8 research outputs found
Single nucleotide polymorphism(SNP) of the RBP4, HNF-1ฮฑ and IL-6 genes in metabolic syndrome and type II diabete
์ํ๊ณผ/์์ฌ[ํ๊ธ]๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ์ ์ํ์ต๊ด์ ํ๋ํ์ ํจ๊ป ์ ๋ณ๋ฅ ์ด ์ฆ๊ฐํ๊ณ ์๋ ๋ํ์ ์ธ ์ฑ์ธ๋ณ์ ํ๋๋ก ํํ์ฑ ์ฌ์งํ, ๋น๋ง, ๋น๋จ๋ณ ๋ฑ๊ณผ ๋ฐ์ ํ ๊ด๊ณ๋ฅผ ๊ฐ์ง๋ค. ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ์ ์ฌํ ์ฆ์์ด ์ฒ์ ๊ธฐ์ ๋ ๊ฒ์ 1920๋
์ด์ง๋ง ์ต์ด๋ก ์ ์๋ ๊ฒ์ 1988๋
์ ์ผ์ด๋ฉฐ, ์ดํ ์ฝ 20๋
์ ๊ฑธ์ณ์ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ์ ์ ๋ณ๋ฅ ์ด ๊ธ๊ฒฉํ๊ฒ ์ฆ๊ฐํ๊ณ ์๋ ์์ธ์๋ ์ฌ๋ฌ ๊ฐ์ง ์ด์ ๊ฐ ์์ ์ ์์ง๋ง ์ํ์ต๊ด์ ๋ณํ์ ํจ๊ป ๊ฐ์ธ์ ์ ์ ์ ํน์ฑ๋ ํฐ ์ญํ ์ ํ๋ ๊ฒ์ผ๋ก ์๋ ค์ ธ ์๋ค. 1988๋
์ ์์๋์ด 2003๋
์ ํด๋
์ ๋๋ธ ์ธ๊ฐ ์ ์ ์ฒด ํ๋ก์ ํธ๋ฅผ ํ๋๋ก ํ ์ต๊ทผ์ ์ ์ ์ฒด ์ฐ๊ตฌ์ ๋ฐ์ ์ ๊ฐ์ธ๋ณ ์ ์ ์ฑํฅ์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ์ค๋ช
ํ๊ธฐ ์ํด์ ๋จ์ผ์ผ๊ธฐ๋คํ์ฑ(Single Nucleotide Polymorphism; SNP)์ ๋ง์ด ์ด์ฉํ๊ณ ์๋ค. ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ ๋ฐ ๋น๋จ๋ณ๊ณผ ๊ด๋ จ์ด ์๋ RBP4, HNF-1ฮฑ, IL-6 ์ ์ ์์์ ๋ฐ๊ฒฌ๋๋ SNP์ ์ง๋ณ ์ํ์์ธ๊ณผ์ ๊ด๋ จ์ฑ์ ์ฐ๊ตฌํ์๋ค. ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์ ์ด์ฉํ ์๋ฃ๋ ์ฐ์ธ๋ํ๊ต ์์ฃผ์๊ณผ๋ํ ํ์๊ฑด๊ฐ๊ด๋ฆฌ์ผํฐ์์ ์งํ์ค์ธ ํ๊ตญ์ธ ์ ์ ์ฒด ์ฝํธํธ ์ฌ์
์์ ์ด ์ฌ์
์ ์ฐธ์ฌํ ์ฌ๋๋ค์ genomic DNA๋ฅผ ๋ถ๋ฆฌํ์ฌ ์ฌ์ฉํ์๋ค. RBP4, HNF-1ฮฑ, IL-6 ์ ์ ์์ SNP ๋ถ์์ ์ํ์ฌ Tm-shift assay๋ฅผ ์ํํ์๋ค. ์ด ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ ์๊ณผ ๋ณ์ด๋ ์ ์ ์์ ๋ํ allele specific primer๋ฅผ ๋ณ๋๋ก ์ ์ํ์ฌ real-time PCR์ ์ค์ํ๋ ๊ณผ์ ์์ ๋ฐ์์ผ๋ก ์ป์ด์ง๋ ์ฐ๋ฌผ์ ๋
น๋์ (melting temperature, Tm)์ ์ด์ฉํ์ฌ SNP๋ฅผ ์ฐพ๋ ๊ฒ์ด๋ค. ์ด๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ SNP๋ฅผ ๋ถ์ํ ๋ถ์๋ RBP4 -803G/T, HNF-1ฮฑ intron 1 401A/G, HNF-1ฮฑ intron 2 572A/G์ IL-6 -174G/C์ด๋ฉฐ, ์ด๋ค ์ ์ ์์์ ๋ฐ๊ฒฌ๋๋ SNP์ ์ง๋ณ ์ํ์์ธ๋ค๊ณผ์ ์๊ด๊ด๊ณ๋ฅผ ๋ถ์ํ์๋ค. ์ ์ ์ง๋จ 100๋ช
, ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ ์ง๋จ 80๋ช
, ์ 2ํ ๋น๋จ๋ณ ์ง๋จ 67๋ช
, ๋น๋จ๋ณ ๋ฐ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ ์ง๋จ 40๋ช
์ ๋์์ผ๋ก SNP ๋ถ์์ ์ํํ ๊ฒฐ๊ณผ๋ ๋ค์๊ณผ ๊ฐ๋ค.
