Origen del perfil de mutaciones presente en las secuencias de SARS-CoV-2 en El Salvador

Introduction: this paper describes the mutation profile and analyzes the different mechanisms responsible for mutations in the first 6 complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients diagnosed with COVID-19. Objective: to analyze the mutation profile according to the mechanisms that give rise to the mutations present in SARS-CoV-2. Methodology: an analysis of the changes in the genome sequences of SARSCoV- 2 was performed using as reference the Wuhan sequence (NC_045512.2), once the mutations were known, we proceeded to tabulate and generate graphs of the SNPs and affected genes. The possible described mechanisms responsible for generating the mutations studied were also analyzed. Results: the analysis revealed that the mutations found have been reported worldwide, however, the sequences present greater similarity with the changes described in North America, added to this, the global analysis allowed classifying them in the GISAID GH broth, and pangolin lineage B.1.2 and B.1.370, both lineages with a high prevalence in the USA, which reinforces the hypothesis of the North American origin of the Salvadoran sequences. The pattern of changes in the SARS-CoV-2 genome in El Salvador suggests that the mutations are due to the action of APOBEC deaminase (C>T transition) and ADARs (A>G transition), to the effect of reactive oxygen species (ROS) (G>T transversion), to errors in the replication transcription complex (RTC) that escape the correction of the exonuclease activity of NSP14 and finally mutations as a result of recombination mechanisms.Introducción: en el presente trabajo se describe el perfil de mutación y se analizan los distintos mecanismos responsables de las mutaciones en las primeras 6 secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños con diagnóstico de COVID-19. Objetivo: analizar el perfil de mutaciones de acuerdo a los mecanismos que dan origen a las mutaciones presentes en SARS-CoV-2. Metodología: se realizó un análisis de los cambios en las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 utilizando como referencia la secuencia Wuhan (NC_045512.2), una vez conocidas las mutaciones, se procedió a tabular y generar gráficos de los SNPs y los genes afectados, además se analizaron los posibles mecanismos descritos responsables de generar las mutaciones estudiadas. Resultados: el análisis reveló que las mutaciones encontradas han sido reportadas a nivel mundial, sin embargo, las secuencias presentan mayor semejanza con los cambios descritos en Norteamérica, sumado a ello, el análisis global permitió clasificarlas en el caldo GISAID GH, y linaje pangolín B.1.2 y B.1.370, ambos linajes con una alta prevalencia en EUA, lo cual refuerza la hipótesis del origen norteamericano de las secuencias salvadoreñas. El patrón de cambios del genoma de SARS-CoV-2 en El Salvador, sugiere que las mutaciones son debidas a la acción de las desaminasas APOBEC (transición C>T) y ADARs (transición A>G), al efecto de especies reactivas de oxígeno (ROS) (transversión G>T), a errores propios del complejo replicación transcripción (RTC) que escapan a la corrección de la actividad exonucleasa de NSP14 y finalmente mutaciones como resultado de mecanismos de recombinació

Origen del perfil de mutaciones presente en las secuencias de SARS-CoV-2 en El Salvador

Introduction: this paper describes the mutation profile and analyzes the different mechanisms responsible for mutations in the first 6 complete sequences of the SARS-CoV-2 genome from samples of Salvadoran patients diagnosed with COVID-19. Objective: to analyze the mutation profile according to the mechanisms that give rise to the mutations present in SARS-CoV-2. Methodology: an analysis of the changes in the genome sequences of SARS- CoV-2 was performed using as reference the Wuhan sequence (NC_045512.2), once the mutations were known, we proceeded to tabulate and generate graphs of the SNPs and affected genes. The possible described mechanisms responsible for generating the mutations studied were also analyzed. Results: the analysis revealed that the mutations found have been reported worldwide, however, the sequences present greater similarity with the changes described in North America, added to this, the global analysis allowed classifying them in the GISAID GH broth, and pangolin lineage B.1.2 and B.1.370, both lineages with a high prevalence in the USA, which reinforces the hypothesis of the North American origin of the Salvadoran sequences. The pattern of changes in the SARS-CoV-2 genome in El Salvador suggests that the mutations are due to the action of APOBEC deaminase (C>T transition) and ADARs (A>G transition), to the effect of reactive oxygen species (ROS) (G>T transversion), to errors in the replication transcription complex (RTC) that escape the correction of the exonuclease activity of NSP14 and finally mutations as a result of recombination mechanisms.Introducción: en el presente trabajo se describe el perfil de mutación y se analizan los distintos mecanismos responsables de las mutaciones en las primeras 6 secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños con diagnóstico de COVID-19. Objetivo: analizar el perfil de mutaciones de acuerdo a los mecanismos que dan origen a las mutaciones presentes en SARS-CoV-2. Metodología: se realizó un análisis de los cambios en las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 utilizando como referencia la secuencia Wuhan (NC_045512.2), una vez conocidas las mutaciones, se procedió a tabular y generar gráficos de los SNPs y los genes afectados, además se analizaron los posibles mecanismos descritos responsables de generar las mutaciones estudiadas. Resultados: el análisis reveló que las mutaciones encontradas han sido reportadas a nivel mundial, sin embargo, las secuencias presentan mayor semejanza con los cambios descritos en Norteamérica, sumado a ello, el análisis global permitió clasificarlas en el caldo GISAID GH, y linaje pangolín B.1.2 y B.1.370, ambos linajes con una alta prevalencia en EUA, lo cual refuerza la hipótesis del origen norteamericano de las secuencias salvadoreñas. El patrón de cambios del genoma de SARS-CoV-2 en El Salvador, sugiere que las mutaciones son debidas a la acción de las desaminasas APOBEC (transición C>T) y ADARs (transición A>G), al efecto de especies reactivas de oxígeno (ROS) (transversión G>T), a errores propios del complejo replicación transcripción (RTC) que escapan a la corrección de la actividad exonucleasa de NSP14 y finalmente mutaciones como resultado de mecanismos de recombinación

