Suivi des tendances de l'occupation de l'espace et de l'abondance des chenilles d'Apollon Parnassius apollo lozerae dans le Parc national des Cévennes en lien avec le changement climatique.: Rapport méthodologique, protocole version 1

L’Apollon (Parnassius apollo) exige des espaces ouverts, pelouses ou éboulis ensoleillés entre 600 et 2 500 mètres d’altitude. Ce papillon a vu ses populations françaises régresser, voire disparaître sur certaines parties du territoire national ces dernières décennies, potentiellement en raison des changements climatiques. L’évolution des pratiques pastorales pourrait également expliquer une partie de ce déclin, notamment sur les causses méridionaux. Une étude-pilote a été lancée en 2018 sur plusieurs causses du Parc national des Cévennes. Elle se base sur un dénombrement des chenilles d’Apollon au cours de trois passages réalisés en mai sur 168 dalles à orpin. A partir des données collectées, nous avons estimé une probabilité d’occupation des dalles par les chenilles de 0,46 [IC95% 0,39-0,54] par une modélisation en site-occupancy et une abondance moyenne par dalle de 0,71 [IC95% 0,43-1,1] par des modèles en N-mixture. La probabilité de détection moyenne de l’espèce est de 0,77 [IC95% 0,71-0,83]. Elle augmente avec l’avancée de leur stade de développement. Sur la base de ces résultats, nous fournissons plusieurs recommandations pour le déploiement de ce protocole dans les prochaines années sur les causses du Parc national des Cévennes. Il permettra ainsi de renseigner les changements de répartition et d’abondance de cette espèce sur le long terme en lien avec le changement climatique. Certaines mesures pour maintenir les populations relictuelles pourraient être encouragées. Ce document justifie les choix méthodologiques réalisés et propose un cadre pour le recueil, le stockage et l’analyse des données. Il fixe également les moyens logistiques nécessaires à la mise en oeuvre du protocole proposé. L’ensemble de ces informations garantit la pérennité de l’étude sur le long terme. L’élaboration de ce protocole s’inscrit dans le cadre d’une coopération entre l’Office Français de la Biodiversité et le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive. Cette coopération lancée en 2018 vise à mettre en place un appui méthodologique et statistique pour un transfert continu de compétences, de savoirs, de méthodes, vers les gestionnaires des parcs nationaux et des autres aires protégées

Suivi des tendances des effectifs nicheurs de Crabier blanc Ardeola idae par survol en drone des colonies de reproduction de Mayotte. Rapport méthodologique, protocole version 1

Le Crabier blanc est une espèce d'ardéidé classée « en danger d’extinction » à l’échelle mondiale. La population nicheuse française, composée de plusieurs centaines de couples sur Mayotte, fait l’objet d’un Plan national d’actions. Le Parc naturel marin (PNM) de Mayotte souhaite mettre en place un indicateur des tendances des effectifs nicheurs de crabiers de l’île. Depuis quelques années, ce suivi des colonies nicheuses dans les mangroves est assuré par le GEPOMAY, association ornithologique locale. Il consiste à réaliser des survols par drone de toutes les colonies nicheuses connues, puis à compter les individus et les nids par photo-interprétation des clichés obtenus. Bien que l’utilisation de drones offre un accès à de nombreuses données non mobilisables depuis le sol, on peut pointer certaines limites à cette approche, liées aux technologies et à l’écologie de l’espèce. En effet, la détection des individus ou des nids sur les clichés réalisés par drone n’est pas de 100%, et cette proportion pourrait varier dans le temps et dans l’espace selon plusieurs facteurs tels que la phénologie de l’espèce, son rythme d’activité journalier, l’expérience du photo-interprète, etc. Ces facteurs, s’ils ne sont pas contrôlés, pourraient être à l’origine de biais dans les estimations de tendances des effectifs. Nous avons mis en place une étude-pilote en 2020-2021 afin de répondre à deux principaux objectifs :(i) caractériser les variations d’abondance (comptages) des adultes, juvéniles et nids au cours de la journée et au sein de la saison de reproduction ; (ii) estimer les abondances et probabilités de détection des nids de crabiers par méthodes de CMR à partir des clichés obtenus lors des différentes sessions de survol. Cette étude-pilote nous permettra d’évaluer les forces et faiblesses de l’approche par drone. Nous nous appuyons sur les résultats obtenus pour proposer une stratégie d’échantillonnage temporelle et spatiale pour mesurer les tendances des effectifs en nids actifs et en juvéniles de crabiers blancs sur l’île de Mayotte. Ce document justifie les choix méthodologiques réalisés et propose un cadre pour le recueil, le stockage et l’analyse des données. Il fixe également les moyens logistiques nécessaires à la mise en œuvre du protocole proposé. L’ensemble de ces informations garantit la pérennité de l’étude sur le long terme.L’élaboration de ce protocole s’inscrit dans le cadre d’une coopération entre l’Office Français de la Biodiversité et le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive. Cette coopération lancée en 2018 vise à mettre en place un appui méthodologique et statistique pour un transfert continu de compétences, de savoirs, de méthodes, vers les gestionnaires des parcs nationaux et des autres aires protégées

