Prevalence and characteristics of extended-spectrum β-lactamase and plasmid-mediated quinolone resistance genes in Escherichia coli isolated from retail raw chicken in Korea

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 농업생명과학대학 농생명공학부, 2019. 2. 유상렬.광범위 베타 락탐계 분해 효소 (ESBL)를 생산하는 대장균은 심각한 공중 보건 문제로 대두되고 있다. 플라스미드 매개로 전달되는 퀴놀론 저항성 (PMQR) 유전자는 식용 동물 또는 식품으로부터 분리 된 균주에 널리 퍼져 있으며 그 중 일부는 광범위 베타 락탐계 분해 효소 (ESBLs) 생성 균주이다. 본 연구에서는 한국의 유통 중인 소매 닭에서 분리 된 ESBL 생성 대장균 67주의 항생제 저항성, phylogenetic group 및 병원성 유전자 분포를 조사 하였다. 또한, 총 67주의 ESBL 생성 대장균의 plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) 유전자 분포를 조사 하였다. 모든 균주는 blaCTX-M을 보유하고 있었고, blaCTX-M-type 중 blaCTX-M-65 (52.2 %, 35/67)와 blaCTX-M-55 (25.4 %, 17/67)가 우세하였으며, 3주는 blaCTX-65와 blaCTX-M-55 모두 보유하고 있었다. 또한, ESBL 생성 대장균의 절반 이상이 blaTEM을 보유하고 있었다. 놀랍게도, ESBL 생성 균주 중 35 (52.2 %, 35/67) 주가 PMQR 결정 인자를 함께 보유하고 있었다. 가장 많이 보유한 PMQR 유전자는 qnrS (91.4 %, 32/35)이었고, 그 중 6주는 qnrS에 더하여 aac(6')-Ib-cr도 가지고 있었다. oqxAB 및 aac(6')-Ib-cr는 각각 2주 (5.7 %), 1주 (2.9 %)에서 검출되었다. qnrA, qnrB 및 qepA를 보유한 균주는 없었다. PMQR 보유 균주 중 가장 흔한 ESBL type은 CTX-M-65 (91.4 %, 32/35)이었다. 항생제 감수성 검사 (MIC test) 결과 ESBL 생성 균주 중 98.5%가 3가지 이상의 서로 다른 그룹에 속한 항생제에 내성을 가진 다제내성 균주였고 PMQR gene을 함께 보유한 35주는 모두 다제내성 (MDR) 균주 임이 밝혀졌다. 그 중 qnrS와 aac(6')-Ib-cr을 동시에 보유하고 있는 균주는 ciprofloxacin과 kanamycin에 대한 내성에 시너지 효과를 보였다. Phylogenetic group 분석 결과 group A (56.7%)에 속한 균주가 가장 많았고 group B1 (19.4%), group E (8.9%), group B2 (6%), group D (6%) 순으로 분포해 있었다. 또한, 장외전염 병원성 대장균 (ExPEC)과 관련된 병원성 유전자는 group B1, B2, D, 그리고 E에 속한 균주에 높게 분포해 있음을 밝혀내었다. 본 연구에서의 결과는 한국의 유통중인 닭에 높은 비율로 ESBL 생성하는 다제내성 대장균이 분포해 있으며, 닭이 ExPEC를 사람에게 전이시키는 reservoir가 될 수 있음을 밝혀내었다.Extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli is a serious public health concern. The plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) genes are increasingly prevalent in the isolates from food-producing animals and food products, some of which also produce extended-spectrum β- lactamases (ESBLs). In this study, I investigated the antibiotic resistance, phylogenetic group, and virulence gene prevalence of 67 ESBL-producing E. coli strains isolated from retail chicken in Korea. In addition, I investigated the distribution of plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) genes in the total of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli. All of the strains possessed the blaCTX-M genes, dominantly blaCTX-M-65 (52.2%, 35/67) and blaCTX-M-55 (25.4%, 17/67), and three strains harbored both blaCTX-M-65 and blaCTX-M-55. More than half of the ESBL-producing E. coli strains also carried blaTEM. Surprisingly, 35 (52.2%, 35/67) ESBL-positive isolates were co-harboring PMQR determinants. The most prevalent PMQR was qnrS (91.4%, 32/35), and 6 of them also carried aac(6′)-Ib-cr. The oqxAB and aac(6′)-Ib-cr genes were detected in 2 (5.7%) isolates, and 1 (2.9%) isolate, respectively. No isolate was positive for qnrA, qnrB, and qepA. Besides, the most common ESBL-type among the PMQR-positive isolates was CTX-M-65 (91.4%, 32/35), and some of them simultaneously belonged to CTX-M-55, OXA, and/or TEM type. The results of antibiotic susceptibility tests