Rapport final: Aménagement participatif d'un bassin versant de la Mandraka, Madagascar

Les protéines intrinsèquement désordonnées (IDP), pendant longtemps ignorées, s’avèrent d’un grand intérêt biologique. En effet, malgré leur manque de structure secondaire, ces protéines ont une activité et sont impliquées dans de nombreuses interactions protéine-protéine ou protéine-ligand, notamment en ce qui concerne les maladies neurodégénératives. L'étude des IDP devient un enjeu majeur afin de comprendre cette partie de la biologie, méconnue jusqu'à il y a peu. Malheureusement, une grande majorité des outils développés en biologie pour les protéines repliées ne sont pas applicables aux IDP puisqu'elles supposent la présence d'une structure tertiaire. Bien que de plus en plus de groupes de recherches s'intéressent à ces protéines et aux façons de les étudier, il est nécessaire de créer ou de découvrir de nouveaux moyens d'analyser les IDP. Trois grandes méthodes d'analyse des IDP ont été développées durant cette thèse. Dans un premier temps, nous parlerons de la détermination de la dimension fractale des protéines afin de connaître leur comportement hydrodynamique. Nous avons pour cela utilisé une méthode propre à la chimie des polymères que nous avons appliqué à des peptides polyproline ainsi qu'à une IDP salivaire riche en proline. Dans un deuxième temps, nous décrirons comment prédire ces conformations à partir des déplacements chimiques. Cette réflexion a menée à l’écriture de deux logiciels gratuits RamaDA/RamaDP. Enfin, le dernier point donnera un aperçu de l'étude complète de l’interaction entre une protéine structurée et son partenaire désordonné à partir de multiples données expérimentales, des outils précédents et d'un générateur aléatoire de conformations.Intrinsically disordered proteins (IDP), ignored for a long time, turn out to be of biological interest. Indeed, although they lak of secondary structure, these proteins have an activity and are implicated in numerous protein-protein or protein-ligand interactions, in particular concerning neurodegenerative diseases. The study of IDP becomes a major issue in order to understand this part of biology, unknown until lately. Unfortunately, a vast majority of already developped tools in biology for folded proteins can not be applied to IDP because this tools are based on the presence of secondary structure. Though more and more research groups are interested in these proteins and in the ways of studying them, it is necessary to create or discover new means of analysing IDP. Three important analyse methods of IDP have been developped during this PhD. First, we will talk about the determination of the proteins’ fractal dimension in order to know their hydrodynamic behaviour. We have used a method dedicated to polymers that we have applied on polyproline peptides and on a proline-rich salivary IDP. Then, we will describe how to predict conformations from the protein chemical shifts. This discussion led to the development of two freely available softwares RamaDA/RamaDP. Finally, the last chapter will give an overview of the complete study of the interaction between a folded protein and its disordered partner, thanks to various expérimental data, the previous tools and a random conformation generator

The role of landibe silk in the rural economy in Arivonimamo

La soie sauvage est produite à partir des cocons d’un papillon endémique de la région d’Imerina à Madagascar, appelé landibe et qui appartient au genre Borocera. Cette soie, qui sert principalement à la fabrication de linceuls et de vêtements, a une valeur ajoutée importante. Dans cette étude réalisée en 2008, nous décrivons le fonctionnement de la filière soie, et analysons l’importance économique de la soie pour les populations rurales de la région d’Arivonimamo. La récolte de cocons est une activité qui ne nécessite aucun investissement et le tissage génère davantage de revenus qu’un salaire d’employé agricole. Malgré la diminution des populations de papillons, la production et la transformation de la soie sauvage reste une source importante de revenus pour les populations rurales des Hautes Terres, en particulier dans la région d’Arivonimamo. à Antananarivo, plusieurs ateliers emploient des tisseuses et la filière procure de nombreux emplois. Cependant, la plupart des activités liées à la soie relèvent encore de l’économie informelle : il est donc difficile d’évaluer précisément les bénéfices de la filière au niveau national. La majorité des produits finis sont vendus à la capitale, que ce soit sur les marchés ou dans des boutiques spécialisées. Le principal problème économique de la filière est aujourd’hui celui des débouchés. En effet, la crise économique actuelle réduit la demande, mais également les possibilités d’investissement de la part des tisseuses et des ateliersWild silk in Madagascar is produced by endemic silk moths of the genus Borocera, locally named landibe. Wild silk is used to produce shrouds and clothes, and provides a great added value. In this document, we describe the silk sector in the Arivinimamo region, and we analyze the importance of silk production and transformation as a source of income for rural populations, as observed in 2008. First, the harvest of cocoons does not require any investment and weaving pays more than working as a field hand. In the study area, wild silk brings significant profits to households. In Antananarivo, workshops employ many weavers. Consequently, wild silk is quite important for the region’s employment. However, these activities still belong to the informal sector and it is quite difficult to know the real impact of the sector on the national economy. Wild silk products are mostly sold in Antananarivo, at outdoor marketplaces or in specialized shops. Nowadays, the principal problem of the wild silk enterprise is finding markets. The economic crisis in the country diminishes demand as well as investment possibilities for weavers and enterprises

