An analysis of intra array repeats: the good, the bad and the non informative

BACKGROUND: On most common microarray platforms many genes are represented by multiple probes. Although this is quite common no one has systematically explored the concordance between probes mapped to the same gene. RESULTS: Here we present an analysis of all the cases of multiple probe sets measuring the same gene on the Affymetrix U133a GeneChip and found that although in the majority of cases both measurements tend to agree there are a significant number of cases in which the two measurements differ from each other. In these cases the measurements can not be simply averaged but rather should be handled individually. CONCLUSION: Our analysis allows us to provide a comprehensive list of the correlation between all pairs of probe sets that are mapped to the same gene and thus allows microarray users to sort out the cases that deserve further analysis. Comparison between the set of highly correlated pairs and the set of pairs that tend to differ from each other reveals potential factors that may affect it

A case of cryocrystalglobulinemia

Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/133638/1/trf13528_am.pdfhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/133638/2/trf13528.pd

Der Miktionsindex : ein neuer Score zur Beurteilung von Harnblasenentleerungsstörungen

Voiding dysfunction manifests in a prolonged and/or incomplete emptying with a slow urine flow rate and/or a high post-void residual. These affect quality of life and are associated with recurrent urinary tract infections, urinary retention and renal insufficiency. Invasive and non-invasive examination methods have been suggested. In this study, we aim to develop a noninvasive measurement method for detecting voiding dysfunction by using uroflowmetry and post-void residual. This is a monocentric, retrospective study. 1309 patients were included. The study was carried out between March 2002 and December 2012, and took place in the Diakonie Hospital, Neunkirchen, Germany. All patients underwent videourodynamic examination and were then classified into three groups: the first group included patients with non-pathological findings (n=115), the second group patients with bladder outlet obstruction with compensated and decompensated detrusor (n=1143), and the third group patients with effective urodynamically bladder diverticula or vesicoureteral reflux, which also cause voiding dysfunction (n=51). Using voided volume, micturition time, and post-void residual, a significant difference was observed among the three tested groups using an already presented micturition index equation (micturition index = voided volume/micturition time - radical quantity (√) of post-void residual). In detail, the average micturition index of the first, second and third group was 9.72 ± 3.62, -5.30 ± 7.26, and -10.64 ± 11.47, respectively. Using a micturition index of 5 as a cut-off value, the majority of patients in the first group (92.17%) was found above the cut-off value, whereas the majority of the second group (94.83%) and all patients of the third group (100%) were below the cut-off value. A micturition index of < 5 was discriminated among the three tested groups with a sensitivity of 95%, a specificity of 92.1%, and a positive predictive value of 99.2% and a negative predictive value of 64.2%.Our findings clearly demonstrate that patients with a micturition index of < 5 are more likely to suffer from voiding dysfunction and that they need further examination. These results provide evidence that the micturition index can be used as a future non-invasive tool for detecting voiding dysfunction.Als Harnblasenentleerungsstörung werden Störungen bezeichnet, die sich in einer verlängerten und/ oder unvollständigen Entleerung der Harnblase mit einer schwacher Urinflussrate und/ oder einem hohen Restharn äußern. Diese beeinträchtigen die Lebensqualität und stehen im Zusammenhang mit rezidivierenden Harnwegsinfekten, Harnretentionen und Niereninsuffizienz. Es wurden invasive und nicht invasive Untersuchungsmethoden vorgeschlagen. Das Ziel dieser Arbeit ist es, eine nicht invasive Messmethode zur Erkennung von Harnblasenentleerungsstörungen unter der ausschließlichen Verwendung der Harnflussmessung und der Bestimmung von Restharn zu entwickeln. Die vorliegende Arbeit ist eine monozentrische, retrospektive Analyse. Zwischen 03/2002 und 12/2012 wurden 1309 Patienten in der Diakonie Klinik Neunkirchen videourodynamisch untersucht und in drei Gruppen aufgeteilt. Die erste Gruppe umfasste Patienten mit nicht-pathologischem urodynamischem Befund (n = 115), die zweite Gruppe bestand aus Patienten mit isolierter subvesikaler Obstruktion (n = 1143) mit kompensiertem und dekomponiertem Detrusor. Die dritte Gruppe beinhaltet leistungsverbrauchende Prozesse, z. B. bei einem urodynamisch-wirksamen Divertikel oder ausgeprägten vesikorenalen Reflux, die ebenfalls als Entleerungsstörung gelten (n = 51). Anhand von Miktionsvolumen, Miktionszeit und Restharn wurde durch die Verwendung einer bereits vorgestellten Gleichung (Miktionsindex = (Miktionsvolumen/Miktionszeit) – Wurzel √ Restharn) ein signifikanter Unterschied zwischen den drei getesteten Gruppen beobachtet. Im Detail betrug der Miktionsindex der ersten Gruppe (normaler Befund) 9,72 ± 3,6, der der zweiten Gruppe -5,3 ± 7,26 und der der dritten Gruppe -10,64 ± 11,47. Bei einem Miktionsindex-Grenzwert = 5 (cut-off value) lag die Mehrheit der Patienten in der ersten Gruppe (92,17 %) oberhalb des Grenzwerts während die Mehrheit der zweiten Gruppe (94,83 %) und alle Patienten der dritten Gruppe (100 %) unterhalb des Grenzwerts waren. Ein Miktionsindex von <5 als nicht-invasiver Test zur Früherkennung von Harnblasenentleerungsstörungen hat anhand dieser Analyse eine Sensitivität von 95 %, eine Spezifität von 92,1 %, einen positiven Vorhersagewert von 99,2 % und einen negativen Vorhersagewert von 64,2 %. Diese Analyse konnte eindeutig zeigen, dass die Patienten mit einem Miktionsindex < 5 häufiger eine relevante Harnblasenentleerungsstörung haben und weitere invasive Maßnahme benötigen. Aufgrund dieser Ergebnisse kann diese nicht invasive Messmethode als ein möglicher Screening-Test zur Früherkennung von Harnblasenentleerungsstörungen angewandt werden