revealed that 98.5% of the ESBL-positive strains were resistant to ≥ 3 different antibiotic classes, and all of the 35 strains that co-harbored PMQR determinants were found to be multi-drug resistant (MDR). Among them, the strains harboring both qnrS and aac(6′)-Ib-cr showed a synergistic effect on the resistance to ciprofloxacin and kanamycin. The results of a phylogenetic analysis showed that the group A is predominant (56.7%), followed by B1 (19.4%), E (8.9%), B2 (6%), and D (6%). Furthermore, the virulence genes associated with extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) were frequently detected in the strains of the groups B1, B2, D, and E. The results in this study demonstrated that retail chicken is highly contaminated with ESBL-producing, multi-drug resistant E. coli and may also serve as a reservoir to transmit ExPEC to humans in Korea.ABSTRACT…………………………………………………….ⅰ CONTENTS…………………………………………………….ⅳ List of Figures…………………………………...……………...ⅷ List of Tables…………………………………………………....ⅸ Chapter 1. General Introduction………………………………….1 Chapter 2. Characterization of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli strains isolated from retail raw chickens in Korea……………………………………………3 2.1. INTRODUCTION………………………………………….4 2.2. MATERIALS & METHODS………...…………………….7 2.2.1. Collection of ESBL-producing E. coli strains from retail chicken in Korea……………………………………...……….7 2.2.2. Antimicrobial susceptibility test………………………...8 2.2.3. Phylogenetic analysis of ESBL-producing E. coli strains………………………………………………………….8 2.2.4. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis………………………………………………………...9 2.2.5. Detection of virulence genes associated with pathogenic E. coli………………………………………………………….9 2.2.6. Statistical analysis……...……………………………...10 2.3. RESULTS…………………………………………………18 2.3.1. Distribution of ESBL genes in E. coli strains from retail chicken……………………………………………………….18 2.3.2. Antimicrobial susceptibility of ESBL-producing E. coli strains from retail chicken……………………………………21 2.3.3. Phylogenetic group analysis of ESBL-producing E. coli strains from retail chicken……………………………………23 2.3.4. Prevalence of virulence genes in ESBL-producing E. coli strains from retail chicken……………………………………26 2.4. DISCUSSION…………………………………………….29 Chapter 3. Co-existence of plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) genes in extended-spectrum β-lactamase (ESBL) producing Escherichia coli strains from retail raw chicken in Korea………………………………………………..33 3.1. INTRODUCTION………………………………………...34 3.2. MATERIALS & METHODS……………………………..36 3.2.1. Bacterial strains and detection of PMQR and ESBL genes…………………………………………...……………..36 3.2.2. Antimicrobial susceptibility testing and phylogenetic grouping analysis…………………………………………….36 3.2.3 Statistical analysis……………………………………...36 3.3. RESULTS…………………………………………………39 3.3.1. Prevalence of PMQR genes in ESBL-producing E. coli strains isolated from retail raw chicken in Korea………………………………………………...………39 3.3.2. Antimicrobial resistance in PMQR and ESBL-positive strains of E. coli……………………………………...……...41 3.4. DISCUSSION……………………………………………..43 REFERENCES………………………………………………….46 국문초록………………………………………………………..53Maste

