Draft Genome Sequence of an International Clonal Lineage 1 Acinetobacter baumannii Strain from Argentina

In the last few years Acinetobacter baumannii has emerged worldwide as an important nosocomial pathogen in medical institutions. Here, we present the draft genome sequence of the international clonal lineage 1 (ICL1) A. baumannii strain A144 that was isolated in a hospital in Buenos Aires City in the year 1997. The strain is susceptible to carbapenems and resistant to trimethoprim and gentamicin.Fil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Déraspe, Maxime. Laval University; CanadáFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Roy, Paul H.. Laval University; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. California State University; Estados UnidosFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Whole-genome sequence analysis of the naturally competent Acinetobacter baumannii clinical isolate A118

Recent studies have demonstrated a high genomic plasticity in Acinetobacter baumannii, which may explain its high capacity to acquire multiple antibiotic resistance determinants and to survive in the hospital environment. Acinetobacter baumannii strain A118 (Ab A118) was isolated in the year 1995 from a blood culture of an intensive care unit patient. As this particular strain showed some peculiar characteristic such as being naturally competent and susceptible to numerous antibiotics, we performed whole-genome comparison (WGC) studies to gain insights into the nature and extent of the genomic differences. The Ab A118 genome is approximately 3,824 kb long with a 38.4% GC content and contains 3,520 coding sequences. WGC studies showed that the Ab A118 genome has 98% average nucleotideidentity with that of A. baumanniiATCC17978, and 96% average nucleotide identity with that of strains AYE and ACICU. At least 12 inversions, 275 insertions, and 626 deletions were identified when the Ab A118 genome was compared with those of strains ATCC 17978, AYE, and ACICU using MAUVE WGC. Multiple gene order arrangements were observed among the analyzed strains. MAUVE WGC analysis identified 19 conserved segments, known as locally colinear blocks. The number of single nucleotide polymorphisms found when comparing the Ab A118 genome with that of strains ATCC 17978, AYE, and ACICU was 43,784 (1.1496%), 44,130 (1.158%), and 43,914 (1.153%), respectively. Genes comEA, pilQ, pilD, pilF, comL, pilA, comEC, pilI, pilH, pilO, pilN, pilY1(comC), pilE, pilR, and comM, potentially involved in natural competence were found in the Ab A118 genome. In particular, unlike in most strains where comM is interrupted by an insertion of a resistance island (AbaR), in strain Ab A118 it is uninterrupted.Fil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Chua, Katherina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Tolmasky, Marcelo E.. California State University; Estados UnidosFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. California State University; Estados Unido

Bacteremia caused by an Acinetobacter junii strain harboring class 1 integron and diverse DNA mobile elements

INTRODUCTION: Infections caused by Acinetobacter junii are rarely reported. However, some outbreaks of septicemia in neonates and pediatric oncology patients, as well as meningitis, peritonitis, and ocular infection have been described. Since it is highly infrequent to find the molecular characterization of A. junii strains in literature, in this study we described the molecular characterization of A. junii isolates recovered from blood samples of a renal transplant patient. METHODOLOGY: The case was defined as a catheter-related bacteremia caused by A. junii. The patient responded favorably after catheter removal and treatment with ciprofloxacin. RESULTS AND CONCLUSION: The complete molecular characterization of the isolate showed that it harbored a class 1 integron and diverse DNA mobile elements. This explains its genomic plasticity for acquiring antimicrobial resistance determinants and for adapting to a nosocomial niche.Fil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Tuduri, Alicia. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; ArgentinaFil: Neumann, Gabriela. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; ArgentinaFil: Pallone, Elida Carmen. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry for species identification of Nonfermenting Gram-Negative Bacilli

Matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) to identify 396 Nonfermenting Gram-Negative Bacilli clinical isolates was evaluated in comparison with conventional phenotypic tests and/or molecular methods. MALDI-TOF MS identified to species level 256 isolates and to genus or complex level 112 isolates. It identified 29 genera including uncommon species.Fil: Almuzara, Marisa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Barberis, Claudia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Famiglietti, Angela María Rosa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. California State University; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Vay, Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentin

Genetic Variability of AdeRS Two-Component System Associated with Tigecycline Resistance in XDR-Acinetobacter baumannii Isolates