Building spaces of interactions between researchers and managers: Case studies with wildlife monitoring and conservation in France

International audience1. To document and halt biodiversity loss, monitoring, quantifying trends and assessing management and conservation strategies on wildlife populations and communities are crucial steps. 2. With increasing technological innovations, more and more data are collected and new quantitative methods are constantly developed. These rapid developments come with an increasing need for analytical skills, which are hardly accessible to managers. On the other hand, researchers spend more and more time on research grant applications and administrative tasks, which leaves fewer opportunities for knowledge transfer. This situation tends to increase the gap between researchers and managers. Here, we illustrate how to fill this gap by presenting two long-term collaborations between a research unit—Centre for Functional and Evolutionary Ecology; CEFE—and a national agency—French Biodiversity Agency; OFB. 3. The first example is a collaboration providing statistical support to national parks for the design and implementation of scientific monitoring protocols. It relies on the recruitment of a research engineer funded by OFB and physically based at CEFE, who works closely with OFB and managers. The second example is a collaboration on the management of large carnivores. For more than 10 years, it has involved several PhD students and post-doctoral fellows co-supervised by CEFE and OFB, and has recently resulted in the recruitment of a permanent OFB researcher who works half-time at CEFE and half-time at OFB. These case studies illustrate the modalities of collaborative work between public institutions acting at different levels of biodiversity conservation for the co-construction of research agendas and the exchange of knowledge. 4. These collaborations also bring out some challenges. Inter-knowledge and mutual learning remain difficult at scales larger than that of the teams concerned. The staff working at this interface needs to possess good listening skills, respect all partners' needs and demonstrate flexibility. Knowledge exchanges require time, thus reducing productivity according to quantitative metrics such as scientific publications or institutional reports. These collaborations can therefore be difficult to assume socially, and remain tenuous because they rely on a good understanding of the differences in governance of the various partners. 5. Based on our experience, success is favoured by long-term and close relationships, and by co-construction of projects at early stage. Sharing a space (i.e. office or building) facilitates face-to- face interactions during planned work sessions and casual meetings that build up a shared scientific culture and mutual trust

La Planète Revisitée en Corse. Expéditions terrestres 2021 - Côte orientale et <i>Capicorsu</i>: Bilan scientifique

"The Planet Reviewed in Corsica" is an expedition by the MNHN in partnership with the Collectivité de Corse and the French Office for Biodiversity. Between 2019 and 2022, several teams of scientists are undertaking an inventory of terrestrial and marine diversity of Corsica. The objective is to establish a reference state of a series of sites of high biological value and to modernize the collections of the MNHN. This report provides a quick overview of terrestrial expeditions from two emblematic sectors of Corsica: the west coast and northern Capicorsu. From March to May 2021, 34 participants took part of the inventory of about 10 sites. In 2021, the increased sampling effort and the first phase of identification made it possible to announce 2 227 inventoried species and 11 346 data uploaded and shared in the national inventory of natural heritage (INPN). This last field year makes an important contribution to the national inventory of natural heritage with 75 species inventoried for the first time in Corsica, 5 new species for France and 12 species expected new to science. Many taxa had not been observed for decades or several for more than a century. This knowledge is being disseminated on OpenObs, the French portal for biodiversity. Moreover, the Barcoding campaign achieved a total of 2 200 specimens sequenced for DNA (CO1 et ITS). The results will contribute to the species identifications, the taxonomic revisions to be published but also to enrich the global Barcode of Life information system.« La Planète Revisitée en Corse » est une expédition du Muséum national d’histoire naturelle menée en partenariat avec la Collectivité de Corse et l’Office français de la Biodiversité. Entre 2019 et 2021, plusieurs équipes de scientifiques entreprennent l’inventaire de différents secteurs terrestres et marins représentatifs de la diversité de Corse afin d’établir un état de référence d’une série de sites à forte valeur biologique et de moderniser les collections d’histoire naturelle de référence du Muséum national. Ce rapport propose un premier bilan « à chaud » des expéditions terrestres de deux secteurs emblématiques de l’île : la côte orientale et le nord du Capicorsu. De mars à mai 2021, 34 personnes ont participé à l’inventaire d’une dizaine de sites. En 2021, l’effort important d’échantillonnage et la première phase d’identification permettent d’ores et déjà d’annoncer plus de 2 227 espèces inventoriées et 11 346 données mises en ligne et partagées. Cette troisième et dernière année de terrain apporte une contribution importante à l’inventaire du patrimoine naturel avec 12 nouvelles espèces pour la science, 75 espèces inventoriées pour la première fois en Corse et au moins 5 espèces nouvelles pour la France. De nombreux taxons n’avaient pas été observés depuis plusieurs décennies voire plus d’un siècle pour certains. Cette connaissance est en cours de diffusion sur OpenObs, le portail d'accès aux données d'observation sur les espèces. En parallèle, la campagne de codes-barres ADN (CO1 et ITS) de 2021 a permis de séquencer 2 200 individus. Les résultats permettront de contribuer aux déterminations pour les inventaires, aux révisions taxinomiques qui feront l’objet de publications scientifiques mais également d’enrichir le système d’information global Barcode of Life