Landibe silk: biology and know-how of local populations in the Arivonimamo region

La soie sauvage de Madagascar est un produit de luxe tissé à partir des cocons d’un papillon endémique de l’île, appelé landibe et appartenant au genre Borocera. Les tissus de soie sauvage sont fabriqués depuis des centaines d’années à Madagascar et servaient autrefois à vêtir les hommes les plus puissants de l’île ou à fabriquer les linceuls des ancêtres. Aujourd’hui, les écharpes en soie sont destinées en grande partie aux étrangers et aux Malgaches les plus aisés. Grâce à des enquêtes de terrain dans la région rurale d’Arivonimamo, nous avons pu évaluer les connaissances des personnes qui récoltent les cocons de landibe sur la biologie et les méthodes d’élevage du papillon. Nous avons également enquêté auprès des personnes impliquées dans la transformation de la soie afin de décrire les techniques actuelles utilisées pour filer et tisser la soie. Afin de fabriquer les tissus de soie sauvage, les cocons sont directement récoltés dans les bois de tapia (Uapaca bojeri) et le processus de transformation est majoritairement réalisé de manière traditionnelle.Wild silk in Madagascar is made by endemic silk moths of the genus Borocera, locally named landibe. For centuries, wild silk has been woven in Madagascar to dress the more powerful islanders or shroud the ancestors at the time of first and second burials. Nowadays, it is mostly wealthy malagasy and foreigners who buy and wear wild silk. By interviewing the cocoon harvesters in the rural region of Arivonimamo, we aimed at a better understanding of their knowledge of the butterflies’ biology and rearing methods. We also interviewed persons implied in the silk sector to describe the techniques that are presently used in silk transformation. In Arivonimamo region, Borocera cocoons are directly harvested in tapia (Uapaca bojeri) forests, and wild silk is still processed in a traditional way

Etude de l'importance socio-économique des produits agricoles et des produits forestiers ligneux en vue d'une amélioration des revenus de la population locale. Cas de la zone de Mandraka

La zone de Mandraka, située sur la première falaise orientale, constitue une région typiquement forestière dont la topographie ne favorise pas l’extension agricole. Cependant, compte tenu des besoins de sécurisation alimentaire, le besoin graduel en terres fait que la population se trouve dans l’obligeance d’accroître les zones d’agriculture et ainsi de recourir aux ressources forestières. Cette étude dessine alors comme objectif de définir les lignes d’actions principales combinant la gestion des ressources agricoles et la valorisation durable des ressources forestières. Aussi, des enquêtes socioéconomiques (formelles et informelles) ont été entreprises afin de parvenir aux résultats escomptés. Malgré les efforts en matière de valorisation agricole, l’autosuffisance alimentaire reste encore un problème fondamental à surmonter. De ce fait, le revenu agricole ne constitue que 22,54% du revenu des ménages. Il est également constaté que l’exploitation forestière évaluée prometteuse (61,07% du revenu) semble majorer les intérêts des grands collecteurs au détriment de la masse paysanne. Par conséquent, les difficultés quant aux besoins financiers persistent et les actions tendent vers la production (exploitation) à outrance, de plus que la demande en ville ne cesse d’augmenter. Face à cette situation, l’amélioration progressive des formes d’exploitation agricole constitue une alternative complémentaire vivement incitée. De même, la rénovation de l’organisation de la filière « Produits forestiers ligneux », principalement le charbonnage demeure impérative. Il constitue la principale activité génératrice de revenu à court terme de la population. Cependant, à long terme, il contribue activement à la dégradation des ressources naturelles en l’occurrence les formations secondaires, vestige de la forêt naturelle. Il s’agit ainsi, de promouvoir les cultures vivrières et les cultures de rente visant le marché d’une part, et d’apporter des améliorations au niveau des techniques d’exploitation des ressources forestières en vue d’un rendement optimum d’autre part

Silk moths in Madagascar: a review of the biology, uses, and challenges related to Borocera cajani (Vinson, 1863) (Lepidoptera: Lasiocampidae)

