Improvement in the amino-acid microbial production

Amino-acid microbial production can be improved by a process modification or by inducing changes in the metabolism of the biocatalyst. These two approaches will be illustrated and discussed using the examples of glutamic acid and valine productions with Corynebacterium glutamicum.La production d'acide aminé par voie microbienne peut être améliorée soit en jouant sur le procédé de culture soit en modifiant le métabolisme du micro-organisme producteur. Ces 2 approches seront illustrées et discutées grâce à deux exemples d'acides aminés produits par Coryne-bacterium glutamicum: l'acide glutamique et la valine

The second workshop on lists of commercial fish and shellfish species for reporting of MSFD D3 (WKD3Lists2)

WKD3Lists2 created lists of regionally relevant commercial fish and shellfish species (and higher order taxa) for the use of Article 8 reporting by EU member states under Descriptor 3 of the Marine Strategy Framework Directive (MSFD). The regional taxa lists were based on landings data from the Fisheries Dependent Information data base (FDI) provided by EU member states and compiled by the Joint Research Centre (JRC). The taxonomy of landings data was consolidated by regional experts and the consolidated data were combined to obtain absolute and proportional landing weights and values for each (sub)re-gion, which were used to apply dual (weight and vale) selection thresholds to compile (sub)re-gional D3-taxa-lists. Regional D3-taxa-lists were produced for two MSFD regions (Baltic Sea & Black Sea) and eight MSFD subregions: The Greater North Sea, Celtic Seas, the Bay of Biscay and Iberian Coast, Mac-aronesia, Western Mediterranean, the Ionian Sea & Central Mediterranean, the Adriatic Sea and the Aegean-Levantine Sea. To exclude taxa with very low landing weights or value from the final lists, two types of thresh-olds (cumulative and minimum) with differing cut-off values were evaluated (90%, 95%, 98% and 99% for cumulative and 0.1% and 1% for minimum thresholds). Depending on the cut-off value, the number of taxa included varied substantially and in most (sub)regions the application of thresholds reduced the initial number of taxa by more than 50%. WKD3Lists2 did not recommend any threshold type or cut-off value to be applied generically in all (sub)regions, but identified trade-offs between inclusiveness and parsimony of relevant con-tent i.e. higher cut-off values will lead to longer lists including many taxa with relatively low landings weights/values. In some (sub)regions, thresholds with lower cut-off values (90% to 95%) were considered feasible by regional experts (Mediterranean subregions, Bay of Biscay and Iberian Coast, Macaronesia), whereas in other MSFD (sub)regions cut-off values in the range of 98-99% were considered as appropriate (Baltic Sea, Greater North Sea, Celtic Seas). The regional D3-taxa lists by WKD3Lists2 were created without considering the availability of data or assessments i.e. many species are included, for which no assessment information is avail-able. WKD3Lists2 decided on this approach because a representative selection of commercially targeted taxa was considered to indicate knowledge and data gaps in current data collection and assessment schemes. Regional species lists shall be used by EU member states for the national reporting of D3. Stocks and species from the regional lists shall be considered by member states, and additional stocks/species can be added where appropriate (e.g. those stocks/species of national or local of importance that do not appear on the regional lists). x WKD3Lists2 discussed and compiled recommendations on how Member States can complement the regional lists of D3-taxa. A key recommendation is to maintain taxa reported in 2018 under D3, even if they are not part of the regional D3-taxa list for 2024. Wherever possible, Member States should report on stock level. WKD3Lists2 also discussed linkages between D1 and D3-reporting of commercial taxa.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Correspondance de l'échantillonnage entre le programme d'observation à la mer (ObsMer 2003-2015) et la campagne EVHOE (1997-2014) dans le golfe de Gascogne et la mer Celtique

L’objectif de ce travail est de caractériser la correspondance de la couverture géographique de la campagne d’évaluation EVHOE (1997-2014) avec l’activité de pêche professionnelle décrite à partir du programme ObsMer (2003-2015) dans le cadre d'une réflexion autour de la révision du plan d'échantillonnage de la campagne EVHOE

Caractérisation qualitative du lien entre les appâts utilisés et les captures observées sur des navires de pêche professionnelle pratiquant les métiers de la ligne et du casier sur la façade Manche - Atlantique

