Online teaching of inflammatory skin pathology by a French-speaking International University Network.

INTRODUCTION: Developments in technology, web-based teaching and whole slide imaging have broadened the teaching horizon in anatomic pathology. Creating online learning material including many types of media such as radiologic images, whole slides, videos, clinical and macroscopic photographs, is now accessible to most universities. Unfortunately, a major limiting factor to maintain and update the learning material is the amount of resources needed. In this perspective, a French-national university network was initiated in 2011 to build joint online teaching modules consisting of clinical cases and tests. The network has since expanded internationally to Québec, Switzerland and Ivory Coast. METHOD: One of the first steps of the project was to build a learning module on inflammatory skin pathology for interns and residents in pathology and dermatology. A pathology resident from Québec spent 6 weeks in France and Switzerland to develop the contents and build the module on an e-learning Moodle platform under the supervision of two dermatopathologists. The learning module contains text, interactive clinical cases, tests with feedback, virtual slides, images and clinical photographs. For that module, the virtual slides are decentralized in 2 universities (Bordeaux and Paris 7). Each university is responsible of its own slide scanning, image storage and online display with virtual slide viewers. RESULTS: The module on inflammatory skin pathology includes more than 50 web pages with French original content, tests and clinical cases, links to over 45 virtual images and more than 50 microscopic and clinical photographs. The whole learning module is being revised by four dermatopathologists and two senior pathologists. It will be accessible to interns and residents in the spring of 2014. The experience and knowledge gained from that work will be transferred to the next international resident whose work will be aimed at creating lung and breast pathology learning modules. CONCLUSION: The challenges of sustaining a project of this scope are numerous. The technical aspect of whole-slide imaging and storage needs to be developed by each university or group. The content needs to be regularly updated and its accuracy reviewed by experts in each individual domain. The learning modules also need to be promoted within the academic community to ensure maximal benefit for trainees. A collateral benefit of the project was the establishment of international partnerships between French-speaking universities and pathologists with the common goal of promoting pathology education through the use of multi-media technology including whole slide imaging

Kartezio: Evolutionary Design of Explainable Pipelines for Biomedical Image Analysis

An unresolved issue in contemporary biomedicine is the overwhelming number and diversity of complex images that require annotation, analysis and interpretation. Recent advances in Deep Learning have revolutionized the field of computer vision, creating algorithms that compete with human experts in image segmentation tasks. Crucially however, these frameworks require large human-annotated datasets for training and the resulting models are difficult to interpret. In this study, we introduce Kartezio, a modular Cartesian Genetic Programming based computational strategy that generates transparent and easily interpretable image processing pipelines by iteratively assembling and parameterizing computer vision functions. The pipelines thus generated exhibit comparable precision to state-of-the-art Deep Learning approaches on instance segmentation tasks, while requiring drastically smaller training datasets, a feature which confers tremendous flexibility, speed, and functionality to this approach. We also deployed Kartezio to solve semantic and instance segmentation problems in four real-world Use Cases, and showcase its utility in imaging contexts ranging from high-resolution microscopy to clinical pathology. By successfully implementing Kartezio on a portfolio of images ranging from subcellular structures to tumoral tissue, we demonstrated the flexibility, robustness and practical utility of this fully explicable evolutionary designer for semantic and instance segmentation.Comment: 36 pages, 6 main Figures. The Extended Data Movie is available at the following link: https://www.youtube.com/watch?v=r74gdzb6hdA. The source code is available on Github: https://github.com/KevinCortacero/Kartezi

Comparative analysis of canine and human melanomas

This paper presents epidemiological and clinical data from 2350 cases of melanocytic tumours from dogs sampled in France. In addition, we present the histological and genetic characterization of subsets of melanoma cases (n=153 and n=100, respectively), with a comparative aspect to human melanomas. Dog melanomas occur at the same anatomical sites than human melanomas, but with different frequency and severity. We demonstrate that the specificities of dog melanomas make them good models to understand the non-UV pathways of human melanomas. Interestingly, somatic mutations in oral canine melanomas were detected in the NRAS and PTEN genes, precisely at the same hotspots as human mutations. In contrast, mutations in the BRAF gene were not detected. This paper highlights the similarities and differences of dog and human melanoma types and the strong potential of dog melanomas to decipher the non-UV light pathways in different melanoma types, especially mucosal and acral types.Cet article présente les données épidémiologiques et cliniques de 2350 cas de tumeurs mélanocytaires canines collectées en France. Nous avons réalisé la caractérisation histologique (n = 153) et génétique (n = 100) d'un sous-groupe de mélanomes dont les résultats ont été comparés aux données des mélanomes humains. Les mélanomes apparaissent aux mêmes sites anatomiques chez le chien et l'Homme, mais avec des fréquences et des sévérités différentes. Nous montrons les prédispositions raciales des mélanomes canins et l'intérêt de ce modèle pour rechercher les gènes prédisposant difficiles à identifier chez l'Homme. Des mutations somatiques dans les gènes NRAS et PTEN ont été détectées dans les mélanomes buccaux canins, précisément aux mêmes points chauds (hotspots) que les mutations de ces gènes chez l'homme. Au contraire, aucune mutation dans le gène BRAF n'a été retrouvée dans les échantillons canins analysés. Ce travail met en lumière les homologies et différences entre les types de mélanomes humains et canins et démontre la force du modèle canin pour analyser les voies de signalisation non UV-dépendantes des mélanomes humains, particulièrement dans les types muqueux et acraux

Intérêt de l'évaluation de la phase de croissance des mélanomes fins de niveau II

BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Lymphoproliférations cutanées (bilan et synergie des deux réseaux français INCa LYMPHOPATH et GFELC)

