Detecção, viabilidade e genotipagem de enterovírus e rotavírus A em águas superficiais da Ilha de Mosqueiro, Belém, Pará, Brasil, no período de 2012 a 2014

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Resumo: Os vírus entéricos são a principal causa de doenças transmitidas pela água. Estes agentes estão presentes em grandes quantidades nas fezes de indivíduos infectados, permanecendo viáveis e infecciosos por meses no ambiente e podem contaminar a água usada para consumo e recreação. Seu monitoramento é necessário pois os indicadores bacteriológicos utilizados para avaliar a qualidade da água não possuem relação com a contaminação viral. Além disso, alguns patógenos transmitidos pela água são fastidiosos, como os enterovírus (EV) e rotavírus grupo A (RVA). O objetivo deste estudo foi detectar os EV e RVA em amostras de água superficial de quatro praias (Paraíso, Murubira, Farol e Areião) localizadas na ilha de Mosqueiro, Belém, Brasil. As amostras de água foram coletadas mensalmente no período de janeiro/2012 a dezembro/2014, com exceção de julho quando houve coletas quinzenais. Dois litros de água foram concentradas pelo método de adsorção-eluição em membrana filtrante, seguido de centrifugação para obter volume final de 2 ml. O ARN foi obtido utilizando extração pela sílica. Foi empregado o semi-nested PCR com iniciadores P2, P3 e P10 para a detecção dos EV e o nested PCR usando os iniciadores VP6F, VP6R, VP6NF e VP6NR para RVA. A positividade obtida para EV e RVA nas praias da ilha de Mosqueiro foi de 28,2% (44/156), sendo 25 % (11/44) correspondente aos EV, 56,8 % (25/44) aos RVA e 18,2% (8/44) para ambos os vírus. Esses vírus foram detectados em todas as areas de estudo, com maior positividade na praia do Paraíso (33,3%). A maior positividade ocorreu na preamar. Um total de 26,5% (39/147) das amostras com concentração aceitável (<2000) para a presença de E. coli foram positivas para EV e/ou RVA. Duas amostras de RVA apresentaram infectividade quando submetidas ao cultivo celular. Após análise filogenética para EV, 63,2% (12/19) foram classificadas como enterovírus não pólio, 15,8% (3/19) como pólio 1 vacinal e em 21% (4/19) a sequência obtida não apresentou qualidade suficiente para análise. Estas praias estão contaminadas por galerias de esgoto que fluem diretamente nas mesmas, contribuindo com a sua contaminação, e, consequentemente, expondo as pessoas que usam esses lugares para recreação, principalmente crianças suscetíveis. Estes vírus são de grande relevância em termos de saúde pública e ambiental, pois eles têm um enorme potencial de disseminação devido sua prolongada manutenção no ambiente

Further considerations about Detection and identification of enteroviruses circulating in children with acute gastroenteritis in Para State, Northern Brazil (2010-2011)

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciência Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.On the detection and identifcation of enteroviruses circulating in children with acute gastroenteritis in Brazil: reply to Luchs, A. Comments on Detection and identifcation of enteroviruses circulating in children with acute gastroenteritis in Pará State, Northern Brazil (2010–2011)

Detection and identification of enteroviruses circulating in children with acute gastroenteritis in Pará State, Northern Brazil (2010–2011)

National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) and by the Evandro Chagas Institute, Ministry of HealthMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciência Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasi.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasi.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasi.Although acute gastroenteritis (AGE) has been reported as a common infectious disease in children, there is scarce information about enterovirus (EV) circulating associated with AGE cases in Brazil. The purpose of the present study was to identify and characterize the enteroviruses associated with AGE in children in Belém, Brazil. A total of 175 stool samples were obtained from children hospitalized revealing the presence of EV in 26.3% (46/175) of infections. EV type was identifed in 78.3% (36/46) and EV-B species (61.1%; 22/36) was the most prevalent EV-detected followed by EV-C (25%; 9/36) and EV-A (13.9%; 5/36). This study has provided important information about the enterovirus circulation in Pará state, Northern Brazil

Detección y caracterización de adenovirus humano proveniente de casos de parálisis fláccida aguda, en la Región Norte de Brasil

Esta pesquisa teve o suporte financeiro do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica do Instituto Evandro Chagas e pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os adenovírus humanos (HAdV) causam uma variedade de infecções, tais como as respiratórias agudas, gastrointestinais, oculares, do trato urinário e ainda síndromes neurológicas graves. O presente estudo teve como objetivo identificar e caracterizar HAdV em amostras de fezes provenientes de pacientes oriundos da Região Norte do Brasil, no período de 1998 a 2012, com quadro de paralisia flácida aguda, negativas para poliovírus e enterovírus não pólio. No estudo, 19 amostras apresentaram efeito citopático característico de HAdV quando inoculadas nas linhagens HEp2-C e L20B. Essas amostras foram submetidas à reação em cadeia mediada pela polimerase (PCR) em tempo real (qPCR) e sequenciamento nucleotídico parcial do gene que codifica a proteína héxon. Do total de amostras, 13 foram confirmadas por qPCR, PCR e sequenciamento nucleotídico. A análise genética demonstrou a seguinte caracterização viral: uma amostra como HAdV-F41; três como HAdV-A31 e nove da espécie C, sendo três HAdV-C5 e seis HAdV-C6. As amostras positivas foram provenientes dos Estados do Pará (6/19 – 31,6%), Amazonas (6/19 – 31,6%) e Acre (1/19 – 5,2%). Quanto à faixa etária, dos 13 casos positivos, 12 eram de crianças menores de 5 anos de idade, representando 92,3% dos casos. Os resultados encontrados sugerem uma possível participação dos HAdV na etiologia dos casos de paralisia flácida aguda ocorridos na Região Norte do Brasil.The human adenovirus (HAdV) cause a variety of infections such as acute respiratory, gastrointestinal, ocular, urinary tract and also serious neurological syndromes. The present study aimed to identify and characterize HAdV in stool samples of patients from the Northern region of Brazil in the period of 1998 to 2012, with acute flaccid paralysis, negative for poliovirus and enterovirus nonpolio. In this study, 19 samples showed a characteristic cytopathic effect of HAdV when inoculated in HEp2-C and L20B lineages. These samples were subjected by the polymerase chain reaction (PCR) in real-time (qPCR) and partial nucleotide sequencing of the hexon gene. Of the total samples, 13 were confirmed by qPCR, PCR and nucleotide sequencing. Genetic analysis showed the following viral characterization: one sample of HAdV-F41; three samples of HAdV-A31 and nine species C, three of HAdV-C5-C6 and six of HAdV. The positive samples were from the States of Pará (6/19 – 31.6%), Amazonas (6/19 –31.6%) and Acre (1/19 – 5.2%). In relation to the age group, from 13 positive cases, 12 were children under 5 years old, representing 92.3% of cases. The results suggest a possible HAdV participation in the etiology of acute flaccid paralysis occurred in Northern Brazil

Re-emergence of a coxsackievirus A24 variant causing acute hemorrhagic conjunctivitis in Brazil from 2017 to 2018

This work was funded by a grant from the SVS/CGLAB, Brazilian Ministry of Health.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Referência Regional em Enteroviroses. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Enterovírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.A large outbreak (over 200,000 cases) of acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) took place in Brazil during the summer of 2017/2018, seven years after a nationwide epidemic, which occurred in 2011. To identify the etiological agent, 80 conjunctival swabs from patients with a clinical presentation suggestive of AHC were analyzed at the national enterovirus laboratory. Real-time RT-PCR for human enteroviruses was performed, and enterovirus RNA was detected in 91.25% (73/80) of the specimens. Twenty-nine swab fluids were used to inoculate cell cultures (RD and Hep2C), and 72.4% (21/29) yielded a cytopathic effect. Genotype IV coxsackievirus A24v (CV-A24v) was identified as the causative agent of the outbreak. Phylogenetic analysis based on the VP1 gene revealed that Brazilian isolates were genetically related to strains that caused an outbreak in French Guiana in 2017. Our results show the re-emergence of CV-A24v causing AHC outbreaks in Brazil between the end of 2017 and the beginning of 2018

Aislamiento e identificación molecular de los enterovirus no polio en casos de parálisis fláccida aguda, ocurridos en la Región Norte de Brasil, en el período de 1996 a 2006