Primeras seis secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 por NGS en El Salvador

Introduction. This work describes the first complete SARS-CoV-2 genome sequencies from samples of Salvadorean patients. Objective. To report the first six complete SARS-CoV-2 genome sequencies of six indigenous cases of COVID-19 detected in El Salvador, from nasopharyngeal discharge samples. Methodology. An NGS next generation sequencing was performed from indigenous samples in the Illumina platform MiniSeq Results. The phylogenetic analysis showed that these isolated belong to the clade 20C secondary of 20A, which have in common the S: D614G variant; the D614G mutation of the spike glycoprotein was found in the six sequencies of the SARS-CoV-2 genome. Using the GISAID platform, the sequencies were found to belong to the clade GH lineage pangolin B.1.2 y B.1.370, both present in the United States. Conclusion. The phylogenetic analysis showed that these six samples belong to clade 20C, a secondary clade of 20A, which has in common the variant of the spike glycoprotein D614G mutationIntroducción. En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de casos procedentes de El Salvador. Metodología. Se realizó una secuenciación masiva en la plataforma MiniSeq Illumina a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Resultados. El análisis filogenético determinó que estas muestras pertenecen al clado 20C secundario de 20A que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícula. La mutación S: D614G fue encontrada en las seis secuencias de SARSCoV- 2. En la plataforma GISAID, las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370; ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. El análisis filogenético evidenció que estas seis muestras pertenecen al clado 20C, clado secundario de 20A, que tiene en común la variante de la mutación D614G de la glicoproteína espícul

Muestra de saliva para diagnóstico de SARSCoV- 2 por RT-qPCR en población ambulatoria

