RNA-Sequencing Technologies for Gaining New Insights About Pediatric Cancers

RNA-SequencingTechnologies for Gaining New Insights About Pediatric Cancers</p

INTEGRATIVE ANALYSIS OF FEN1 EXPRESSION AND PROGNOSTIC IMPACT IN NEUROBLASTOMA

NTEGRATIVE ANALYSIS OF FEN1 EXPRESSION AND PROGNOSTIC IMPACT IN NEUROBLASTOMA</p

Pan-cancer Analysis of the Oncogenic Role of Sox2 in Human Tumors

&nbsp;Pan-cancer Analysis of the Oncogenic Role of Sox2 in Human Tumors.</p

G6PD AS A PROGNOSTIC BIOMAKER IN NEUROBLASTOMA BY BIOINFORMATIC ANALYSIS

G6PD AS A PROGNOSTIC BIOMAKER INNEUROBLASTOMA BY BIOINFORMATIC ANALYSIS&nbsp;</h2

The effect of SMAC mimetic on apoptotic gene expressions

The effect of SMACmimetic on apoptotic gene expressions</p

Nöroblastom Hücrelerinde Smac Mimetik Lcl-161 Uygulamasının RNA Sekanslama İle Gen Ekspresyonlarının Değerlendirilmesi

Nöroblastom Hücrelerinde Smac Mimetik Lcl-161 Uygulamasının RNASekanslama İle Gen Ekspresyonlarının Değerlendirilmesi.&nbsp;</h3

Nöroblastomda Retinoik Aside Bağlı Diferansiasyon ve Eksozom Aracılı miRNA Ekspresyonları (TPOG Adına)

Giriş:Nöroblastom, tüm çocukluk çağıkanserlerinin %8-10’unu oluşturan çocukluk çağının en sık görülenekstrakraniyal solid tümörüdür. Retinoik asid (RA) nöroblastom tedavisindekullanılan diferansiye edici ajandır. Nöroblastomun ana kemoterapötik ajanı isesisplatindir (CDDP). Eksozomlarve içerdikleri mikrornalar (miRNA) ideal bir biyobelirteç yanında tedavi ajanıolarak kullanımları da mümkündür. miRNA’lar küçük kodlamayan tek iplikliRNA’lar olup, 6-8 adet genin ekspresyonunu düzenleyen epigenetik moleküllerdir.Bu çalışmanın amacı; nöroblastomhücrelerinde diferansiasyon süreçlerinde etkili olduğu bildirilen miRNA’ların,retinoik asit, sisplatin ve retinoik asit ile sisplatin kombinasyonu ileeksozom aracılı olarak ekspresyonlarının değişip değişmediğininbelirlenmesiydi.Yöntem:İnsan SH-SY5Y nöroblastom hücrelerine RA (1uM-5gün)uygulaması ile diferansiye olmaları sağlandı. Diferansiasyon sonrasında hücrelereCDDP (20uM-24saat) eklenmesi ile RA-CDDP kombine tedavi modeli uygulandı.Kontrol, RA, CDDP ve RA-CDDP uygulanmış hücrelerden eksozomlar ve onlardan damiRNA’lar izole edildi. Hücrelerden elde edilen eksozom aracılı miRNA(miR-132-5p, miR-490-3p, miR-34a ve miR-323a-5p) ekpsresyonları RT-PCR yöntemiile çalışıldı. Sonuç:CDDP uygulaması ile hücrelerde miR-323a-5p ekspresyonukontrole göre 100 kat artış gösterirken, RA grubuna göre 9 kat ve RA-CDDPgrubuna kıyasla da 3 kat artış gösterdi. miR-323a-5p ekspresyonu RA grubundakontrole göre 5 kat, RA-CDDP grubuna göre ise 30 kat ekspresyonu arttı. RAuygulaması ile miR-34a, miR-132-5p ve miR-490-5p ekspresyonları değişmedi. CDDPve RA-CDDP grubunda miR-34a ekspresyonu kontrole göre 1 kat arttı. &nbsp;miR-490-5p ekspresyonu CDDP ile kontrolegöre değişmezken, RA-CDDP ile 7 kat artış gösterdi.Tartışma:NB hücrelerinin RAaracılı diferansiasyonu ve CDDP ile tedavide ve tek başlarına uygulamalarındada hücrelerden eksozom aracılı olarak miRNA ekspresyon düzeylerini değiştirdiğisaptandı. Çalışma sonuçları nöroblastomun tedavi süreçlerinde eksozom aracılıolarak miRNA ekspresyon değişimi yolu ile birçok hedef genin ekspresyonunun dakontrol edilebileceğine işaret etmektedir. Nöroblastomda diferansiasyonsürecinde etkili olan miRNA’ların eksozom aracılı belirlenmesi tedaviyanıtlarının değerlendirilmesi açısından kullanışlı olabilir. Kliniktenöroblastom tedavisinin uygulanması ve izleminde eksozom aracılı mikroRNA genekspresyon paternlerinin belirlenmesi özellikle epigenetik modifikasyonlarayeni bakış açısı getirebilecektir.&nbsp;</p

