Completeness of hepatitis, brucellosis, syphilis, measles and HIV/AIDS surveillance in Izmir, Turkey

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>According to the surveillance system in Turkey, most diseases are notified only by clinicians, without involving laboratory notification. It is assumed that a considerable inadequacy in notifications exists; however, this has not been quantified by any researcher. Our aim was to evaluate the completeness of communicable disease surveillance in the province of Izmir, Turkey for the year of 2003 by means of estimating the incidences of diseases.</p> <p>Methods</p> <p>Data on positive laboratory results for the notifiable and serologically detectable diseases hepatitis A, B, C, brucellosis, syphilis, measles and HIV detected in 2003 in Izmir (population 3.5 million) were collected from serology laboratories according to WHO surveillance standards and compared to the notifications received by the Provincial Health Directorate. Data were checked for duplicates and matched. Incidences were estimated with the capture-recapture method. Sensitivities of both notifications and laboratory data were calculated according to these estimates.</p> <p>Results</p> <p>Among laboratories performing serologic tests (n = 158) in Izmir, 84.2% accepted to participate, from which 23,515 positive results were collected. Following the elimination of duplicate results as well as of cases residing outside of Izmir, the total number was 11,402. The total number of notifications was 1802. Notification rates of cases found in laboratories were 31.6% for hepatitis A, 12.1% for acute hepatitis B, 31.8% for brucellosis, 25.9% for syphilis and 100% for HIV confirmation.</p> <p>Conclusions</p> <p>It was discovered that for hepatitis A, B, C, brucellosis and syphilis, there is a considerable under-notification by clinicians and that laboratory data has the potential of contributing greatly to their surveillance. The inclusion of laboratories in the surveillance system of these diseases could help to achieve completeness of reporting.</p

Laboratuvarların bulaşıcı hastalık sürveyansında doğrudan rolü, farklı ülke örnekleri ve türkiye için öneriler