Introduction. Currently, the detection of SARS-CoV-2 cases in El Salvador has been carried out through RT-PCR by the nasopharyngeal swab sample. Researchers had described the saliva as a biological sample useful for detection of SARS- Cov-2, therefore an opportunity to use it as a feasible alternative for diagnostic. Objective. To evaluate the self-supplied sample of saliva and nasopharyngeal secretion by non-hospitalized patients as an alternative of lower biological risk and less expensive to nasopharyngeal swab for the diagnosis of SARS-CoV-2. Methodology. Patient samples that met the inclusion criteria were processed, amplification was carried out by two protocols already standardized by RT-qPCR of the E and RdRp genes, two of the positive samples by New Generation Sequencing (NSG) for confirmation diagnosis. Positive samples were re-evaluated from their extraction and amplification at the first, second, and fifth months after diagnosis to evaluate the stability of the SARS-CoV-2 genetic material in saliva and nasopharyngeal secretion. Results. The average of positives per 100 tests in El Salvador in the month of November 2020 was approximately 7,05 for every 100 COVID-19 tests performed with swabs, this result is similar to the 8% positivity during the same month of the present study, using as sample a mixture of saliva and pharyngeal secretion self-taken by the patient. The eight positive samples maintained their positivity for the E and RdRp genes at the first, third, and fifth months after the initial diagnosis for both protocols. Similarly, the initial positive Ribonucleic Acid (RNA) eluates remained positive at the first, third, and fifth months. Conclusion. The sample of saliva and pharyngeal secretion and its use for the diagnosis of infection by SARS-CoV-2 could be a low-cost, non-invasive alternative with the same utility as the nasopharyngeal swab for the study of the symptomatic outpatient population or with a community level exposure. Likewise, it could be used for mass screening or sentinel surveillance in settings with limited resourcesIntroducción. En El Salvador a la fecha, la técnica utilizada por el sistema nacional de salud para la obtención de la muestra para realizar PCR para SARS-CoV-2 es hisopado nasofaríngeo, diferentes investigadores han descrito la muestra de saliva como una muestra biológica útil para la detección de SARS-Cov-2, por esta razón se observa la oportunidad de aplicarla como una alternativa disponible para el diagnóstico de esta enfermedad. Objetivo. Evaluar la autotoma de muestra de saliva y secreción nasofaríngea por pacientes no hospitalizados como una alternativa de menor riesgo biológico y de menor costo que los hisopados nasofaríngeos convencionales. Metodología. Se procesaron las muestras de una mezcla de saliva y secreción faríngea obtenida por carraspeo autotomada por el paciente; la amplificación se realizó por RT-qPCR de los genes E y RdRp. Las muestras positivas se reevaluaron desde su extracción para confirmar la estabilidad de material genético de SARS-CoV-2 en la saliva y secreción nasofaríngea. Resultados. El promedio de resultados positivos fue de 7,05 por cada 100 pruebas COVID-19 realizadas con hisopado, este resultado es similar al 8 % de positividad durante el mismo período de estudio utilizando como muestra saliva y secreción faríngea autotomada por el paciente. Las ocho muestras positivas mantuvieron su reactividad para los genes E y RdRp al primer, tercer y quinto mes posdiagnóstico inicial para los dos protocolos utilizados. De igual forma, los eluidos de ARN positivos iniciales se mantuvieron positivos al primer, tercer y quinto mes. Conclusión. La muestra de saliva y secreción faríngea y su utilización para el diagnóstico de infección por SARS- CoV-2 podría ser una alternativa de bajo costo, no invasiva, al menos de igual utilidad que el hisopado nasofaríngeo para el estudio de población sintomática ambulatoria o con exposición a nivel comunitari

Análisis de la mutación D614G en secuencia del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador

Introduction. The genome sequencing of indigenous samples of SARS-Cov-2 was carry out in October 2020. Objective. To analyze in silico the detected mutation in the isolated sequencies in El Salvador. Methodology. The sequencies were analyzed using the SOPHiA-DDM-V5.7.10 bioinformatic platform; the platform Nexclade beta v0.8.1 was used for the determination of variants due to missense mutation; the indigenous protein S (D614: PDB ID: 6VXX), was visualized and compared as well as the one from the mutant variant (D614G: PDB ID: 6XS6); Pymol-v1.7.2.3. was used in modeling and imaging generation of the proteins’ molecular details. Results. The analysis of the wild protein S crystals and the mutant ones, show differences at molecular level, including the loss of interactions between the residue G614 of the S1 domain and the threonine 859 of the S2 domain, favoring in such manner, the open configuration of the protein S, which is necessary for the interaction between S with the ACE2 receptor. Conclusion. The global dominance of the D614G and the bioinformatic and laboratory evidences published up to date, show a possible higher infectivity and transmissibility conferred by the variant D614G detected in the sequence of SARS-Cov-2 in El SalvadorIntroducción. El 18 de marzo se reporta el primer caso de infección por SARS- CoV-2 confirmado en El Salvador y durante el mes de octubre de 2020 se logra secuenciar el genoma de SARS-CoV-2 a partir de muestras obtenidas en el país. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones detectadas en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se utilizó la plataforma SOPHiA-DDM-V5.7.10., para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo. Se utilizó la plataforma Nexclade beta v0.8.1.; se visualizó y comparó la proteína S silvestre (D614: PDB ID: 6VXX) y de la variante mutada (D614G: PDB ID: 6XS6). Para el modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3. Resultados. Los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular, incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2. Conclusión. Los hallazgos confirman el predominio de la variante D614G en este grupo de secuencias, lo cual probablemente favorece su transmisibilidad, que puede explicarse por la configuración de los sitios de unión con receptor ACE2. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad

Design characteristics, risk of bias, and reporting of randomised controlled trials supporting approvals of cancer drugs by European Medicines Agency, 2014-16: cross-sectional analysis

