Diversity of picornaviruses detected in diarrheal samples from children in Belém, Brazilian Amazon (1982-2019)

Universidade do Estado do Pará. Programa de Pós-graduação em Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Bioinformática. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Vírus Gastroentéricos. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Programa de Pós-graduação em Medicina Tropical. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Enterovírus. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Vírus Gastroentéricos. Ananindeua, PA, Brasil.In this investigation, fecal specimens from children with diarrhea were collected from four community studies conducted between 1982 and 2019 in Belém, Brazilian Amazon. A total of 234 samples were tested by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) to detect infections by picornaviruses of the Enterovirus (EV), Parechovirus (HPeV), Cosavirus (HCoSV), Kobuvirus (Aichivirus - AiV) and Salivirus (SalV) genera. The positive samples were subjected to different amplification protocols of the VP1 region of the genome, such as nested PCR or snPCR, and were subsequently genotyped by sequencing VP1 and VP3 of the viral genome. Positivity was observed in 76.5% (179/234) of the samples tested using RT-qPCR for at least one virus, and co-infection was observed in 37.4% (67/179) of the cases. EV was detected in 50.8% (119/234), HPeV in 29.9% (70/234), HCoSV in 27.3% (64/234), and AiV/SalV in 2.1% (5/234) of the specimens tested by RT-qPCR. Using nested PCR and/or snPCR techniques, the positivity rates were 94.11% (112/119) for EV, 72.85% (51/70) for HPeV, and 20.31% (13/64) for HCoSV. It was not possible to amplify the samples that were positive for AiV/SalV. Sequencing revealed 67.2% (80/119) EV, 51.4% (36/70) HPeV, and 20.31% (13/64) HCoSV. Forty-five different types of EV were found among species A, B, and C; HCoSV identified five species, including a possible recombinant strain; all HPeV were identified as belonging to species A, in two samples a possible recombination involving three different strains was verified. This study demonstrated the high circulation and diversity of different types of picornaviruses in fecal samples, including those collected more than 30 years ago. This endorsed the evaluation of important points in the epidemiology of these viruses, such as the presence of co-infection and the possibility of knowing more about these agents, considering that some were recently described; therefore, their detection in older samples can provide more data about their ancestry

DIVERSIDADE GENÉTICA DAS CEPAS DE VÍRUS INFLUENZA A CIRCULANTES NA REGIÃO AMAZÔNICA NOS ANOS DE 2021 A 2023: UMA ANÁLISE DA COMPATIBILIDADE VACINAL

Introdução/Objetivo: Anualmente a Organização Mundial da Saúde (OMS), verifica a necessidade de atualização da composição da vacina antigripal, devido à alta variabilidade dos vírus influenza, baseando-se nos dados capitados pela Rede Global de Vigilância de Influenza. Nesse contexto, objetivamos por meio da caracterização genética, investigar compatibilidade das cepas de vírus influenza A circulantes na região Amazônica no período de janeiro de 2021 a maio de 2023 com as cepas vacinais preconizadas neste período. Metodologia: Foram selecionadas 354 amostras positivas, de modo que houvesse representatividade geográfica e temporal, para realização do sequenciamento de genoma completo por amplicons utilizando a plataforma MiSeq illumina. As sequências de nucleotídeos obtidas foram comparadas com as sequencias das cepas vacinais preconizadas para os Hemisférios Norte e Sul dos anos de 2021-2023. Resultados: Dentre os 354 genomas de influenza A analisados, 194 (55%) foram do subtipo A/H1N1pdm09 e 160 (45%) A/H3N2. Quanto as cepas de A/H3N2, 76 (47,5%) foram coletados em 2021, 82 (51,25%) em 2022 e duas (1,25%) em 2023. A análise filogenética mostrou que os genomas de A/H3N2 pertenciam a cinco clados distintos, são eles: 2a.1b (n = 1); 2a.2a (n = 5); 2a.3 (n = 18); 2a.2b (n = 20); e 2a.2 (n = 116). Todos geneticamente divergentes da cepa vacinal A/HongKong/2671/2019 preconizada para a temporada de 2021, mas geneticamente compatível com a cepa vacinal A/Darwin/6/2021-like, estabelecida para as temporadas de 2022 e 2023 do hemisfério sul. Em relação as cepas de A(H1N1)pdm09, 182 (94%) foram coletadas no ano de 2023 e 12 (6%) em 2022. No período analisado, observou-se a co-circulação do clado 6B.1A.5a.2a (n = 112) e clado 6B.1A.5a.2a.1 (n = 82). A maioria das cepas circulantes (72,7%) em 2022 eram geneticamente relacionadas com a cepa vacinal A/Victoria/2570/2019 preconizada para a temporada de 2022 do hemisfério Sul. Até maio de 2023, 60% dos vírus circulantes são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Sydney/5/2021 disponível para o hemisfério sul, porém 40% são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Wisconsin/588/2019, estabelecida para a temporada 2022/2023 do hemisfério Norte. Conclusão: Como consequência da alta variabilidade genética dos vírus influenza, os eventos de incompatibilidade entre a vacina e os vírus circulantes são observados e podem contribuir para uma carga adicional relacionada à doença devido à limitada proteção cruzada

DETECÇÃO E CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DE VÍRUS SINCICIAL RESPIRATÓRIO HUMANO EM CASOS DE INFECÇÃO RESPIRATÓRIA AGUDA NO ESTADO DO AMAPÁ, BRASIL, DURANTE O ANO DE 2023