L’objectif de ce rapport est de décrire le lien entre les appâts utilisés et les captures observées dans le cadre du programme ObsMer sur des navires de pêche professionnelle pratiquant les métiers de la ligne et du casier sur la façade Manche - Atlantique

Sélection des espèces sensibles à la pression de pêche dans les sous-régions marines DCSMM. Descripteur 1 – Poissons & Céphalopodes

La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), adoptée en juin 2008, recommande aux Etats membres de développer une approche de gestion des milieux marins fondée sur la notion d’écosystème. Par cette directive, la France s’est engagée à atteindre ou maintenir d’ici 2020 le bon état écologique (BEE) des milieux marins décrits au travers de 11 descripteurs, pour les eaux métropolitaines sous sa juridiction. Le descripteur 1 stipule que la diversité biologique doit être maintenue. La qualité des habitats et leur nombre, ainsi que la distribution et l’abondance des espèces sont adaptés aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques existantes (décision de la Commission européenne 2017/848/UE). Les composantes de l’écosystème des poissons et céphalopodes doivent être évaluées dans les quatre sous-régions marines (SRM) françaises (« Manche – mer du Nord », « Mers Celtiques », « Golfe de Gascogne » et « Méditerranée occidentale »). Compte tenu de la disponibilité de données provenant des campagnes scientifiques conduites par l’Ifremer, une approche quantitative est envisagée pour évaluer le groupe des poissons démersaux du plateau continental au regard du critère D1C2 relatif à l’abondance des populations. Il convient en premier lieu de définir une liste d’espèces représentatives de ce groupe. Sur le plateau continental, la pêche est considérée comme la principale source de pression sur les espèces. Suivant une approche récemment publiée et utilisée dans le cadre de l’évaluation intermédiaire 2017 d’OSPAR, les espèces peuvent être sélectionnées sur la base de traits d’histoire de vie sensibles à une mortalité autre que la mortalité naturelle, c’est-à-dire une mortalité associée à l’activité anthropique comme la mortalité par pêche. Ce rapport propose d’appliquer cette méthode pour sélectionner les espèces sensibles à la pression de pêche dans les différentes SRM dans l’objectif de réaliser l’évaluation du bon état écologique des poissons démersaux dans le cadre de l’évaluation nationale programmée en 2018

Evaluation du descripteur 3 « espèces exploitées à des fins commerciales » en France métropolitaine.