Généralités : Les lymphomes cutanés, contrairement aux lymphomes ganglionnaires, posent des problèmes de diagnostic différentiel majeurs entre lymphome et infiltrat réactionnel mimant un lymphome. Ils nécessitent une approche intégrant une analyse morphologique, immunohistochimique, moléculaire mais aussi une confrontation avec le dossier clinique. Les connaissances en dermatopathologie inflammatoire sont importantes. Deux réseaux multicentriques nationaux INCa d'étude des lymphomes cutanés existent en France : le réseau LYMPHOPATH, anatomo-pathologique, et le réseau GFELC, anatomo-clinique. Objectifs : L'objectif principal était de faire le bilan du réseau LYMPHOPATH et de son intrication fonctionnelle avec le réseau clinique GFELC en termes de diagnostic final (après confrontation anatomo-clinique) et de prise en charge des patients. Les objectifs secondaires consistaient en l'étude descriptive du réseau LYMPHOPATH et en l'analyse des types histologiques douteux et discordants entre premiers et deuxièmes lecteurs. L'objectif final était d'aboutir à des recommandations pratiques diagnostiques dans la prise en charge des lymphomes cutanés, selon les problématiques anatomo-pathologiques les plus fréquentes. Matériel et méthodes : Nous avons réalisé une étude rétrospective multicentrique portant sur 2760 cas inclus dans le réseau LYMPHOPATH du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2011, en France. Nous avons, à partir des deux bases de données LYMPHOPATH et GFELC, harmonisé et classé les données anatomo-pathologiques, puis recueilli des données évolutives cliniques pour aboutir à une analyse descriptive de ce vaste échantillon. Résultats : Notre étude compte 60% de LCP, 17,3% d'entités réactionnelles, 16% de diagnostics douteux et 8,5% de diagnostics discordants, en seconde lecture. Parmi tous les diagnostics douteux à la première lecture, 52% ont été résolus par la seconde lecture anatomo-pathologique INCa. Parmi les cas douteux en seconde lecture, les cliniciens du GFELC ont pu établir un diagnostic certain dans 82,4% des cas vus. Les principales problématiques des pathologistes sont celles du diagnostic différentiel entre une entité réactionnelle superficielle et un MF et celles du diagnostic différentiel entre une entité réactionnelle et un lymphome B à petites cellules. Discussion : Les données épidémiologiques et la répartition des types histologiques de notre étude sont concordantes avec les données de la littérature. Notre étude confirme l'intérêt de la confrontation anatomo-clinique, surtout dans le domaine de la dermatopathologie et démontre la bonne synergie des deux réseaux avec la résolution de 45,8% de cas parmi l'ensemble des dossiers douteux en seconde lecture. Nous proposons des conduites à tenir diagnostiques pour résoudre les problématiques les plus fréquentes concernant les lymphomes cutanés.POITIERS-BU Médecine pharmacie (861942103) / SudocSudocFranceF

Mycosis fongoïde transformé (étude de 148 patients du groupe français d'étude des lymphomes cutanés)

Le mycosis fongoïde est le plus fréquent des lymphomes primitifs cutanés. Il peut se transformer en lymphome T à grandes cellules (MFT) et acquérir un mauvais pronostic. Ce diagnostic de transformation peut poser des problèmes de diagnostic différentiel. Nous avons réalisé une étude rétrospective (1999 à 2010) de 148 cas de MFT du groupe français d'étude des lymphomes cutanés (GFELC), provenant de 20 centres français, pour lesquels nous avions à la fois les prélèvements (lames et/ou blocs communiqués par les pathologistes) et la fiche clinique complétée par les cliniciens. Tous les cas ont fait l'objet d'une relecture et certains cas (problèmes de diagnostic différentiel, expression du CD30, du CD20) de techniques complémentaires : immunohistochimie, immunofluorescence et biologie moléculaire. Les différents critères cliniques et histologiques ont été analysés statistiquement. Les facteurs pronostiques significatifs indépendants en étude univariée comme multivariée sont l'âge (plus de 60 ans) et le statut ganglionnaire (ganglion palpable) au diagnostic de MFT. Les plaques transformées ont le même mauvais pronostic que les tumeurs transformées. Les MFT CD30+ et CD30- ont le même pronostic. Parmi les facteurs à la limite de la significativité : la localisation extracutanée au diagnostic de MFT, le stade cutané T4. Par ailleurs l'apparition d'une tumeur en dehors des plaques confère à l'évolution une tendance à un plus mauvais pronostic. Lorsqu'il y a moins de 25 % de grandes cellules, un examen en IHC est nécessaire afin d'éliminer un MF pilotrope ou granulomateux. L'apparition d'une tumeur CD30+ au cours de l'évolution d'un MF est un MFT CD30+ jusqu'à preuve du contraire (apport des marqueurs cytotoxiques) et une plaque renfermant des grandes cellules CD30+ dans l'épiderme n'a pas valeur de transformation. Un examen IHC complémentaire (CD20-7D1, CD22, PAX5, CXCL13) associé à une technique de double-marquage en IF (CD3/CD20-L26 et 7D1) et aux techniques de biologie moléculaire (PCR) ont permis de différencier trois groupes lésionnels concernant les lésions de MFT renfermant un abondant infiltrat lymphocytaire CD20+ : réactionnel, aberrant et association au MFT d'un lymphome B (lymphome composite). Ce travail nous a permis d'affiner le diagnostic de MFT et d'apprivoiser quelques problèmes en proposant des conduites à tenir pratiques.BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocSudocFranceF

Intérêt de la FISH mélanome 4 couleurs pour l'aide au diagnostic des tumeurs de Spitz ambiguës (étude bicentrique (Lyon-Bordeaux) de 130 cas)

BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocSudocFranceF