Inferring adaptive codon preference to understand sources of selection shaping codon usage bias.

Alternative synonymous codons are often used at unequal frequencies. Classically, studies of such codon usage bias (CUB) attempted to separate the impact of neutral from selective forces by assuming that deviations from a predicted neutral equilibrium capture selection. However, GC-biased gene conversion (gBGC) can also cause deviation from a neutral null. Alternatively, selection has been inferred from CUB in highly expressed genes, but the accuracy of this approach has not been extensively tested, and gBGC can interfere with such extrapolations (e.g., if expression and gene conversion rates covary). It is therefore critical to examine deviations from a mutational null in a species with no gBGC. To achieve this goal, we implement such an analysis in the highly AT rich genome of Dictyostelium discoideum, where we find no evidence of gBGC. We infer neutral CUB under mutational equilibrium to quantify “adaptive codon preference,” a nontautologous genome wide quantitative measure of the relative selection strength driving CUB. We observe signatures of purifying selection consistent with selection favoring adaptive codon preference. Preferred codons are not GC rich, underscoring the independence from gBGC. Expression-associated “preference” largely matches adaptive codon preference but does not wholly capture the influence of selection shaping patterns across all genes, suggesting selective constraints associated specifically with high expression. We observe patterns consistent with effects on mRNA translation and stability shaping adaptive codon preference. Thus, our approach to quantifying adaptive codon preference provides a framework for inferring the sources of selection that shape CUB across different contexts within the genome

Conditional expression explains molecular evolution of social genes in a microbe

Conflict is thought to play a critical role in the evolution of social interactions by promoting diversity or driving accelerated evolution. However, despite our sophisticated understanding of how conflict shapes social traits, we have limited knowledge of how it impacts molecular evolution across the underlying social genes. Here we address this problem by analyzing the genome-wide impact of social interactions using genome sequences from 67 Dictyostelium discoideum strains. We find that social genes tend to exhibit enhanced polymorphism and accelerated evolution. However, these patterns are not consistent with conflict driven processes, but instead reflect relaxed purifying selection. This pattern is most likely explained by the conditional nature of social interactions, whereby selection on genes expressed only in social interactions is diluted by generations of inactivity. This dilution of selection by inactivity enhances the role of drift, leading to increased polymorphism and accelerated evolution, which we call the Red King process

Consórcios de caupi e milho em cultivo orgânico para produção de grãos e espigas verdes.

No período de outono-inverno-primavera de 2007, foi conduzido um estudo em Seropédica, Região Metropolitana do estado do Rio de Janeiro (Baixada Fluminense), com o objetivo de avaliar diferentes tipos de consórcio entre caupi (cv. Mauá) e milho (cv. AG-1051), em sistema orgânico de produção. O experimento foi instalado em área de Argissolo Vermelho-Amarelo no delineamento de blocos ao acaso, com quatro repetições. Os tratamentos constaram de diferentes épocas ou intervalos de tempo de semeadura do caupi em relação à do milho, a saber: (E1) 21 dias antes do milho; (E2) 14 dias antes do milho; (E3) 7 dias antes do milho; e (E4) no mesmo dia do milho. Tratamentos correspondentes aos cultivos solteiros do caupi e do milho foram incluídos, ambos semeados na data do tratamento E4. O cultivo consorciado com o caupi não interferiu na produtividade do milho em espigas verdes e também em termos de comprimento e diâmetro basal dessas espigas, independentemente do intervalo entre semeaduras. Com referência ao caupi, a produtividade em grãos verdes no cultivo solteiro foi superior à dos consórcios com o milho. Os valores obtidos para os Índices de Equivalência de Área (IEA), foram todos acima de 1,0, indicando que os consórcios foram eficientes quanto ao desempenho agronômico/biológico. Considerando, ainda a produtividade de cada cultura participante do consórcio, a semeadura do caupi antecipada de 21 dias em relação à do milho afigura-se mais adequada ao manejo orgânico adotado e às condições edafoclimáticas da região

Consórcio couve-coentro em cultivo orgânico e sua influência nas populações de joaninhas.

