenging activity for all groups. However, total phenolic compounds decreased after 3 h of treatment at 10 and 20 cm, while total flavonoid compounds decreased after all treatment groups. The UV-B absorbance of cytoplasmic and cell-wall-bound fractions decreased for all groups. The UV-B absorbance of the sporopollenin-derived fraction increased after 2 h of treatment at 20 cm but decreases after treatment for 3 h at 10 and 20 cm. In summary, exposure to UV-B for different times and distances adversely affected pollen grains in terms of pollen viability, germination rate, tube length, and the level of antioxidant molecules and UV-absorbing compounds

Metabolik sendrom ve koroner kalp hastalığının genetik sebebi olduğu düşünülen ACE ve PON genlerindeki polimorfizmin Türk popülasyonunda araştırılması

ÖZETMETABOLİK SENDROM VE KORONER KALP HASTALIĞI'NIN GENETİK SEBEBİ OLDUĞU DÜŞÜNÜLEN ACE VE PON GENLERİNDEKİ POLİMORFİZMİN TÜRK POPULASYONUNDA ARAŞTIRILMASIMultifaktoriyel koroner kalp hastalığı, günümüzde önemli morbidite ve mortalite etkenlerinden biridir. Potansiyel olarak koroner kalp hastalığına dönüşebileceği düşünülen metabolik sendrom hastalığı ile koroner kalp hastalığının paraoksonaz I ve angiotensin dönüştürücü enzim genlerindeki polimorfizmler arasındaki ilişki çeşitli çalışmalarda araştırılmıştır. Yapılan bir çok kontrollü çalışmada, polimorfizmler ile hastalıklar arasında ilişki gösterilmesine rağmen, diğer bazı çalışmalarda bu ilişkiye rastlanmamıştır. Çalışmamızda koroner kalp ve metabolik sendrom hastalarının trigliserit, kolesterol, yüksek densiteli lipoprotein, düşük densiteli lipoprotein gibi biyokimyasal parametreleri, anjiotensin dönüştürücü enzim ile paraoksonaz gen polimorfizmleri, sağlıklı kişilerden oluşan kontrol grubu örnekler ile karşılaştırılmıştır. Metabolik sendrom ve sağlıklı örnekler arasında uygulanan ilişkisiz grup t testi sonuçlarına göre örnekler arasında vücut kütle indeksi, yüksek densiteli lipoprotein ve trigliserit değerleri arasında anlamlı ilişki gözlenirken, düşük densiteli lipoprotein ve kolesterol değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkiye rastlanmamıştır. Koroner kalp hastası ve sağlıklı kontrol grubu örnekler arasında Mann Whitney U test sonuçlarına göre ise vücut kütle indeksi, kolesterol, yüksek densiteli lipoprotein ve düşük densiteli lipoprotein değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki gözlenmesine rağmen trigliserit değerlerinde bu ilişkiye rastlanmamıştır. Koroner kalp ve metabolik sendrom hastalığı ile anjiotensin dönüştürücü enzim ve paraoksonaz gen polimorfizmi arasında ise Pearson kikare testi sonuçlarına göre; istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkiye rastlanmamıştır. Temmuz 2004 Nüzhet Cenk SESA

Metabolik sendrom ve koroner kalp hastalığının genetik sebebi olduğu düşünülen ACE ve PON genlerindeki polimorfizmin Türk popülasyonunda araştırılması

METABOLİK SENDROM VE KORONER KALP HASTALIĞI'NIN GENETİK SEBEBİ OLDUĞU DÜŞÜNÜLEN ACE VE PON GENLERİNDEKİ POLİMORFİZMİN TÜRK POPULASYONUNDA ARAŞTIRILMASI Multifaktoriyel koroner kalp hastalığı, günümüzde önemli morbidite ve mortalite etkenlerinden biridir. Potansiyel olarak koroner kalp hastalığına dönüşebileceği düşünülen metabolik sendrom hastalığı ile koroner kalp hastalığının paraoksonaz I ve angiotensin dönüştürücü enzim genlerindeki polimorfizmler arasındaki ilişki çeşitli çalışmalarda araştırılmıştır. Yapılan bir çok kontrollü çalışmada, polimorfizmler ile hastalıklar arasında ilişki gösterilmesine rağmen, diğer bazı çalışmalarda bu ilişkiye rastlanmamıştır. Çalışmamızda koroner kalp ve metabolik sendrom hastalarının trigliserit, kolesterol, yüksek densiteli lipoprotein, düşük densiteli lipoprotein gibi biyokimyasal parametreleri, anjiotensin dönüştürücü enzim ile paraoksonaz gen polimorfizmleri, sağlıklı kişilerden oluşan kontrol grubu örnekler ile karşılaştırılmıştır. Metabolik sendrom ve sağlıklı örnekler arasında uygulanan ilişkisiz grup t testi sonuçlarına göre örnekler arasında vücut kütle indeksi, yüksek densiteli lipoprotein ve trigliserit değerleri arasında anlamlı ilişki gözlenirken, düşük densiteli lipoprotein ve kolesterol değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkiye rastlanmamıştır. Koroner kalp hastası ve sağlıklı kontrol grubu örnekler arasında Mann Whitney U test sonuçlarına göre ise vücut kütle indeksi, kolesterol, yüksek densiteli lipoprotein ve düşük densiteli lipoprotein değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki gözlenmesine rağmen trigliserit değerlerinde bu ilişkiye rastlanmamıştır. Koroner kalp ve metabolik sendrom hastalığı ile anjiotensin dönüştürücü enzim ve paraoksonaz gen polimorfizmi arasında ise Pearson kikare testi sonuçlarına göre; istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkiye rastlanmamıştır. Temmuz 2004 Nüzhet Cenk SESA

Helianthus annuus Yapraklarının İnfüzyon veya Dekoksiyon Özütleri: Pseudomonas aeruginosa’nın QS Sistemi ve Biyofilm Oluşumu Üzerine Potansiyel İnhibitörler

Pseudomonas aeruginosais one of the drug-resistant opportunistic pathogenswith the ability to form biofilm and to produce a number of virulence factors via Quorum Sensing (QS) regulation. Most researchers have focused on QS inhibition to overcome the drug resistance problem.QS inhibitormolecules are investigated from natural resources.In the present study, anti-QS activities of ethyl acetate extracts of decoction and infusion samples from Helianthus annuusleaveswere tested on biosensor strains of P.aeruginosa(lasB-gfp, rhlA-gfp andpqsA-gfp), as well as anti-biofilm activities on PAO1wild type. H.annuusleaf sampleswere firstly infused or decocted and then extracted with ethyl acetate. Theefficacies ofinfusion or decoction extracts were examinedat the concentrationsof 240, 120,and60μg/mlin 96-well microplatesand evaluated in Citation 3 multimode microplate reader (Biotek). The inhibition rates of decoction extracts were recorded as 70.61% for las, 44.09% for rhland 83.77% for pqssystem at 240 μg/ml. The biofilm inhibition percentages of the extracts were determined to be 50.82% (±1.36). Moreover, inhibition rates for infusion extracts were detected as 62.08% for las, 45.15% for rhland 77.79% for pqs, and 53.88% (±3.94) for biofilm formation. In conclusion, the potential efficacies of the extracts of decocted or infused H.annuusleaves were demonstratedon QS system and biofilmformation of P.aeruginosa. However, there is a need for more detailed investigations and determination of the active substances that have QSI and anti-biofilm effect.Pseudomonas aeruginosa, Quorum Sensing (QS) regülasyonu yoluyla biyofilm oluşturma ve bir dizi virülans faktörüüretme kabiliyetine sahip ilaca dirençli fırsatçı patojenlerden biridir. Çoğu araştırmacı, ilaç direnci sorunlarının üstesinden gelmek için QS inhibisyonuna odaklanmıştır. QS inhibitör molekülleri doğal kaynaklardan araştırılmaktadır. Bu çalışmada, Helianthus annuus yapraklarından elde edilen dekoksiyonve infüzyon örneklerininetil asetat özütlerinin anti-QS aktiviteleri, P. aeruginosa'nın biyosensör suşları (lasB-gfp, rhlA-gfp vepqsA-gfp) üzerinde ve ayrıca anti-biyofilm aktiviteleri PAO1 yabanıl tipindetest edilmiştir. H. annuusyaprak örnekleri önce infüze veya dekokteedildi ve daha sonra bunların etil asetat ile özütüçıkarıldı. İnfüzyon veya dekoksiyon özütlerinin etkisi96 kuyucuklumikroplakalarda 240, 120 ve 60 μg/ml konsantrasyonlarında incelendi ve Citation 3 multimodmikroplaka okuyucuda (Biotek) değerlendirildi.Dekoksiyonözütlerinin inhibisyon oranları, 240 μg/ml’delasiçin%70.61, rhliçin %44.09 ve pqs sistemiiçin%83.77 olarak kaydedildi. Özütlerinbiyofilm inhibisyon yüzdelerininise %50.82 (± 1.36) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca infüzyon özütleriiçin inhibisyon oranları lasiçin% 62.08, rhliçin% 45.15 ve pqsiçin% 77.79 ve biyofilm oluşumu için%53.88 (± 3.94) olarak tespit edildi. Sonuç olarak, infüzeveya dekokteedilmiş H.annuusyapraközütlerininpotansiyel etkileri P. aeruginosa'nın QS sistemi ve biyofilm oluşumu üzerinde gösterilmiştir. Bununla birlikte, QSI ve anti-biyofilm etkiye sahip aktif maddelerin daha ayrıntılıaraştırmalarına ve belirlenmesine ihtiyaç vardır