The Marine Strategy Framework Directive (MSFD), adopted in June 2008, commits Member States to adopt an ecosystemic approach to manage the marine environment. By this directive, France aims to achieve good environmental status of its marine waters by 2020. Descriptor 3 stipulates that populations of all commercially exploited fish and shellfish are within safe biological limits, exhibiting a population age and size distribution that is indicative of a healthy stock. The Marine Directive builds on existing European Union (EU) legislation as the Common Fisheries Policy (CFP) and criteria describing stocks status are derived from international authorities works as the International Council for the Exploration of the Sea (ICES), the General Fisheries Commission for the Mediterranean (GFCM) or the International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas (ICCAT). The fisheries sector in France is present in the four subregions, but also beyond. It has the particularity of being highly diversified by all the métiers practiced and all area where fishing activity takes place. Exploited marine living resources are therefore diversified and the main species caught by French vessels are tuna, hake Merluccius merluccius, herring Clupea harengus, King scallop Pecten maximus or anglerfish Lophius spp. Fisheries management aims to ensure sustainability of fisheries resources and of the activities depending on them by applying the principle of Maximum of Sustainable Yield (MSY). Scientific authorities assess stock status with two indicators: fishing mortality (corresponding to the criteria D3C1) and spawning stock biomass (corresponding to the criteria D3C2), from which they produce recommendations for management. As part of the MSFD assessment, it is impossible and unrelevant to adjudicate on a global ecological status of the different marine subregions (from the point of view of the D3 criteria). Indeed, advices of regional fisheries organisations (e.g. ICES, GFCM, ICCAT) conclude that stocks are improving on the one hand and others are deteriorating on the other hand, without delivering a global advice. In 2015, in French metropolitan waters, 122 stocks of fishery resources have a scientific monitoring, including 33 stocks with quantitative assessment and associated threshold values, only 27 % of stocks. Twelve stocks are considered in good environmental status, such as saithe Pollachius virens of the North Sea (marine subregion “English Channel – North Sea”), common sole Solea solea of the western English Channel (marine subregion “Celtic Seas”) or the northern stock of hake Merluccius merluccius (marine subregions of the Atlantic coast). Twenty stocks with quantitative assessment do not achieve good environmental status, such as anchovy Engraulis encrasicolus of the Gulf of Lions (marine subregion “Western Mediterranea”), seabass Dicentrarchus labrax of Celtic Sea, English Channel and southern North Sea (marine subregions “Celtic Seas” and “English Channel – North Sea”), or albacore Thunnus alalunga of North Atlantic (marine subregions of the Atlantic coast).La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), adoptée en juin 2008, recommande aux Etats Membres d’entreprendre une approche de gestion des milieux marins fondée sur la notion d’écosystème. Par cette directive, la France s’est engagée à atteindre d’ici 2020 le bon état écologique des milieux marins, pour les eaux métropolitaines sous sa juridiction. Le descripteur 3 stipule que les populations de tous les poissons et crustacés exploités à des fins commerciales se situent dans les limites de sécurité biologique, en présentant une répartition de la population par âge et par taille qui témoigne de la bonne santé du stock. Cette directive s’appuie sur la Politique Commune des Pêches (PCP) et les critères renseignant l’état des stocks sont issus des travaux d’instances internationales comme le Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM), la Commission Générale pour la Pêche en Méditerranée (CGPM) ou la Commission Internationale pour la Conservation des Thonidés de l’Atlantique (CICTA). Le secteur de la pêche en France est présent dans les quatre sous-régions marines mais également au-delà. Il a la particularité d’être hautement diversifié de par tous les métiers pratiqués et tous les milieux où se déroule l’activité de pêche. Les ressources exploitées sont en conséquence très diversifiées et les principales espèces pêchées par les navires français sont les thons Thunnus spp., le merlu Merluccius merluccius, le hareng Clupea harengus, la coquille Saint-Jacques Pecten maximus ou encore les baudroies Lophius spp. La gestion des pêches vise à assurer la durabilité des ressources halieutiques et des activités qui en dépendent en appliquant le principe de Rendement Maximal Durable (RMD). Les instances scientifiques évaluent l’état des stocks au travers de deux indicateurs : la mortalité par pêche (correspondant au critère D3C1) et la biomasse du stock reproducteur (correspondant au critère D3C2), à partir desquels ils produisent des recommandations pour la gestion. Dans le cadre de l’évaluation au titre de la DCSMM, il est impossible et non pertinent de statuer sur un état écologique global de chacune des sous-régions marines (du point de vue des critères du D3). En effet, les avis émanant des organismes régionaux des pêches (e.g. CIEM, CGPM) concluent à des stocks en amélioration d’un côté, à d’autres qui se détériorent, sans se prononcer sur un état global. En 2015, dans les eaux françaises métropolitaines, 122 stocks de ressources halieutiques bénéficient d’un suivi scientifique dont 33 stocks avec une évaluation quantitative et des valeurs seuils associées, soit seulement 27 % des stocks. Douze stocks sont qualifiés en bon état écologique, comme le lieu noir Pollachius virens de mer du Nord (sous-région marine « Manche – mer du Nord »), la sole commune Solea solea de Manche Ouest (sous-région marine « mers Celtiques ») ou le stock Nord de merlu européen Merluccius merluccius (les 3 sous-régions marines de la façade Atlantique). Les 20 autres stocks bénéficiant d’une évaluation quantitative ne répondent pas aux critères du bon état écologique. C’est le cas, pas exemple, de l’anchois commun Engraulis encrasicolus du golfe du Lion (sous-région marine « Méditerranée occidentale »), du bar Dicentrarchus labrax de mer Celtique, Manche et mer du Nord (sous-régions marines « mers Celtiques » et « Manche – mer du Nord ») ou encore du thon germon Thunnus alalunga d’Atlantique Nord (les 3 sous-régions marines de la façade Atlantique)

Caractérisation et simulation des processus de transferts lors d'injection de résine pour le procédé RTM

NANTES-BU Sciences (441092104) / SudocSudocFranceF

Evaluation de la composante de l’écosystème « Poissons et céphalopodes » du descripteur 1 « Biodiversité » en France métropolitaine.

