Etude du rôle du facteur de transcription Evil au cours du développement du rein embryonnaire chez le xénope

Chez les vertébrés, le système excréteur se développe de manière séquentielle sous la forme de trois types de reins différents :le pro-, le méso- et le métanéphros. Le pronéphros des embryons de xénope et de poisson zèbre se développe rapidement et présente une structure simple formée d’un unique néphron, ce qui en fait un excellent modèle d’étude de la néphrogenèse. Au cours du développement, le mésoderme pronéphrique est régionalisé en plusieurs domaines à l’origine des différents composants du néphron partagés par tous les reins des vertébrés :le glomus, les tubules proximaux, le tubule distal et le canal. Cette régionalisation fait appel à des mécanismes moléculaires encore peu connus. Parmi ceux-ci, le facteur de transcription WT1 inhiberait, dans les cellules à l’origine du glomus, l’expression des gènes caractéristiques des tubules proximaux. De plus, la voie de signalisation Notch est requise séquentiellement d’abord pour la formation du glomus et ensuite lors de la différenciation des tubules proximaux. Le gène Evi1 code pour un facteur de transcription à doigts à zinc notamment exprimé dans le métanéphros des vertébrés supérieurs et jouant un rôle majeur mais mal compris dans le développement. Chez l’embryon de xénope, le gène Evi1 est exprimé dès la fin de la neurulation dans la région ventro-postérieure de l’ébauche pronéphrique à l’origine du tubule distal et du canal. Son expression est inhibée par le facteur de transcription xWT1 et l’activation de la voie de signalisation Notch. Via des expériences de surproduction de la protéine Evi1 sauvage ou d’une fusion Evi1-VP16, fonctionnant de manière antagoniste à la protéine sauvage, nous avons montré que la protéine Evi1 joue un rôle important dans la néphrogenèse précoce en inhibant la formation du glomus et des tubules proximaux dans les cellules à l’origine du segment distal du néphron.Afin de déterminer l’importance du facteur de transcription xWT1 dans la régulation de l’expression du gène Evi1 ainsi que dans la formation du glomus, des expériences de sous-expression ont été réalisées. Ces expériences montrent que la sous-expression de xWT1 inhibe la formation du glomus mais n’induit cependant pas d’expansion de l’expression du gène Evi1 ni celle d’autres marqueurs du pronéphros, suggérant l’existence d’au moins un autre facteur répresseur exprimé au niveau de la couche médiane du mésoderme pronéphrique. Ensuite, nous avons comparé les profils de gènes codant notamment pour des protéines spécialisées dans le transport de solutés dans les reins embryonnaires de xénope et de poisson zèbre. Nos résultats montrent que le pronéphros du poisson zèbre, bien que présentant une structure uniforme, peut être subdivisé en quatre différents segments. Ces observations suggèrent que les reins embryonnaires du xénope et du poisson zèbre présentent des organisations similaires. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons entamé l’étude du promoteur du gène CLC-K, codant pour un canal chlore exprimé dans du segment distal du néphron, par la réalisation d’embryons transgéniques de xénope. Les résultats préliminaires obtenus indiquent qu’un fragment de 11kb du promoteur du gène CLC-KB humain est suffisant pour diriger une expression correcte du transgène chez le xénope.Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaireinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe

Etude du rôle du facteur de transcription Evil au cours du développement du rein embryonnaire chez le xénope