As the diagnoses of most communicable diseases are confrmed by microbiological analyses, laboratory surveillance programs are implemented in many countries in addition to clinicians;amp;#8217; notifcations. The objective of this review is to describe the direct role of laboratories in surveillance, to present some examples of its implementation in different countries, and to evaluate the situation in Turkey. UK, Australia, France and Italy were chosen as examples because their different laboratory surveillance scopes and methods. Laboratory surveillance has been started in the UK in 1940s and in Australia in the 1970s. All of the laboratories contribute to the surveillance in the UK and France, while sentinel surveillance schemes are applied in Australia and Italy. Laboratories in the UK report almost all of the infectious agents they have diagnosed. Most of the notifcations are received by an electronic system called CoSurv which captures the data automatically from the laboratories. In Australia, laboratories report many infectious agents under the surveillance scheme LabVISE. In France, laboratories report the national notifable diseases and participate in some sentinel surveillance schemes. There is a separate notifcation form for each of the 30 notifable communicable diseases in France. Patient identities are anonymized in these three countries. In Italy, laboratories make electronic notifcations and send the information on the patient openly, as in Turkey. In the former four countries, laboratories also notify the conditions that clinicians should notify, while in Turkey laboratories only report some infectious agents that clinicians do not have to notify. In Turkey the lists do not overlap. The notifcation volume per 100,000 population is 847.5 in the UK, 188.2 in Australia and 40.6 in Turkey. In Turkey, laboratory surveillance is restricted to only nine pathogens (Shigella, Salmonella, EHEC, Campylobacter, Listeria monocytogenes, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium sp, Giardia intestinalis and Chlamydia trachomatis) classifed as ;amp;#8216;Group D;amp;#8217; notifable agents. The majority of notifable diseases are classifed as group A and C which should be notifed only by clinicians. Some researches show that the notifcation rates of Group A diseases by clinicians are quite low and it is possible to reach the data on cases through laboratories. While the surveillance system changed in 2005 in Turkey, an increase in notifcation rates was not observed. Therefore, it would be appropriate to integrate laboratories into the surveillance of Group A, B, C notifable diseases.Bulaşıcı hastalıkların birçoğunun tanısı artık mikrobiyolojik analizlerle doğrulandığı için birçok ülkede klinisyen bildirimlerinin yanı sıra laboratuvara dayalı sürveyans programları da yürütülmektedir. Bu derlemenin amacı, laboratuvarların sürveyansta doğrudan rolünü irdelemek, farklı ülkelerde laboratuvar sürveyansının nasıl uygulandığına dair örnekler sunmak ve bunlar ışığında ülkemizdeki durumu değerlendirmektir. Ülke örneği olarak birbirinden farklı kapsam ve yöntemler uygulayan İngiltere, Avustralya, Fransa ve İtalya seçilmiştir. İngiltere’de laboratuvar sürveyansı 1940’lı yıllara, Avustralya’da 1970’li yıllara dayanmaktadır. İngiltere ve Fransa’da laboratuvarların tümü bildirim yaparken Avustralya ve İtalya’da sentinel sürveyans yapılmaktadır. İngiltere’de laboratuvarlar saptadıkları etkenlerin neredeyse tümünü bildirmektedir. Bildirimlerin çoğu, veriyi laboratuvardan otomatik olarak alan CoSurv adlı bir sistem aracılığıyla elektronik olarak aktarılmaktadır. Avustralya’da LabVISE sürveyans şeması kapsamında laboratuvarlar birçok etkeni bildirmektedir. Fransa’da laboratuvarlar, ulusal bildirimi zorunlu hastalıkları bildirmekte ve bazı sentinel sürveyans programlarına katılmaktadır. Fransa’da bildirimi zorunlu 30 hastalığın her birine özgü ayrı bir bildirim formu kullanılmaktadır. Laboratuvarlar bildirimi yaparken, hekimlerin bildirim yapmakta kullandığı bu formun aynısını kullanmakta ve bildirimi kâğıt üzerinde yapmaktadır. Bu üç ülkede olguların kimlik bilgileri anonimleştirilmektedir. Laboratuvar sürveyansının elektronik olarak yapıldığı İtalya’da kimlik bilgileri Türkiye’deki gibi açık olarak iletilmektedir. Diğer dört ülkede laboratuvarlar, klinisyenlerin bildirdiği hastalıkları da bildirirken Türkiye’de laboratuvarlar, klinisyence bildirilmeyen hastalık etkenlerini bildirmekte, iki liste çakışmamaktadır. Laboratuvarların yüzbin nüfus başına yıllık bildirim hacmi İngiltere’de 847,5, Avustralya’da 188,2, Türkiye’de ise 40,6’dır. Ülkemizde laboratuvarların sürveyansa doğrudan katkısı D grubu etken bildirimleri olarak sınıfandırılan sadece dokuz etkenle (Shigella, Salmonella, Enterohemorajik Echerichia Coli, Campylobacter, Listeria monocytogenes, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium sp, Giardia intestinalis ve Chlamydia trachomatis) sınırlıdır. Bildirimi zorunlu bulaşıcı hastalıkların çoğunluğunu, klinisyen tarafından bildirilmesi beklenen A ve C grubu hastalıklar oluşturmaktadır. Oysa bazı araştırmalara göre A grubunda yer alan hastalıklarda klinisyenlerin olguları bildirme oranı çok düşüktür ve olguların çoğunun verisine laboratuvarlardan erişmek mümkündür. Bildirim sisteminin 2005 yılında değişmesinin ardından bildirim oranlarında bir artış gözlenmemiştir. Dolayısıyla ülkemizde bildirimi zorunlu hastalıkların çoğunun yer aldığı A, B, C grubu hastalıkların sürveyansına laboratuvarların da entegre edilmesi çok yararlı olacaktır