O consórcio de culturas é comumente praticado na produção de hortaliças devido a diversos benefícios econômicos. Em alguns casos, podem reduzir infestações de pragas por favorecer a conservação dos inimigos naturais nos agroecossistemas. Avaliou-se a viabilidade agronômica do consórcio de couve e coentro, sob manejo orgânico, com base em parâmetros fitotécnicos, além de sua influência sobre populações de joaninhas (Coleoptera: Coccinellidae), na comparação com os respectivos cultivos solteiros. O coentro, representando a cultura secundária, foi utilizado com a finalidade de fornecer recursos para as joaninhas. O estudo foi realizado em área do Sistema Integrado de Produção Agroecológica em Seropédica-RJ. O experimento consistiu dos consórcios: 1) couve consorciada com coentro, cujas quatro linhas de plantas foram colhidas na fase vegetativa (consórcio I), e 2) couve consorciada com coentro, cujas plantas das duas linhas internas (próximas à linha da couve) foram colhidas na fase vegetativa e as duas linhas externas foram cortadas após floração (consórcio II). Em ambos consórcios foram avaliados os parâmetros fitotécnicos da couve e do coentro na fase vegetativa (padrão comercial), enquanto que no consórcio II, também se avaliou as populações de joaninhas, por meio de coletas semanais de adultos, em comparação com a couve em cultivo solteiro. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso com quatro repetições. O coentro não interferiu na produtividade da couve consorciada e sua introdução contribuiu positivamente para a abundância e diversidade de espécies de joaninhas. O índice de equivalência de área para o consórcio I, com referência aos rendimentos de biomassa aérea fresca, foi superior em 92% em relação ao cultivo solteiro. Este resultado demonstra a viabilidade do consórcio I, no manejo orgânico adotado, para plantios de outono nas condições edafoclimáticas da Baixada Fluminense

Gastrointestinal complaints in runners are not due to small intestinal bacterial overgrowth

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Gastrointestinal complaints are common among long distance runners. We hypothesised that small intestinal bacterial overgrowth (SIBO) is present in long distance runners frequently afflicted with gastrointestinal complaints.</p> <p>Findings</p> <p>Seven long distance runners (5 female, mean age 29.1 years) with gastrointestinal complaints during and immediately after exercise without known gastrointestinal diseases performed Glucose hydrogen breath tests for detection of SIBO one week after a lactose hydrogen breath test checking for lactose intolerance. The most frequent symptoms were diarrhea (5/7, 71%) and flatulence (6/7, 86%). The study was conducted at a laboratory.</p> <p>In none of the subjects a pathological hydrogen production was observed after the intake of glucose. Only in one athlete a pathological hydrogen production was measured after the intake of lactose suggesting lactose intolerance.</p> <p>Conclusions</p> <p>Gastrointestinal disorders in the examined long distance runners were not associated with small intestinal bacterial overgrowth.</p

Genetic parameters for faecal egg count, packed-cell volume and body-weight in Santa Inês lambs

Worm infection is one of the main factors responsible for economic losses in sheep breeding in Brazil. Random regression analysis was used to estimate genetic parameters for the factors faecal egg-count (FEC), packed-cell volume (PCV) and body weight (BW) in Santa Inês lambs. Data from 119 female, offspring of nine rams, were collected between December, 2005 and December, 2006, from the experimental flock of Embrapa Tabuleiros Costeiros, the Brazilian Agricultural Research Corporation located in Frei Paulo, SE, Brazil. After weaning, females were drenched until the faecal egg count had dropped to zero. Two natural challenges were undertaken. FEC heritability was extremely variable, this increasing from 0.04 to 0.27 in the first challenge and from 0.01 to 0.52 during the second. PCV heritability peaks were 0.31 and 0.12 in the first and second challenges, respectively. In the second challenge, BW heritability was close to 0.90. The genetic correlations among these traits did not differ from zero. There is the possibility of increasing parasite resistance in Santa Inês by selecting those animals with lower FEC. Selection to increase resistance will not adversely affect lamb-growth, although lambs with a slow growth-rate may be more susceptible to infection

Concepções de agricultores ecológicos do Paraná sobre alimentação saudável.

OBJETIVO: Descrever as concepções de agricultores ecológicos sobre alimentação saudável. MÉTODOS: Estudo com abordagem qualitativa. Entre janeiro e fevereiro de 2007, foram realizadas entrevistas em profundidade com o apoio de um roteiro com 11 mulheres e um homem residentes em comunidade agrícola de Rio Branco do Sul, PR, selecionados aleatoriamente dentre as 20 famílias de agricultores ecológicos desse município. RESULTADOS: Três categorias de análise foram identificadas: "tomada de consciência da alimentação saudável", "capacidade de compra" e "terra saudável". O significado da alimentação saudável para as mulheres agricultoras envolve a ideia de que os alimentos devem ser naturais, sem agrotóxicos nem produtos químicos industrializados. Cotidianamente o consumo de frutas, verduras e legumes somado ao básico feijão, arroz e carne deve ser abundante e a composição do prato deve visar à prevenção de obesidade e doenças crônico-degenerativas. O cuidado com os recursos naturais para garantir a produção de alimentos saudáveis, a segurança alimentar, a sustentabilidade do meio ambiente e a vida futura do planeta integram o conceito de alimentação saudável. CONCLUSÕES: O conhecimento, a autocrítica e o discernimento acompanharam as concepções em relação à alimentação saudável