Genotipificación de aislamientos clínicos del complejo Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii obtenidos en el Hospital «Dr. Julio C. Perrando», de la ciudad de Resistencia (Chaco, Argentina)

La criptococosis es una infección fúngica causada por levaduras del género Cryptococcus,particularmente las del complejo Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii. El conocimiento sobre la casuística de la criptococosis en el nordeste argentino es exiguo y no se tiene información sobre los tipos moleculares circulantes. El objetivo de este estudio fue realizar la caracterización genética de los aislamientos pertenecientes al complejo C. neoformans/C. gattii obtenidos en el Hospital «Dr. Julio C. Perrando» de la ciudad de Resistencia (Chaco, Argentina), con el fi n de determinar especie, variedad y genotipo. Durante dos años y un mes se estudiaron 26 aislamientos clínicos. Mediante métodos convencionales y moleculares, un aislamiento fue identifi cado como C. gattii genotipo VGI y los 25 restantes como C. neoformans var. grubii, 23 de los cuales correspondieron al genotipo VNI y dos al genotipo VNII. Estos datos son una contribución al conocimiento de la epidemiología de la criptococosis en la Argentina y el primer informe sobre genotipos del complejo C. neoformans/C. gattii de origen clínico en el nordeste argentino.Cryptococcosis is a fungal infection caused by yeast species of Cryptococcus genus, particularly Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii species complex. The knowledge of the cryptococcosis casuistic in northeastern Argentina is scarce and there is no information about the molecular types circulating in this area. The aim of this study was to genotyping C. neoformans/C. gattii complex clinical isolates obtained at Hospital "Dr. Julio C. Perrando", Resistencia city (Chaco, Argentina), in order to determine species, variety and molecular type. During two years and one month 26 clinical isolates were studied. Using conventional and molecular methods one isolate was identified as C. gattii VGI type, and 25 isolates as C. neoformans var.grubii; 23 of these belonged to VNI type and two belonged to VNII type. This data is a contribution to the knowledge of cryptococcosis epidemiology in Argentina and the first report about C. neoformans/ C. gattii complex molecular types from clinical isolates in northeastern Argentina.Fil: Cattana, Maria Emilia. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Nordeste; ArgentinaFil: Tracogna, Maria Fernanda. Hospital "Dr. Julio C. Perrando". Servicio de Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Nordeste; ArgentinaFil: Fernández, Mariana Soledad. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Nordeste; ArgentinaFil: Carol Rey, Mariana C.. Hospital "Dr. Julio C. Perrando". Servicio de Microbiología; ArgentinaFil: Sosa, María A.. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Giusiano, Gustavo Emilio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Nordeste; Argentin

Usefulness of Sōna Aspergillus Galactomannan LFA with digital readout as diagnostic and as screening tool of COVID-19 associated pulmonary aspergillosis in critically ill patients. Data from a multicenter prospective study performed in Argentina

COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) incidence varies depending on the country. Serum galactomannan quantification is a promising diagnostic tool since samples are easy to obtain with low biosafety issues. A multicenter prospective study was performed to evaluate the CAPA incidence in Argentina and to assess the performance of the lateral flow assay with digital readout (Sōna Aspergillus LFA) as a CAPA diagnostic and screening tool. The correlation between the values obtained with Sōna Aspergillus LFA and Platelia® EIA was evaluated. In total, 578 serum samples were obtained from 185 critically ill COVID patients. CAPA screening was done weekly starting from the first week of ICU stay. Probable CAPA incidence in critically ill patients was 10.27% (19/185 patients when LFA was used as mycological criteria) and 9% (9/100 patients when EIA was used as mycological criteria). We found a very good correlation between the two evaluated galactomannan quantification methods (overall agreement of 92.16% with a Kappa statistic value of 0.721). CAPA diagnosis (>0.5 readouts in LFA) were done during the first week of ICU stay in 94.7% of the probable CAPA patients. The overall mortality was 36.21%. CAPA patients' mortality and length of ICU stay were not statistically different from for COVID (non-CAPA) patients (42.11 vs 33.13% and 29 vs 24 days, respectively). These indicators were lower than in other reports. LFA-IMMY with digital readout is a reliable tool for early diagnosis of CAPA using serum samples in critically ill COVID patients. It has a good agreement with Platelia® EIA. Lay Summary: The incidence of COVID-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) in critically-ill Argentinian patients was established (10.27%). Serum galactomannan quantification was useful as a screening tool for this mycosis. A good agreement between Platelia® EIA and Sōna Aspergillus LFA is reported.Fil: Giusiano, Gustavo Emilio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; ArgentinaFil: Fernández, Norma Beatriz. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Vitale, Roxana Gabriela. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Ramos Mejía"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Alvarez, Christian. No especifíca;Fil: Ochiuzzi, María Eugenia. Gobierno de la Ciudad Autonoma de Buenos Aires. Hospital General de Agudos Carlos Durand.; ArgentinaFil: Santiso, Gabriela Maria. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Cabeza, Matías Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas; ArgentinaFil: Tracogna, Fernanda. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio Cecilio Perrando.; ArgentinaFil: Farias L. Hospital de Clínicas José de San Martín Universidad; ArgentinaFil: Afeltra, Javier. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital Gral.de Agudos "ramos Mejia". Departamento de Diagnostico y Tratamiento; ArgentinaFil: Noblega, Luciana María. No especifíca;Fil: Giuliano, Carla Valeria. Gobierno de la Ciudad Autonoma de Buenos Aires. Hospital General de Agudos Carlos Durand.; ArgentinaFil: Garcia, Guillermo Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas; Argentin