Introdução/Objetivos: As infecções respiratórias agudas (IRA) constituem um importante problema em saúde pública, especialmente aquelas desencadeadas pelo Vírus Sincicial Respiratório (VSR), um dos principais agentes virais associados à doença grave na população pediátrica em todo o mundo. O VSR pertence à família Pneumoviridae, gênero Orthopneumovirus e baseado em suas características antigênicas é classificado em dois subgrupos, VSRA e VSRB. Deste modo, este estudo objetivou identificar o subgrupo mais frequente e caracterizar geneticamente cepas de VSR em amostras oriundas de um surto de IRA, em pacientes de zero a dois anos de idade, ocorrido no Estado do Amapá, no período de março a maio de 2023. Métodos: Para tal, o Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amapá enviou 188 amostras de secreção respiratória para a pesquisa de etiologia viral ao Laboratório de Vírus Respiratórios do Instituto Evandro Chagas (LVR-IEC), Laboratório de Referência junto a Rede Nacional de Vigilância de Influenza e outros vírus respiratórios do Ministério da Saúde. A análise das amostras envolveu a extração do ácido nucleico viral utilizando kit comercial, detecção e definição do subgrupo de VSR por Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em tempo real precedida de Transcrição Reversa (RT-qPCR) e sequenciamento do genoma completo pela abordagem de metagenômica shotgun, na plataforma NextSeq 500 Illumina. Resultados: Das 188 amostras analisadas, 96 (51,06%) foram positivas para VSR, destas 61 (63,54%) pertencem ao subgrupo A e 16 (16,66%) ao B, em 19 amostras não foi possível identificar o subgrupo. O sequenciamento genômico foi realizado em duas cepas do subgrupo A e quatro do B. A análise genômica demonstrou que as cepas de VSRA agruparam no clado GA2.3.5 e as do subgrupo VSRB no clado GB5.0.5a. Conclusão: Nossos dados corroboram o importante papel do VSR na indução de IRA em pacientes pediátricos, com o VSRA sendo predominante na população investigada. A análise genética não evidenciou mudanças que possam conferir maior virulência, patogenicidade e/ou transmissibilidade das cepas detectadas no Amapá. Acredita-se que as medidas de proteção adotadas durante a pandemia de COVID-19 afetaram a circulação de outros vírus respiratórios, como o VSR, criando, desta forma, grupos suscetíveis à infecção. Nossos dados reforçam a importância do monitoramento constante do VSR, para auxiliar no melhor manejo clínico e controle de infecções por esse patógeno em crianças

PERFIL ETIOLÓGICO DAS INFECÇÕES RESPIRATÓRIAS AGUDAS (IRA) OCORRIDAS NO ESTADO DO ACRE

Introdução: As infecções respiratórias agudas (IRAs) são um grupo diversificado de doenças infecciosas, que acometem o trato respiratório de crianças e adultos pelo mundo, sendo os agentes etiológicos mais comuns os vírus. Apresentam sintomas muitos semelhantes, dificultando o diagnóstico clínico correto, o que evidencia a grande importância do diagnóstico laboratorial. Objetivo: Descrever o perfil etiológico dos casos de IRA ocorridos no estado do Acre, no período de janeiro de 2022 a maio de 2023 Materiais e métodos: Foram analisados 1207 espécimes clínicos (swab combinado ou aspirado de nasofaringe), coletados de pacientes com IRA de ambos os gêneros e diferentes faixas etárias. As amostras foram submetidas a extração de ácido viral nucléico viral utilizando kit comercial. O RNA viral foi analisado por reação em cadeia da polimerase em tempo real precedida de transcrição reversa (RT-qPCR) utilizando iniciadores específicos para 14 vírus diferentes, são eles: Adenovírus (AdV), Bocavírus (HBoV), Metapneumovirus (HMPV), Rinovírus (HRV), Parainfluenza 1 (PIV1), Parainfluenza 2 (PIV2), Parainfluenza 3 (PIV3), Coronavírus HKU1, Coronavírus 229E, Coronavírus OC43, Vírus Sincicial Respiratório (RSV), incluindo o vírus Influenza A e B (FluA/FluB), SARS-CoV-2 (SC2). Resultado: No total de amostras analisadas, 513 mostraram-se positivas (pos) para um ou mais dos agentes investigados. Sendo 198 (16,40%) pos para HRV, FluA 59 (4,89%) pos, HMPV 50 (4,14%) pos, AdV 50 (4,14%) pos, HBoV 45 (3,73%) pos, PIV3 32 (2,65%) pos, HKU1 21 (1,74%) pos, NL63 13 (1,08%) pos, RSV 9 (0,74%) pos, SC2 8 (0,66%) pos, PIV2 8 (0,66%) pos, PIV1 7 (0,58%) pos, OC43 7 (0,58%) pos, 229E 6 (0,50%) pos. A faixa etária de 0 a 5 anos foi a mais acometida pela IRA com o agente viral em destaque o HRV. Quanto ao perfil de circulação a maior incidência dos vírus respiratórios teve presença do HRV sendo notada em desde jan/2022 a out/2022 tendo um pico em jun/2022 acompanhado do HMPV. Conclusão: Nossos resultados evidenciaram a participação dos agentes virais na indução de IRA especialmente HRV, acometendo principalmente pacientes pediátricos. Corroborando assim, o papel do diagnóstico laboratorial na elucidação dos casos de IRA. O diagnóstico das infecções virais auxilia no manejo clínico dos casos de IRA, evitando desta forma, o uso desnecessário de antibioticoterapia ao tratamento dessas infecções