Trehaloz-6-fosfat sentaz geninin buğdaydan izolasyonu ve tuz ve kuraklık stresleri altında genin ifadesinin incelenmesi

TÜBİTAK TOVAG01.06.200

Farklı Büyüme Koşullarında Büyütülen Rhodobacter Capsulatus Bakterisinde Hidrojenüretim Mekanızmasını Anlamaya Yönelik Proteom Çalışması.

Dünya enerji ihtiyacının, fosil yakıtlardan karşılanması beraberinde çevre kirliliği, küresel ısınma ve sınırlı olan rezervlerin azalması gibi problemleri getirmektedir. Bu nedenle günümüzde, sürdürülebilir, çevre dostu ve ucuz enerji kaynaklarının geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Enerji kaynağı olarak hidrojen, yanmasıyla oluşan maddenin su olması, ısıl değerinin diğer yakıtlarla karşılaştırılabilir olması nedeniyle iyi bir alternatiftir. Hidrojen üretiminde, biyolojik olarak bu kabiliyete sahip olan mikroorganizmaların kullanıldığı yöntemler çok daha çevre dostu ve ucuz alternatifler olarak görülmektedir. Bu mikroorganizmalardan biri olan Rhodobacter capsulatus, fakültatif fotosentetik mor kükürtsüz bir bakteri olup hidrojen üretimine yönelik çalışmalarda sıklıkla kullanılmaktadır. Önerilen projede, anaerobik fotofermentatif ve anaerobik karanlık koşullarda büyüyen, iki farklı metabolik aktiviteye sahip bakterilerin proteomlarının sıvı kromotografisi-kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) sistemiyle analiz edilmesi planlanmaktadır. Bu sayede hidrojen üretiminde etkili proteinler karakterize edilecektir. Proje kapsamında elde edilecek protein bilgisi veritabanlarıyla karşılaştırılacak, Rhodobacter capsulatus bakterisinin genomunun anlaşılmasına da katkıda bulunacaktır. Bu çalışmayla tespit edilen proteinler aynı zamanda hidrojen üretimini arttırmayı amaçlayacak genetik çalışmalar için bir platform oluşturarak, biyolojik yollarla hidrojen üretiminin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır. Ayrıca tanımlanmamış gen bölgelerinin kodladıkları proteinlerin tanımlanması ve fonksiyonlarının anlaşılması için de veri sağlayacaktır

Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezinde Alt Yapının Güçlendirilmesi

4.1 Amaç ve gerekçe: Bu projenin amacı ODTÜ Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji AR-GE Merkezinde mevcut olan cihazların alt yapısının güçlendirilmesi ve analiz çeşitlerinin genişletilmesidir. Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji AR-GE Merkezinde mevcut olan çihazlarla her türlü rekombinant DNA analizleri (Gen dizi analizi, gen çoğaltılması, gen ifade analizleri, GDO analizleri ), Protein saflaştırılması, karakterizasyonu, protein dizi analizi, çeşitli organik asitler, polisakkaritler, vitaminler, fenolik maddeler, gibi farklı biyo moleküllerin analizleri yapılmaktadır. Merkezimiz bu kapsamda Üniversitemiz de öğretim üyelerimiz tarafından yürütülmekte olan ulusal ve uluslarası projelere yönelik analizler, Doktora ve Y.Lisans öğrencilerinin tezleri ile ilgili test ve ölçümleri, Diger Üniversite , Kamu ve Özel Kuruluşlardan gelen analiz taleblerini uluslararası kriterlere uygun bir şekilde gercekleştirmektedir. Merkezi laboratuvarımızda mevcut alt yapının yapılan analiz isteklerindeki farklılıklardan dolayı yenilenmesi ve geliştirilmesi gerekmektedir. Buna yönelik olarak BAP 1 projesi kapsamınada 2005 yılından beri alınan yedek parca , kolon vediger sarf malzemeler ile mevcut çihazlar desteklenmiştir. Gecen sene verilmiş olan BAP1 proje bütcesi kapsamında alınmış olan Görüntü Analiz Cihazı ve Programlanabilir Gradient PCR sistemi kurulmuş ve ilgili analiz talepleri karşılanmıştır. Merkezimize 6.cı çerceve METU-CENTER projesi kapsamında alınmış olan Affymetrix Microarray çihazı ile gen ifade analizleri yapılmaktadır. Bu çihazın daha verimli çalışabilmesi için ön analiz için gerekli olan Nano Drop cihazına ihtiyac vardır. Çihaz 1μ hacımdaki bir numunenin derişimini belirlemede bile kullanılacak hassasiyette olması analizlerimize hız kazandıracaktır.Bu cihaz ile nükleik asit miktar ve kalite ölçümleri (DNA,RNA,Oligo nükleotide, PCR ürünleri, hibridizasyon probları) , mikroarray analizleri için floresan boyalarla işaretlenmiş nükleik asit miktar tayini ve kalite kontrolu.Fluoresan boya ile işaretlenmiş protein miktar tayini yapılabilmektedir. Bu cihazın ODTÜ Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji Merkezinde yürütülmekte olan analizlerin büyük bir kısmında yararlı olacaktır

Nac tipi transkripsiyon faktörleri kullanılarak abiyotik stres dirençli transgenik buğday çeşitlerinin geliştirilmesi ve elde edilen bitkilerde abiyotik stres koşullarında gen ifade profillerinin mikroarray yöntemiyle incelenmesi

TÜBİTAK TOVAG Proje01.04.201

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/LİSANSÜSTÜ TEZ PROJESİ

APTAMERLERİN MİKROKÜRE KULLANILARAK SEÇİMİ İÇİN YÖNTEM GELİŞTİRİLMES

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/LİSANSÜSTÜ TEZ PROJESİ

IŞIK SİDDETİ STRESİNİN RHODOBACTER CAPSULATUS BAKTERİSİNİN HİDROJEN ÜRETİMİ ÜZERİNE ETKİLERİNİN İNCELENMES

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/LİSANSÜSTÜ TEZ PROJESİ

MİKROALGLERDE OTOTROF VE HETERETROF ÜRETİM KOŞULLARININ OPTİMİZASYON

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/LİSANSÜSTÜ TEZ PROJESİ

NÜKLEİK ASİT TABANLI YATAY AKIŞ İMMÜNOKROMATOGRAFİK TEST PLATFORMU GELİŞTİRİLMES

ARPADA BOR TOKSİSİTESİNE TOLERANS İLE JASMONİK ASİT ARASINDAKİ İLİŞKİNİN İNCELENMESİ VE JASMONİK ASİT BİYOSENTEZ GENLERİNİN İFADE SEVİYELERİNİN ARAŞTIRILMASI

ARPADA BOR TOKSİSİTESİNE TOLERANS İLE JASMONİK ASİT ARASINDAKİ İLİŞKİNİN İNCELENMESİ VE JASMONİK ASİT BİYOSENTEZ GENLERİNİN İFADE SEVİYELERİNİN ARAŞTIRILMAS