Chez les vertébrés, le système excréteur se développe de manière séquentielle sous la forme de trois types de reins différents :le pro-, le méso- et le métanéphros. Le pronéphros des embryons de xénope et de poisson zèbre se développe rapidement et présente une structure simple formée d’un unique néphron, ce qui en fait un excellent modèle d’étude de la néphrogenèse. Au cours du développement, le mésoderme pronéphrique est régionalisé en plusieurs domaines à l’origine des différents composants du néphron partagés par tous les reins des vertébrés :le glomus, les tubules proximaux, le tubule distal et le canal. Cette régionalisation fait appel à des mécanismes moléculaires encore peu connus. Parmi ceux-ci, le facteur de transcription WT1 inhiberait, dans les cellules à l’origine du glomus, l’expression des gènes caractéristiques des tubules proximaux. De plus, la voie de signalisation Notch est requise séquentiellement d’abord pour la formation du glomus et ensuite lors de la différenciation des tubules proximaux. Le gène Evi1 code pour un facteur de transcription à doigts à zinc notamment exprimé dans le métanéphros des vertébrés supérieurs et jouant un rôle majeur mais mal compris dans le développement. Chez l’embryon de xénope, le gène Evi1 est exprimé dès la fin de la neurulation dans la région ventro-postérieure de l’ébauche pronéphrique à l’origine du tubule distal et du canal. Son expression est inhibée par le facteur de transcription xWT1 et l’activation de la voie de signalisation Notch. Via des expériences de surproduction de la protéine Evi1 sauvage ou d’une fusion Evi1-VP16, fonctionnant de manière antagoniste à la protéine sauvage, nous avons montré que la protéine Evi1 joue un rôle important dans la néphrogenèse précoce en inhibant la formation du glomus et des tubules proximaux dans les cellules à l’origine du segment distal du néphron.Afin de déterminer l’importance du facteur de transcription xWT1 dans la régulation de l’expression du gène Evi1 ainsi que dans la formation du glomus, des expériences de sous-expression ont été réalisées. Ces expériences montrent que la sous-expression de xWT1 inhibe la formation du glomus mais n’induit cependant pas d’expansion de l’expression du gène Evi1 ni celle d’autres marqueurs du pronéphros, suggérant l’existence d’au moins un autre facteur répresseur exprimé au niveau de la couche médiane du mésoderme pronéphrique. Ensuite, nous avons comparé les profils de gènes codant notamment pour des protéines spécialisées dans le transport de solutés dans les reins embryonnaires de xénope et de poisson zèbre. Nos résultats montrent que le pronéphros du poisson zèbre, bien que présentant une structure uniforme, peut être subdivisé en quatre différents segments. Ces observations suggèrent que les reins embryonnaires du xénope et du poisson zèbre présentent des organisations similaires. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons entamé l’étude du promoteur du gène CLC-K, codant pour un canal chlore exprimé dans du segment distal du néphron, par la réalisation d’embryons transgéniques de xénope. Les résultats préliminaires obtenus indiquent qu’un fragment de 11kb du promoteur du gène CLC-KB humain est suffisant pour diriger une expression correcte du transgène chez le xénope.Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaireinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe

Evolution of the Discs large gene family provides new insights into the establishment of apical epithelial polarity and the etiology of mental retardation.

Cell polarity is essential to the function of many cell types, such as epithelial cells and neurons. The Discs large (Dlg) scaffolding protein was identified in Drosophila as a major regulator of basolateral epithelial identity. Four Dlg orthologs (Dlg1 through 4) are found in vertebrates, and mutations in the human Dlg3 gene are associated with X-linked mental retardation. We recently found that Dlg3 controls apical epithelial polarity and tight junction formation and contributes to neural induction in mouse development.(1) During evolution, Dlg3 acquired specific PPxY motifs, which bind to the WW domains of the E3 ubiquitin ligases, Nedd4 and Nedd4-2. This interaction results in monoubiquitination of Dlg3, leading to directed microtubule-dependent protein trafficking, via the exocyst complex, in different polarized cell types. Directed trafficking of Dlg3 plays an important role, during both mammalian development and in adulthood, in the establishment and maintenance of specialized apical cell junctions, such as tight junctions in epithelial cells and synapses in neurons.Journal Articleinfo:eu-repo/semantics/publishe

Role of the Evi1 and XHRT1 transcription factors in the patterning of the pronephros anlagen.

info:eu-repo/semantics/publishe

The Notch-effector HRT1 gene plays a role in glomerular development and patterning of the Xenopus pronephros anlagen.

Notch signaling has been shown to play a role in cell fate decisions in the Xenopus pronephros anlagen. Here, we show that the Xenopus Hairy-related transcription factor (HRT) gene XHRT1, and the Hairy/Enhancer of split (HES) genes Xhairy1, Xhairy2b, esr9 and esr10, have distinct restricted dynamic expression patterns during pronephros development, and that their expression is regulated by Notch. XHRT1, which is the earliest and strongest gene expressed in the pronephric region, is initially transcribed predominantly in the forming glomus, where it is downregulated by antisense morpholino oligonucleotide inhibition of xWT1. Later, it is activated in the most dorsoanterior part of the pronephros anlagen that gives rise to the proximal tubules. In agreement with this dynamic expression profile, we found that early activation of Notch favors glomus, whereas only later activation promotes proximal tubule formation. We show that, among the bHLH-O factors tested, only XHRT1 efficiently inhibits distal tubule and duct formation, and that only its translational inhibition causes a reduction of the expression of proximal tubule and glomus markers. Using domain swap experiments, we found that the XHRT1 C-terminal region is crucial for its activity. Together, our results provide evidence that XHRT1 plays an important role in glomerular development and early proximodistal patterning that is distinct from those of the other pronephric bHLH repressors.Journal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tinfo:eu-repo/semantics/publishe

