Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Genome median and genome halving are combinatorial optimization problems that aim at reconstructing ancestral genomes as well as the evolutionary events leading from the ancestor to extant species. Exploring complexity issues is a first step towards devising efficient algorithms. The complexity of the median problem for unichromosomal genomes (permutations) has been settled for both the breakpoint distance and the reversal distance. Although the multichromosomal case has often been assumed to be a simple generalization of the unichromosomal case, it is also a relaxation so that complexity in this context does not follow from existing results, and is open for all distances.</p> <p>Results</p> <p>We settle here the complexity of several genome median and halving problems, including a surprising polynomial result for the breakpoint median and guided halving problems in genomes with circular and linear chromosomes, showing that the multichromosomal problem is actually easier than the unichromosomal problem. Still other variants of these problems are NP-complete, including the DCJ double distance problem, previously mentioned as an open question. We list the remaining open problems.</p> <p>Conclusion</p> <p>This theoretical study clears up a wide swathe of the algorithmical study of genome rearrangements with multiple multichromosomal genomes.</p

Burden of paediatric Rotavirus Gastroenteritis (RVGE) and potential benefits of a universal Rotavirus vaccination programme with a pentavalent vaccine in Spain

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Rotavirus is the most common cause of gastroenteritis in young children worldwide. The aim of the study was to assess the health outcomes and the economic impact of a universal rotavirus vaccination programme with RotaTeq, the pentavalent rotavirus vaccine, versus no vaccination programme in Spain.</p> <p>Methods</p> <p>A birth cohort was followed up to the age of 5 using a cohort model. Epidemiological parameters were taken from the REVEAL study (a prospective epidemiological study conducted in Spain, 2004-2005) and from the literature. Direct and indirect costs were assessed from the national healthcare payer and societal perspectives by combining health care resource utilisation collected in REVEAL study and unit costs from official sources. RotaTeq per protocol efficacy data was taken from a large worldwide rotavirus clinical trial (70,000 children). Health outcomes included home care cases, General Practioner (GP)/Paediatrician, emergency department visits, hospitalisations and nosocomial infections.</p> <p>Results</p> <p>The model estimates that the introduction of a universal rotavirus vaccination programme with RotaTeq (90% coverage rate) would reduce the rotavirus gastroenteritis (RVGE) burden by 75% in Spain; 53,692 home care cases, 35,187 GP/Paediatrician visits, 34,287 emergency department visits, 10,987 hospitalisations and 2,053 nosocomial infections would be avoided. The introduction of RotaTeq would avoid about 76% of RVGE-related costs from both perspectives: €22 million from the national health system perspective and €38 million from the societal perspective.</p> <p>Conclusions</p> <p>A rotavirus vaccination programme with RotaTeq would reduce significantly the important medical and economic burden of RVGE in Spain.</p

Direct Observation of Single Amyloid-β(1-40) Oligomers on Live Cells: Binding and Growth at Physiological Concentrations

Understanding how amyloid-β peptide interacts with living cells on a molecular level is critical to development of targeted treatments for Alzheimer's disease. Evidence that oligomeric Aβ interacts with neuronal cell membranes has been provided, but the mechanism by which membrane binding occurs and the exact stoichiometry of the neurotoxic aggregates remain elusive. Physiologically relevant experimentation is hindered by the high Aβ concentrations required for most biochemical analyses, the metastable nature of Aβ aggregates, and the complex variety of Aβ species present under physiological conditions. Here we use single molecule microscopy to overcome these challenges, presenting direct optical evidence that small Aβ(1-40) oligomers bind to living neuroblastoma cells at physiological Aβ concentrations. Single particle fluorescence intensity measurements indicate that cell-bound Aβ species range in size from monomers to hexamers and greater, with the majority of bound oligomers falling in the dimer-to-tetramer range. Furthermore, while low-molecular weight oligomeric species do form in solution, the membrane-bound oligomer size distribution is shifted towards larger aggregates, indicating either that bound Aβ oligomers can rapidly increase in size or that these oligomers cluster at specific sites on the membrane. Calcium indicator studies demonstrate that small oligomer binding at physiological concentrations induces only mild, sporadic calcium leakage. These findings support the hypothesis that small oligomers are the primary Aβ species that interact with neurons at physiological concentrations

Fructan and its relationship to abiotic stress tolerance in plants

Numerous studies have been published that attempted to correlate fructan concentrations with freezing and drought tolerance. Studies investigating the effect of fructan on liposomes indicated that a direct interaction between membranes and fructan was possible. This new area of research began to move fructan and its association with stress beyond mere correlation by confirming that fructan has the capacity to stabilize membranes during drying by inserting at least part of the polysaccharide into the lipid headgroup region of the membrane. This helps prevent leakage when water is removed from the system either during freezing or drought. When plants were transformed with the ability to synthesize fructan, a concomitant increase in drought and/or freezing tolerance was confirmed. These experiments indicate that besides an indirect effect of supplying tissues with hexose sugars, fructan has a direct protective effect that can be demonstrated by both model systems and genetic transformation