1. SNP ์ ์ ์ํ์ ๋ถ์ํ ๊ฒฐ๊ณผ wild homozygousํ, heterogygousํ, mutant homozygousํ์ผ๋ก ๋ถ๋ฅํ์ ๋ HNF-1ฮฑ 572(intron 2)๋ฒ ๋ถ์์ SNP๋ ๊ฐ ๊ตฐ์ ํตํ์ด ๋ณผ ๋ ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์๊ณ , ์ ์ ๋ ๋น๋จ, ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ ๋ ๋น๋จ, ์ ์ ๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ๋น๋จ์์ ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์๋ค.
2. SNP ์ ์ ์ํ์ wild carrier์ mutant homozygous๋ก ๋ถ๋ฅํ์์ ๋ HNF-1ฮฑ 572(intron 2)์ SNP๋ ๊ฐ ๊ตฐ์ ํตํ์ด ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์๊ณ , ๋น๋จ ๋ ์ ์/๋น๋จ ๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ, ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ๋น๋จ ๋ ์ ์/๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ๋น๋จ ๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ์์ ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์๋ค. SNP ์ ์ ์ํ์ wild homozygous์ mutant carrier๋ก ๋ถ๋ฅํ์์ ๋ HNF-1ฮฑ 401(intron 1)์ SNP๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๋ ์ ์, HNF-1ฮฑ 572(intron 2)์ SNP๋ ๋น๋จ ๋ ์ ์์์ ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์๋ค.
3. RBP4์ ๊ฒฝ์ฐ mutant homozygous form์ด ๋ฐ๊ฒฌ๋์ง ์์๊ณ , wild type๊ณผ heterogygous์ฌ์ด์๋ ํต๊ณ์ ์์๊ฐ ๋ฐ๊ฒฌ๋์ง ์์์ผ๋ฉฐ, IL-6์ ๊ฒฝ์ฐ์๋ ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์ ์ฌ์ฉํ ์ด๋ค ์๋ฃ์์๋ SNP๊ฐ ๋ฐ๊ฒฌ๋์ง ์์๋ค.
4. ์ 2ํ ๋น๋จ๋ณ ๋ฐ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ๊ด๋ จ๋ ์งํ๋ค๊ณผ SNP ์ ์ ์ํ์ ๊ด๊ณ์์, ๋ช๋ช ์งํ๋ค์ด ํต๊ณ์ ์ผ๋ก ์ ์ํ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์์ผ๋, ์ง๋ณ๊ตฐ์ ๋ฐ๋ผ ๊ฒฐ๊ณผ๊ฐ ์์ดํ๊ณ ๋์ผ ์ง๋ณ๊ตฐ๋ด์์๋ ๊ด๋ จ์งํ๋ค์ ๋ณํ์์์ด ๋ค์ํ์ฌ ์ผ๊ด์ฑ์ ์ฐพ์ ์ ์์๋ค.
์ด์์ ๊ฒฐ๊ณผ๋ก ๋ฏธ๋ฃจ์ด ๋ณผ ๋ ๋์ฌ์ฆํ๊ตฐ๊ณผ ์ 2ํ ๋น๋จ๋ณ ๋ฐํ์๋ ์ ์ ์ ์์ธ์ด ์ผ๋ถ ๊ด์ฌํ๊ณ ์์ผ๋ ํ๊ฒฝ์ ์์ธ๋ ์ค์ํ ์ญํ ์ ํ ๊ฒ์ผ๋ก ์ฌ๋ฃ๋๋ค.
[์๋ฌธ]Metabolic syndrome, which is one of the most prevalent diseases, is a cluster of symptoms associated with ischemic heart disease, obesity and diabetes. Several factors are identified for increased incidence and personal genetic background is also enrolled in pathogenesis. To explain inter-personal differences, single nucleotide polymorphisms are widely used. In this study, association of risk factors and several SNPs in RBP4, HNF-1ฮฑ, and IL-6 were analyzed. From Korean Genomic Research Cohort sample, 100 normal persons, 80 persons with metabolic syndrome, 67 persons with diabetes, and 40 persons with metabolic syndrome and diabetes were included in this study. Genomic DNAs were used for SNP genotyping with Tm-shift assay. Target SNPs were RBP4 -803G/T, HNF-1ฮฑ 401A/G, HNF-1ฮฑ 572A/G, and IL-6 -174G/C. I found several points with statistically significant : 1) SNPs of HNF-1ฮฑ 572 were not independent between the groups of normal vs type 2 diabetes, metabolic syndrome vs type 2 diabetes, and normal vs metabolic syndrome and type 2 diabetes. 2) When categorized into two genotypes of wild carrier and mutant homozygous, HNF-1ฮฑ 572 were significantly distributed in normal vs type 2 diabetes, nomal vs metabolic syndrome, metabolic syndrome vs diabetes, and metabolic syndrome vs metaboic syndrome and type 2 diabetes. 3) When categorized into two genotypes of wild homozygous and mutant carrier, HNF-1ฮฑ 401 and 572 were statistically significant in normal vs metabolic syndrome and normal vs type 2 diabetes, respectively. 3) Mutant homozygous type of RBP4 803 was not found and there was no statistical significace between wild homozygous and heterozygous SNPs. 4) Any mutant mutant of IL-6 -174 were not confirmed in this study. 5) Several markers associated with diabetes and metabolic syndrome were different according to SNPs, but the results were not constant among disease groups. Taken together, we found a few different pattern of SNPs in this study, for example, there is no mutant IL-6 -174, and although genetic factors are seemed to be related in pathogenesis of diabetes and metabolic syndrome in a part, environmental factors might be more associated ones.ope