Gestion des herbicides - Christophe Délye : "la résistance se developpe chez les dicotylédones"

Interview article par Nicolas Bousquet SPE GEAPSI CT ?National audienceLa résistance aux herbicides de la famille des inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS) ne concerne plus seulement les graminées en France. Elle est désormais présente chez trois dicotylédones et risque de s’étendre à d’autres espèces si une gestion responsable et diversifiée des solutions disponibles n’est pas appliquée. Christophe Délye, chargé de recherches à l’INRA travaillant sur les résistances aux herbicides, explique les mécanismes en jeu dans la résistance des dicotylédones

Questions aux agriculteurs sur la gestion des résistances

Article concernant le travail de Délye ChristopheDpmt SPEPôle GEAPSIabsen

Adventices, tour d’horizon des résistances - Résistances des adventices aux herbicides en France : situation actuelle avec les onze espèces adventices déjà concernées, et perspectives avec les espèces à surveiller et le rôle des pratiques agricoles actuelles et futures

Version intégrale : Communication disponible avec sa bibliographie (5 références dont 2 extraites de Phytoma), dans les annales de la 22e conférence du Columa de l'AFPP, sur place à Dijon les 10, 11 et 12 décembre 2013, puis à l’AFPP.National audienceContexte - Les résistances des adventices aux herbicides sont une préoccupation montante en France. Le phénomène n’est pas nouveau, mais la réduction actuelle de la diversité des modes d’action herbicides semble accélérer l’émergence de nouveaux cas de résistance, notamment aux herbicides inhibiteurs de l’ALS. Etat des lieux - Cet article fait le point sur les cas de résistance avérés aux herbicides en France et répertorie des espèces d’adventices susceptibles d’évoluer avec des résistances dans le futur, en particulier dans le contexte actuel de l’introduction sur le marché des VTH, variétés tolérantes aux herbicides inhibiteurs de l’ALS. Conseils à ne pas suivre - Comment sont sélectionnées les résistances ? Pour l’expliquer, et lister les pratiques agricoles à éviter, quelques « conseils » (à prendre au second degré !) sont donnés sur « la meilleure façon de sélectionner des résistances à des herbicides ». Conseils à suivre - Comment limiter les risques de résistance ? En prenant les « conseils » précédents à contre-pied ! Avec deux mots-clés : diversité (des rotations, des modes de désherbage en incluant les méthodes alternatives à l’emploi d’herbicides, et des modes d’action herbicides) et efficacité (détails dans l’article)

Classification simplifiée des modes d’action des herbicides utilisés en France

SPEGESTADCT3 INRACette classification est adaptée de celle établie par le comité d’action pour les résistances aux herbicides (HRAC - http://www.hracglobal.com). Toutes les substances appartenant à un même groupe (désigné par une lettre) ont la même cible biochimique, et donc le même mode d’action, quelle que soit leur famille chimique d’appartenance. Pour la clarté, seules les substances sont indiquées dans le tableau. Pour les spécialités, se référer à l’Index Phytosanitaire (ACTA) ou au catalogue des produits phytopharmaceutiques en ligne (e-phy, https://ephy.anses.fr/)

Résistances des adventices aux herbicides en France : situation actuelle et perspectives

National audienceThis talk will inventory weed species with confirmed cases of herbicide resistance in France. Species most prone to evolve herbicide resistance in the future will be listed, taking into account the current context of herbicide-tolerant crop variety release. Last, guidance (not to be heeded!) will be provided on how best to select for herbicide resistance.Cet exposé se propose de faire le point sur les cas de résistance avérés aux herbicides en France et de répertorier des espèces d’adventices les plus susceptibles d’évoluer vers des résistances dans le futur, en particulier dans le contexte actuel de l’introduction sur le marché des variétés « tolérantes » à certains herbicides inhibiteurs de l’ALS. Enfin, quelques conseils (à ne pas suivre !) seront donnés sur la meilleure façon de sélectionner des résistances à des herbicides

Comprendre, prévenir et gérer les résistances aux herbicides

Prod 2018-236j SPE Pole EA GESTAD INRANational audienc

Universal primers for PCR-sequencing of grass chloroplastic acetyl-CoA carboxylase domains involved in resistance to herbicides

International audienc

Herbicides : vaincre les résistances

Interview article par Marion CoisneDépartement SPEPôle GEAPSIabsen

Occurrence of non-target-site-based resistance to ALS inhibitors in the broadleaf weed Papaver rhoeas (corn poppy).

