Investigation of D7S496 marker characteristics in five Iranian ethnic groups for linkage analysis of autosomal recessive non syndromic hearing loss

Background and aims: The most important currently identifiable genetic cause of autosomal recessive non syndromic hearing loss (ARNSHL) after GJB2 mutations are the SLC26A4 gene mutations. In this investigation, the characteristics and informativeness of D7S496 CA repeat STR marker in SLC26A4 gene region was examined in five ethnic groups of the Iranian population. Methods: The locus were genotyped in 165 individuals of five different ethnic groups including Fars, Azari, Turkmen, Gilaki and Arabs using PCR followed by PAGE and fluorescent capillary electrophoresis. In this study, the results were analyzed by GeneMarker HID Human STR Identity software, GenePop program and Microsatellite Tools software. Results: Analysis of the allelic frequency revealed the presence of 10 alleles for D7S496 marker in the Iranian population, which allele 137bp at the D7S496 locus with 41.52% allele frequency was the most frequent. The observed heterozygosity of all ethnic groups was approximately above 70%, which Turkmen ethnic had the highest heterozygosity among all. Finally, analysis of PIC value represents D7S496 marker as a highly informative marker in Iranian population (PIC value above 0.7). Conclusion: Our data introduce D7S496 as a highly informative marker in diagnosis of SLC26A4 based ARNSHL by Linkage analysis

Analysis of polymorphic marker rs9384 located in the GCDH gene region associated with glutaricaciduria type 1.

زمینه و هدف: گلوتاریک اسید یوریای نوع 1 نوعی اختلال متابولیکی عصبی می باشد که در اثر جهش در ژن رمز کننده آنزیم گلوتاریل کوآدهیدروژناز (GCDH) ایجاد می شود. اصولاً تعیین توالی به منظور شناسایی جهش ‌های نقطه ای و دیگر تنوعات توالی موجود در این ژن استفاده می‌شود که بسیار وقت ‌گیر و پر هزینه می ‌باشد. روش دیگر بررسی پیوستگی با استفاده از مارکرهای چند شکلی مانند چند شکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) است که برای تعیین افراد ناقل و همچنین تشخیص پیش از تولد در خانواده‌های دارای فرد مبتلا به کار می ‌رود. در پایگاه‌ های داده تعداد زیادی از مارکرهای SNP برای ناحیه ژنی GCDH معرفی شده است. در مطالعه حاضر خصوصیات و همچنین اطلاع دهندگی مارکر rs9384 واقع در ناحیه ژنی GCDH مورد بررسی قرار گرفت. روش بررسی: مارکر rs9384 در 100 فرد سالم غیر خویشاوند با روش ARMS PCR با بهره گیری از پرایمرهای جدید طراحی شده تعیین ژنوتیپ شد. در این مطالعه تخمین فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی با استفاده از پایگاه GenePop انجام شد؛ همچنین از نرم ‌افزار Power Marker برای تخمین وجود تعادل هاردی واینبرگ و میزان محتوی اطلاع دهندگی چند شکلی (PIC) استفاده شد. یافته ها: نتایج حاصل از این مطالعه بیانگر فراوانی آللی مینور (MAF) 0/34، درجه هتروزیگوسیتی 0/53 و مقدار 0/35=PIC برای مارکر rs9384 در جمعیت مورد مطالعه بود. به علاوه بررسی تعادل هاردی واینبرگ نشان داد که جمعیت برای این مارکر در تعادل می‌ باشد. نتیجه گیری: در مجموع با توجه به نتایج به دست آمده از مطالعه حاضر می‌ توان مارکر rs9384 را به عنوان یک مارکر تک نوکلئوتیدی مناسب جهت تشخیص مولکولی گلوتاریک اسید یوریای نوع 1 در جمعیت اصفهان به عنوان نمونه‌ ای از جمعیت ایرانی معرفی کرد

Genotyping Data and Novel Haplotype Diversity of STR Markers in the SLC26A4 Gene Region in Five Ethnic Groups of the Iranian Population

Background and Aims: SLC26A4 gene mutations are the second currently identifiable genetic cause of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss after GJB2 mutations. Because of the extensive size of the SLC26A4 gene and the variety of mutations, indirect diagnosis using linkage analysis has been suggested. Therefore, in this investigation three potential short tandem repeat (STR) markers related to this region including D7S2420, D7S496, and D7S2459 were selected for further analysis. Methods: The characteristics and haplotype frequency of the markers were examined for the first time in five ethnic groups of the Iranian population including Fars, Azari, Turkmen, Gilaki, and Arab using the polymerase chain reaction followed by fluorescent capillary electrophoresis. Results were analyzed by GeneMarker HID Human STR Identity, GenePop, Microsatellite tools, PowerMarker 3.25, and Arlequin 3.5 software. Results: Analysis of the allelic frequency revealed the presence of 11, 10, and 8 alleles for D7S2420, D7S496, and D7S2459 markers, respectively, in the Iranian population. The detailed analysis of each ethnic group was reported. Calculated polymorphism information content values were above 0.7 in the Iranian population. Pairwise linkage disequilibrium (LD) revealed a significant LD in pairing markers of D7S2420-D7S496 and in D7S496-D7S2459. Estimation of the haplotype frequency showed the presence of 20, 13, 15, 15, and 20 informative haplotypes in Fars, Azari, Turkmen, Gilaki, and Arabian ethnics, respectively. Conclusion: Together, the investigated markers could be suggested as powerful tools for linkage analysis of SLC26A4 gene mutations in the Iranian population