The role of glucagon-like peptide 1-receptor gene in type 2 diabetes

WSTĘP. Celem badania było poszukiwanie związku między polimorfizmami Gly168Ser i Leu260Phe genu receptora glukagonopodobnego peptydu-1 z cukrzycą typu 2 w populacji polskiej. MATERIAŁ I METODY. Analizowano materiał genetyczny 462 chorych na cukrzycę typu 2 i 428 zdrowych ochotników. Genotypowanie polimorfizmów wykonywano, namnażając odpowiednie fragmenty DNA za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy, tnąc namnożone fragmenty enzymami restrykcyjnymi i uwidaczniając produkty cięcia na żelu agarozowym z dodatkiem bromku etydyny. Analiza statystyczna obejmowała test χ2 dla zbadania zależności genotypów z chorobą i regresję logistyczną dla zbadania zależności haplotypów z chorobą. WYNIKI. Częstość homozygot Ser/Ser była znamiennie wyższa w grupie chorych na cukrzycę (15,7%) niż w grupie kontrolnej (9,8%), p = 0,03. Iloraz szans rozwoju cukrzycy u tych pacjentów wskazywał na niemal 2-krotnie wyższe ryzyko niż u pacjentów niebędących homozygotami Ser/Ser. Polimorfizm w popozycji 260 oraz haplotypy utworzone przez dwa badane polimorfizmy nie były związane z występowaniem cukrzycy typu 2. WNIOSKI. Wyniki badania sugerują, że polimorfizm Gly168Ser jest potencjalnym czynnikiem ryzyka cukrzycy typu 2 w populacji polskiej. Obserwacja ta wymaga potwierdzenia w innych grupach etnicznych.INTRODUCTION. The aim of the study was to search for the association between Gly168Ser and Leu260Phe amino acid variants of the glucagon-like peptide 1 receptor gene and type 2 diabetes in a Polish population. METHODS. 462 patients with type 2 diabetes and 428 healthy volunteers were genotyped by restriction fragments length polymorphism method after amplification of examined genome fragment by polymerase chain reaction technique. The digestion products were separated and visualized by electrophoresis on agarose gel containing ethidium bromide. Statistical analysis involved chi-square test for genotype-phenotype association and logistic regression for association of phenotype with haplotypes. RESULTS. Ser/Ser homozygotes frequency in diabetic patients group was significantly higher than in control group (15.7% vs. 9.8%, p = 0,03). Odds ratio of having type 2 diabetes in Ser/Ser carriers group versus other genotype carriers showed almost two fold risk increase associated with this genotype. Polymorphism in 260 amino acid position and haplotypes of the analyzed polymorphisms were not associated with type 2 diabetes. CONCLUSIONS. The results of the study suggest that polymorphism Gly168Ser may be potentially a risk factor of the type 2 diabetes in Polish population. This observation should be evaluated in other ethnic groups

Mitochondrial GWAS and association of nuclear – mitochondrial epistasis with BMI in T1DM patients

Abstract Background BMI is a strong indicator of complications from type I diabetes, especially under intensive treatment. Methods We have genotyped 435 type 1 diabetics using Illumina Infinium Omni Express Exome-8 v1.4 arrays and performed mitoGWAS on BMI. We identified additive interactions between mitochondrial and nuclear variants in genes associated with mitochondrial functioning MitoCarta2.0 and confirmed and refined the results on external cohorts: the Framingham Heart Study (FHS) and GTEx data. Linear mixed model analysis was performed using the GENESIS package in R/Bioconductor. Results We find a borderline significant association between the mitochondrial variant rs28357980, localized to MT-ND2, and BMI (β = − 0.69, p = 0.056). This BMI association was confirmed on 1889 patients from FHS cohort (β = − 0.312, p = 0.047). Next, we searched for additive interactions between mitochondrial and nuclear variants. MT-ND2 variants interacted with variants in the genes SIRT3, ATP5B, CYCS, TFB2M and POLRMT. TFB2M is a mitochondrial transcription factor and together with TFAM creates a transcription promoter complex for the mitochondrial polymerase POLRMT. We have found an interaction between rs3021088 in MT-ND2 and rs6701836 in TFB2M leading to BMI decrease (inter_pval = 0.0241), while interaction of rs3021088 in MT-ND2 and rs41542013 in POLRMT led to BMI increase (inter_pval = 0.0004). The influence of these interactions on BMI was confirmed in external cohorts. Conclusions Here, we have shown that variants in the mitochondrial genome as well as additive interactions between mitochondrial and nuclear SNPs influence BMI in T1DM and general cohorts.http://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/173678/1/12920_2020_Article_752.pd