Amplification by PCR of Mycobacterium tuberculosis DNA from oral swab

O Mycobacterium tuberculosis é o agente causador da tuberculose, doença responsável por 26% das mortes passíveis de prevenção no mundo todo. No Brasil, são notificados anualmente 85 mil casos novos, e estima-se que 50 milhões de pessoas estejam infectadas pelo M. tuberculosis. A tuberculose é considerada prioritária para o controle de doenças e agravos pelo Ministério da Saúde. Para esse controle, é fundamental disponibilizar métodos e recursos para o pronto diagnóstico laboratorial. Os métodos utilizados para o diagnóstico da doença são bacterioscopia, análise histológica ou cultivo do micro-oganismo a partir de amostras de escarro. A bacterioscopia apresenta baixa sensibilidade, e o resultado da cultura demanda um período de tempo de até oito semanas. A PCR é uma técnica de amplificação de ácidos nucléicos que tem se mostrado promissor instrumento para o diagnóstico da tuberculose. O M. tuberculosis é um micro-organismo que tem tropismo pelas células (micro-organismo intracelular), e pode estar presente nas células do trato respiratório e da mucosa bucal. O esfregaço bucal, ao contrário do escarro, é obtido de forma fácil, sem constrangimentos, por procedimento não invasivo, e oferece menores riscos de contaminação por outros micro-organismos. Foram analisadas 80 amostras de esfregaço bucal de pacientes com diagnóstico confirmado de tuberculose, das quais 78 (97,4%) tiveram resultado positivo na PCR. Esse resultado permite concluir que a aplicação da PCR em amostras de esfregaço bucal é um método efetivo e confiável para detecção do M. tuberculosis.Mycobacterium tuberculosis is the causing agent of the tuberculosis, responsible illness for 26% of the prevention deaths in the entire world. In Brazil 85000new cases are notified annually, being esteem 50 million people contaminated by the M. tuberculosis. It is considered priority disease for the control of illnesses for the Health department. For this control, it has to be reliable methods and resources for the ready laboratorial diagnosis. Bacterioscopiv, histological analysis or culture of the microrganism from samples of sputum are techniques normally used. The limitation of these methods is low sensitivity and long-winded 8 weeks. The PCR is one technique of amplification of DNA, that if has shown promising instrument for the diagnosis of the tuberculosis. The M. tuberculosis is a microorganism that has affinity for the cells (intracellular microorganism) and can be present in the cells of the respiratory treat and the oral mucosa. Oral swab, in contrast of sputum, is easily taken, not invasive and offering lesser risks of contamination for other microorganisms. We analyze 80 samples of oral swab of patients with confirmed diagnosis of tuberculosis, of these, 78 (97,4%) had resulted positive in the PCR. We conclude that the oral swab use and the application of the PCR are an effective and trustworthy method for tuberculosis detention of the M. tuberculosis

Frequência genotípica em amostras de MTHFR para o polimorfismo C677T em pacientes da cidade de Curitiba-PR Genotype frequency in MTHFR samples to C677T polimorphism in patients from the city of Curitiba-PR

A homocisteína plasmática associada à mutação no gene da 5-metiltetra-hidrofolato (MTHFR) é considerada um fator de risco para doença coronariana. O objetivo deste trabalho foi estabelecer o número de indivíduos com essa mutação. Os exames solicitados foram enviados para o laboratório Genolab, abrangendo a cidade de Curitiba- PR. Foi utilizado o método da reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), tendo como base os laudos para a detecção da mutação C677T em um período dois anos. Vinte e três indivíduos possuíam o genótipo homozigoto C; nove, o homozigoto T; e 35, o heterozigoto. A detecção dessa mutação é importante para uma orientação no tratamento inicial de pacientes que possuem doenças coronarianas correlacionadas.<br>Plasma homocysteine, associated with a mutation in the methyltetrahydrofolate reductase (MTHFR) gene, is regarded as a risk factor for coronary disease. The aim of this study was to determine the number of individuals with this mutation. The exams were sent to the laboratory Genolab, comprising the city of Curitiba-PR. We analyzed reports from a two-year period through real-time PCR method. Twenty-three individuals were homozygous for genotype C, 9 were homozygous for T and 35 were heterozygous. The detection of this mutation is vital to determine the suitable approach in the initial treatment of patients with correlated coronary diseases