International audienceThe vast majority of reported cases of resistance to ALS inhibitors in broadleaves is due to the selection of mutant, herbicide-resistant ALS alleles carrying a mutation at one of a few ALS codons that can be easily identified (ALS-based resistance). Non-ALS-based resistance (non-target-site resistance, NTSR), considered to be endowed by differences in the expression of many genes, has essentially been reported in grasses and hardly ever in broadleaves. We investigated NTSR to ALS inhibitors in poppy by pairing plants resistant to ALS inhibitors with susceptible plants and subsequently analysing the segregation of resistance in F1 families. Poppy plants resistant to ALS inhibitors were genotyped prior to pairing using a PCR-based assay and contained one (heterozygous mutant plants) or no mutant ALS allele. Pairings were made by hand-pollination. F1 progeny plants were genotyped at ALS following herbicide application to unambiguously link the phenotype (resistant or sensitive) to the ALS genotype (heterozygous mutant or non-mutant at ALS). F1 plants from pairings using a resistant parent plant wild-type at ALS were all non-mutant. Some of them were resistant to ALS inhibitors, as expected if NTSR is involved. Thus, NTSR to ALS inhibitors exists in poppy and is genetically inherited. F1 plants obtained from pairings using a resistant parent plant heterozygous mutant at ALS included more than 25% plants resistant to ALS inhibitor(s) that were non-mutant at ALS. This indicates that NTSR resistance to ALS inhibitors in Papaver rhoeas can occur alone, or together with the presence of mutant ALS alleles in individual plants. Segregation analysis of the F1 families also showed that the Mendelian segregation of mutant ALS alleles was not always respected. Our data indicate that the genetic control of resistance to ALS inhibitors in poppy is more complex than expected, and involves both ALS-based resistance and NTSR

High-throughput detection of ALS-based resistance in the tetraploid common groundsel (<em>Senecio vulgaris</em>)

International audienceThe Next Generation Sequencing (NGS) technologies offer tremendous possibilities for detecting and quantifying mutations endowing herbicide resistance in numerous samples. This would greatly assist resistance management by allowing monitoring numerous fields and/or analysing massive numbers of individual weeds. Yet, NGS use for herbicide resistance diagnosis purpose is very slow to emerge. Herein, we assessed the feasibility of herbicide resistance diagnosis using Illumina sequencing that is currently one of the leading NGS technology. Three PCR amplicons encompassing the eight ALS codons crucial for herbicide resistance (122, 197, 205, 376, 377, 574, 653 and 654) were amplified for both S. vulgaris ALS genes in each of 96 non-quantified DNA pools. Each pool consisted of DNA crudely extracted from 50 plants collected in one agricultural field where resistance was suspected (i.e., a total of 4,800 individual plants). The 96 pools were analysed in one single Illumina MiSeq run. A total of 20.8 million quality 250 nucleotide-long paired sequence reads were obtained. Mutant ALS alleles were identified in 61 of the 96 pools. Three previously characterised herbicide resistance-endowing mutations (Pro-197-Leu, Pro-197-Ser and/or Pro-197-Thr) were detected on ALS1 and four (Pro-197-Arg, Pro-197-Leu, Pro-197-Ser and/or Pro-197-Thr) on ALS2. To check the accuracy of NGS-based quantification of mutant ALS alleles, all individual plants in 34 of the 96 pools were individually submitted to ALS Sanger sequencing. The 34 pools were selected to represent the range of mutant ALS frequencies and the diversity of alleles identified using NGS. ALS alleles identified by Sanger sequencing were the same as those identified by NGS. Frequencies of mutant ALS alleles detected by NGS and by Sanger sequencing were very highly correlated (R²=0.986). This work demonstrated the feasibility and the reliability of NGS-based detection of mutations endowing herbicide resistance, and the interest of this approach for analysing large numbers of samples