[디자인 정책연구]충청남도 공공디자인 사후진단지표 개발 및 활용방안 연구

N/A1. 서론 1)연구의 필요성 및 목적 2)연구의 범위 및 방법 2. 공공디자인 이론 및 현황 분석 1)공공디자인의 개념 및 의의 2)공공디자인 관련 추진사업 동향 3)시사점 3. 국내외 공공디자인 평가지표 사례 분석 1)공공디자인 평가지표 관련 선행연구 2)국내 공공디자인 사업 평가지표 사례 3)국외 공공디자인 사업 평가 사례 4)시사점 4. 충청남도 공공디자인 사업 사후진단지표 모델 개발 1)사후진단지표 시스템 구축 프로세스 2)사후진단지표의 방향 및 구성 3)사후진단지표의 내용 4)사후진단지표 모델 구축 5. 충청남도 공공디자인 사업 진단 시스템 활용방안 1)단계별 운영 2)DB구축 시스템 개발 3)주체별 참여방안 6. 결

충남 농촌 경관협정 추진방안

1. 서론 1.1 연구의 배경 및 목적 1.2 연구의 범위 및 방법 2. 이론고찰 2.1 농촌경관 특성 2.2 경관협정 주요개념 2.3 관련 연구 분석 3. 국내외 경관협정 사례 분석 3.1 개요 3.2 국내사례 3.3 국외사례 3.4 분석 및 시사점 4. 충청남도 농촌경관협정 추진 여건 4.1 조례 및 조직 4.2 농촌경관 관련 사업 추진 현황 4.3 농촌 주민의식조사(FGI) 4.4 종합분석 및 문제점 도출 5. 충청남도 농촌경관협정 도입 및 활성화 방안 5.1 농촌경관협정 지원 및 실행방안 도출 5.2 농촌경관협정 지원방안 5.3 농촌경관협정 지원 실행방안 6. 결론 6.1 연구의 성과 6.2 정책제언 및 향후과제 참고문헌 및 자료 부록1. 서론 1.1 연구의 배경 및 목적 1.2 연구의 범위 및 방법 2. 이론고찰 2.1 농촌경관 특성 2.2 경관협정 주요개념 2.3 관련 연구 분석 3. 국내외 경관협정 사례 분석 3.1 개요 3.2 국내사례 3.3 국외사례 3.4 분석 및 시사점 4. 충청남도 농촌경관협정 추진 여건 4.1 조례 및 조직 4.2 농촌경관 관련 사업 추진 현황 4.3 농촌 주민의식조사(FGI) 4.4 종합분석 및 문제점 도출 5. 충청남도 농촌경관협정 도입 및 활성화 방안 5.1 농촌경관협정 지원 및 실행방안 도출 5.2 농촌경관협정 지원방안 5.3 농촌경관협정 지원 실행방안 6. 결론 6.1 연구의 성과 6.2 정책제언 및 향후과제 참고문헌 및 자료 부