Genomic diversity of the human pathogen Paracoccidioides across the South American continent

Paracoccidioidomycosis (PCM) is a life-threatening systemic mycosis widely reported in the Gran Chaco ecosystem. The disease is caused by different species from the genus Paracoccidioides, which are all endemic to South and Central America. Here, we sequenced and analyzed 31 isolates of Paracoccidioides across South America, with particular focus on isolates from Argentina and Paraguay. The de novo sequenced isolates were compared with publicly available genomes. Phylogenetics and population genomics revealed that PCM in Argentina and Paraguay is caused by three distinct Paracoccidioides genotypes, P. brasiliensis (S1a and S1b) and P. restrepiensis (PS3). P. brasiliensis S1a isolates from Argentina are frequently associated with chronic forms of the disease. Our results suggest the existence of extensive molecular polymorphism among Paracoccidioides species, and provide a framework to begin to dissect the connection between genotypic differences in the pathogen and the clinical outcomes of the disease.Fil: Teixeira, Marcus de Melo. Universidade do Brasília; BrasilFil: Cattana, Maria Emilia. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; ArgentinaFil: Matute, Daniel R.. University of North Carolina; Estados UnidosFil: Muñoz, José F.. Broad Institute Of Mit And Harvard; Estados UnidosFil: Arechavala, Alicia. Hospital Francisco J Muñiz; ArgentinaFil: Isbell, Kristin. University of North Carolina; Estados UnidosFil: Schipper, Rafael. Universidade do Brasília; BrasilFil: Santiso, Gabriela Maria. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Tracogna, Fernanda. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio Cecilio Perrando.; ArgentinaFil: Sosa, María de los Ángeles. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Cech, Norma. Hospital 4 de Junio; ArgentinaFil: Alvarado, Primavera. Instituto de Biomedicina Dr. Jacinto Convit; VenezuelaFil: Barreto, Laura. Instituto Superior de Formación Docente Salome Ureña; República DominicanaFil: Chacón, Yone. Provincia de Salta. Ministerio de Salud Pública. Hospital del Milagro; ArgentinaFil: Ortellado, Juana. Universidad Nacional de Asunción; ParaguayFil: Lima, Cleoni Mendes de. Universidade Federal de Rondonia; BrasilFil: Chang, Marilene Rodrigues. Universidade Federal do Mato Grosso do Sul; BrasilFil: Niño Vega, Gustavo. Universidad de Guanajuato; MéxicoFil: Yasuda, Maria Aparecida Shikanai. Universidade de Sao Paulo; BrasilFil: Felipe, Maria Sueli Soares. Universidade Catolica de Brasilia; BrasilFil: Negroni, Ricardo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; ArgentinaFil: Cuomo, Christina A.. Broad Institute of MIT And Harvard; Estados UnidosFil: Barker, Bridget. Tgen Northern Arizona University; Estados UnidosFil: Giusiano, Gustavo Emilio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentin