Isolamento, cultivo e identificação de bactérias com potencial uso probiótico no cultivo de organismos aquáticos: estudo de caso com bactérias do trato gastrointestinal do linguado Paralichthys orbignyanus (Valenciennes, 1839)

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós–graduação em Aqüicultura, Instituto de Oceonografia, 2008.Por definição, organismos probióticos são aqueles que melhoram a saúde do hospedeiro, seja auxiliando na digestão do alimento e na assimilação de nutrientes, estimulando o sistema imunológico, ou atuando no controle de microrganismos patogênicos. No entanto, o uso de probióticos comerciais apresenta riscos para a saúde dos animais cultivados e para o meio ambiente que precisam ser considerados. Bactérias utilizadas em produtos comerciais podem apresentar genes de resistência a antibióticos,que podem ser transferidos para microrganismos patogênicos presentes no ambiente de cultivo. Desta forma, o isolamento de linhagens do próprio hospedeiro seria uma alternativa parar solucionar este problema. O objetivo deste trabalho foi isolar, cultivar e identificar bactérias, com potencial uso probiótico em cultivo de animais aquáticos. Neste estudo as bactérias foram obtidas a partir do trato gastrointestinal do linguado Paralichthys orbignyanus (Valenciennes, 1839) cultivado na Estação Marinha de Aquacultura da Universidade Federal do Rio Grande - FURG. Diluições de material extraído do trato gastrointestinal foram semeadas em quatro meios de cultivo (TCBS,MRS, MA e NA), incubadas e as colônias foram isoladas e purificadas. Os valores de UFC foram baixos (104 UFC ml-1) devido, provavelmente, ao longo período decorrido entre a coleta dos tratos intestinais e semeadura das bactérias, ou devido ao transporte deste material no gelo. Apesar disso, foram isoladas 94 bactérias, cujas colônias se apresentaram em oito morfotipos diferentes. O DNA genômico de 46 isolados provenientes dos meios TCBS e MRSA foi extraído, amplificado e purificado, sendo seqüenciada a região codificadora do gene 16S rRNA destes microorganismos. As bactérias foram agrupadas e identificadas pela construção de fenogramas. Os resultados mostraram a presença dos gêneros Brachybacterium, Brevibacterium, Photobacterium e Staphylococcus. Dezenove isolados não agruparam com nenhuma linhagem-tipo existente, permitindo supor que se tratem de espécies não descritas. Como perspectivas futuras propõe-se a realização de testes in vitro e in vivo para se verificar a possível atuação das bactérias isoladas como inibidoras de bactérias patogênicas, ou na melhoria da performance zootécnica de P. orbignyanus. Além disso, pretende-se obter microorganismos probióticos isolados a partir de outros organismos aquáticos cultivados.Probiotic organisms are those capable to improve the health of their hosts, by assisting in the food digestion and nutrient assimilation, stimulating their immunological system or by controlling the development of pathogens. However, the use of commercial probiotics poses a serious hazard to the health of farmed animals and to the environment that must be considered. Bacteria present in such commercial products might have resistance genes to antibiotics that can be transferred to pathogenic microrganisms in the culture environment. The screening for strains isolated from the host itself would be an alternative for this issue. The aim of this work was to isolate, culture and identify native bacteria with putative use as probiotic in the rearing of aquatic animals. In the present work bacteria were obtained from the gastrointestinal tract of a laboratory-reared flounder Paralichthys orbignyanus (Valenciennes, 1839) reared at the Marine Aquaculture Station of the Federal University of Rio Grande - FURG. Serial dilutions from the gastrointestinal tract were seeded in plates with four culture mediums (TCBS, MRSA, MA and NA), incubated and the growing colonies were isolated and purified. Low values of CFU (104) were probably due to the long time taken from sampling to analysis or due to transporting conditions. Despite of it, 94 strains, present in eight different colony morphotypes, were recovered. The genomic DNA of 46 strains isolated from the TCBS and MRSA mediums were extracted, amplified, purified and the gene coding the 16S rRNA region was sequenced. The bacteria were clustered and identified by the construction of phenograms. The results showed the presence of four genera, Brachybacterium, Brevibacterium, Photobacterium and Staphylococcus. Nineteen of the isolates clustered with none of the existing typestrain, suggesting that they might be species not previously described. Future perspectives of this work are the setting up of in vitro and in vivo tests in order to define the probiotic potential of the isolated strains by improving the growth performance of P.orbignyanus or inhibiting the development of pathogens. Beside that we intend to isolate probiotic micoorganisms from other laboratory-reared aquatic organisms