충청남도 공공디자인 통합기본계획

1. 배경 및 목적 1) 배경 ▒공공디자인에 대한 관심 증대와 정부의 전략적 디자인 정책 추진 -o과거 시장중심의 디자인 산업에서 최근에는 정부 및 지자체, 지역주민의 역할을 강조한 공공디자인 정책이 추진되고 있음 o 정부는 공공공간 및 공공시설 디자인을 통한 도심의 중심성 활력 강화, 또는 문화적 요소를 디자인과 결합한 공간환경 조성 등 공공디자인 관련 시책 및 사업을 추진 중에 있음 o 정부의 각종 시범사업 추진(예) - 행정자치부 : 간판개선 시범사업 - 문화체육관광부 : 문화디자인 프로젝트, 문화로 행복한 공간 만들기, 산업단지 문화재생사업 - 국토교통부 : 국토환경디자인 시범사업, 노후 산업단지 재생사업 - 이후 생략Ⅰ. 계획의 개요 1. 배경 및 목적 2. 범위 및 방법 Ⅱ. 공공디자인 개념 및 선행계획 검토 1. 공공디자인 도입배경 및 개념 2. 관련법제 및 정책검토 3. 관련계획 검토 Ⅲ. 현황 분석 1. 충남의 인문사회 환경 2. 현황조사 및 분석 3. 해외사례 Ⅳ. 기본구상 1. 개념 2. 비전 및 목표 Ⅴ. 디자인 특화개념 도출 1. 디자인 구상요소 2. 디자인 특화개념 Ⅵ. 공공디자인 실행계획 1. 선진사례 2. 실행체계 3. 충남 공공디자인 진단지표 4. 선도 프로젝트 Ⅶ. 부록 참고문

[정책연구]충청남도 여성친화도시 공공디자인사업 발전방안

충남의 비전으로 '여성, 소수자 인권'이 화두가 되면서 '여성친화', '양성평등'에 대한 관심이 높아지고 있는 가운데, 충남도 및 각 지자체에서 이와 관련하여 향후 다양한 정책과 사업이 추진될 것으로 보임. 이에, 공공디자인 관점에서 접근하고 있는 여성친화도시 조성을 위한 제도적 기반 및 사업 추진 방향과 내용, 추진체계를 제시하고자 함. 이를 통해 공공디자인 사업 추진에 의한 여성친화도시 개념 정립은 물론 궁극적으로는 일상행활에서 성별의 차이 없이 모두가 살기 좋은 충남 만들기 기반을 마련하는데 기여하고자 함1. 서론 1)연구의 배경 및 목적 2) 연구의 범위 및 방법 2. 이론고찰 및 사례 분석 1) 선행연구 고찰 2) 관련 법 제도 3) 여성친화도시 국내외 사례 4) 분석 및 시사점 3. 충청남도 여성친화도 현황 분석 1) 성평등 수준 현황 2) 충남 여성친화 추진 역량 3) 충남 여성친화 관련 정책 현황 4) 충남 여성친화도시 사업 추진 현황 5) 종합분석 및 문제점 도출 4. 충청남도 여성친화도시 공공디자인 기본 방향 1) 공공디자인과 여성친화도시 2) 공공디자인과 젠더 이슈 방향 3) 충남 공공디자인 추진 방향 4) 충남 여성친화도시 공공디자인 기본 바양 5. 충청남도 여성친화도시 공공디자인 사업 추지 방안 1) 여성친화 적용 요소 개발 2) 여성친화도시 공공디자인 사업 3) 여성친화도시 공공디자인 사업 추진체계 6. 결

충남 건축물 색채 가이드라인 수립

충청남도 건축물 색채 디자인 가이드라인 3 DESIGN GUIDELINE 1. 가이드라인 개요 1.1 배경 및 목적 • 현재 충청남도는 색채와 관련된 광역차원의 가이드라인 부재로 인해 건축물 색채의 실질적인 적용과 관리가 어려우며 무질서한 색채 환경을 형성하고 있음 • 색채는 지역의 환경적 색채, 그리고 지역 주민에 의해 만들어지고 변화 및 보존되어온 인공적인 색채가 공존하여 나타나는 것으로서, 지역의 정체성 확립에 기여할 수 있는 중요한 요소임 • 본 가이드라인은 색채 환경을 형성하는 중요요소인 건축물에 착안하여, 색채 가이드라인의 실질적인 적용 방안을 마련함으로써 충청남도의 정체성 확립에 기여하는 것이 주요 목적임 • 본 가이드라인은 경관훼손을 방지하기 위한 유도적 차원에서 고려하여야 할 방향을 제시해줌으로써, 충청남도의 통합된 이미지 구축에 기여하고자 함 1.2 방법 및 내용 • 본 연구에서는 상위계획을 반영하여 5개의 권역으로 분류하여 권역 대표색을 추출하도록 함  북부권역 천안, 아산, 당진  서해안권역 서산, 태안, 보령, 서천  중부권역 예산, 청양, 홍성  백제유교문화권역 공주, 부여, 논산  남부권역 금산, 계룡 - 이후 생략1. 가이드라인 개요 2. 충청남도 건축물 색채 디자인 가이드라인 3. 가이드라인 적용 및 운용방안 부록 ■ 충청남도 건축물 색채 가이드라인 대상 용도 분류 ■ 참고자