A new statistical method for evaluating long-term analytical performance of laboratories applied to an external quality assessment scheme for flow cytometry.

BACKGROUND: The Belgian External Quality Assessment Scheme for Flow Cytometry evaluates the long-term analytical performance of participating laboratories by calculating a regression line between the target and reported values of each parameter for each laboratory during the past 3 years. This study aims to develop a method to find laboratories with aberrant variability or bias using robust techniques and to obtain robust estimates of the variability. METHODS: A method is proposed to find outliers with respect to the individual regression line, followed by a step to find regression lines with excessive variability and finally a step to find regression lines with high bias. RESULTS: The model was applied to the results obtained by 52 laboratories for CD4%. From the 1340 data points, 35 were determined to be regression outliers. The second step revealed one regression line with excessive variability; the third step detected three regression lines with exceeding bias. CONCLUSIONS: The methodology allows assessment of the long-term performance of laboratories, taking into account samples with different target values. Outliers in the first step indicate accidental mistakes, outliers in the second and third step point to high analytical variability or bias

The Na+/PO4 cotransporter SLC20A1 gene labels distinct restricted subdomains of the developing pronephros in Xenopus and zebrafish embryos.

The embryonic pronephric kidneys of Xenopus and zebrafish serve as models to study vertebrate nephrogenesis. Recently, multiple subdomains within the Xenopus pronephros have been defined based on the expression of several transport proteins. In contrast, very few studies on the expression of renal transporters have been conducted in zebrafish. We have recently shown that the anterior and posterior segments of the zebrafish pronephric duct may correspond to the proximal tubule and distal tubule/duct compartments of the Xenopus and higher vertebrate pronephros, respectively. Here, we report the embryonic expression pattern of the Na(+)/PO(4) cotransporter SLC20A1 (PiT1/Glvr-1) gene encoding a type III sodium-dependent phosphate cotransporter in Xenopus and zebrafish. In Xenopus, SLC20A1 mRNA is expressed in the somitic mesoderm and lower level of expression is detected in the neural tube, eye, and neural crest cells. From stage 25, SLC20A1 is also detectable in the developing pronephros where expression is restricted to the late portion of the distal pronephric tubules. In zebrafish, SLC20A1 is transcribed from mid-somitogenesis in the anterior part of the pronephros where its expression corresponds to the rostral portion of the expression of other proximal tubule-specific markers. Outside the pronephros, lower level of SLC20A1 expression is also observed in the posterior cardinal and caudal veins. Based on the SLC20A1 expression domain and that of other transporters, four segments have been defined within the zebrafish pronephros. Together, our data reveal that the zebrafish and Xenopus pronephros have non-identical proximo-distal organizations.Comparative StudyJournal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tinfo:eu-repo/semantics/publishe

Blood tumor mutational burden: are we ready for clinical implementation?

info:eu-repo/semantics/publishe

Statistical analysis of serum protein electrophoresis results in External Quality Assessment schemes

peer reviewedThe goal of External Quality Assessment (EQA) schemes is to ensure that results obtained on a particular specimen in a given clinical laboratory are compatible with those obtained by other laboratories on the same specimen. Serum protein electrophoresis is a laboratory test consisting of five fractions (albumin, a1, a2, b and c globulins), which sum up to 100% of total proteins. So far, in EQA schemes the five fractions have been analyzed separately as for ordinary tests like glucose or cholesterol. This approach does not consider the fractions as a whole and the linear relationship between them. A statistical approach has been developed to analyze EQA electrophoresis results from a global standpoint by using robust multivariate method to eliminate the effect of outlying profiles. As illustrated on electrophoretic data from the Belgian EQA scheme, the novel approach improves the detection of poor performing laboratories. The method will be implemented in the Belgian EQA scheme on a routine basis