La Planète Revisitée en Corse. Expéditions terrestres 2021 - Côte orientale et <i>Capicorsu</i>: Bilan scientifique

"The Planet Reviewed in Corsica" is an expedition by the MNHN in partnership with the Collectivité de Corse and the French Office for Biodiversity. Between 2019 and 2022, several teams of scientists are undertaking an inventory of terrestrial and marine diversity of Corsica. The objective is to establish a reference state of a series of sites of high biological value and to modernize the collections of the MNHN. This report provides a quick overview of terrestrial expeditions from two emblematic sectors of Corsica: the west coast and northern Capicorsu. From March to May 2021, 34 participants took part of the inventory of about 10 sites. In 2021, the increased sampling effort and the first phase of identification made it possible to announce 2 227 inventoried species and 11 346 data uploaded and shared in the national inventory of natural heritage (INPN). This last field year makes an important contribution to the national inventory of natural heritage with 75 species inventoried for the first time in Corsica, 5 new species for France and 12 species expected new to science. Many taxa had not been observed for decades or several for more than a century. This knowledge is being disseminated on OpenObs, the French portal for biodiversity. Moreover, the Barcoding campaign achieved a total of 2 200 specimens sequenced for DNA (CO1 et ITS). The results will contribute to the species identifications, the taxonomic revisions to be published but also to enrich the global Barcode of Life information system.« La Planète Revisitée en Corse » est une expédition du Muséum national d’histoire naturelle menée en partenariat avec la Collectivité de Corse et l’Office français de la Biodiversité. Entre 2019 et 2021, plusieurs équipes de scientifiques entreprennent l’inventaire de différents secteurs terrestres et marins représentatifs de la diversité de Corse afin d’établir un état de référence d’une série de sites à forte valeur biologique et de moderniser les collections d’histoire naturelle de référence du Muséum national. Ce rapport propose un premier bilan « à chaud » des expéditions terrestres de deux secteurs emblématiques de l’île : la côte orientale et le nord du Capicorsu. De mars à mai 2021, 34 personnes ont participé à l’inventaire d’une dizaine de sites. En 2021, l’effort important d’échantillonnage et la première phase d’identification permettent d’ores et déjà d’annoncer plus de 2 227 espèces inventoriées et 11 346 données mises en ligne et partagées. Cette troisième et dernière année de terrain apporte une contribution importante à l’inventaire du patrimoine naturel avec 12 nouvelles espèces pour la science, 75 espèces inventoriées pour la première fois en Corse et au moins 5 espèces nouvelles pour la France. De nombreux taxons n’avaient pas été observés depuis plusieurs décennies voire plus d’un siècle pour certains. Cette connaissance est en cours de diffusion sur OpenObs, le portail d'accès aux données d'observation sur les espèces. En parallèle, la campagne de codes-barres ADN (CO1 et ITS) de 2021 a permis de séquencer 2 200 individus. Les résultats permettront de contribuer aux déterminations pour les inventaires, aux révisions taxinomiques qui feront l’objet de publications scientifiques mais également d’enrichir le système d’information global Barcode of Life