Borocera cajani or landibe (vernacular name) is the wild silk moth that is currently used to produce silk textiles in Madagascar. This species is endemic to Madagascar, and is distributed throughout the island, colonizing the Uapaca bojeri or “tapia” forest of the central Highlands. The forest provides food in the form of plants for B. cajani, including U. bojeri leaves. The species secretes silk at the onset of pupation and for making cocoons. Borocera cajani and its natural habitat are threatened by human destruction, such as bush fires, firewood collection, charcoal production, and the over-harvesting of their cocoons. Wild silk production largely disappeared when the silk industry utilized many people on the island as the collectors of cocoons, spinners, dyers, weavers, and artists who transform the silk into clothes, accessories, and objects. Therefore, it is important to study the biology of B. cajani to revitalize silk production in a way that helps conserve this species and the tapia forest.Borocera cajani ou landibe (nom vernaculaire) est l’un des papillons séricigènes sauvages dont la soie est la plus utilisée dans le domaine textile de Madagascar. Cette espèce endémique s’observe dans toute l’île, mais colonise particulièrement la forêt de Uapaca bojeri ou forêt de « tapia » des Hautes Terres centrales. La forêt fournit les aliments à B. cajani tels que les feuilles de U. bojeri. L’espèce secrète la soie quand elle entre en nymphose et construit son cocon. Borocera cajani et son habitat naturel sont menacés par les destructions de l’Homme telles que les feux de brousse, la collecte de bois de chauffage, la production de charbon de bois et la surexploitation de leurs cocons. La production de soie sauvage est en constante diminution, alors que la filière soie implique beaucoup de gens dans l’île comme les collecteurs des cocons, les fileurs, les teinturiers, les tisseurs et les artistes qui transforment la soie en habits, en accessoires et objets. Revitaliser la filière soie est un moyen de favoriser la conservation de cette ressource naturelle et de son habitat forestier

Mise en place d'un état de référence et d'un plan de suivi écologique permanent des vestiges de forêt primaire de la station forestière de Mandraka

La forêt primaire de la région de Mandraka a été classée par le gouvernement en station forestière pour être conservée et restaurée. Suite à cette décision, tous prélèvements y sont interdits. Pourtant, aucune étude n’a évalué sa viabilité depuis cette restriction. Ce mémoire a ainsi comme objectif l’estimation de cette viabilité par le suivi permanent de l’état actuel de la forêt comprenant la végétation, la biodiversité et les pressions. La collecte de données y afférentes a eu recours à une étude bibliographique, à des enquêtes socio-économiques, à un inventaire des pressions, à un inventaire forestier et à une distance sampling. L’état a été évalué par l’analyse de ces composants. Cette recherche a fait ressortir que la forêt est soumise à des pressions anthropiques et biologiques : coupes illicites, collecte de Dioscorea sp., feux de forêt, envahissement des lianes. Ces pressions ont réduit la superficie de la forêt, modifié sa structure et celle de la faune : les régénérations naturelles sont abondantes, les arbres émergents et de diamètre supérieur à 40 cm sont rares, certaines essences floristiques et les lémuriens risquent de disparaître. Puis, les lianes remplacent successivement la forêt. Malgré ces pressions, la forêt a pu conserver certaines caractéristiques de son état originel : l’abondance élevée des tiges et la réduction de leur taille sur les crêtes, l’allure exponentielle de la structure totale, la présence des genres Tambourissa et Weinmannia. En outre, la forêt est encore riche en avifaune. Après analyse de viabilité, elle est classée comme un écosystème viable. Mais ces potentialités sont insuffisantes : il faut réduire les pressions et reconstituer la forêt pour une meilleure conservation de l’écosystème. A cet effet, la présente étude suggère l’aménagement, en premier lieu de la forêt par des interventions sylvicoles favorisant les régénérations comme l’enrichissement en placeaux, le délianage et en second lieu, celui de ses environs par des vulgarisations d’activités génératrices de revenu autres que l’exploitation des forêts naturelles telles l’agroforesterie, le reboisement, l’apiculture. Des patrouilles fréquentes et une délimitation de la station forestière s’avèrent aussi nécessaires

La soie naturelle des Hauts-Plateaux de Madagascar: les facteur socio-institutionnels entravant une filière dynamique et pérenne

Le ver à soie sauvage endémique ou Borocera cajani a une grande importance culturelle, sociale et socio-économique dans les Hauts-Plateaux malgaches mais est également sujette à des processus de dégradation et de raréfaction. Dans l’optique de gérer durablement cette ressource et son habitat Uapaca bojeri, également endémique à Madagascar, une étude de la filière séricicole combinant des approches économiques et socio-anthropologiques a été menée. L’analyse filière éclaire les réalités rurales sous-jacentes aux facteurs économiques et l’approche socio-anthropologique tente de lier tous ces facteurs à des considérations plus sociales. L’étude se focalise sur des contextes de transferts de gestion dans les régions d’Itasy et d’Amoron’i Mania. En définitive, il apparait que des facteurs institutionnels, économiques et sociaux déterminent le dynamisme potentiel et actuel de la filière soie sauvage. Considérer tous ces paramètres dans leurs interactions est essentiel pour une vision durable de gestion de ces ressourcesDespite the cultural, social and socio-economic importance for societies situated in the Highlands of Madagascar, the endemic silk moth Borocera cajani and its habitat Uapaca bojeri are endangered by many factors. In order to sustainably manage these resources, the silk production chain has been studied combining economic and socio-anthropologic approaches. Silk chain production analysis situates the underlying rural realities in an economic context; socio-anthropological considerations link those economic factors to their social context. The current study focuses on decentralized natural resource management in Itasy and Amoron’i Mania. It appears that institutional, economic and social factors tend to determine silk moth production chain dynamics. Considering all of these parameters and their interactions is considered crucial for a sustainable management of these endangered resources