Identification of lncRNAs that regulate lifespan in Caenorhabditis elegans

MasterRecent studies indicate that long non-coding RNA (lncRNA) play modulatory roles in various physiological processes. However, the functional significance of lncRNAs in lifespan regulation remained largely unknown. In this study, we aimed at identification of C. elegans lncRNAs that modulate lifespan. We found that 4 lncRNAs out of tested 81 lncRNAs, linc-98, linc-100, linc-101, and linc-107, were required for the longevity of animals with reduced insulin/IGF-1 signaling (IIS), a conserved aging-regulating pathway. We also showed that the genetic inhibition of each of 4 lncRNAs, linc-8, linc-115, linc-120, and linc-123, extended lifespan in C. elegans. We will continue the lifespan screen and will generate lincRNA gene knockout animals using CRISPR/Cas9 system. Overall, this study will provide insights into how lncRNAs contribute to organismal aging and longevity. Furthermore, this research will help understanding the biology of noncoding RNAs as novel biomarkers or drug targets for aging research

충청남도 통합디자인을 위한 평가체계구축 시스템 개발

1. 연구의 배경 및 목적 현재 충청남도 및 15개 시·군의 경관·공공디자인 환경은 관심도 및 재정여건, 시민 의식수준 등에 따라 편차가 심한 상태이다. 경관 및 공공디자인 현황에 대한 객관적 진단지표의 부재와 사업 계획 시 해당 사업의 적정성 여부를 평가할 수 있는 합리적인 진단절차의 부재로 광역 및 시·군 차원의 통합된 디자인 정책방향을 수립하는데 어려움이 있는 실정으로, 이에, 충청남도 및 15개 시·군의 경관 및 공공디자인 사업을 종합적으로 파악하고 진단할 수 있는 평가체계 구축이 필요한 실정이다. 충청남도의 디자인 통합관리체계 구축을 위해서는 공공디자인 사업을 사전에 점검하고 평가함으로써, 사업의 효율성을 높이고 바람직한 사업추진을 유도할 수 있는 기반 마련이 필요하다. 본 연구에서는 경관 및 공공디자인 관련 사업의 사전 진단지표를 개발함으로써, 지역내에서 수행되는 관련 사업을 스스로 점검하고 개선방안을 도출할 수 있도록 하여, 디자인 통합관리체계에 기여하는 것을 목적으로 한다. - 이후 생략제1장 서론 제1절 연구의 필요성 및 목적 1 1. 연구의 필요성 1 2. 연구의 목적 1 제2절 연구의 범위와 방법 2 1. 연구의 범위 2 2. 연구의 내용 2 3. 연구방법 3 제3절 이론적 고찰 5 1. 디자인 통합관리 5 2. 공공디자인 영역 5 3. 선행연구의 검토 8 제4절 현황조사 11 1. 공공디자인 현황 및 분석 11 2. 시사점 20 제2장 국내외 평가시스템 사례분석 제1절 국내사례 21 1. 서울시 공공디자인 도입효과 평가시스템 21 2. 문화적 관점의 공공디자인사업 진단지표 보고서(문체부) 22 3. 경기도 공공디자인 관리시스템 구축 진단지표 25 제2절 국외사례 28 1. 영국 스페이스세이퍼(Spaceshaper) 28 2. 영국 DQI(Design Quality Indicator) 30 3. 요코하마 공공사업 평가시스템 32 제3절 국내외 디자인 평가의 시사점 34 제3장 신규개발사업 진단지표 및 가중치 설정 제1절 진단지표의 개요 35 1. 진단지표의 구성체계 35 2. 진단지표의 적용시기 36 제2절 균형화 진단프로그램 38 1. 개요 38 2. 진단항목 내용 39 3. 진단프로그램 42 4. 모의진단 43 제3절 신규개발사업 진단지표 48 1. 개요 48 2. 진단항목 내용 49 3. 가중치 산정 50 4. 진단지표 55 5. 모의진단 59 제4장 결론 1. 결론 66 2. 정책제언 66 3. 연구의 제한점 67 참고문헌 68 부 록 6

