Structure and pathogenicity of antibodies specific for citrullinated collagen type II in experimental arthritis

Antibodies to citrulline-modifi ed proteins have a high diagnostic value in rheumatoid arthritis (RA). However, their biological role in disease development is still unclear. To obtain insight into this question, a panel of mouse monoclonal antibodies was generated against a major triple helical collagen type II (CII) epitope (position 359 – 369; ARGLTGRPGDA) with or without arginines modifi ed by citrullination. These antibodies bind cartilage and synovial tissue, and mediate arthritis in mice. Detection of citrullinated CII from RA patients ’ synovial fl uid demonstrates that cartilage-derived CII is indeed citrullinated in vivo. The structure determination of a Fab fragment of one of these antibodies in complex with a citrullinated peptide showed a surprising beta -turn conformation of the peptide and provided information on citrulline recognition. Based on these findings, we propose that autoimmunity to CII, leading to the production of antibodies specific for both native and citrullinated CII, is an important pathogenic factor in the development of RA

Recovering probabilities for nucleotide trimming processes for T cell receptor TRA and TRG V-J junctions analyzed with IMGT tools

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Nucleotides are trimmed from the ends of variable (V), diversity (D) and joining (J) genes during immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) rearrangements in B cells and T cells of the immune system. This trimming is followed by addition of nucleotides at random, forming the N regions (N for nucleotides) of the V-J and V-D-J junctions. These processes are crucial for creating diversity in the immune response since the number of trimmed nucleotides and the number of added nucleotides vary in each B or T cell. IMGT^®sequence analysis tools, IMGT/V-QUEST and IMGT/JunctionAnalysis, are able to provide detailed and accurate analysis of the final observed junction nucleotide sequences (tool "output"). However, as trimmed nucleotides can potentially be replaced by identical N region nucleotides during the process, the observed "output" represents a <it>biased </it>estimate of the "true trimming process."</p> <p>Results</p> <p>A probabilistic approach based on an analysis of the standardized tool "output" is proposed to infer the probability distribution of the "true trimmming process" and to provide plausible biological hypotheses explaining this process. We collated a benchmark dataset of TR alpha (TRA) and TR gamma (TRG) V-J rearranged sequences and junctions analysed with IMGT/V-QUEST and IMGT/JunctionAnalysis, the nucleotide sequence analysis tools from IMGT^®, the international ImMunoGeneTics information system^®, <url>http://imgt.cines.fr</url>. The standardized description of the tool output is based on the IMGT-ONTOLOGY axioms and concepts. We propose a simple first-order model that attempts to transform the observed "output" probability distribution into an estimate closer to the "true trimming process" probability distribution. We use this estimate to test the hypothesis that Poisson processes are involved in trimming. This hypothesis was not rejected at standard confidence levels for three of the four trimming processes: TRAV, TRAJ and TRGV.</p> <p>Conclusion</p> <p>By using trimming of rearranged TR genes as a benchmark, we show that a probabilistic approach, applied to IMGT^®standardized tool "outputs" opens the way to plausible hypotheses on the events involved in the "true trimming process" and eventually to an exact quantification of trimming itself. With increasing high-throughput of standardized immunogenetics data, similar probabilistic approaches will improve understanding of processes so far only characterized by the "output" of standardized tools.</p

Clonal selection in the human Vδ1 T cell repertoire indicates γδ TCR-dependent adaptive immune surveillance

γδ T cells are considered to be innate-like lymphocytes that respond rapidly to stress without clonal selection and differentiation. Here we use next-generation sequencing to probe how this paradigm relates to human Vδ2neg T cells, implicated in responses to viral infection and cancer. The prevalent Vδ1 T cell receptor (TCR) repertoire is private and initially unfocused in cord blood, typically becoming strongly focused on a few high-frequency clonotypes by adulthood. Clonal expansions have differentiated from a naive to effector phenotype associated with CD27 downregulation, retaining proliferative capacity and TCR sensitivity, displaying increased cytotoxic markers and altered homing capabilities, and remaining relatively stable over time. Contrastingly, Vδ2+ T cells express semi-invariant TCRs, which are present at birth and shared between individuals. Human Vδ1+ T cells have therefore evolved a distinct biology from the Vδ2+ subset, involving a central, personalized role for the γδ TCR in directing a highly adaptive yet unconventional form of immune surveillance

The human Vδ2⁺ T-cell compartment comprises distinct innate-like Vγ9⁺ and adaptive Vγ9^- subsets

Vδ2+ T cells form the predominant human γδ T-cell population in peripheral blood and mediate T-cell receptor (TCR)-dependent anti-microbial and anti-Tumour immunity. Here we show that the Vδ2+ compartment comprises both innate-like and adaptive subsets. Vγ9+ Vδ2+ T cells display semi-invariant TCR repertoires, featuring public Vγ9 TCR sequences equivalent in cord and adult blood. By contrast, we also identify a separate, Vγ9- Vδ2+ T-cell subset that typically has a CD27hiCCR7+CD28+IL-7Rα+ naive-like phenotype and a diverse TCR repertoire, however in response to viral infection, undergoes clonal expansion and differentiation to a CD27loCD45RA+CX3CR1+granzymeA/B+ effector phenotype. Consistent with a function in solid tissue immunosurveillance, we detect human intrahepatic Vγ9- Vδ2+ T cells featuring dominant clonal expansions and an effector phenotype. These findings redefine human γδ T-cell subsets by delineating the Vδ2+ T-cell compartment into innate-like (Vγ9+) and adaptive (Vγ9-) subsets, which have distinct functions in microbial immunosurveillance