Analysis of factor V Leiden and prothrombin mutations in patients with suspected thrombophilia in São Paulo state-Brazil

INTRODUCTION: Prothrombin (factor II) is a thrombin precursor, which induces fibrin formation. A mutation in the prothrombin gene (G20210A) has been described, which is directly associated with high prothrombin levels, hence thrombophilia. G1691A mutation in the factor V Leiden (FVL) gene occurs on exon 10, one of the main cleavage sites for protein C activation, resulting in protein alteration. OBJECTIVE: To identify and estimate the genotype frequency of the three possible genotypes and the frequency of the two existing alleles in the FVL and prothrombin genes in patients with suspected thrombophilia in the state of Sao Paulo. This study may provide more literature and reference data on the incidence of prothrombin genotypes among individuals in Brazil. MATERIAL AND METHODS: Analysis of point mutation by real time polymerase chain reaction (RT-PCR). RESULTS: We obtained a total of 100 individuals, from which 94% had the homozygous G genotype. Only 6% had heterozygous genotype and there was no individual with the homozygous genotype A for FVL gene. As to the prothrombin gene, the frequency was 97% for homozygous G genotype and 3% for the heterozygous genotype. There was no patient with the homozygous A genotype. CONCLUSION: This study demonstrated that the genotype identification of these genes is advisable for patients with suspected thrombophilia in this region

Prevalência de Chlamydia trachomathis em amostras endocervicais de mulheres em São Paulo e Santa Catarina pela PCR Prevalence of Chlamydia trachomatis in endocervical samples by PCR in São Paulo and Santa Catarina

INTRODUÇÃO: Nenhuma outra doença sexualmente transmissível (DST) tem mostrado frequência tão elevada quanto a infecção por Chlamydia trachomatis (CT). É frequente a detecção de mulheres portadoras de danos tubários causados por esse agente, determinando infertilidade permanente e as intervenções cirúrgicas não têm demonstrado sucesso em reparar esses danos. A reação em cadeia da polimerase (PCR) se mostrou mais sensível do que a cultura para a identificação de CT, principalmente em cervicite clamidiana nas mulheres. A PCR promove a detecção de sequências específicas de nucleotídeos para a CT. OBJETIVO: Analisar a prevalência de infecções causadas pela CT em mulheres nos estados de São Paulo e Santa Catarina utilizando amostras endocervicais. MATERIAIS E MÉTODOS Utilizaram-se para o presente trabalho amostras enviadas pelos laboratórios conveniados ao Genolab, pertencentes aos estados de São Paulo e de Santa Catarina. Foram consultados os resultados dos laudos de exames para CT oriundos do banco de dados do Genolab no ano de 2010. Para a obtenção e o isolamento do ácido desoxirribonucleico (DNA), utilizou-se a técnica de fenol-clorofórmio e para a amplificação do material genético, a técnica de PCR. RESULTADOS: Obteve-se uma amostra de 287 indivíduos, e desse total 56,45% das mulheres eram positivas. A amostra que obteve o maior número de positivos foi o swab endocervical, com 75%. CONCLUSÃO: As amostras biológicas provenientes do endocérvix apresentaram detecção eficiente da CT na população feminina. A alta prevalência salienta a importância no emprego do diagnóstico molecular, principalmente por este trabalho apontar esse aspecto.<br>INTRODUCTION: No other sexually transmitted disease (STD) has been as frequent as Chlamydia trachomatis (CT) infection. Tubal damage caused by this agent has been frequently detected among women. This infection causes permanent infertility. Furthermore, surgical interventions have not demonstrated success in repairing tubal damage. The polymerase chain reaction (PCR) has proved to be more sensitive than culture to the identification of CT mainly in women with chlamydial cervicitis.PCR promotes the detection of specific nucleotide sequences in CT. OBJECTIVE: To analyze the prevalence of infections caused by CT in women in São Paulo and Santa Catarina states by use of endocervical samples. MATERIAL AND METHODS: In this study we used samples from laboratories in São Paulo and Santa Catarina states, which are associated with Genolab. CT examination result reports from 2010 obtained from Genolab database were analyzed. The phenol-chloroform protocol was used to obtain and isolate deoxyribonucleic acid (DNA) and the (PCR) method was used to amplify genetic material. RESULTS: We obtained a sample of 287 individuals, of which 56.45% were positive. Endocervical swab samples showed the highest positive results (75%). CONCLUSION: Endocervical samples constituted an accurate detection of CT. The high prevalence emphasizes the importance of molecular diagnosis, which is also corroborated by this study

