Structural Basis for Differential Transcription Activation by Enantiomeric Agonists of PPARγ and Crystal Structure of TNF-α-Inducing Protein (Tipα) from Helicobacter pylori

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 화학부 생화학 전공, 2016. 8. 서세원.Peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ) is a member of the nuclear receptor superfamily. It functions as a ligand-activated transcription factor and plays important roles in the regulation of adipocyte differentiation, type 2 diabetes mellitus, and inflammation. Many PPARγ agonists bind to the canonical ligand-binding pocket near the helix H12. More recently, an alternate ligand-binding site of the PPARγ ligand-binding domain (LBD) was identifiedit is located beside the Ω loop between the helices H2´ and H3. Previously it was reported that the chirality of two optimized enantiomeric PPARγ ligands (S35 and R35) differentiates their PPARγ transcriptional activity, binding affinity, and inhibitory activity toward Cdk5 (cyclin-dependent kinase 5)-mediated phosphorylation of PPARγ at Ser273. S35 is a PPARγ phosphorylation inhibitor with promising glucose uptake potential, while R35 behaves as a potent conventional PPARγ agonist. To provide a structural basis for understanding the differential activities of these ligands, I have determined crystal structures of the PPARγ LBD in complex with either S35 or R35. These structural data reveal a significant difference in the binding modes of these enantiomeric ligands to the PPARγ LBD. S35 occupies the alternate ligand-binding site, whereas R35 binds to the canonical ligand-binding pocket, thus explaining their different behaviors as PPARγ agonists. This finding provides a useful platform for the development of a new generation of PPARγ ligands as anti-diabetic drug candidates. Helicobacter pylori infection is one of the highest risk factors for gastroduodenal diseases including gastric cancer. Tumor necrosis factor-α (TNF-α) is one of the essential cytokines for tumor promotion and thus a H. pylori protein that induces TNF-α is believed to play a significant role in gastric cancer development in humans. The HP0596 gene product of H. pylori strain 26695 was identified as the TNF-α inducing protein (Tipα). Tipα is secreted from H. pylori as dimers and enters the gastric cells. It was shown to have a DNA binding activity. Here I have determined the crystal structure of Tipα from H. pylori. Its monomer consists of two structural domains (mixed domain and helical domain). Tipα exists as a dimer in the crystal and the dimeric structure represents a novel scaffold for DNA binding. A positively-charged surface patch formed across the two monomers of the Tipα dimer by the loop between helices α1 and α2 may be important in DNA binding.Chapter 1 Structural basis for differential transcription activation by enantiomeric agonists of PPARγ 1 1.1 Introduction 1 1.2 Material and methods 8 1.2.1 Protein expression and purification 8 1.2.2 Crystallization 10 1.2.3 X-ray data collection, structure determination, and refinement 15 1.2.4 In vitro kinase assay 20 1.2.5 Cell-based luciferase reporter gene assay 21 1.3 Results 23 1.3.1 Overall structure of the PPARγ LBD and structural comparisons 23 1.3.2 S35 occupies the alternate ligand binding site in the PPARγ LBD 28 1.3.3 Ligand binding cavity of the PPARγ LBD in S35-bound structure 36 1.3.4 R35 binds to the canonical LBP in the PPARγ LBD 41 1.3.5 Alternate site binding of S35 correlates with its activities 43 1.4 Discussion 48 1.5 References 52 Chapter 2 Crystal structure of the TNF-α inducing protein (Tipα) from Helicobacter pylori: Insights into its DNA binding activity 61 2.1 Introduction 61 2.2 Material and methods 67 2.2.1 Protein expression and purification 67 2.2.2 Mutagenesis and electrophoretic mobility shift assay 69 2.2.3 Crystallization and data collection 70 2.2.4 Structure solution and refinement 74 2.3 Results and discussion 76 2.3.1 Model quality and structure of Tipα monomer 76 2.3.2 Structure of Tipα dimer 80 2.3.3 Structural similarity searches 84 2.3.4 Insights into DNA-binding activity 87 2.3.5 Accession number 90 2.4 Conclusion 91 2.5 References 92 Abstract (in Korean) 97Docto

Inhibitory effects of Quercetin on β-cateninTcf signaling in SW480 colon cancer cells

Thesis(master`s)--서울대학교 대학원 :화학부 생화학전공,2005.Maste

아스피린에 의한 장 내피세포의 약제 내성 발현 단백 증가에 관한 연구

Thesis(masters) --서울대학교 대학원 :협동과정뇌과학전공,2010.2.Maste

1920년대 중국의『科玄論戰 』과 정치思潮에 관한 연구.