Compression automatique ou semi-automatique de textes par élagage des constituants effaçables : une approche interactive et indépendante des corpus

This research belongs to the Natural Language Processing field and more specifically focuses on text summarization.The originality of this thesis leads in tackling a type of summarization that has not been studied much, text compression using an unsupervised method.This work presents an interactive and incremental system for syntagmatic tree pruning, while preserving the syntactic coherence and the main informational contents.On the theoretical side, this work is based on the Government and Biding theory of Noam Chomsky and more precisely on the formal representation of the X-bar theory, to aims at a strong foundation for a computational model compatible with syntactic compression of sentences.This work led to an operational software, named COLIN, which proposes two modalities: an automated compression and an assistance to summarization in a semi-automated form, directed through a tight interaction with the user.This software has been evaluated thanks to a quite complex protocol using 25 volunteers.Experiment results show that 1) the notion of reference abstract which is the basic of classical evaluation is at least questionable, 2) semi-automated compression has been given a high value by users 3) fully automated compressions also get honourable satisfaction levels.With a compression ratio of over 40% for all genres of text, COLIN offers an appreciable support as an assistance to text compression, without resorting on a learning corpus, and with a user-friendly interface.Le travail s'inscrit dans le domaine du traitement automatique du langage naturel et traite plus spécifiquement d'une application de ce dernier au résumé automatique de textes.L'originalité de la thèse consiste à s'attaquer à une variété fort peu explorée, la compression de textes, par une technique non supervisée.Ce travail propose un système incrémental et interactif d'élagage de l'arbre syntagmatique des phrases, tout en préservant la cohérence syntaxique et la conservation du contenu informationnel important.Sur le plan théorique, le travail s'appuie sur la théorie du gouvernement de Noam Chomsky et plus particulièrement sur la représentation formelle de la théorie X-barre pour aboutir à un fondement théorique important pour un modèle computationnel compatible avec la compression syntaxique de phrases.Le travail a donné lieu a un logiciel opérationnel, nommé COLIN, qui propose deux modalités : une compression automatique, et une aide au résumé sous forme semi-automatique, dirigée par l'interaction avec l'utilisateur.Le logiciel a été évalué grâce à un protocole complexe par 25 utilisateurs bénévoles.Les résultats de l'expérience montrent que 1) la notion de résumé de référence qui sert aux évaluations classiques est discutable 2) les compressions semi-automatiques ont été fortement appréciées 3) les compressions totalement automatiques ont également obtenu de bons scores de satisfaction.À un taux de compression supérieur à 40% tous genres confondus, COLIN fournit un support appréciable en tant qu'aide à la compression de textes, ne dépend d'aucun corpus d'apprentissage, et présente une interface convivial

Recherches sur les tiques (Acarina, Ixodidae), Parasites de Bovidés dans l’Ouest algérien

Des prélèvements de Tiques (Acarina, Ixodidae) ont été effectués pendant deux années sur des Bovins provenant de toute l’Oranie et rassemblés chaque semaine sur le marché d’Oran (Algérie). 5 500 Tiques ont été récoltées, réparties en 6 genres et 12 espèces. L’analyse phénologique a permis de définir 3 espèces printannières (Rhipicephalus bursa, Rh. turanicus et Rh. sanguineus), 3 espèces estivales (Hyalomma detritum, H. impeltatum et Boophilus annulatus), 3 espèces hivernales (Ixodes ricinus, Haemaphysalis punctata et Dermacentor marginatus) et 3 espèces que nous avons qualifiées de pérennes (H. marginatum, H. escavatum et H. lusitanicum). En effet, ces dernières sont présentes toute l’année sur le bétail, mais durant la période hivernale, les individus récoltés (essentiellement des mâles et quelques femelles) restent fixés sur l’hôte sans se nourrir. L’intensité du parasitisme et les proportions relatives entre espèces au niveau du bétail sont étudiées de novembre 1981 à septembre 1983. L’analyse de la répartition sur l’hôte des différentes espèces montre que les Tiques à rostre court ont une préférence marquée pour certains territoires cutanés alors que les espèces à rostre long présentent des sites de fixation plus variés. Il n’a pas été observé de phénomènes de compétition-exclusion en cas d’infestation plurispécifique d’un même territoire. La plupart des bêtes sont infestées simultanément par 2 à 4 espèces de Tiques différentes. Une première évaluation nous permet de définir 2 types d’associations qui traduisent à la fois le mode d’élevage et l’origine géographique du bétail. L’analyse statistique des associations d’espèces fera l’objet d’un travail ultérieur. Les espèces de Tiques récoltées sont les mêmes que celles signalées au Maroc. Trois d’entre elles seulement sont retrouvées en Lybie où les conditions climatiques sahariennes éliminent les espèces non xérophiles. Nos observations concernant la dynamique saisonnière sont comparées avec celles qui ont été faites dans l’Est algérien par les Chercheurs de l’institut Pasteur d’Alger avant 1961