COVID-19 Tanısı Alan Hastaların Bakteriyel Kültür Örneklerindeki Üremelerin ve Antibiyotik Duyarlılıklarının İncelenmesi

Amaç: Koronavirüsler, Coronaviridae ailesine ve Nidovirales takımına ait olan zarflı, pozitif polariteli, tek iplikçikli RNA virüsleridir. İnsanlara ve diğer memelilere geniş ölçüde yayılmıştır. Pandemi; bir salgının belirli bir bölgenin dışına taşarak, büyük bir nüfusu etkilemeye başlaması olarak ifade edilir. SARS-CoV-2 virüsü de 2019 yılında başlayarak günümüzde bir pandemiye sebep olmuştur. COVID-19 tanılı hastaların bu tanılarına sekonder olarak eklenen bakteriyel enfeksiyonların hastalığın prognozunu kötü etkileyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada amacımız COVID-19 tanısı almış olan hastaların klinik örneklerindeki bakteriyel üremeleri ve antibiyotik duyarlılıklarını değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 20.06.2020 – 31.12.2020 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran ve COVID-19 tanısı almış olan hastaların Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen örneklerindeki bakteriyel üremeler değerlendirildi. Bulgular: COVID-19 tanısı almış 102 hastanın, kültür örneklerinden 215’inde bakteriyel üreme saptandı. Hastaların 61’i erkek (%59,8), 41’i (%40,2) kadın hastaydı. Bu hastaların üçü <18 yaş, yedisi 18-49 yaş, 31’i 50-64 yaş, 46’sı 65-79 yaş, 15’i ? 80 yaş aralığındaydı. Üremesi olan kültürlerin %60,4’ü kan, %18,6’sı idrar, %16,7’si trakeal aspirat, %2,32’si balgam, %1,86’sı beyin omurilik sıvısı (BOS) kültürüdür. Tüm örneklerde üreyen etkenler arasında birinci sırada %43,2 ile koagülaz negatif stafilokoklar (KNS ) yer alırken, ikinci sırada %9,3 ile Klebsiella pneumoniae, üçüncü sırada %8,83 ile Escherichia coli yer almıştır. Sonuç: SARS-CoV-2 virüsünün yol açtığı COVID-19 viral enfeksiyonunun immün sistem üzerindeki etkilerinden dolayı sekonder bakteriyel enfeksiyonlara yatkınlık oluşturduğu düşünülmektedir. Şüphe duyulan hastaların sekonder bakteriyel enfeksiyon açısından değerlendirilip zamanında ve uygun tedavi verilmesi mortalite ve morbiditenin azaltılması yönünden katkı sağlayacaktır

Evaluation of Rapid Antigen Test Results and Real-time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction for the Laboratory Diagnosis of SARS-CoV-2

Introduction: Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) is the gold standard method for the diagnosis of Severe acute respiratory syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) infection. However, real-time RT-PCR is time-consuming, expensive, and requires special laboratory conditions and experienced personnel. Thus, the diagnostic importance of faster and easier-to-perform antigen-detecting rapid diagnostic tests (Ag-RDTs) has increased. With on-site application and fast turnaround time, Ag-RDTs provide quick isolation, minimizing the risk of transmission. We aimed to compare the results of the Mö-Screen Corona Antigen Test (MöLab, Langenfeld, Germany) and real-time RT-PCR. Materials and Methods: Nasopharyngeal swabs from 863 patients from January 2022 to March 2022 were included in the study. The SARS-CoV-2 antigen was assessed for using the Mö-Screen Corona Antigen Test. The SARS-CoV-2 real-time RT-PCR results were obtained within two days in 417 patients. Results: The agreeability of the real-time RT-PCR and Ag-RDT results was 96.2%. The sensitivity and specificity of Ag-RDT were 84.8% and 100%, respectively. The test sensitivity increased to 92% in specimens with Ct value <25. Conclusion: The Mö-Screen Corona Antigen Test (MöLab, Langenfeld, Germany), an Ag-RDT test with a high specificity and sensitivity, may be an alternative to real-time RT-PCR for the diagnosis of SARS-CoV-2