충청남도 공공디자인 통합기본계획

1. 배경 및 목적 1) 배경 ▒공공디자인에 대한 관심 증대와 정부의 전략적 디자인 정책 추진 -o과거 시장중심의 디자인 산업에서 최근에는 정부 및 지자체, 지역주민의 역할을 강조한 공공디자인 정책이 추진되고 있음 o 정부는 공공공간 및 공공시설 디자인을 통한 도심의 중심성 활력 강화, 또는 문화적 요소를 디자인과 결합한 공간환경 조성 등 공공디자인 관련 시책 및 사업을 추진 중에 있음 o 정부의 각종 시범사업 추진(예) - 행정자치부 : 간판개선 시범사업 - 문화체육관광부 : 문화디자인 프로젝트, 문화로 행복한 공간 만들기, 산업단지 문화재생사업 - 국토교통부 : 국토환경디자인 시범사업, 노후 산업단지 재생사업 - 이후 생략Ⅰ. 계획의 개요 1. 배경 및 목적 2. 범위 및 방법 Ⅱ. 공공디자인 개념 및 선행계획 검토 1. 공공디자인 도입배경 및 개념 2. 관련법제 및 정책검토 3. 관련계획 검토 Ⅲ. 현황 분석 1. 충남의 인문사회 환경 2. 현황조사 및 분석 3. 해외사례 Ⅳ. 기본구상 1. 개념 2. 비전 및 목표 Ⅴ. 디자인 특화개념 도출 1. 디자인 구상요소 2. 디자인 특화개념 Ⅵ. 공공디자인 실행계획 1. 선진사례 2. 실행체계 3. 충남 공공디자인 진단지표 4. 선도 프로젝트 Ⅶ. 부록 참고문

2019년 8호-충청남도 공공디자인 소식지

Issue 002 협력적 디자인 관리체계 : 민간전문가 제도의 운영과 과제 Review 010 프랑스 항구도시 라 로셸 : 등대를 활용한 도시재생 전략 022 Reboot Milano : 포르타 누오바 계획 Level up 036 단위사업의 통합적 디자인 관리 : 충남 부여군 부여읍 이색창조거리 Team : 천안시 050 시민이 참여한 공공미술 전시사업 : 천안시 [오늘미술관 프로젝트] Focus on 060 센터 소식 066 2019년도 정책연구 소개 067 센터 소식 국내 정책동향 072 중앙부처 087 광역지방자치단체 117 충청남도 및 15개 시군Issue 002 협력적 디자인 관리체계 : 민간전문가 제도의 운영과 과제 Review 010 프랑스 항구도시 라 로셸 : 등대를 활용한 도시재생 전략 022 Reboot Milano : 포르타 누오바 계획 Level up 036 단위사업의 통합적 디자인 관리 : 충남 부여군 부여읍 이색창조거리 Team : 천안시 050 시민이 참여한 공공미술 전시사업 : 천안시 [오늘미술관 프로젝트] Focus on 060 센터 소식 066 2019년도 정책연구 소개 067 센터 소식 국내 정책동향 072 중앙부처 087 광역지방자치단체 117 충청남도 및 15개 시