İzmir ilinde serolojik olarak tanısıkonabilen bazı bulaşıcı hastalıklarda laboratuvar tanılarının sürveyansa katkısı

ABSTRACT Many communicable diseases are diagnosed in laboratories and many countries have integrated laboratories into their surveillance systems. The aims of this research were to determine the possible contribution of serologic laboratory diagnoses into communicable disease statistics and to evaluate several notification methods (active data collection from laboratories, electronic notifications and clinicians' notifications). Positive laboratory results for measles, hepatitis A, B, C, brucellosis, syphilis and HIV for the first six months of 2003 in Izmir were collected according to WHO surveillance standards and were compared with the notifications received by the Provincial Health Directorate of Izmir for the same period. The incidence of some of these diseases were estimated with the capture-recapture method. Among laboratories performing serologic tests (n=154), 93.2% in the public and 80.5% in the private sector accepted to participate in the research. Data about 11,165 positive results were collected from laboratories. 20.1% of these were received electronically. Only one measles case was diagnosed in laboratories. The Directorate had received 207 notifications and 74.4% were from primary health care centers. 303 cases of hepatitis A were detected in laboratories. Only 90 of the 352 notifications were common with the laboratory list. The six-month incidence rate of hepatitis A was estimated to be 33.6/1 00,000. Laboratories had made a 60.5% contribution to the notifications. 159 cases of acute hepatitis B and overall 4736 hepatitis B cases were detected in laboratories. 121 cases were notified and 11 and 65 of them were common with the laboratory lists, respectively. 88 cases meeting the surveillance standards of hepatitis C were detected versus 55 notifications, only two of them common. A total of 1029 HCV cases were detected. 25.3% and 27.0% of the cases of brucellosis and syphilis were n otified, respectively a nd i ncidence rates were e stimated to be 6.0 a nd 5.0. 100% of HIV cases were notified. The vast majority of the cases were detected in public laboratories. 100For hepatitis A, B, C, brucellosis and syphilis, the collection of laboratory diagnosis data has made an important contribution to their surveillance. The surveillance of selected laboratory parameters for selected diseases from at least laboratories detecting the m ajority of cases will enhance communicable disease surveillance. 1016. ÖZET ÖZET Laboratuvar tanı olanaklarının gelişmesiyle günümüzde birçok bulaşıcı hastalığın tanısı laboratuvarlarda doğrulanmaktadır. Birçok ülkede laboratuvarlar, bulaşıcı hastalık sürveyans sistemlerinin bir parçasıdır. Bu araştırmanın amaçları, serolojik laboratuvar tanılarının bulaşıcı hastalık sürveyansına olası katkısını belirlemek, bildirim verilerini toplama yöntemlerini (laboratuvarlardan aktif veri toplama, elektronik bildirimler ve klinisyen bildirimleri) değerlendirmektir. Çalışmada İzmir ilinde 2003 yılının ilk altı ayında kızamık, hepatit A, B, C, bruselloz, sifiliz ve HIV enfeksiyonuna dair laboratuvarlarda saptanan pozitif sonuçlarla ilgili veriler DSÖ sürveyans kriterlerine göre toplanıp İl Sağlık Müdürlüğü'ne bildirilen aynı döneme ait olgularla karşılaştmlmıştır. Bazı hastalıkların insidansları, yakala-tekrar yakala yöntemi ile tahmin edilmiştir. İzmir'de serolojik test uygulanan kurumların (n=154) kamuda %93,2'si ve özelde %80,5'i çalışmaya katılmayı kabul etmiş ve bu laboratuvarlardan 11.165 pozitif sonuçla ilgili veri toplanmıştır. Sonuçların %20,1'i elektronik olarak gönderilmiştir. Laboratuvarlarda kızamıkla ilgili tek bir olgu saptanırken Müdürlüğe %74,4'ü birinci basamak kurumlar tarafından olmak üzere 207 olgu bildirilmişti. Laboratuvarlarda 303 hepatit A olgusu saptandı. 352 bildirimin ancak 90'ı laboratuvar listesiyle ortaktı. Hepatit A'nm altı aylık insidans hızı, yüzbinde 33,6 olarak tahmin edildi. Laboratuvarlar, bildirimlere %60,5 oranında bir katkı sağlamıştı. Laboratuvarlarda akut hepatit B geçiren 159 olgu, toplamda da 4736 olgu saptandı. Müdürlükteki bildirim sayısı 121'di ve olguların sırasıyla 11'i ve 65'i ortaktı. Hepatit C sürveyans kriterlerini sağlayan 88 olgu ve 55 bildirim saptandı, bunların ancak ikisi ortaktı. Toplam 1029 HCV olgusu saptanmıştı. 98Brusellozda laboratuvar olgularının ancak %25,3'ü, sifilizde %27,0'sl bildirilmişti ve insidanslar sırasıyla 6,0 ve 5,0 olarak tahmin edildi. HIV olgularının %100'ü bildirilmişti. Olguların büyük çoğunluğu kamu kurumlarında saptanmıştı. Hepatit A, B, C, bruselloz ve sifilizde laboratuvar verilerinin sürveyansa önemli düzeyde katkısı olmuştur. Seçilmiş hastalıklarda seçilmiş parametrelerin laboratuvar sürveyansının en azından olguların büyük çoğunluğunu saptayan kurumlardan yapılması yararlı olacaktır. 9

Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde bulaşıcı hastalık bildirimlerini geliştirmek için laboratuvar tanılarının kullanımı ve bulaşıcı hastalıklar bildirim komitesinin rolü

Aim: To evaluate the contribution of serology laboratory data into communicable disease notifications and the role of hospital's Communicable Disease Notification Committee in improving clinicians' notifications in Ege University Hospital in January 2007;amp;#8211; July 2008. Material and Methods: The study is an operational study with two interventions: Finding cases of notifiable disease using serology laboratory data, notifying them and trying to increase clinicians' notifications by making feed-back to clinics through committee meetings. The numbers and ratios of cases notified have been compared with chi-square test. Results: The ratio of cases notified from Ege University Hospital among notifications from all facilities in Izmir has increased from 0.6% to 8.5% (p=0.0000). This ratio significantly increased for brucellosis, mumps, measles, syphilis, hepatitis A, B, C. Clinicians' notification rate has increased by 12 times, from 1.3% to 15.4% (p=0.0000). Clinicians have notified brucellosis, hepatitis A and B significantly more. Clinics that had not notified before have started to notify and there was an increase in the types of disease notified. Conclusion: Laboratory data have made an important contribution to notifications. Committee meetings have been effective in improving clinicians' notifications. Active surveillance based on laboratory data and feed-back to clinics about cases they did not notify could provide a solution to the undernotification problem.Amaç: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Ocak 2007-Temmuz 2008 döneminde serolojik laboratuvar tanılarının bulaşıcı hastalık bildirimi amaçlı kullanımını ve hastanenin Bulaşıcı Hastalıklar Bildirim Komitesinin klinisyen bildirimlerini arttırmadaki rolünü değerlendirmek. Yöntem ve Gereç: Hastanenin bulaşıcı hastalık bildirimlerini arttırmaya yönelik müdahale tipi bir araştırmadır. Müdahalenin iki ayağı bulunmaktadır: Seroloji laboratuvarında saptanan bildirimi zorunlu bulaşıcı hastalık olgularının aktif sürveyans yapılarak belirlenip İstatistik Birimi'nce bildirimlerinin yapılması ve komite toplantıları aracılığıyla kliniklere geri bildirim yapılarak klinisyenlerin bildirimlerinin arttırılmaya çalışılması. Bildirilen olgu sayıları ve bildirim oranlarındaki artış ki-kare testi ile analiz edilmiştir. Bulgular: İl genelinde yapılan bildirimler içinde hastanenin payı %0,6'dan %8,5'e çıkmıştır (p=0,0000). Bruselloz, kabakulak, kızamıkçık, sifiliz ve hepatit A, B, C özelinde de hastanenin payında istatistiksel olarak anlamlı artış bulunmuştur. Klinisyenlerin bildirim oranı %1,3'ten % 15,4'e çıkarak 12 kat artış göstermiştir (p=0,0000). Klinisyenlerin bruselloz, hepatit A ve hepatit B hastalıklarını bildirme oranlarında anlamlı artışlar saptanmıştır. Daha önceden bildirim yapmayan klinikler bildirim yapmaya başlamış ve bildirilen hastalık çeşitlerinde de artış gözlenmiştir. Sonuç: Laboratuvar verilerinin bildirimlere önemli katkısı olmuştur. Komite toplantıları, klinisyenlerin bildirimlerini arttırmada etkili olmuştur. Olgu sayısı yüksek olan sağlık kurumlarında laboratuvar temelli aktif sürveyans yapılması ve kliniklere bildirmedikleri olgularla ilgili geri bildirim yapılması, bulaşıcı hastalık bildirimlerindeki eksikliği gidermek için bir çözüm olabilir

A matrix for the evaluation of COVID-19 contact risk in healthcare workers: Technical note

The aim of this technical note is to propose a reliable, fast-adaptable and easy-to-use matrix that accurately classifies risk for contact tracing of healthcare workers with COVID-19 patients. The researchers have created a matrix with the support of the literature and their experience within the university hospital surveillance team. This matrix enables a detailed High / Medium / Low Risk classification of contacts of healthcare workers with COVID-19 cases, covering many different contact situations encountered in a university hospital. Three main headings have come to the fore in health worker contact risk classification: Differences caused by the ventilation of the environment: Indoors, well ventilated indoors, outdoors; direct contact or material sharing; aerosol generating procedure. The matrix is quickly adapted by surveillance team members and is easy to use

Breastfeeding, nutrition and type 1 diabetes: a case-control study in Izmir, Turkey

Background The relationship between infant breastfeeding and type 1 diabetes mellitus (DM) is unclear but it has been suggested that there may be a link between many environmental factors, including dietary antigens affecting diabetes epidemiology. The main objective of this study is to investigate nutritional risk factors, especially breastfeeding early in life that may be associated with the development of type 1 DM and to determine the relationship these factors have with the disease. Methods This research is a case-control study and was carried out in Ege University Children's Hospital in Izmir, Turkey between 13 January 2020 and 5 March 2020. A total of 246 children aged between 4 and 14 years were included in the study. The case group consisted of patients diagnosed with type 1 DM followed-up by Ege University Children's Hospital's Endocrinology Unit and the control group included non-diabetic children attending the same hospital's General Pediatric Outpatient Clinic. A structured questionnaire was created by the researchers after reviewing the literature related to nutritional and other risk factors for type 1 DM. The questionnaire was administered by interviewing the parents and it was related to the child, mother and family of the child. In this study, breastfeeding duration was defined as the total duration of breastfeeding and exclusive breastfeeding meant that the child received only breast milk from the mother. Results The mean age at diagnosis was 6.30 +/- 4.03 years for cases and 7.48 +/- 2.56 years for controls. We found that each monthly increase in exclusive breastfeeding duration provided a 0.83-fold (95% CI 0.72, 0.96) decrease in the risk of type 1 DM. Introduction of cereals in the diet at the sixth month or earlier was associated with a 2.58-fold (95% CI 1.29, 5.16) increased risk. Conclusions Determining the contribution of exclusive breastfeeding to the disease is important in establishing preventive policies. A longer duration of exclusive breastfeeding may be an important role in preventing the disease. This free intervention that truly works will be cost-effective. Future studies are needed to clarify the role of both exclusive and non-exclusive breastfeeding on the development of type 1 DM