Objective To examine the design characteristics, risk of bias, and reporting adequacy of pivotal randomised controlled trials of cancer drugs approved by the European Medicines Agency (EMA). Design Cross sectional analysis. Setting European regulatory documents, clinical trial registry records, protocols, journal publications, and supplementary appendices. Eligibility criteria Pivotal randomised controlled trials of new cancer drugs approved by the EMA between 2014 and 2016. Main outcome measures Study design characteristics (randomisation, comparators, and endpoints); risk of bias using the revised Cochrane tool (bias arising from the randomisation process, deviations from intended interventions, missing outcome data, measurement of the outcome, and selection of the reported result); and reporting adequacy (completeness and consistency of information in trial protocols, publications, supplementary appendices, clinical trial registry records, and regulatory documents). Results Between 2014 and 2016, the EMA approved 32 new cancer drugs on the basis of 54 pivotal studies. Of these, 41 (76%) were randomised controlled trials and 13 (24%) were either non-randomised studies or single arm studies. 39/41 randomised controlled trials had available publications and were included in our study. Only 10 randomised controlled trials (26%) measured overall survival as either a primary or coprimary endpoint, with the remaining trials evaluating surrogate measures such as progression free survival and response rates. Overall, 19 randomised controlled trials (49%) were judged to be at high risk of bias for their primary outcome. Concerns about missing outcome data (n=10) and measurement of the outcome (n=7) were the most common domains leading to high risk of bias judgments. Fewer randomised controlled trials that evaluated overall survival as the primary endpoint were at high risk of bias than those that evaluated surrogate efficacy endpoints (2/10 (20%) v 16/29 (55%), respectively). When information available in regulatory documents and the scientific literature was considered separately, overall risk of bias judgments differed for eight randomised controlled trials (21%), which reflects reporting inadequacies in both sources of information. Regulators identified additional deficits beyond the domains captured in risk of bias assessments for 10 drugs (31%). These deficits included magnitude of clinical benefit, inappropriate comparators, and non-preferred study endpoints, which were not disclosed as limitations in scientific publications. Conclusions Most pivotal studies forming the basis of EMA approval of new cancer drugs between 2014 and 2016 were randomised controlled trials. However, almost half of these were judged to be at high risk of bias based on their design, conduct, or analysis, some of which might be unavoidable because of the complexity of cancer trials. Regulatory documents and the scientific literature had gaps in their reporting. Journal publications did not acknowledge the key limitations of the available evidence identified in regulatory documents

Un llamado ético a la inclusión de mujeres embarazadas en investigación: Reflexiones del Foro Global de Bioética en Investigación

El Foro Global de Bioética en Investigación (GFBR por sus siglas en inglés) se reunió el 3 y 4 de noviembre en Buenos Aires, Argentina, con el objetivo de discutir la ética de la investigación con mujeres embarazadas. El GFBR es una plataforma mundial que congrega a actores clave con el objetivo de promover la investigación realizada de manera ética, fortalecer la ética de la investigación en salud, particularmente en países de ingresos bajos y medios, y promover colaboración entre países del norte y del sur.a Los participantes en el GFBR provenientes de Latinoamérica incluyeron a eticistas, investigadores, miembros de comités de ética y representantes de autoridades sanitarias provenientes de Argentina, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, Panamá, Perú, Nicaragua y la República Dominicana. Una legítima preocupación por la protección de las mujeres embarazadas y sus embriones o fetos ha llevado a la mayoría de los países de la Región de las Américas a limitar la realización de estudios con mujeres embarazadas exclusivamente a aquellos estudios específicos sobre el embarazo, y a requerir la exclusión sistemática de las mujeres embarazadas o de las mujeres que quedan embarazadas en el curso del estudio. Ciertamente, a lo largo de la historia de la ética de la investigación, se ha creído erróneamente que proteger a una población es sinónimo de excluirla de los estudios. Se sabe ahora que proceder así implica exponer a riesgos mucho mayores a la población que se busca proteger. El embarazo implica cambios fisiológicos sustantivos e impacta profundamente la manera como el cuerpo metaboliza los medicamentos. Sin embargo, por evitar hacer investigación con mujeres embarazadas, no se ha producido la evidencia científica necesaria para tomar decisiones sobre tratamientos e intervenciones preventivas con dosis eficaces y seguras para ellas y sus embriones o fetos. A manera de ilustración, en el 2001 había en los Estados Unidos apenas más de una docena de medicamentos aprobados para uso en el embarazo (1) y en el 2011 la Food and Drug Administration (FDA) aprobó por primera vez en 15 años un medicamento para su uso en el embarazo (2). Como consecuencia de no haber producido la evidencia necesaria, se pone en riesgo la salud de las mujeres embarazadas cada vez que se les da atención médica. Las mujeres embarazadas se enferman y las mujeres enfermas se embarazan, y no se sabe si los medicamentos que se les da son eficaces o siquiera seguros para ellas y sus embriones o fetos