Instituto Evandro Chagas/SVS/MS e ao Programa Institucional de Iniciação Científica (PIBIC-IEC) do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa (FAPESPA).Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os enterovírus (EV) de origem humana pertencem à família Picornaviridae, possuem 30 nm de diâmetro, genoma de RNA de fita simples, sua transmissão é de via fecal-oral e têm sido relacionados a surtos de diversas doenças do sistema nervoso central. O estudo objetivou identificar a presença de enterovírus não pólio (EVNP) isolados de casos de paralisia flácida aguda (PFA). Linhagens celulares HEp-2C e RD que apresentaram efeito citopático foram selecionadas para testes moleculares posteriores. O RNA viral foi extraído utilizando-se o kit QIAamp Viral RNA. Os iniciadores 222 e 292, os quais amplificam parte da região VP1 do genoma dos EV, foram usados na técnica de reação em cadeia da polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR) para a detecção molecular viral, produzindo um amplicon de 356 nucleotídeos. Entre os anos de 1996 a 2006, 538 amostras fecais de casos suspeitos de PFA, provenientes de toda a Região Norte do Brasil, foram encaminhadas ao Instituto Evandro Chagas. Deste total, 78 (14,5%; 78/538) apresentaram efeito citopático nas duas linhagens celulares. Posteriormente, 51 (65,4%; 51/78) foram positivas por RT-PCR. Os casos positivos de EV foram detectados nos Estados do Amazonas (14/51; 27,4%), Amapá (13/51; 25,5%), Pará (11/51; 21,6%), Rondônia (10/51; 19,6%) e Tocantins (3/51; 5,9%). A identificação por sequenciamento genômico foi possível em 40 amostras. Echovírus (20 casos, nove sorotipos) e coxsackievírus (dez casos, três sorotipos) foram as espécies predominantes encontradas. Os resultados deste estudo corroboram outros realizados no Brasil e no mundo, e servem de base para o melhor entendimento da epidemiologia molecular dos EV circulantes na Região Amazônica e a associação de seus diversos sorotipos com casos de doenças neurológicas.Enteroviruses (EV) of human origin belong to the family Picornaviridae, they have 30 nm in diameter, genome of single-stranded RNA, with fecal-oral transmission and have been related to outbreaks of several diseases of the central nervous system. This study aimed to identify the presence of non-polio enteroviruses (NPEV) isolated from cases of acute flaccid paralysis (AFP). Cell lines Hep-2C and RD that presented cytopathic effect were selected for further molecular tests. The viral RNA was extracted using QIAamp Viral RNA mini kit. Primers 222 and 292, which increased part of the VP1 region of EV genome, were used in the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) technique for molecular virus detection, producing an amplicon of 356 nucleotides. From 1996 to 2006, 538 fecal samples of AFP suspected cases from Northern Brazil were sent to the Instituto Evandro Chagas. Of this total, 78 (14.5%, 78/538) presented cytopathic effect in both cell lines. Thereafter, 51 (65.4%, 51/78) were positive by RT-PCR. EV positive cases were detected in the States of Amazonas (14/51, 27.4%), Amapá (13/51, 25.5%), Pará (11/51, 21.6%), Rondônia (10/51, 19.6%) and Tocantins (3/51, 5.9%). Genomic sequencing identification was performed in 40 samples. Echovirus (20 cases, nine serotypes) and coxsackievirus (ten cases, three serotypes) were the predominant species found. The results of this study corroborate others conducted in Brazil and in the world, and serve as basis for better understanding about molecular epidemiology of EV circulating in the Amazon Region and its connection with several serotypes cases of neurologic diseases

Atypical hand-foot-mouth disease in Belém, Amazon region, northern Brazil, with detection of coxsackievirus A6

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.BACKGROUND: Enterovirus (EV) A71 and coxsackievirus (CV) A16 were the most frequent serotypes involved in hand, foot, and mouth disease (HFMD) outbreaks throughout Asia. In the past 5 years, however, CV-A6 has emerged as a new important pathogen worldwide, and more severe and extensive dermatologic presentations has been reported. OBJECTIVES: Identify the clinical spectrum for atypical HFMD and enterovirus serotypes in Belém, Pará, Amazon region of northern Brazil. STUDY DESIGN: A prospective ambulatory clinic-based surveillance conducted from January to June 2019, involving patients under 15 years with symptoms of HFMD. Stool, serum, oropharyngeal, and skin swab samples were analyzed. Real-time RT-PCR was performed to detect the viral genome of enteroviruses. Positive specimens were submitted to semi-nested PCR. Physical examinations and demographic data were recorded on a standardized form. RESULTS: 48 patients with symptoms of HFMD were included in the study and collected all samples according to protocol. Enteroviruses were detected in 83 % of patients. An atypical form of HFMD with vesiculobullous exanthema was present in 70 % (28/40); desquamation of the palms and soles detected in 90 % (36/40) and onychomadesis in 30 % (12/40) of patients. The serotype was identified in 22 patients, CV- A6 occurred in 81.8 % of them. CONCLUSION: This is the first ambulatory surveillance and virologic investigation involving HFMD performed in outpatients from Amazon region, Brazil. The detection of CV-A6 was related to atypical forms HFMD. Desquamation of the palms and soles and nail changes occurred with frequency, such as a late sequel in the HFMD disease

Enterovirus detection and serotyping of fecal material collected from three children living on the outskirts of Belem city, Amazon region, Brazil, during the first 3 years of life (1983-1986)