A avaliação da Qualidade de Vida no Doente Asmático

RESUMO: A avaliarção da Qualidade de Vida (QV) do doente respiratório crónico, tem suscitado um interesse cresceote nos últimos anos. O conceito de QV é complexo, sendo, segundo o grupo de trabalho da OMS sobre este tema: â⦠influenciado pelo estado de saúde fisico, psicológico, o grau de independência, a inserrção social e as relarções com os constituintes essenciais do meio ambienteâ. Neste trabalho, os autores abordam a importância e o lugar da avaliação da QV no estudo do doente com asma brônquica e analisam OS diferéntes métodos de avaliação disponíveis.Tal como as outras doenças respiratórias crónicas, a asma tem repercussões na qualidade de vida dos doentes. Como resposta, o.doente asmàtico pode desenvolver mecanismos de adaptação complexos, ex: diminuir o seu nível de actividade funcional (fenómeno de ânormalidade ajustadaâ) em que ao fim de certo tempo, a incapacidade para a realização de certas actividades fisicas é assumido pelo doente como ânormalâ. A avaliação da qualidade de vida deve, nestes casos, ser capaz de evidenciar a real limitação da actividade do doente.Os factores exteriores (ex: elirna), também exercem uma influência determinante sobre o doente asmátìco. Em resposta a estes, o doente pode limitar a sua actividadc (ex: evitar ambientcs enfumarados ou evitar o exercicio ao ar livre nos dias frios) ou pode alterar o meio ambientc (ex: medidas de evicção dos ácaros).A asma brônquica afecta três domínios da vida do indivíduo: Físico, Psíquico e Social. Como resultado, a avaliarção da QV do doente asmático é um estudo pluridimensional e deve ser encarada como complementar dos restantes indicadores habitualmente empregues no estudo da asma (estudo funcional respiratório, análiscs, âscoresâ clinicos, etc.). Além disso, acrescenta um dado novo: fornecer a perspectiva do doente sobre a sua qualidade de vida e não a perspectiva do médico ou técnico, permitindo, em estudos clínicos que comparam duas alternativas terapêuticas, substituir as eventuais diferenças âestatisticamente significativasâ por diferenças âclinicamente significativasâ para os doentes.Os instrumentos utilizados devem ser válidos - exprimindo com exactidão a força de ligação entre o impacto da asma sobre o indivíduo e o conceito que o pretende exprimir e fiáveis ou reprodutiveis - permitindo repetir a avaliarção com um mínimo de variabilidade nos seus resultados.Os autores descrevem as características dos questionàrios genéricos, ex: NHP - Notthingham Health Profile (Hunt), SF36 -Short Form 36 (Ware) e dos questionários específicos de doença respiratória, ex: para a asma e doença pulmonar obstrutiva crónica: SGRQ â Questionário Respiratório do Hospital St George (Jones), para a asma: AQLQ- Questionário da QV na asma (Juniper), LWAQ - Viver com a sua asma (Hyland), entre outros e concluem que, para melhor apreendcr a situação clinica dos doentes, será necessário empregar frequentemente diferentes questionários. seleccionando com este objcctivo o questionário SF36 eo questionário AQLQ. COMENTÃRIOS: O estudo do impacto das doenças e suas terapêuticas sobre a saúde e o bern estar do doente, tern sido objecto de grande interesse nos ultimos anos. Apesar de serem vários os conceitos de qualidade de vida, o que ressalta de mais importante é o conceito de percepção de saúde pelo próprio indivíduo (subjectividade), em função de variáveis fisicas, funcionais e psicológicas (1).A escolha dos questionários de QV a adoptar deverá recair sobre a sua validação, de acordo com a patologia a estudar e a sua sensibilidade, reproductibilidade e fiabilidade (2).A avaliação da qualidade de vida no doente respiratório tem muitas aplicações, sendo exemplos, a comparação da eficácia entre duas altemativas terapêuticas, ex: comparação entre o efeito do salmeterol e do salbutamol na QV do doente asmatico (3); a avaliação de factores predictivos do sucesso operatório nacirurgia de redução de volwne pulmonar (4); a relação entre a força muscular periférica e a QV em doentes com lirnitação crónica do débito aéreo (5).No nosso país, em reunião da Comissão de Trabalho de Reabilitação Respiratória da Sociedade Portuguesa de Pneumologia, foi decidido adoptar-se o Questionário Respiratório do Hospital de St George nas situações de Asma e Bronquite Crónica e o Notthingham Health Profile, como complemento deste, noutras patologias respiratórias.Estes questionários foram já traduzidos para a lingua portuguesa(l) e encontram-se em fase de validação para aplicação no nosso pais. Palavras-chave: Asma, Qualidade de Vid