miRNA Sequence Analysis in Patients With Kaposi’s Sarcoma-Associated Herpesvirus

MicroRNAs (miRNAs) are the non-coding RNAs that can both attach to the untranslated and coding sections of target mRNAs, triggering destruction or post-transcriptional alteration. miRNAs regulate various cellular processes such as immune function, apoptosis, and tumorigenesis. About 35,000 miRNAs have been discovered in the human genome. The increasing evidence suggests that the dysregulation of human miRNAs may have a role in the etiology of some disorders including cancer. Only a small sub-set of human miRNAs has functionally been validated in the pathogenesis of oncogenic viruses such as Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV). KSHV is the cause of various human malignancies including primary effusion lymphoma (PEL) and Kaposi’s sarcoma (KS), which are mainly seen in AIDS patients or other immunocompromised people. We aimed to identify the miRNAs in Kaposi’s sarcoma cases, with the comparison of KSHV seropositive and seronegative tumors with the controls and in each other in Turkish Kaposi’s sarcoma patients. We performed the miRNA-sequencing at genome level in the peripheral blood mononuclear cells of 16 Kaposi’s sarcoma patients, and in 8 healthy controls matched for age, gender, and ethnicity. A total of 642 miRNA molecules with different expression profiles were identified between the patients and the healthy controls. Currently, out of 642 miRNAs, 7 miRNAs (miR-92b-3p, miR-490-3p, miR-615-3p, miR-629-5p, miR-1908, miR-3180, miR-4433b-3p) which have not been described in the literature in the context of Kaposi’s sarcoma were addressed in the study for the first time and 9 novel miRNAs, not found previously in the database, have been detected in Kaposi’s sarcoma using the miRNA-sequencing technique. This study demonstrates the identification of differently expressed miRNAs which might be the new therapeutic targets for Kaposi’s sarcoma, that has limited treatment options and can be used in the etiology, diagnosis, and prognosis of this cancer

Metastatik Akciğer Kanserli Hastaların Periferik Kanında Yeni Aday Biyomarker: Yüksek DICER1 Ekspresyon Düzeyi

Amaç: Akciğer kanseri, dünyada kansere bağlı insidans ve mortalite açısından birinci sırada yer almaktadır. Kanserin multifaktoriyel bir hastalık olması nedeniyle kanserle ilişkili mekanizmaların aydınlatılmaya çalışılması oldukça önem taşımaktadır. Kanserle yakından ilgili olan miRNA aktivitesinin çeşitli mekanizmalarla bozulduğu bilinmektedir. Bu mekanizmalardan biri de miRNA işlenmesi sırasında meydana gelen moleküler değişikliklerdir. DICER1, microRNA biyogenezinde önemli bir yere sahiptir. Çalışmamızda, akciğer kanserli hastaların periferik kan lenfositlerinde DICER1 gen ifade düzeyinin sağlıklı kişilerle karşılaştırılarak metastatik akciğer kanseri gelişimindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Çalışma grubu yeni tanı almış ve daha önce hiç tedavi görmemiş 47 akciğer kanserli hasta ile 45 sağlıklı kişinin periferik kan örneklerinden oluşturuldu. Araştırılan DICER1 hedef geni, HPRT1 referans geni ile eş zamanlı olarak Gerçek-Zamanlı PCR yöntemiyle incelendi. Akciğer kanser hastalarına ait gen ekspresyon düzeyi ile sağlıklı kişilerden oluşan kontrol grubu DICER1 gen ekspresyon sonuçları karşılaştırıldı. Sonuçlar 2-ΔΔCT metodu kullanılarak değerlendirildi. Sonuçlar: Akciğer kanser hastalarının periferik kan lenfositlerinde DICER1 gen ifade düzeyinin (2-ΔΔCt) kontrol grubuna göre 1,756 kat arttığı, bu artmış ekspresyon düzeyinin istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Tartışma: Metastatik akciğer kanserli hastaların periferik kan lenfositlerinde yapılan çalışmamızdan çıkan sonuçlar literatürde tümör dokusunda yapılan çalışma ile korelasyon göstermektedir. Bu bağlamda periferik kan lenfositlerindeki DICER1 ekspresyon düzeyinin, metastatik akciğer hastalarının tümör dokusundaki DICER1 gen ekspresyon düzeyi hakkında bilgi vereceğini ve dokusuna ulaşılamayan hastalar için iyi bir uygulama olacağını düşündürmektedir. Ayrıca çalışma literatürde akciğer kanserli hastaların periferik kan örneklerinde DICER1 ekspresyonunun araştırıldığı ilk çalışma niteliği taşımaktadır

OVER KANSERLERİNDE MİR-1260 MİKRORNA AİLESİNİN ARAŞTIRILMASI

Amaç: TÜİK-Türkiye istatistiklerine göre, Türkiye'de her yıl yaklaşık 2790 kişi over kanseri teşhisialmaktadır. Over kanseri hastalarının etkili bir şekilde tedavi edilebilmesi, tedavi sürecini takip edebilmesive erken aşamada tanı alabilmesi için hastalığa özgü ve hassas biyo-belirteçlere ihtiyaç vardır. Planlanan buçalışmada, miR-1260a ve miR-1260b moleküllerinin sporadik ve ailesel over kanseri vakalarının, sağlıklıkontrollerle karşılaştırılması sonucu invazif olmayan biyobelirteçler olup olmadığını belirlemeyiamaçlamaktadır.Gereç-Yöntem: Ailesel ve Sporadik Over kanseri olan 150 hasta ve bunlarla yaş, cinsiyet, etnik köken açıdaneşleştirilmiş 100 sağlıklı kontrollerle, miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı.Bulgular: Over kanseri hastalar ile sağlıklı kontrol grubu arasında her iki miRNA' nın da ekspresyonseviyeleri açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu (p = 0.000) görülmüştür. Sağlıklı kontrolleregöre, over kanserli hastalarda miR-1260a ve miR-1260b ekspresyonunun 16.1-43.21 kat aralığında arttığıbulundu. Bu moleküllerin diğer genlerle olan etkileşimlerini anlamak için STRING analizi yapıldı. Bu analizsonucunda; miR-1260a’nın hücresel translasyon aşaması üzerinde etkili olduğu bilinen ribozomal proteinailesi ile ilişkisi olduğu ve miR-1260b'nin, CHEK2 ve CDK4 proteinleri ile ilişkili olduğu bulundu.Sonuç: Öncelikle miR-1260a ve miR-1260b'nin anlamlı ekspresyon farkı over kanserli hastalar ile sağlıklıkontrollerin periferik kan lenfositleri arasında bulunmuştur. miR-1260a ve miR-1260b molekülleri, overkanseri etiyolojisinden sorumlu olabilir. miR-1260a ve miR-1260b moleküllerinin, over kanseri tanı veprognozunda invazif olmayan biyobelirteçler olarak kullanılabileceği düşünülmektedir