The Marine Strategy Framework Directive (MSFD), adopted in June 2008, recommends Member States to adopt an ecosystemic approach to manage the marine environment. By this directive, France aims to achieve a good environmental status (GES) described by 11 descriptors, of its marine waters by 2020. Descriptor 1 stipulates that biological diversity is maintained. The quality and occurrence of habitats and the distribution and abundance of species are in line with prevailing physiographic, geographic and climate conditions (European Commission Decision 2017/848/UE). The ecosystem components of fish and cephalopods must be assessed in the four marine subregions (“English Channel – North Sea”, “Celtic seas”, “Bay of Biscay” and “Western Mediterranea”). The species groups assessed in this report are the demersal fish of sandy or muddy coastal areas, demersal and pelagic fish of the continental shelf, cephalopods of coastal areas and continental shelf, and fish and cephalopods of deep-sea waters. For the assessment of the species groups mentioned above, except for coastal and pelagic fish, the “Celtic seas” and “Bay of Biscay” marine subregions are united in one Assessment Geographical Unit (AGU) and the “Western Mediterranea” marine subregion is divided into two AGU: Gulf of Lion and Eastern Corsica. The approach used to assess the GES of each species group in each marine subregion is based on the availability of data from scientific surveys conducted by Ifremer and scientific proven methods for identifying thresholds. This quantitative approach is implemented for criterion D1C2 related to the abundance of populations and to the group of demersal fish of the continental shelf for which sensitivity to fishing pressure is high. It is carried out at the population and community level. However, the beginning of monitoring devices matches with a period of high fishing intensity that does not allow referring to an initial situation without pressure. For the others species groups, criterion D1C2 is indicated by the results of the assessment of desciptor 3 when stock assessments are available (i.e. D3 report – Foucher and Delaunay, 2018), this is the case of the pelagic fish of the continental shelf, or through a qualitative approach. For the other criteria, a qualitative assessment is proposed. The latter approach describes (albeit non-exhaustively) the state of scientific knowledge on those unassessed species groups. Its also suggests future methodological developments which will likely be used to inform the five criteria of the descriptor 1 for the next assessments. The assessment of GES of the demersal fish populations of the continental shelf, using the criterion D1C2, indicates that among the four AGU, the “English Channel – North Sea”, “Celtic Seas and bay of Biscay” and “Gulf of Lion” present populations that don’t achieve GES. The number of populations is particularly important in the Gulf of Lion where 28% don’t achieve GES. In addition, 30 to 50% of the populations are assessed in GES in all AGU. The community approach, whose the results are consistent with the previous ones, indicates that the “English Channel – North Sea” AGU shows increasing signals of a return to GES since the 2000s. The populations qualified in GES have doubled since the beginning of the observation series, achieving 40-45 % of the populations of sensitive species to the fishing pressure. In the “Celtic seas and bay of Biscay” AGU, the environmental status of the populations is stable over the period analysed but it is difficult to interprete that stability as no threshold value of GES formely exists. Finally, the western Mediterranea with Corsica and the Gulf of Lion have respectively a stable state and a decrease of the number of populations in GES since the end of the nineties. However, in the Gulf of Lion, signals of a return to a GES are observed for the last MSFD cycle. The qualitative approach highlights the main developments leading to future operational indicators for the next MSFD cycles. This includes work on the coastal demersal fish communities with the data provided by scientific surveys on nursery areas (D1C5), the ICES work on the size and age based on indicators of exploited fish stocks (D1C3), and research development on the geographical distribution of demersal and pelagic populations of the continental shelf (D1C4).La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), adoptée en juin 2008, recommande aux Etats membres de développer une approche de gestion des milieux marins fondée sur la notion d’écosystème. Par cette directive, la France s’est engagée à