The emergence of tigecycline resistance has increased in the last years. Although tigecycline-resistant Acinetobacter baumannii isolates were described all over the world, few reports regarding the molecular basis of this resistance are available. It has been recognized that the overexpression of AdeABC efflux pump is related to the tigecycline-resistant phenotype. In 37 clinical A. baumannii isolates we first determined the tigecycline-resistant phenotype and then, within a selected group, we analyzed the sequence of the adeRS operon, which is involved in the expression of the AdeABC efflux pump. Nucleotide sequence analysis of adeR and adeS showed the presence of 5 and 16 alleles, respectively. These results expose a high genetic variability in both genes, the adeS gene being more susceptible to genetic variation. The presence of 2 AdeR and 2 AdeS new variants were reported. Two of the new AdeRS variants were present in the intermediate and the resistant tigecycline A. baumannii isolates, suggesting a putative role in the development of the observed phenotype. More studies need to be addressed to determine the role of the genetic variability observed in the adeRS operon.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos ; ArgentinaFil: Pennini, M.. Stamboulian Laboratorio. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Fernández, A.. Universidad Favaloro; Argentina. Fundación Favaloro; ArgentinaFil: Sucari, A.. Stamboulian Laboratorio. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Isolation of Bordetella Species from Unusual Infection Sites

Introduction: Bordetella hinzii has been isolated mainly from respiratory specimens and fromblood of immunocompromised patients, and Bordetella trematum from ear infections or leg, armand ankle wounds and from diabetic foot ulcers. Bordetella holmesii is instead associated withbactaeremia in young adults, mostly with underlying conditions. Only three septic arthritis casesdue to this species have been described in the literature.Case presentation: Herein we describe four cases of infections due to Bordetella species thathave been recovered from unusual infection sites: two cases of B. hinzii infections, one recoveredfrom the urine of a patient with chronic prostatitis and the other from a liver cyst in animmunocompetent patient; one B. trematum case from a bone biopsy of a patient with chronicosteomyelitis of the hip; and one B. holmesii case isolated from the joint fluid of animmunocompetent patient with diagnosed septic arthritis.The organisms were identified usingstandard biochemical tests, by API 20 NE version 6.0, by automated system VITEK 2, by massspectrometry using the Bruker Daltonics MicroFlex LT spectrometer with MALDI Biotyper 3.1,and by PCR amplification of 16S rRNA.Antibiotic susceptibility testing was performed using the VITEK 2 system, except for B. holmesii,for which the epsilometric method (Etest technique; bioMe´rieux) was used.Conclusion: We highlight the importance of isolating Bordetella species from severe infectionsand unusual sites, and also of combining both phenotypic and genotypic methods for definitiveidentification.Fil: Almuzara, Marisa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos "Eva Perón"; ArgentinaFil: Barberis, Claudia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Sly, Gabriela. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos "Eva Perón"; ArgentinaFil: Procopio, Adriana. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Departamento de Medicina; ArgentinaFil: Vilches, Viviana. Universidad Austral. Hospital Universitario Austral; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. California State University; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Famiglietti, Angela María Rosa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; ArgentinaFil: Vay, Carlos. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentin

Emergence and Spread of Plasmid-Borne tet(B)::ISCR2 in Minocycline-Resistant Acinetobacter baumannii Isolates

Resistance to minocycline has emerged in multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates from Buenos Aires Hospitals. Few reports about the description and dispersion of tet genes were published in this species. We observed the presence of tet(B) in all minocycline resistant isolates. This gene was found associated to the ISCR2 mobile element, which could in part explain its dispersion.Fil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Microbiología. Cátedra de Microbiología, Parasitología e Inmunología; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos;Fil: Gulone, Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Biotecnología; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Figueroa, Silvia A.. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos;Fil: Sly, Gabriela Edith. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Interzonal de Agudos;Fil: Fernandez, Analia. Universidad de Buenos Aires; Argentina. Universidad Favaloro; ArgentinaFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentin

Characterisation of OXA-258 enzymes and AxyABM efflux pump in Achromobacter ruhlandii