Effects of pulsed ultrasound on Escherichia coli and Staphylococcus aureus

Background: Common disinfection methods like biocides, ultraviolet light and heat treatment are not efficient enough to succeed in bacterial inactivation for some microorganisms have become resistant to them. The aim of this study was to obtain information about the effect of pulsed ultrasound sonication with 30 kHz frequency and 100 W power on the inactivation capability of two bacteria groups, namely Escherichia coli ATCC 25922 and Staphylococcus aureus ATCC 25923, in physiological water samples. Methods: The ultrasonic irradiation of bacterial samples with different populations of 5x10(3), 1.5x10(4) and 3x10(4) cfu/ml was performed at constant frequency with various treatment times. The specific energies (gamma) were calculated for these different concentrations of E. coli and S. aureus. The rate constant of ultrasonic inactivation was estimated in the linear region of the plot representing survival ratio logarithm vs sonication time. Results: While a significant death rate for E. coli was observed by ultrasonic treatment, contrary to expectation, an increase in S. aureus populations was observed. Conclusions: Considering the widespread use of ultrasound for the sterilization of tools and equipment used in hospitals, the obtained results indicate that ultrasound sonication is not a suitable method for the elimination of S. aureus, a major hospital pathogen

Inactivation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus by Ultrasound

Objectives-The aim of this study was to obtain valuable information about the effect of ultrasonic irradiation with a frequency of 30 kHz frequency and power of 100 Won the inactivation capability of two bacterial groups, namely, Escherichia coli ATCC 25922 and Staphylococcus aureus ATCC 25923, in physiologic water samples. Methods-Ultrasonic irradiation of bacterial samples with different populations of 5 x 10(3), 1.5 x 10(4), and 3 x 10(4) colony-forming units/mL was performed at a constant frequency with various treatment times. The specific energy (gamma) values were calculated for these different concentrations of E coli and S aureus. The rate constant for ultrasonic inactivation was estimated in the linear region of a plot representing a survival ratio logarithm versus sonication time. Results-Although a significant death rate for E coli was observed with ultrasound treatment, in contrary to expectations, an increase in S aureus populations was observed. Conclusions-Considering the widespread use of ultrasound for sterilization of tools and equipment used in hospitals, the results obtained in this study indicate that ultrasonic irradiation is not a suitable method for the elimination of the major hospital pathogen S aureus

Amperometric Biosensor with Interdigitated Au Electrode for Rapid Detection of Enterococcus faecalis in Water Samples

Enterococcus faecalis (E. faecalis) in water samples were detected using an amperometric biosensor based on interdigitated arrays of Au electrodes (IAE). Anti-E. faecalis antibodies were immobilized on IA electrodes via self-assembled monolayers-based amine coupling chemistry. The specific binding of target bacteria on the surface immobilized antibodies was verified by an increase of the sensor's conductivity. The E. faecalis detection measurements revealed that the specific adsorption of E. faecalis onto the immobilized anti-E. faecalis antibody gave rise to a clear increase in the value of sensor current. Current changes induced by the binding of E. faecalis to the anti-E. faecalis antibodies on the IAE's surface enabled target bacteria to be detected in a highly sensitive way-a detection limit of less than 1.0 x 10(3) CFU/ml and a response time of 200 s. The effect of the temperature and pH on the E. faecalis sensing properties of the sensor were also investigated. From the temperature dependency of response curves, it was observed that the sensitivity of the sensor decreases with increasing temperature

Lichen secondary metabolite evernic acid as potential quorum sensing inhibitor against Pseudomonas aeruginosa

Cystic Fibrosis is a genetic disease and it affects the respiratory and digestive systems. Pseudomonas aeruginosa infections in Cystic Fibrosis are presented as the main cause for high mortality and morbidity rates. Pseudomonas aeruginosa populations can regulate their virulence gene expressions via the bacterial communication system: quorum sensing. Inhibition of quorum sensing by employing quorum sensing inhibitors can leave the bacteria vulnerable. Therefore, determining natural sources to obtain potential quorum sensing inhibitors is essential. Lichens have ethnobotanical value for their medicinal properties and it is possible that their secondary metabolites have quorum sensing inhibitor properties. This study aims to investigate an alternative treatment approach by utilizing lichen secondary metabolite evernic acid to reduce the expressions of Pseudomonas aeruginosa virulence factors by inhibiting quorum sensing. For this purpose, fluorescent monitor strains were utilized for quorum sensing inhibitor screens and quantitative reverse-transcriptase PCR analyses were conducted for comparison. Results indicate that evernic acid is capable of inhibiting Pseudomonas aeruginosa quorum sensing systems