atteindre ou maintenir d’ici 2020 le bon état écologique (BEE) des milieux marins décrits au travers de 11 descripteurs, pour les eaux métropolitaines sous sa juridiction. Le descripteur 1 stipule que la diversité biologique doit être maintenue. La qualité des habitats et leur nombre, ainsi que la distribution et l’abondance des espèces sont adaptés aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques existantes (décision de la Commission européenne 2017/848/UE). Les composantes de l’écosystème des poissons et céphalopodes doivent être évaluées dans les quatre sous-régions marines (SRM) françaises (« Manche – mer du Nord », « Mers Celtiques », « Golfe de Gascogne » et « Méditerranée occidentale »). Les groupes d’espèces traités dans ce rapport sont les poissons démersaux des milieux meubles côtiers, les poissons démersaux et pélagiques du plateau continental, les céphalopodes côtiers et du plateau continental et les poissons et céphalopodes d’eaux profondes. Pour l’évaluation des groupes d’espèces cités précédemment à l’exception des poissons côtiers et pélagiques, les SRM « Mers Celtiques » et « Golfe de Gascogne » sont réunies au sein d’une unité géographique d’évaluation (UGE), et la SRM « Méditerranée occidentale » a été scindée en deux UGE : le golfe du Lion et la Corse Est. L’approche utilisée pour évaluer le BEE de chaque groupe d'espèces dans chaque SRM repose sur la disponibilité des données, provenant des campagnes scientifiques conduites par l’Ifremer, et des méthodes d'identification de seuils. Cette approche quantitative est réalisée pour le critère D1C2 relatif à l’abondance des populations et au seul groupe des poissons démersaux du plateau continental dont la sensibilité à la pression de pêche est élevée. Elle est réalisée à l’échelle de la population et de la communauté. Toutefois, le début des dispositifs de suivis correspond à une période de forte intensité de pêche ne permettant pas de se référer à une situation initiale exempt de pression. Pour les autres groupes d’espèces, ce même critère (D1C2) est renseigné par les résultats de l'évaluation du descripteur 3 lorsque des évaluations de stocks sont disponibles (i.e. rapport D3 – Foucher et Delaunay, 2018), c’est le cas des poissons pélagiques du plateau continental, ou par une approche qualitative. Pour les autres critères, une approche qualitative est proposée. Cette approche décrit de manière non exhaustive l’état des connaissances scientifiques sur les groupes d’espèces et les développements méthodologiques qui permettront éventuellement de renseigner les 5 critères du descripteur 1 lors des prochaines évaluations. L’évaluation du BEE des populations de poissons démersaux du plateau continental au regard du critère D1C2 révèle que parmi les quatre UGE, la « Manche – Mer du Nord », les « Mers Celtiques et golfe du Gascogne » et le « Golfe du Lion » présentent des populations n'atteignant pas le BEE. Le nombre de populations est particulièrement important pour le golfe du Lion où 28 % d'entre elles ne sont pas en BEE. Par ailleurs, 30 à 50 % des populations sont évaluées en BEE sur l'ensemble des UGE. L’approche par communauté, dont les résultats sont cohérents avec les précédents, indique que l’UGE « Manche – mer du Nord » montre des signes croissants de retour vers le BEE depuis les années 2000. Les populations jugées en BEE ont doublé depuis le début de la série d’observation, atteignant 40-45 % des populations d’espèces sensibles à la pression de pêche. Dans l’UGE« Mers Celtiques et golfe de Gascogne », l’état écologique des populations est stable sur l’ensemble de la période étudiée mais il est délicat de le situer par rapport à une valeur seuil de BEE. Enfin, la Méditerranée occidentale avec la Corse et le golfe du Lion présentent, respectivement, un état stable et une diminution du nombre de populations en BEE depuis la fin des années 1990. Il est à noter toutefois que pour le golfe du Lion, une amélioration de l'état écologique des espèces démersales sensibles à la pêche est observée sur la période du dernier cycle DCSMM. L’approche qualitative pointe les principales pistes de développement susceptibles de fournir des indicateurs opérationnels pour les prochains cycles de la DCSMM : les travaux sur les communautés des milieux meubles côtiers à partir des données des campagnes « Nourriceries » (D1C5), les travaux du CIEM sur les indicateurs de structure en taille et en âge des stocks de poissons exploités (D1C3), ou encore les travaux de recherche sur la distribution géographique des populations d’espèces démersales ou pélagiques du plateau continental (D1C4)