Análise da mutação G20210A no gene da protrombina (fator II) em pacientes com suspeita de trombofilia no sul do Brasil Analysis of prothrombin G20210A mutation (factor II) in patients with suspected trombophilia in Southern Brazil

INTRODUÇÃO: A protrombina (fator II) é uma proteína sanguínea sintetizada no fígado com a presença de vitamina K. É a precursora da trombina, que induz a formação de fibrina. Foi descrita uma mutação no gene da protrombina G20210A, associada diretamente a altos níveis de protrombina no sangue e, consequentemente, à trombofilia. Essa variante alélica consiste em mutação pontual, também chamada de polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP), ocasionando a troca de uma guanina por uma adenina no nucleotídeo 20210, localizado em um sítio de clivagem do precursor do ácido ribonucleico mensageiro (mRNA). Essa troca caracteriza o alelo A e a ausência da mutação do alelo G. OBJETIVO: Quantificar o número de indivíduos homozigotos para alelo G, homozigotos para alelo A e heterozigotos, cujas amostras foram enviadas para o laboratório Genolab Análises Genéticas, abrangendo os estados do Paraná e Santa Catarina, no período de 1º de janeiro de 2009 a 10 de outubro de 2010. MÉTODOS: Análise de mutação pontual por reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR). RESULTADOS: Obtivemos o número de 243 indivíduos e desse total 51,03% eram oriundos do estado do Paraná, enquanto 48,97%, oriundos do estado de Santa Catarina. Do total analisado, 88,89% possuíam o genótipo para homozigoto G, e nenhum indivíduo foi encontrado com mutação para homozigoto A. Apenas 11,11% possuíam genótipo heterozigoto. O estado de Santa Catarina apresentou frequência superior para genótipo heterozigoto em relação ao Paraná. CONCLUSÃO: Este estudo mostrou que é recomendável a identificação do genótipo para esse gene em pacientes com suspeita de trombofilia nos dois estados.<br>INTRODUCTION: Prothrombin (factor II) is a blood protein synthesized in the liver in the presence of vitamin K. It is a thrombin precursor, which induces fibrin formation. Prothrombin G20210A mutation and high prothrombin levels have been closely associated with thrombophilia. This allelic variant is a single mutation, also denominated single nucleotide polymorphism (SNP), in which guanine is replaced with adenine in the messenger ribonucleic acid (mRNA) cleavage of nucleotide 20210. The replacement is characterized by the presence of allele A and the absence of mutation in allele G. OBJECTIVE: To quantify the number of individuals homozygous for allele G, allele A and heterozygotes. The samples were collected in Paraná and Santa Catarina from January 1st, 2009 to October 10th, 2010 and were sent to Genolab Análises Genéticas. METHODS: Analysis of single mutation by polymerase chain reaction in real time (RT-PCR). RESULTS: From 243 individuals, 51.03% were from Paraná and 48.97% were from Santa Catarina. 88.89% individuals were homozygous for G genotype, none of them were homozygous for A. Only 11.11% were heterozygotes. Santa Catarina presented a higher frequency in heterozygous genotype in comparison with Paraná. CONCLUSION: This study showed that patients with suspected thrombophilia should undergo genotype identification in both states