Pediatrik Burkitt lenfomalarda miRNA-seq ile belirlenen miRNA seviyelerinin non-invazif tanı biyobelirteç potansiyelleri

Giriş: Pediatrik Burkitt lenfoma (pBL) çocuklarda en sık gözlemlenennon-Hodgkin lenfoma türüdür. Oldukça hızlı büyüyen ve agresif karakteristiğesahip pBL’nin tanısının hızlı biçimde konulup tedaviye kısa süredebaşlanması gerekmektedir. pBL tanısının konulabilmesi için uygulananve tümör biyopsi temini içeren invazif yöntemlerin yerini alabilecek noninvaziftanı yöntemlerine ihtiyaç vardır. miRNA’ların kanser hastalarınınplazma örneklerinde yüksek ifade edilmesi durumunda non-invazif tanıyıgeliştirme potansiyelleri bulunmaktadır. pBL hasta plazmalarındaki miRNA’larınifade profilleri ve pBL tanısını geliştirme potansiyelleri öncedenincelenmemiştir. Bu çalışmada pBL hasta plazmalarında ifadesi artan dolaşımsalserbest ve ekzozomal miRNA’lar miRNA-seq ile belirlenerek miRNAseviyelerinin non-invazif (invazif olmayan) tanı biyobelirteç potansiyellerideğerlendirilmiştir.Yöntem: Tanı esnasında 17 pBL olgusuna ait tümör doku ve çevreselkan örnekleri yanı sıra kontrol grubu olarak 15 obstrüktif uyku apnesi(OSA) olgusuna ait tonsil doku ve çevresel kan örnekleri temin edildi.FFPE tümör, dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA izolasyonları uygunQiagen kitleriyle gerçekleştirildi. OSA tonsil dokularında IgD−/CD38+/CD77+ fenotipli sentroblast hücreleri FACS ile ayrıştırıldıktan sonra totalmiRNA örnekleri miRNeasy Micro Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak izoleedildi. Agilent 2100 BioAnalyzer cihazıyla miRNA örneklerinin boyutve konsantrasyonları değerlendirilerek NUGEN Ovation® SoLo RNA-SeqSystem ile miRNA-seq kütüphaneleri hazırlandı. NovaSeq 6000 yeni nesildizileme sistemi aracılığıyla tek uçlu, 50 bç uzunluğunda ve her bir miRNAörneği için ~10 milyon adet NGS okuması (İng. reads) elde edildi. Kontrolgrubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farkla ifade edilen miRNA’larmiRDeep2 programını içeren biyoinformatik iş akışı ile belirlendi. İfadesiartan miRNA’ların tanısal potansiyelleri easyROC (sürüm: 1.3.1) programıylaalıcı işletim karakteristiği (İng. receiver operating characteristic[ROC]) eğrisi altındaki alan (AUC) belirlenerek değerlendirildi. miRNA-seqsonuçlarının çapraz teyidi seçili miRNA’ların qRT-PCR deneyleri ve doğrusalregresyon analizleriyle gerçekleştirildi.Sonuçlar: pBL olgularındaki total dolaşımsal serbest miRNA konsantrasyonlarıkontrol grubu örneklere kıyasla anlamlı biçimde yüksekti. miRNAseqanalizleriyle tümör doku örneklerinde toplam 409 adet miRNA’nınifadesinin istatistiksel olarak anlamlı (log2FC&gt;1, FDR&lt;0.05) olarak arttığıbelirlendi. Plazma örneklerinde ise kontrol grubuna kıyasla 35 dolaşımsalserbest ve 128 dolaşımsal ekzozomal miRNA’nın ifadesinde artış gözlemlendi.pBL tümör dokularında ifadesi yüksek olan miRNA’ların ROC analizlerihsa-miR-143-5p, hsa-miR-654-3p, ve hsa-miR-10400-5p ifade seviyelerininpBL için tanısal biyobelirteçler olabileceğini gösterdi. pBL plazmalarındayüksek ifadeli dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA’ların tekveya entegre ROC analizleri, özellikle dolaşımsal ekzozomal miRNA’larınbazı üçlü kombinasyonlarının non-invazif tanı geliştirme potansiyeline(AUC&gt;0.9) sahip olduğunu gösterdi (Şekil 1). Seçili miRNA’lar kullanılarakgerçekleştirilen qRT-PCR deneyleriyle miRNA-seq analiz sonuçlarının hemtümör doku miRNA hem de plazma miRNA seviyeleri için büyük ölçüdeörtüştüğü gözlemlendi.Tartışma: Sonuç olarak, bu projede pediatrik Burkitt lenfomanın invazifolmayan tanısını geliştirme potansiyeli bulunan ve plazma örneklerindeifadeleri artan miRNA’lar miRNA-seq aracılığıyla belirlenmiştir. Rutin klinikdeğerlendirmelerle birlikte pBL hasta plazmalarında ifadesi artmış ekzozomalmiRNA’lar hastanelerde qRT-PCR aracılığıyla tespit edilip hızlı tanıkonmasına yardımcı olabilir.Anahtar kelimeler: Pediatrik Burkitt lenfoma, invazif olmayan tanı, dolaşımsal serbestmiRNA, dolaşımsal ekzozomal miRNA, sıvı biyopsi.</p