Universidade do Estado do Pará. Programa de Pós-graduação em Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Norovírus e outros Vírus Gastroentéricos. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Rotavírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Norovírus e outros Vírus Gastroentéricos. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.In the current investigation, fecal material was obtained during a community‐based longitudinal study conducted from 1983 to 1986. This study consisted of 71 children aged newborn to 3 years. A total of 216 samples from three of these children were screened by real‐time quantitative polymerase chain reaction (RT‐qPCR) for the presence of enteroviruses, and positive samples were serotyped by VP1 and VP3 sequencing of the viral genome. Of these, 12 (5.6%) came from symptomatic cases, and the remaining asymptomatic cases were collected fortnightly during the 3 years of study. A positivity of 63.4% (137/216) was obtained by RT‐qPCR, with 58.3% (7/12) in relation to the symptomatic group and 63.7% (130/204) in relation to the asymptomatic group. The 137 positive samples were inoculated into the RD, HEp2C, and L20B cell lines, and the cytopathic effect was observed in 37.2% (51/137) samples. It was also possible to identify 40.9% (56/137), between isolated (n = 46) and nonisolated (n = 10). Enterovirus serotype diversity (n = 25) was identified in this study, with the predominant species being B (80.3%), followed by C (16.1%) and A (3.6%). Cases of reinfection by different serotypes were also observed in the three children studied. Analyses involving different age groups of these minors confirmed that the most affected age was between 12 to 24 months, with a prevalence of 77.6% (52/67). The enterovirus (EV) circulated in the 3 years of research, showed peaks in some months, without defined seasonality. This study demonstrated a high circulation and serotype diversity of EV in fecal samples, collected over 30 years ago. This endorsed the evaluation of important points of the epidemiology of these viruses, such as the presence of coinfection and reinfection of the same individual by different circulating serotypes. Understanding the frequency and duration of EV infections is important in determining their association with persistent diarrhea

Epidemiology and molecular detection of human adenovirus and non-polio enterovirus in fecal samples of children with acute gastroenteritis: A five-year surveillance in northern Brazil.

Acute gastroenteritis (AGE) is a common pediatric infection that remains a significant cause of childhood morbidity and mortality worldwide, especially in low-income regions. Thus, the objective of this study was to detect human adenovirus (HAdV) and non-polio enterovirus (NPEV) in fecal samples from the Gastroenteritis Surveillance Network, and to identify circulating strains by nucleotide sequencing. A total of 801 fecal samples were tested using qPCR/RT-qPCR, and 657 (82.0%) were inoculated into HEp-2C and RD cell lines. The HAdV and NPEV positivity rates obtained using qPCR/RT-qPCR were 31.7% (254/801) and 10.5% (84/801), respectively, with 5.4% (43/801) co-detection. Cytopathic effect was observed in 9.6% (63/657) of patients, 2.7% (18/657) associated with HAdV, and 6.2% (41/657) associated with NPEV after testing by ICC-PCR. A comparison of the two methodologies demonstrated an agreement of 93.5% for EVNP and 64.4% for HAdV. These two viruses were detected throughout the study period, with HAdV positivity rates ranging from 41% in Amapá to 18% in Pará. The NEPV varied from 18% in Pará/Rondônia to 3% in Acre. The most affected age group was over 60 months for both HAdV and NPEV. Samples previously positive for rotavirus and norovirus, which did not show a major difference in the presence or absence of diarrhea, fever, and vomiting, were excluded from the clinical analyses of these two viruses. These viruses circulated over five years, with a few months of absence, mainly during the months corresponding to the waves of SARS-CoV-2 infection in Brazil. Five HAdV species were identified (A, B, C, D, and F), with a greater predominance of HAdV-F41 (56.5%) followed by HAdV-C (15.2%). Three NPEV species (A, B, and C) were detected, with serotypes E14 (19.3%) and CVA-24 (16.1%) being the most prevalent. The present study revealed a high diversity of NPEV and HAdV types circulating in children with AGE symptoms in the northern region of Brazil

Nearly complete genome sequences of enterovirus 96 and enterovirus 99 strains isolated in the northern region of Brazil

CNPq-Universal under grant 444347/2014-3 and Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.In this study, we report the nearly complete genome sequences of one enterovirus 96 (EV-C96) isolate (strain 3499/BRA-PA/2010) and two enterovirus 99 (EV-C99) isolates (strains 3291/BRA-PA/2010 and 3944/BRA-PA/2011). The genetic characterization of different enterovirus strains allows for a better understanding of their molecular epidemiology and viral evolution