Robust estimation of bacterial cell count from optical density

Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data

Marknadsanpassad produktion av matpotatis

Syfte Syftet med denna utbildningsmodul ”Marknadsanpassad produktion av matpotatis” har varit att undersöka om en förbättrad kommunikation mellan handel och odlare, förbättrade odlingsåtgärder och noggrann lagring, på sikt kan ge förutsättningar för en bättre ekonomi för både odlaren och handeln. Projektets syfte har också varit att öka attraktionskraften för matpotatis jämfört med andra konkurrerande livsmedel. Utbildningsmodulen delades in i fyra separata delmoduler, A-D, för att göra rapportens innehåll mer strukturerat och överskådligt. Delmodul A I delmodul A ”Marknadsundersökning” togs kontakt med olika marknadsaktörer inom grossistoch butiksled samt intresseorganisationen Svensk Potatis. Tre olika ansvariga från handeln i Halland och tre från grossistledet intervjuades, likaså Lars Elofson från Svensk Potatis. Genom personliga möten och telefonkontakt diskuterades vilka önskemål marknadsaktörerna hade kring sortval och kvalitetskrav på matpotatis samt aktörernas motiveringar till det. Det diskuterades också förpackningar och mer långsiktiga marknadsstrategier rörande matpotatis. Resultatet från diskussionerna var att man gemensamt kom fram till att det är viktigt att förbättra dialogen mellan potatisodlare, grossist och butik för att öka värdet på potatisen i alla led. En dialog som ger information till grossisten och butiken gör att en affärsidé med att exponera vissa sorter, kvaliteter och förpackningar kan utvecklas och ge en möjlighet för potatisodlaren att odla de mest intressanta sorterna och därmed också förbättra odlingsekonomin. Konkreta råd till odlaren: Upprätta kontakt med uppköpande handel i god tid innan odlingen planeras. Ta reda på vilka sorter, storleksintervall och användningsområden som önskas. Vid försäljning direkt till butik eller restaurang har man möjlighet att profilera certifieringen Svenskt Sigill resp. KRAV, närproducerat eller andra positiva och värdehöjande aspekter i den egna odlingen. Delmodul B I delmodul B ”Produktionsplan” skapades en produktionsplan för varje fält genom ett samarbete mellan odlare och rådgivare. Parametrar som utsädeskvalitet, sättavstånd, gödsling, bevattning, radavstånd och kupans storlek ingick i planen. Målsättningen var att skapa de bästa odlingsförutsättningarna för sorten/sorterna som marknaden efterfrågade. Modulen genomfördes hos tre odlare, varav två konventionella och en ekologisk, i Hallands län under 2010. Det är mycket viktigt att välja certifierat utsäde och gödsla enligt förväntad skörd samt anpassa kväve- och kaliumgödslingen efter sortens specifika krav. I den ekologiska odlingen är detta ännu viktigare och då främst med tanke på bladmögelangrepp som kan begränsa knöltillväxten redan tidigt på säsongen. Både i den konventionella och den ekologiska odlingen tillämpades behovsanpassad kaliumgödsling efter markkartering för att få jämnare parti och högre andel säljbar skörd. Bladmögelbekämpningen i den konventionella odlingen följde råden från en datamodell som är utvecklad för bladmögelbekämpning baserad på lokala väderleksuppgifter. Konkreta råd till odlaren: Minst 4-6-års uppehåll mellan potatis i växtföljden Utsäde av god kvalitet Aktuella jordanalyser Väldränerade fält Bevattningsmöjlighet Välbalanserad gödsling med N, P och K Kontrollera förekomst av bladmögel och torrfläcksjuka (Alternaria) Delmodul C Delmodul C behandlar ”Provtagning innan blastdödning och skörd”. Provtagning, kokprov och korrekta åtgärder kring blastdödning genomfördes hos de tre odlarna. Metoden baserades på information från rapporten ”Potatisens specifika vikt och kokegenskaper” av Göstason och Olsson (2008) och kvalitetskontrollföretaget SMAK. Provtagning i fält och SMAK-analyser gav detaljerad information om vilka åtgärder som måste planeras för att förbättra kvaliteten och höja andelen säljbar skörd. Det var framförallt skalmissfärgning, men även skorv, som påverkade nedklassning av potatisen. Mycket positivt var att de mekaniska skadorna generellt var låga. Potatisen hanterades mycket skonsamt från skörd till lagring. Konkreta råd till odlaren: Provgräv för att veta när tillväxten ska stoppas (rätt specifik vikt) Tillämpa skonsam upptagning Delmodul D Delmodul D ”Lagring” handlar om lagring av den skördade potatisen. Hos de tre odlarna dokumenterades bland annat lagring, lagringsklimat, lagerjournal, specifika lagringskrav, sortering och försäljning. Lagringen genomfördes i välanpassade lager med klimatkontroll och möjlighet att kontrollera den lagrade potatisen kontinuerligt. Konkreta råd till odlaren: Bra upptorkning och sårläkningsperiod under 2-3 veckor God kontroll och styrning på ventilation och temperatu

Data from: Sediments and flow have mainly independent effects on multitrophic stream communities and ecosystem functions

Stream ecosystems are affected by multiple abiotic stressors, and species responses to simultaneous stressors may differ from those predicted based on single-stressor responses. Using 12 semi-natural stream channels, we examined the individual and interactive effects of flow level (low or high flow) and addition of fine sediments (grain size < 2mm) on key ecosystem processes (leaf breakdown, algal biomass accrual) and benthic macroinvertebrate and fungal communities. Both stressors had mostly independent effects on biological responses, with sand addition being the more influential of the two. Sand addition decreased algal biomass and microbe-mediated leaf breakdown significantly, whereas invertebrate shredder-mediated breakdown only responded to flow level. Macroinvertebrate community composition responded significantly to both stressors. Fungal biomass decreased and shredder abundance increased when sand was added; thus, organisms at different trophic levels can exhibit highly variable responses to the same stressor. Terrestrial endophytic fungi were abundant in low-flow flumes where leaf mass loss was also highest, indicating that terrestrial endophytes may contribute importantly to leaf decomposition in the aquatic environment. Leaf breakdown rates depended on the identity and abundance of the dominant decomposer species, suggesting that the effects of anthropogenic activities on ecosystem processes may be driven by changes in the abundance of a few key species. The few observed interactive effects were all antagonistic (i.e., less than the sum of the individual effects); for example, increased flow stimulated algal biomass accumulation but this effect was largely cancelled by sand. While our finding that sand and stream flow did not have strong synergistic effects can be considered reassuring for management, future experiments should manipulate these and other human stressors in experiments that run for much longer periods, thus focusing on the long-term impacts of multiple simultaneously operating stressors

Sediments and flow have mainly independent effects on multitrophic stream communities and ecosystem functions

201