Detection and phylogenetic analysis of porcine enteric calicivirus, genetically related to the Cowden strain of sapovirus genogroup III, in Brazilian swine herds Detecção e análise filogenética do calicivírus entérico suíno, geneticamente relacionado com a estirpe Cowden do genogrupo III do sapovírus, em rebanhos brasileiros

Sapovirus of the Caliciviridae family is an important agent of acute gastroenteritis in children and piglets. The Sapovirus genus is divided into seven genogroups (G), and strains from the GIII, GVI and GVII are associated with infections in swine. Despite the high prevalence in some countries, there are no studies related to the presence of porcine enteric sapovirus infections in piglets in Brazil. In the present study, 18 fecal specimens from piglets up to 28 days were examined to determine the presence of sapovirus genome by RT-PCR assay, using primers designed to amplify a 331 bp segment of the RNA polymerase gene. In 44.4% (8/18) of fecal samples, an amplified DNA fragment was obtained. One of these fragments was sequenced and submitted to molecular and phylogenetic analysis. This analysis revealed high similarity, with nucleotides (87%) and amino acids (97.8%), to the Cowden strain, the GIII prototype of porcine enteric calicivirus. This is the first description of sapovirus in Brazilian swine herds.<br>O sapovírus classificado na família Caliciviridae é um importante causador de gastroenterite aguda em crianças e leitões. O gênero Sapovirus é dividido em sete genogrupos (G), sendo que as estirpes dos GIII, GVI e GVII estão associadas com infecção em suínos. Apesar da alta prevalência da infecção em alguns países, ainda não existem estudos referentes à presença do calicivírus entérico suíno nos rebanhos brasileiros. No presente estudo 18 amostras de fezes de leitões com até 28 dias foram avaliadas pela RT-PCR para a presença do genoma do sapovírus, utilizando os primers desenvolvidos para amplificar um segmento de 331 pb do gene da RNA polimerase viral. Em 44,4% (8/18) das amostras foi amplificado um fragmento de DNA. Um desses amplicons foi seqüenciado e pela análise molecular e filogenética foi verificada similaridade de 87% em nucleotídeos e 97,8% em aminoácidos com a estirpe Cowden, protótipo do GIII. Esta é a primeira descrição do sapovírus em rebanhos suínos brasileiros