Structural alignment using network properties

Understanding the structural means of protein function via structural comparisons have wide range of applications such as protein fold classification, protein structure modelling and design. In this thesis, a novel structural alignment algorithm based on a amino acid network model is presented. The method we present models proteins as an amino acid network, derived from contact map representation of proteins. By using this model, we obtain fast tertiary structure comparisons, and combine them with primary and secondary structure comparisons to develop an overall similarity function. The similarity function drives a dynamic programming based alignment algorithm to obtain fast and accurate structural alignments. The structural alignments obtained are used to discover functional structural subunits called domains and to discover overall structural similarity of two proteins. We compared our domain prediction results with existing domain recognition methods and saw that our method correlates well with existing methods. Our global structural alignment results are compared with CE alignments

Laboratuvardan Kliniğe Transplantasyon Pratiği

Transplantasyon; Temel Tıbbi Bilimler, Moleküler Tıp, Genetik ve İmmünolojiden klinik uygulamalardan destek alan multidisipliner bir tıp dalıdır. Temel bilimlerdeki başarılı çalışmaların kliniğe uygulanması, klinikte karşılaşılan sorunların da, oluşturulan deneysel hayvan modellerinde irdelenmesi, elde edilen bilgilerin klinik uygulamalara aktarılması; diğer deyişle tecrübelerin “Translational” özellikli olması günümüz transplantasyon çalışmalarında bir gerekliliktir. İmmün sistemin bileşenlerinin ve reaksiyonlarının iyi bilinmesi, hücreler arası ilişkilerde greftin reddi ya da kabul edilmesinin şartlarını doğru anlamak ve uygun laboratuvar yöntemleri ile klinik durumun aydınlatılması transplantasyonda stratejik önemdedir. Bu nedenle, klinik transplantasyon çalışmaları yapanlar temel bilimler bilgileri ile de donanımlı olmalıdırlar. Multidisipliner bir dal olma bilinci ile yapılan klinik transplantasyon çalışmalarında başarı yakalanmaktadır. Laboratuvardan Kliniğe Transplantasyon kitabımızda tüm yönleri ile transplantasyonun organizmaya etkileri ve bunların klinik sonuçlarını, çalışmalarımızın ışığında sunmayı ve tartışmayı hedefledik. Editör: Prof.Dr. Mesut İzzet TİTİZ Yardımcı Editör: Doç.Dr. Pınar AT

Treatment of phthiriasis palpebrarum and crab louse: Petrolatum jelly and 1% permethrin shampoo

WOS: 000215278400032PubMed ID: 26451147Phthiriasis palpebrarum is an uncommon cause of blepharoconjunctivitis in which Pthirus pubis infest the eyelashes. We report a case of unilateral phthiriasis palpebrarum with crab louse. A 45-year-old man presented with conjunctival hyperaemia and moderate itching associated with irritation, and crusty excretions of the eyelashes in the left eye. Careful slit-lamp examination revealed many lice and nits in left eye and mild conjunctival hyperaemia. No abnormality was found in the right eye. On dermatologic examination, only one louse was found at the pubic area. The patient was treated effectively with petrolatum jelly (Vaseline) and 1% permethrin shampoo (Kwellada 1% shampoo). At the end of the firstweek no louse or nitwas present on eyelashes and pubic area