Manuel des protocoles de campagne halieutique. Campagnes « Nourriceries »

Ifremer is conducting multiple scientific surveys and in particular nurserie-dedicated surveys. The protocols of those surveys are resumed in national handbooks, providing useful information for any users whishing to implement and develop new surveys. Nurseries handbooks are meant to provide essential information on data collection, onboard organization, and data analyses. They represent a reference for the continuation of the surveys and the implementation of potential new surveys with the same objective. Since the end of 1970s, Ifremer has conducted nursery-dedicated surveys on several coastal areas. The scientific monitoring of essential habitats such as nurseries, is mainly situated in sandy coastal waters and occur in the English Channel and Atlantic coast. The objectives set by the Marine Strategy Framework Directive (MSFD) entail the development of new monitoring devices of marine waters and a standardization of existing devices at a national scale. On the basis of historical surveys NURSE, NOURSEINE and NOURSOM, this report describes standard protocols to implement in order to describe nurseries areas in sandy coastal waters. This hanbook also integrates specific adaptations required in particular geographic areas.L’Ifremer mène de nombreuses campagnes scientifiques en mer, notamment sur les zones de nourriceries. Les manuels des protocoles Ifremer fournissent à tout utilisateur potentiel des données des campagnes halieutiques toutes les informations utiles sur la nature de ces données et sur les conditions de leur recueil. Ils constituent une référence pour la pérennisation des campagnes et la mise en œuvre d’éventuelles nouvelles campagnes scientifiques visant un objectif comparable. Les suivis scientifiques d’une zone fonctionnelle telle que les nourriceries, principalement situées dans les milieux meubles côtiers, existent depuis les années 1970 sur les façades Manche et Atlantique. Les objectifs fixés par la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) impliquent le développement de nouveaux dispositifs de surveillance du milieu marin et une harmonisation des dispositifs existants à l’échelle nationale. Sur la base des campagnes historiques NURSE, NOURSEINE et NOURSOM, ce rapport décrit les protocoles standards à mettre en œuvre pour décrire les zones de nourriceries en milieux meubles côtiers, en intégrant les adaptations méthodologiques spécifiques à certaines zones géographiques

Rapport de campagne de nourriceries côtières. Campagne NOURMED 2019

Dans le cadre de la mise en œuvre du programme de surveillance de la directive cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM), le suivi des poissons et céphalopodes démersaux des milieux meubles côtiers a été jugé prioritaire. Pour ce faire, une série de campagnes halieutiques récurrentes doit être déployée dans les nourriceries côtières, constituant des habitats essentiels pour de nombreuses espèces marines. La caractérisation de l’état écologique des peuplements et l’étude de la fonctionnalité des habitats de nourriceries s’avèrent nécessaires au calcul des indicateurs du Bon Etat Ecologique requis par la DCSMM et primordiales pour la mise en place de mesures de gestion écosystémique garantissant des usages durables. Sur la façade méditerranéenne, une première mission explorant la faisabilité de ce suivi a été réalisée avec succès dans le golfe du Lion en 2018. La campagne Nourmed 2019 augure de la mise en place d’une série de campagnes et s'inscrit donc dans le dispositif de surveillance des « Poissons-céphalopodes ». Le présent rapport décrit les principaux objectifs et résultats acquis en 2019. Il confirme la faisabilité de la mise en place de ce suivi, et calcule l’abondance, la biomasse et la diversité de trois guildes : les poissons, les céphalopodes et les autres invertébrés. Une série d’espèces bien représentées dans les captures sont listés et pour certaines, un spectre de taille et une cartographie de leurs abondances et biomasses ont été produits. Ces analyses représentent les premiers jalons du calcul des indicateurs de la DCSMM concernés et illustrent que les données recueillies permettront sans aucun doute leurs calculs. Cependant la méconnaissance de la variabilité naturelle du milieu et des biotopes associés ainsi que la définition des valeurs seuil du bon état écologique impose de constituer une série temporelle suffisamment longue et donc, de poursuivre ce suivi