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :정치학과,1998.Maste

3D 모델의 형상변형 방법에 관한 연구

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 컴퓨터공학부, 2016. 8. 김명수.본 논문에서는 3D 모델의 형상 변형 과정에서 사용 목적에 따라 적용 가능한 서로 다른 네 가지 방법을 제시한다. 먼저 쿼드 모델에서 직사각형 모양으로 영역을 선택하고, 이를 베지에 패치로 근사하여 변형하는 방법을 소개한다. 베지에 패치의 변형은 컨트롤 포인트의 움직임으로 나타낼 수 있고, 이를 이용하여 임의의 점을 움직이는 동작도 컨트롤 포인트들의 움직임으로 나타내었다. 모델 위에 원하는 궤적을 그려 무늬를 만들어내는 3D 브러시 기능은 그린 궤적을 중심 곡선으로 하는 베지에 곡면을 만들어 정해진 함수에 따라 정점을 변형하는 방식으로 구현할 수 있다. 또한 뿔 모양을 만들어 원래 메시와 합성하는 기능, 여러 특징점들을 이용하여 표준 얼굴 모델을 3D 스캐너 등을 통해 만들어진 모델과 유사하게 만드는 얼굴 정합 기능을 구현하였다.제 1 장 서론 1 제 2 장 관련 연구 4 제 3 장 모델 변형 방법 6 3.1 직사각형 모양의 영역 변형 6 3.1.1 쿼드메시 모델과 변형 영역의 선택 7 3.1.2 베지에 곡면으로의 근사 9 3.1.3 선택 영역의 변형 11 3.2 브러시 기능 13 3.2.1 중심곡선 fitting 13 3.2.2 베지에 곡면 근사 14 3.2.3 브러시 변형 함수 15 3.2.4 날 모양 살리기 16 3.3 뿔 합성 기능 17 3.3.1 Sweep-based 모델 17 3.3.2 뿔 모델 합성 19 3.4 얼굴 정합 21 3.4.1 특징점 정의 21 3.4.2 일반화된 Barycentric 좌표 22 3.4.3 얼굴 정합 23 제 4 장 결론 25 참고 문헌 26 Abstract 28Maste

(An) Analysis of interdepartmental conflict in military hospitals

보건학과/석사[한글] 이 연구는 군 병원 조직내에서 부서별(진료부, 간호부, 행정부)로 인지하는 수준과 빈도의 차이, 조직 갈등에 영향을 미치는 요인, 그리고 각 부서별로 영향을 미치는 요인이 무엇인지를 규명하므로서 군 병원 조직 갈등 관리에 효율성을 높이고자 하였다. 연구 자료는 이들 8개 병원을 대상으로 설문에 의해 조사된 자료이다. 연구의 주요 결과는 아래와 같다. 1. 진료부, 간호부, 행정부간의 조직 갈등 수준과 빈도는 통계적으로 유의한 차이가 있으며, 진료부가 다른 부서에 비해 조직 갈등 수준과 빈도가 높았다. 이러한 결과는 진료부에는 단기 근무자가 대다수이며 이들의 주장이 강함을 의미한다. 2. 복무구분에 따라 조직 갈등 수준과 빈도가 통계적으로 유의한 차이가 있으며, 장기 근무자 보다는 단기 근무자가 조직 갈등 수준과 빈도가 높았다. 연령에 따라 조직 갈등 수준과 빈도는 통계적으로 유의한 차이가 있었다. 이러한 결과는 조직에 임하는 태도(적극적, 긍정적)의 중요성을 의미하는 것 같다. 3. 각 부서별로 조직 갈등 수준과 빈도에 영향을 미치는 요인은 통계적으로 유의한 차이가 있으며, 진료부는 신뢰성 요인과 자원관련 요인, 간호부는 신뢰성 요인과 업무관련 요인, 행정부는 자원관련 요인이 유의한 영향을 미쳤다. 이 연구의 결과로 미루어 보아 군 병원의 조직 갈등 관리를 위해서는 단기 근무자들 관리에 비중을 많이 두어야 하며, 각 부서별 특성을 고려하여 세심한관리와 대안들을 위한 충분한 검토와 개선의 노력이 필요하다고 생각한다. 부서내 갈등과 불만이 부서간 조직 갈등에 영향을 주고 있는 것을 염두해두고 우선적으로 부서내 관리에 노력을 경주해야 할 것이다. 연구 자료의 제한으로 병원 관리자들에 대한 자세한 정보와 특성을 분석하지 못하였다는 제약점이 있으나, 조직 갈등을 실증적으로 연구하였다는데 이 연구의 의의가 있다고 생각되며, 향후 조직 갈등 관리와 병원 관리를 위해서는 이 연구에서 제기된 문제점을 보완한 연구가 활발히 진행되기를 기대한다. [영문] The purpose of this study is to promote the efficiency of the management of the controls organizations in the military hospitals by evaluating the factors underlying organizational conflict. The survey data involved in the study was derived from 254 officers working in 8 military hospitals nationwide. The main findings of the research can be summarized as follows; First. The degree and the frequency of organizational conflict among the doctors, nurses and administration Personal of the military hospitals was significantly different. There is greater conflict among the doctors because they are more obligation term workers and express assertible. Second. According to type of work term, the degree and frequency of organization conflict was significantly different. That is, the degree and the frequency of organization conflict was generally higher in obligation term workers than long tern workers(Professional worker) and in younger. This result in야cates important of attitude dealing with organization. Third. It reveled that the independent variables which significantly influence the degree and the frequency of organizational conflict were significant among the departments in the military hospitals. Specially, among the nurses, there were more factors affecting organizational conflict degree and frequency. the factors affecting in doctor group are reliability and resource related factor, reliability and work related factor in nurse group and resource related factor in administration group. We conclude that the major factors affecting the organization conflict in the military hospitals are type of work term, type of department, reliability, work and resource related factor. In order to management about organization conflict of military hospitals, we will focus to it's factor affecting and make an effort of diversity approach with considering departmental characteristics. Due to lack of available research material, The commanders characteristics of the military hospitals haven't been reported more detail in this study, However, this empirical survey of the military hospitals has significant merit alone.prohibitio