Objectives: The aim of this study was to characterise OXA-258 variants and other features that may contribute to carbapenem resistance in Achromobacter ruhlandii. Methods: Kinetic parameters for purified OXA-258a and OXA-258b were determined measuring the rate of hydrolysis of a representative group of antimicrobial agents. Whole-genome shotgun sequencing was performed on A. ruhlandii 38 (producing OXA-258a) and A. ruhlandii 319 (producing OXA-258b), and in silico analysis of antimicrobial resistance determinants was conducted. Substrates of the AxyABM efflux pump were investigated by inhibition assays using phenylalanine-arginine β-naphthylamide (PAβN). Outer membrane protein profiles were resolved by 12% sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). Results: Kinetic measurements of purified OXA-258 variants displayed an overall weak catalytic efficiency toward β-lactams. A detectable hydrolysis of imipenem was observed. In silico genomic analysis confirmed the presence of 32 and 35 putative efflux pump-encoding genes in A. ruhlandii strains 38 and 319, respectively. Complete sequences for AxyABM and AxyXY efflux pumps, previously described in Achromobacter xylosoxidans, were detected. Decreases in the MICs for chloramphenicol, nalidixic acid and trimethoprim/sulfamethoxazole were observed in the presence of the inhibitor PAβN, suggesting that these antibiotics are substrates of AxyABM. AxyXY-encoding genes of A. ruhlandii 38 and A. ruhlandii 319 displayed 99% identity. No differences were observed in the outer membrane protein profiles. Conclusions: The contribution of OXA-258 enzymes to the final β-lactam resistance profile may be secondary. Further studies on other putative resistance markers identified in the whole-genome analysis should be conducted to understand the carbapenem resistance observed in A. ruhlandii.Fil: Papalia, Mariana Andrea. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Ruggiero, Melina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Vay, Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Ramírez, María Soledad. California State University; Estados UnidosFil: Radice, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentin

OXA-258 from Achromobacter ruhlandii: a Species Specific Marker

A new blaOXA-258 gene is described as species specific taxonomic marker for Achromobacter ruhlandii isolates (all recovered from cystic fibrosis patients). Even if the OXA-258 differs from OXA-114 variants, isolates could be misidentified as A. xiloxosidans by the amplification of an inner fragment from the OXA coding gene. A robust Identification of A. ruhlandii can be achieved by sequencing this single OXA gene as well as a more laborious recently proposed MLST scheme.Fil: Papalia, Mariana Andrea. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Almuzara, Marisa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; ArgentinaFil: Cejas, Daniela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Traglia, German Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Galanternik, Laura. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hosptal General de Niños;Fil: Vay, Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Bioquímica Clínica; ArgentinaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Radice, Marcela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentin

Genomic analysis of two Acinetobacter baumannii strains belonging to two different sequence types (ST172 and ST25)

Objectives: Acinetobacter baumannii is an opportunistic nosocomial pathogen that is the main focus of attention in clinical settings owing to its intrinsic ability to persist in the hospital environment and its capacity to acquire determinants of resistance and virulence. Here we present the genomic sequencing, molecular characterisation and genomic comparison of two A. baumannii strains belonging to two different sequence types (STs), one sporadic and one widely distributed in our region. Methods: Whole-genome sequencing (WGS) of Ab42 and Ab376 was performed using Illumina MiSeq-I and the genomes were assembled with SPAdes. ARG-ANNOT, CARD-RGI, ISfinder, PHAST, PlasmidFinder, plasmidSPAdes and IslandViewer were used to analyse both genomes. Results: Genome analysis revealed that Ab42 belongs to ST172, an uncommon ST, whilst Ab376 belongs to ST25, a widely distributed ST. Molecular characterisation showed the presence of two antibiotic resistance genes in Ab42 and nine in Ab376. No insertion sequences were detected in Ab42, however 22 were detected in Ab376. Moreover, two prophages were found in Ab42 and three in Ab376. In addition, a CRISPR-cas type I-Fb and two plasmids, one of which harboured an AbGRI1-like island, were found in Ab376. Conclusions: We present WGS analysis of twoA. baumannii strains belonging to two different STs. These findings allowed us to characterise a previously undescribed ST (ST172) and provide new insights to the widely studied ST25.Fil: Montaña, Sabrina Daiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Vilacoba, Elisabet. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Fernandez, Jennifer. California State University; Estados UnidosFil: Traglia, German Matias. Universidad de la República. Facultad de Medicina; Uruguay. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sucari, Adriana. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Pennini, Magdalena Ines. Laboratorio Stamboulian. Unidad Microbiología; ArgentinaFil: Iriarte, Andrés. Universidad de la República. Facultad de Medicina; UruguayFil: Centron, Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; ArgentinaFil: Melano, Roberto Gustavo. Public Health Ontario. Public Health Ontario Laboratories Branch; CanadáFil: Ramirez, Maria Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina. California State University; Estados Unido